# TARGET T0396 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0396.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.089 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.370 0.173 0.119 0.125 0.085 0.056 0.038 0.016 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 2 S 0.485 0.197 0.144 0.068 0.038 0.033 0.017 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 M 0.234 0.129 0.118 0.150 0.133 0.094 0.069 0.035 0.017 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 4 L 0.230 0.118 0.118 0.146 0.133 0.092 0.075 0.040 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 5 H 0.216 0.122 0.126 0.135 0.135 0.093 0.064 0.048 0.028 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 6 W 0.131 0.063 0.069 0.094 0.129 0.130 0.114 0.102 0.069 0.050 0.025 0.015 0.006 0.002 7 G 0.117 0.091 0.106 0.150 0.152 0.128 0.097 0.072 0.044 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 8 P 0.132 0.079 0.084 0.121 0.132 0.119 0.113 0.092 0.053 0.034 0.023 0.011 0.005 0.002 9 K 0.216 0.162 0.149 0.144 0.114 0.089 0.056 0.034 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 10 Y 0.068 0.043 0.056 0.091 0.128 0.154 0.158 0.138 0.077 0.044 0.024 0.012 0.007 0.002 11 W 0.052 0.051 0.053 0.098 0.150 0.165 0.180 0.131 0.058 0.030 0.018 0.007 0.004 0.002 12 R 0.129 0.108 0.116 0.155 0.140 0.123 0.089 0.064 0.037 0.021 0.008 0.006 0.003 0.001 13 S 0.061 0.055 0.059 0.099 0.140 0.147 0.162 0.129 0.067 0.039 0.022 0.012 0.006 0.003 14 L 0.037 0.038 0.052 0.079 0.121 0.163 0.169 0.146 0.086 0.048 0.032 0.015 0.009 0.005 15 H 0.052 0.055 0.065 0.105 0.146 0.153 0.151 0.116 0.071 0.045 0.019 0.011 0.006 0.004 16 L 0.055 0.054 0.060 0.091 0.124 0.137 0.148 0.119 0.087 0.056 0.034 0.018 0.011 0.005 17 Y 0.026 0.029 0.044 0.073 0.122 0.151 0.163 0.136 0.098 0.068 0.045 0.023 0.013 0.008 18 A 0.024 0.032 0.051 0.081 0.116 0.139 0.154 0.157 0.096 0.067 0.040 0.021 0.014 0.007 19 I 0.052 0.047 0.051 0.076 0.104 0.128 0.155 0.133 0.096 0.069 0.046 0.022 0.015 0.006 20 F 0.048 0.071 0.101 0.145 0.162 0.158 0.127 0.091 0.049 0.024 0.013 0.006 0.003 0.002 21 F 0.045 0.046 0.073 0.109 0.168 0.159 0.152 0.122 0.062 0.031 0.022 0.006 0.004 0.002 22 S 0.122 0.140 0.144 0.212 0.161 0.107 0.055 0.030 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 23 D 0.312 0.183 0.179 0.140 0.086 0.056 0.023 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 A 0.491 0.170 0.159 0.065 0.050 0.028 0.022 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 P 0.492 0.179 0.132 0.091 0.055 0.027 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.688 0.180 0.051 0.033 0.021 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 W 0.350 0.181 0.147 0.120 0.099 0.054 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.673 0.159 0.072 0.041 0.029 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.623 0.168 0.086 0.044 0.030 0.029 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.182 0.127 0.165 0.167 0.160 0.110 0.059 0.013 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.416 0.195 0.141 0.103 0.077 0.037 0.019 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.348 0.280 0.188 0.082 0.042 0.042 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.024 0.020 0.034 0.097 0.171 0.200 0.199 0.136 0.079 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 34 I 0.042 0.083 0.114 0.229 0.234 0.148 0.078 0.039 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.497 0.276 0.124 0.046 0.020 0.025 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 W 0.049 0.055 0.073 0.163 0.211 0.197 0.131 0.070 0.030 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 37 I 0.024 0.024 0.038 0.076 0.133 0.193 0.211 0.182 0.064 0.024 0.019 0.006 0.005 0.002 38 L 0.211 0.177 0.139 0.170 0.127 0.085 0.047 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 39 N 0.246 0.151 0.129 0.165 0.134 0.086 0.043 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 40 F 0.062 0.037 0.052 0.096 0.147 0.186 0.169 0.133 0.055 0.028 0.020 0.008 0.005 0.002 41 I 0.103 0.073 0.099 0.118 0.170 0.155 0.133 0.074 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 42 E 0.313 0.159 0.127 0.136 0.107 0.074 0.041 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 43 S 0.143 0.066 0.074 0.120 0.159 0.136 0.124 0.082 0.042 0.025 0.016 0.007 0.004 0.001 44 L 0.193 0.103 0.131 0.129 0.149 0.114 0.081 0.054 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 45 P 0.210 0.105 0.114 0.127 0.152 0.112 0.084 0.043 0.032 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 46 C 0.115 0.081 0.089 0.144 0.184 0.140 0.111 0.074 0.035 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 47 T 0.483 0.186 0.129 0.089 0.055 0.029 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 R 0.217 0.207 0.191 0.148 0.111 0.067 0.030 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 C 0.045 0.029 0.030 0.074 0.147 0.184 0.215 0.143 0.087 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 50 Q 0.088 0.176 0.216 0.193 0.146 0.110 0.042 0.013 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.669 0.210 0.070 0.027 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 H 0.061 0.124 0.159 0.251 0.211 0.121 0.042 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.011 0.011 0.022 0.059 0.132 0.173 0.262 0.194 0.098 0.019 0.014 0.003 0.002 0.001 54 F 0.093 0.200 0.184 0.216 0.179 0.079 0.029 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.659 0.244 0.057 0.018 0.007 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.027 0.057 0.104 0.227 0.254 0.203 0.082 0.028 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.039 0.043 0.066 0.137 0.234 0.191 0.145 0.098 0.034 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 58 T 0.426 0.235 0.167 0.084 0.042 0.027 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.420 0.175 0.134 0.108 0.073 0.048 0.023 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.147 0.121 0.182 0.166 0.155 0.117 0.062 0.023 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 61 P 0.287 0.182 0.160 0.120 0.101 0.074 0.040 0.015 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 62 L 0.184 0.105 0.080 0.139 0.148 0.130 0.091 0.065 0.031 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 63 T 0.185 0.143 0.134 0.158 0.147 0.098 0.064 0.035 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 64 L 0.117 0.072 0.080 0.128 0.163 0.140 0.103 0.090 0.053 0.028 0.014 0.008 0.004 0.001 65 N 0.358 0.212 0.148 0.114 0.074 0.044 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 N 0.430 0.180 0.120 0.103 0.068 0.049 0.030 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.338 0.156 0.181 0.117 0.083 0.054 0.045 0.010 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.440 0.181 0.174 0.090 0.053 0.032 0.017 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.375 0.235 0.183 0.086 0.048 0.041 0.016 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.048 0.053 0.065 0.144 0.194 0.174 0.144 0.099 0.042 0.019 0.011 0.006 0.003 0.001 71 Q 0.071 0.070 0.092 0.142 0.162 0.155 0.122 0.089 0.054 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 72 Y 0.135 0.076 0.086 0.128 0.139 0.117 0.100 0.087 0.059 0.035 0.018 0.013 0.006 0.002 73 W 0.065 0.038 0.044 0.069 0.109 0.131 0.138 0.126 0.099 0.072 0.053 0.037 0.014 0.005 74 T 0.033 0.026 0.038 0.061 0.105 0.132 0.156 0.161 0.102 0.072 0.062 0.027 0.016 0.010 75 F 0.051 0.039 0.038 0.066 0.101 0.116 0.137 0.132 0.106 0.090 0.058 0.038 0.020 0.008 76 A 0.151 0.134 0.125 0.129 0.121 0.105 0.080 0.060 0.046 0.025 0.015 0.006 0.003 0.002 77 F 0.043 0.032 0.048 0.076 0.132 0.146 0.156 0.140 0.090 0.063 0.043 0.018 0.009 0.004 78 H 0.041 0.053 0.074 0.118 0.172 0.164 0.141 0.106 0.066 0.037 0.016 0.006 0.003 0.002 79 N 0.167 0.112 0.101 0.143 0.151 0.114 0.077 0.053 0.039 0.023 0.010 0.006 0.003 0.001 80 N 0.237 0.189 0.169 0.142 0.105 0.072 0.037 0.026 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 81 V 0.082 0.060 0.083 0.120 0.176 0.155 0.130 0.091 0.057 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 82 N 0.120 0.130 0.139 0.178 0.171 0.115 0.072 0.039 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 83 N 0.580 0.181 0.108 0.055 0.030 0.025 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.323 0.208 0.160 0.122 0.084 0.058 0.027 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.099 0.087 0.096 0.176 0.218 0.162 0.080 0.051 0.019 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 86 N 0.428 0.215 0.147 0.084 0.054 0.036 0.022 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.542 0.172 0.110 0.073 0.043 0.031 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.384 0.150 0.191 0.099 0.077 0.044 0.032 0.009 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.193 0.131 0.154 0.155 0.149 0.099 0.060 0.026 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 90 I 0.260 0.147 0.115 0.168 0.147 0.079 0.040 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 91 S 0.365 0.213 0.140 0.098 0.077 0.053 0.025 0.010 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 92 W 0.094 0.091 0.112 0.167 0.188 0.151 0.082 0.058 0.035 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 93 S 0.626 0.156 0.089 0.047 0.031 0.021 0.019 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.416 0.215 0.138 0.090 0.055 0.052 0.021 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.096 0.078 0.079 0.150 0.226 0.172 0.101 0.051 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 96 K 0.316 0.184 0.230 0.110 0.068 0.047 0.023 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 N 0.593 0.152 0.091 0.061 0.042 0.029 0.019 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.179 0.138 0.126 0.168 0.163 0.110 0.060 0.027 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.136 0.092 0.105 0.162 0.197 0.135 0.076 0.053 0.023 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 100 E 0.463 0.168 0.129 0.082 0.061 0.039 0.029 0.011 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.349 0.151 0.124 0.115 0.093 0.073 0.045 0.022 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 102 S 0.445 0.168 0.118 0.084 0.065 0.049 0.038 0.012 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 103 I 0.195 0.106 0.105 0.135 0.140 0.133 0.076 0.053 0.026 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 104 L 0.254 0.125 0.113 0.131 0.135 0.088 0.066 0.038 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 105 K 0.207 0.105 0.113 0.130 0.134 0.102 0.073 0.056 0.035 0.023 0.013 0.007 0.002 0.001