# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.089 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.755 0.136 0.080 0.022 0.006 0.001 0.001 2 S 0.715 0.171 0.091 0.017 0.004 0.001 0.001 3 M 0.364 0.247 0.182 0.133 0.054 0.018 0.001 4 L 0.390 0.261 0.187 0.107 0.040 0.014 0.001 5 H 0.312 0.276 0.192 0.122 0.066 0.028 0.004 6 W 0.101 0.106 0.148 0.224 0.223 0.165 0.034 7 G 0.075 0.105 0.119 0.187 0.236 0.209 0.069 8 P 0.122 0.168 0.175 0.215 0.161 0.114 0.044 9 K 0.093 0.146 0.164 0.196 0.190 0.137 0.074 10 Y 0.027 0.046 0.070 0.123 0.183 0.297 0.254 11 W 0.016 0.025 0.038 0.076 0.157 0.354 0.334 12 R 0.023 0.046 0.066 0.147 0.206 0.273 0.239 13 S 0.010 0.015 0.020 0.047 0.114 0.286 0.507 14 L 0.003 0.004 0.005 0.011 0.033 0.217 0.728 15 H 0.005 0.007 0.010 0.027 0.058 0.215 0.678 16 L 0.008 0.013 0.019 0.046 0.101 0.231 0.582 17 Y 0.007 0.013 0.019 0.051 0.130 0.307 0.474 18 A 0.010 0.017 0.029 0.064 0.171 0.374 0.336 19 I 0.024 0.049 0.075 0.132 0.212 0.343 0.165 20 F 0.051 0.100 0.178 0.242 0.233 0.159 0.036 21 F 0.078 0.092 0.152 0.244 0.263 0.151 0.019 22 S 0.313 0.273 0.218 0.126 0.051 0.017 0.002 23 D 0.596 0.248 0.113 0.031 0.009 0.002 0.001 24 A 0.598 0.271 0.089 0.033 0.008 0.001 0.001 25 P 0.528 0.294 0.111 0.052 0.013 0.002 0.001 26 S 0.602 0.307 0.066 0.021 0.004 0.001 0.001 27 W 0.334 0.334 0.177 0.112 0.040 0.003 0.001 28 K 0.438 0.385 0.100 0.065 0.011 0.001 0.001 29 E 0.352 0.357 0.166 0.092 0.031 0.003 0.001 30 K 0.194 0.279 0.261 0.191 0.065 0.010 0.001 31 Y 0.122 0.261 0.255 0.262 0.088 0.011 0.001 32 E 0.208 0.358 0.291 0.103 0.032 0.008 0.001 33 A 0.013 0.036 0.085 0.195 0.345 0.297 0.029 34 I 0.017 0.080 0.178 0.357 0.244 0.112 0.013 35 Q 0.056 0.184 0.247 0.219 0.177 0.095 0.021 36 W 0.014 0.034 0.067 0.129 0.200 0.364 0.191 37 I 0.005 0.011 0.018 0.053 0.149 0.445 0.319 38 L 0.022 0.072 0.119 0.222 0.245 0.201 0.118 39 N 0.030 0.070 0.097 0.169 0.216 0.233 0.186 40 F 0.014 0.021 0.032 0.066 0.138 0.392 0.336 41 I 0.027 0.051 0.070 0.157 0.244 0.276 0.175 42 E 0.085 0.179 0.198 0.222 0.159 0.113 0.045 43 S 0.076 0.084 0.115 0.179 0.231 0.239 0.076 44 L 0.076 0.113 0.143 0.209 0.206 0.199 0.054 45 P 0.143 0.205 0.184 0.170 0.159 0.112 0.028 46 C 0.100 0.127 0.195 0.281 0.187 0.094 0.015 47 T 0.363 0.342 0.175 0.077 0.025 0.014 0.003 48 R 0.100 0.202 0.252 0.228 0.154 0.057 0.006 49 C 0.038 0.046 0.076 0.190 0.362 0.252 0.035 50 Q 0.062 0.172 0.290 0.287 0.128 0.054 0.006 51 H 0.208 0.344 0.252 0.129 0.049 0.016 0.002 52 H 0.040 0.130 0.278 0.302 0.186 0.058 0.006 53 A 0.014 0.019 0.027 0.091 0.284 0.488 0.077 54 F 0.045 0.148 0.281 0.332 0.150 0.040 0.004 55 S 0.223 0.426 0.244 0.075 0.021 0.009 0.001 56 Y 0.029 0.091 0.216 0.364 0.223 0.073 0.004 57 L 0.040 0.059 0.101 0.248 0.358 0.178 0.016 58 T 0.265 0.369 0.234 0.093 0.032 0.007 0.001 59 K 0.374 0.356 0.159 0.081 0.023 0.005 0.001 60 N 0.167 0.222 0.223 0.206 0.131 0.050 0.003 61 P 0.306 0.315 0.216 0.119 0.033 0.010 0.001 62 L 0.176 0.236 0.203 0.217 0.129 0.037 0.002 63 T 0.169 0.275 0.284 0.173 0.077 0.021 0.001 64 L 0.072 0.084 0.146 0.305 0.295 0.095 0.004 65 N 0.448 0.336 0.150 0.051 0.012 0.003 0.001 66 N 0.376 0.320 0.160 0.092 0.041 0.009 0.001 67 S 0.323 0.266 0.196 0.147 0.052 0.015 0.001 68 E 0.401 0.270 0.181 0.102 0.034 0.011 0.001 69 D 0.203 0.285 0.247 0.155 0.081 0.026 0.003 70 F 0.042 0.070 0.119 0.204 0.272 0.248 0.047 71 Q 0.040 0.082 0.117 0.201 0.239 0.253 0.069 72 Y 0.058 0.112 0.161 0.220 0.211 0.176 0.063 73 W 0.025 0.045 0.072 0.127 0.221 0.318 0.193 74 T 0.020 0.027 0.031 0.064 0.126 0.353 0.378 75 F 0.020 0.043 0.065 0.158 0.244 0.281 0.189 76 A 0.056 0.153 0.231 0.226 0.148 0.117 0.068 77 F 0.015 0.038 0.077 0.163 0.261 0.307 0.139 78 H 0.010 0.019 0.030 0.074 0.194 0.435 0.237 79 N 0.030 0.089 0.157 0.222 0.249 0.195 0.058 80 N 0.058 0.174 0.288 0.268 0.136 0.059 0.017 81 V 0.022 0.035 0.068 0.154 0.318 0.345 0.057 82 N 0.033 0.066 0.132 0.237 0.305 0.197 0.030 83 N 0.207 0.355 0.265 0.120 0.038 0.013 0.001 84 R 0.185 0.330 0.234 0.164 0.069 0.017 0.001 85 L 0.070 0.089 0.148 0.299 0.281 0.108 0.005 86 N 0.363 0.368 0.171 0.073 0.019 0.006 0.001 87 K 0.377 0.294 0.174 0.108 0.041 0.007 0.001 88 K 0.418 0.347 0.140 0.070 0.019 0.005 0.001 89 I 0.197 0.244 0.222 0.208 0.103 0.024 0.001 90 I 0.240 0.240 0.235 0.195 0.069 0.019 0.001 91 S 0.289 0.327 0.228 0.099 0.044 0.012 0.001 92 W 0.062 0.097 0.212 0.370 0.208 0.049 0.002 93 S 0.530 0.306 0.128 0.029 0.005 0.002 0.001 94 E 0.230 0.356 0.266 0.103 0.038 0.008 0.001 95 Y 0.026 0.039 0.076 0.244 0.404 0.199 0.010 96 K 0.098 0.263 0.346 0.220 0.058 0.014 0.001 97 N 0.220 0.426 0.229 0.089 0.029 0.008 0.001 98 I 0.036 0.089 0.185 0.310 0.291 0.084 0.004 99 Y 0.037 0.072 0.133 0.294 0.314 0.141 0.009 100 E 0.257 0.341 0.259 0.102 0.035 0.006 0.001 101 Q 0.270 0.320 0.187 0.159 0.051 0.012 0.001 102 S 0.549 0.254 0.145 0.036 0.012 0.004 0.001 103 I 0.397 0.254 0.180 0.128 0.036 0.005 0.001 104 L 0.739 0.210 0.035 0.014 0.003 0.001 0.001 105 K 0.578 0.202 0.137 0.060 0.021 0.003 0.001