# TARGET T0395 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0395.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 281 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.002 0.021 0.055 0.248 0.650 2 R 0.074 0.013 0.027 0.099 0.241 0.547 3 L 0.183 0.056 0.016 0.065 0.253 0.428 4 G 0.186 0.013 0.012 0.069 0.356 0.363 5 D 0.062 0.003 0.007 0.030 0.287 0.610 6 A 0.309 0.029 0.005 0.061 0.211 0.386 7 A 0.540 0.012 0.004 0.050 0.088 0.306 8 E 0.794 0.006 0.003 0.054 0.029 0.114 9 L 0.854 0.004 0.007 0.041 0.028 0.067 10 C 0.711 0.007 0.014 0.070 0.057 0.140 11 Y 0.482 0.006 0.026 0.135 0.147 0.204 12 N 0.253 0.012 0.034 0.122 0.249 0.330 13 L 0.117 0.024 0.026 0.074 0.337 0.421 14 T 0.058 0.009 0.040 0.084 0.427 0.383 15 S 0.042 0.009 0.056 0.141 0.435 0.318 16 S 0.031 0.016 0.082 0.235 0.367 0.269 17 Y 0.027 0.009 0.121 0.423 0.265 0.156 18 L 0.025 0.006 0.153 0.453 0.231 0.131 19 Q 0.026 0.008 0.145 0.456 0.227 0.138 20 I 0.021 0.006 0.081 0.533 0.185 0.174 21 A 0.016 0.006 0.055 0.586 0.168 0.168 22 A 0.010 0.005 0.062 0.616 0.162 0.146 23 E 0.009 0.003 0.057 0.688 0.123 0.121 24 S 0.009 0.003 0.040 0.713 0.116 0.119 25 D 0.010 0.004 0.027 0.669 0.121 0.169 26 S 0.009 0.003 0.023 0.696 0.104 0.164 27 I 0.007 0.003 0.016 0.797 0.070 0.107 28 I 0.006 0.002 0.019 0.844 0.065 0.064 29 A 0.005 0.002 0.015 0.847 0.064 0.068 30 Q 0.005 0.002 0.010 0.833 0.057 0.093 31 T 0.004 0.002 0.005 0.872 0.044 0.074 32 Q 0.003 0.001 0.004 0.899 0.039 0.053 33 R 0.003 0.001 0.004 0.921 0.030 0.041 34 A 0.003 0.001 0.005 0.909 0.033 0.049 35 I 0.003 0.001 0.004 0.923 0.031 0.039 36 N 0.002 0.001 0.004 0.894 0.040 0.059 37 T 0.002 0.001 0.005 0.886 0.043 0.063 38 T 0.002 0.001 0.008 0.871 0.045 0.072 39 K 0.002 0.001 0.009 0.822 0.061 0.105 40 S 0.001 0.001 0.007 0.843 0.048 0.100 41 I 0.002 0.002 0.005 0.686 0.051 0.253 42 L 0.001 0.001 0.004 0.940 0.015 0.040 43 I 0.001 0.001 0.003 0.969 0.011 0.015 44 N 0.002 0.001 0.003 0.973 0.010 0.011 45 E 0.002 0.001 0.002 0.982 0.006 0.007 46 T 0.002 0.001 0.002 0.980 0.007 0.009 47 F 0.002 0.001 0.002 0.979 0.008 0.009 48 P 0.001 0.001 0.003 0.981 0.007 0.007 49 K 0.001 0.001 0.006 0.969 0.013 0.010 50 W 0.002 0.001 0.013 0.942 0.024 0.018 51 S 0.003 0.001 0.020 0.871 0.062 0.044 52 P 0.008 0.002 0.034 0.593 0.189 0.173 53 L 0.020 0.011 0.026 0.131 0.453 0.359 54 N 0.030 0.008 0.045 0.049 0.655 0.213 55 G 0.034 0.002 0.059 0.033 0.652 0.220 56 E 0.295 0.005 0.049 0.030 0.388 0.232 57 I 0.857 0.010 0.005 0.010 0.048 0.069 58 S 0.940 0.005 0.002 0.005 0.012 0.037 59 F 0.972 0.002 0.001 0.003 0.005 0.017 60 S 0.944 0.003 0.003 0.004 0.013 0.034 61 Y 0.763 0.012 0.007 0.008 0.078 0.132 62 N 0.318 0.010 0.021 0.019 0.332 0.300 63 G 0.063 0.014 0.023 0.014 0.525 0.361 64 G 0.013 0.012 0.031 0.070 0.692 0.182 65 K 0.004 0.002 0.045 0.450 0.417 0.082 66 D 0.003 0.003 0.012 0.762 0.162 0.059 67 C 0.001 0.001 0.002 0.970 0.016 0.009 68 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 69 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 74 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 75 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.011 0.006 76 S 0.001 0.002 0.009 0.918 0.044 0.026 77 C 0.003 0.005 0.017 0.644 0.126 0.205 78 L 0.004 0.004 0.038 0.090 0.507 0.356 79 W 0.007 0.003 0.036 0.041 0.657 0.256 80 E 0.014 0.003 0.037 0.026 0.571 0.349 81 Y 0.079 0.015 0.029 0.023 0.494 0.360 82 Y 0.211 0.007 0.014 0.011 0.164 0.593 83 I 0.722 0.011 0.011 0.011 0.070 0.175 84 V 0.888 0.008 0.006 0.007 0.032 0.058 85 K 0.883 0.010 0.004 0.008 0.030 0.065 86 L 0.726 0.006 0.009 0.014 0.108 0.136 87 S 0.316 0.015 0.016 0.023 0.319 0.312 88 Q 0.089 0.013 0.031 0.037 0.561 0.268 89 S 0.042 0.010 0.033 0.028 0.616 0.271 90 Q 0.036 0.032 0.045 0.043 0.581 0.263 91 F 0.045 0.026 0.037 0.059 0.478 0.355 92 D 0.040 0.016 0.039 0.158 0.450 0.298 93 G 0.013 0.004 0.170 0.473 0.253 0.087 94 K 0.012 0.004 0.194 0.553 0.182 0.055 95 F 0.012 0.003 0.127 0.690 0.116 0.051 96 H 0.018 0.003 0.063 0.778 0.081 0.057 97 R 0.017 0.006 0.042 0.787 0.070 0.078 98 F 0.027 0.003 0.035 0.790 0.056 0.088 99 P 0.026 0.002 0.041 0.815 0.057 0.060 100 L 0.022 0.001 0.047 0.813 0.066 0.051 101 T 0.019 0.002 0.043 0.826 0.062 0.047 102 K 0.029 0.006 0.037 0.731 0.098 0.099 103 L 0.028 0.002 0.110 0.657 0.137 0.065 104 P 0.024 0.002 0.084 0.709 0.116 0.065 105 T 0.030 0.003 0.082 0.646 0.132 0.107 106 V 0.086 0.009 0.044 0.433 0.183 0.245 107 F 0.146 0.006 0.024 0.149 0.230 0.445 108 I 0.277 0.018 0.023 0.112 0.202 0.367 109 D 0.379 0.012 0.020 0.071 0.187 0.332 110 H 0.512 0.007 0.020 0.083 0.134 0.244 111 D 0.489 0.014 0.020 0.072 0.148 0.257 112 D 0.400 0.019 0.018 0.076 0.173 0.314 113 T 0.300 0.016 0.011 0.082 0.176 0.416 114 F 0.134 0.010 0.008 0.094 0.211 0.543 115 K 0.059 0.008 0.021 0.204 0.258 0.451 116 T 0.024 0.006 0.062 0.503 0.205 0.201 117 L 0.016 0.004 0.061 0.667 0.140 0.112 118 E 0.016 0.003 0.037 0.751 0.107 0.087 119 N 0.014 0.002 0.021 0.850 0.052 0.060 120 F 0.015 0.003 0.012 0.897 0.027 0.046 121 I 0.016 0.001 0.013 0.923 0.023 0.023 122 E 0.018 0.001 0.015 0.925 0.026 0.016 123 E 0.011 0.001 0.014 0.931 0.026 0.016 124 T 0.008 0.001 0.017 0.906 0.037 0.032 125 S 0.007 0.001 0.034 0.868 0.053 0.037 126 L 0.005 0.001 0.029 0.834 0.076 0.054 127 R 0.008 0.001 0.024 0.643 0.143 0.181 128 Y 0.017 0.006 0.017 0.180 0.240 0.539 129 S 0.038 0.015 0.034 0.130 0.355 0.429 130 L 0.029 0.006 0.111 0.224 0.395 0.235 131 S 0.043 0.007 0.161 0.213 0.372 0.204 132 L 0.097 0.011 0.161 0.254 0.285 0.192 133 Y 0.158 0.017 0.093 0.201 0.251 0.279 134 E 0.189 0.019 0.085 0.233 0.243 0.232 135 S 0.180 0.019 0.065 0.200 0.303 0.233 136 D 0.086 0.013 0.046 0.164 0.344 0.347 137 R 0.042 0.014 0.027 0.097 0.399 0.420 138 D 0.019 0.006 0.168 0.252 0.422 0.134 139 K 0.020 0.007 0.263 0.312 0.322 0.076 140 C 0.037 0.010 0.247 0.399 0.254 0.054 141 E 0.070 0.011 0.108 0.512 0.209 0.091 142 T 0.090 0.010 0.036 0.403 0.245 0.217 143 M 0.090 0.009 0.038 0.569 0.169 0.125 144 A 0.048 0.005 0.048 0.708 0.106 0.085 145 E 0.055 0.007 0.067 0.707 0.080 0.084 146 A 0.047 0.007 0.060 0.696 0.079 0.112 147 F 0.030 0.003 0.025 0.634 0.058 0.249 148 E 0.031 0.002 0.026 0.741 0.057 0.142 149 T 0.010 0.001 0.037 0.890 0.031 0.031 150 F 0.010 0.002 0.056 0.873 0.040 0.019 151 L 0.006 0.001 0.099 0.828 0.052 0.015 152 Q 0.007 0.004 0.097 0.742 0.104 0.046 153 V 0.004 0.010 0.052 0.611 0.161 0.161 154 F 0.005 0.012 0.065 0.073 0.760 0.086 155 P 0.003 0.002 0.048 0.018 0.852 0.077 156 E 0.008 0.001 0.045 0.006 0.873 0.067 157 T 0.147 0.007 0.010 0.002 0.721 0.112 158 K 0.650 0.008 0.003 0.001 0.111 0.227 159 A 0.975 0.002 0.001 0.001 0.006 0.017 160 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 161 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 162 I 0.933 0.001 0.001 0.001 0.009 0.057 163 G 0.858 0.002 0.001 0.001 0.029 0.110 164 I 0.704 0.017 0.001 0.003 0.074 0.201 165 R 0.546 0.025 0.006 0.007 0.139 0.278 166 H 0.364 0.023 0.014 0.011 0.228 0.360 167 T 0.138 0.020 0.022 0.015 0.395 0.410 168 D 0.040 0.017 0.020 0.022 0.467 0.434 169 P 0.017 0.010 0.025 0.049 0.530 0.370 170 F 0.019 0.020 0.081 0.092 0.537 0.250 171 G 0.023 0.019 0.095 0.094 0.517 0.253 172 E 0.020 0.008 0.372 0.087 0.399 0.114 173 H 0.041 0.009 0.343 0.087 0.346 0.175 174 L 0.086 0.025 0.291 0.082 0.310 0.206 175 K 0.128 0.052 0.064 0.047 0.283 0.426 176 P 0.161 0.011 0.031 0.029 0.177 0.591 177 I 0.252 0.034 0.032 0.035 0.144 0.504 178 Q 0.308 0.037 0.023 0.028 0.153 0.450 179 K 0.358 0.045 0.017 0.018 0.162 0.400 180 T 0.201 0.040 0.009 0.009 0.185 0.557 181 D 0.031 0.033 0.016 0.006 0.673 0.240 182 A 0.007 0.005 0.148 0.033 0.738 0.069 183 N 0.004 0.003 0.102 0.020 0.817 0.054 184 W 0.007 0.034 0.083 0.025 0.798 0.053 185 P 0.016 0.011 0.047 0.032 0.495 0.400 186 D 0.065 0.011 0.099 0.069 0.401 0.355 187 F 0.366 0.064 0.083 0.081 0.237 0.169 188 Y 0.710 0.070 0.020 0.035 0.076 0.089 189 R 0.793 0.022 0.009 0.021 0.059 0.095 190 L 0.338 0.013 0.093 0.082 0.186 0.288 191 Q 0.113 0.014 0.279 0.084 0.359 0.152 192 P 0.019 0.001 0.483 0.078 0.364 0.055 193 L 0.054 0.011 0.367 0.052 0.467 0.049 194 L 0.079 0.010 0.202 0.147 0.451 0.111 195 H 0.110 0.008 0.050 0.130 0.370 0.332 196 W 0.228 0.020 0.033 0.126 0.316 0.276 197 N 0.259 0.049 0.008 0.118 0.082 0.483 198 L 0.019 0.001 0.006 0.947 0.014 0.014 199 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 200 N 0.002 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 201 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 202 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 203 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 204 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 205 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 207 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 208 S 0.002 0.001 0.003 0.873 0.029 0.094 209 N 0.001 0.001 0.001 0.008 0.036 0.955 210 E 0.002 0.005 0.001 0.004 0.050 0.939 211 P 0.008 0.004 0.001 0.007 0.090 0.890 212 I 0.025 0.027 0.023 0.096 0.209 0.620 213 C 0.026 0.004 0.048 0.690 0.107 0.124 214 E 0.028 0.002 0.080 0.754 0.094 0.042 215 L 0.013 0.004 0.130 0.756 0.079 0.018 216 Y 0.012 0.004 0.197 0.678 0.092 0.017 217 R 0.012 0.001 0.188 0.648 0.127 0.024 218 Y 0.015 0.002 0.069 0.508 0.259 0.148 219 G 0.029 0.013 0.006 0.041 0.201 0.710 220 F 0.146 0.070 0.006 0.024 0.140 0.614 221 T 0.251 0.040 0.019 0.033 0.192 0.465 222 S 0.241 0.072 0.066 0.039 0.275 0.308 223 L 0.197 0.015 0.092 0.043 0.407 0.246 224 G 0.147 0.010 0.068 0.035 0.485 0.255 225 N 0.204 0.044 0.029 0.031 0.426 0.265 226 V 0.176 0.033 0.020 0.028 0.377 0.366 227 E 0.133 0.039 0.020 0.024 0.386 0.397 228 E 0.093 0.023 0.020 0.023 0.500 0.341 229 T 0.091 0.055 0.019 0.023 0.380 0.433 230 L 0.119 0.034 0.010 0.022 0.286 0.530 231 P 0.159 0.045 0.014 0.024 0.263 0.495 232 N 0.063 0.051 0.013 0.023 0.333 0.517 233 P 0.032 0.016 0.087 0.049 0.563 0.254 234 H 0.019 0.011 0.184 0.068 0.543 0.176 235 L 0.027 0.012 0.140 0.070 0.571 0.180 236 R 0.073 0.065 0.076 0.099 0.451 0.236 237 K 0.073 0.039 0.040 0.122 0.351 0.375 238 D 0.047 0.033 0.068 0.164 0.409 0.279 239 K 0.033 0.026 0.077 0.205 0.427 0.232 240 N 0.024 0.005 0.055 0.194 0.452 0.270 241 S 0.043 0.010 0.016 0.096 0.388 0.447 242 T 0.086 0.029 0.014 0.072 0.282 0.517 243 P 0.133 0.046 0.022 0.123 0.252 0.424 244 L 0.054 0.008 0.095 0.348 0.288 0.206 245 K 0.035 0.007 0.116 0.455 0.239 0.147 246 L 0.046 0.005 0.087 0.535 0.191 0.136 247 N 0.082 0.008 0.038 0.513 0.167 0.192 248 F 0.080 0.007 0.031 0.648 0.110 0.124 249 E 0.098 0.009 0.027 0.663 0.095 0.108 250 W 0.058 0.004 0.024 0.734 0.071 0.109 251 E 0.051 0.007 0.022 0.681 0.093 0.146 252 I 0.041 0.004 0.020 0.691 0.100 0.143 253 E 0.042 0.005 0.021 0.709 0.099 0.124 254 N 0.029 0.004 0.024 0.627 0.130 0.186 255 R 0.021 0.004 0.034 0.516 0.202 0.223 256 Y 0.018 0.004 0.031 0.461 0.221 0.265 257 K 0.030 0.012 0.033 0.417 0.230 0.278 258 H 0.032 0.016 0.028 0.424 0.198 0.302 259 N 0.027 0.007 0.023 0.361 0.221 0.361 260 E 0.022 0.006 0.041 0.576 0.191 0.163 261 V 0.021 0.006 0.042 0.591 0.186 0.153 262 T 0.019 0.003 0.047 0.602 0.187 0.141 263 K 0.021 0.006 0.034 0.653 0.141 0.145 264 A 0.019 0.005 0.030 0.650 0.139 0.158 265 E 0.015 0.004 0.026 0.652 0.125 0.178 266 P 0.014 0.005 0.039 0.521 0.148 0.272 267 I 0.017 0.006 0.048 0.504 0.179 0.246 268 P 0.018 0.007 0.054 0.538 0.175 0.208 269 I 0.017 0.007 0.047 0.494 0.183 0.253 270 A 0.014 0.003 0.046 0.537 0.155 0.245 271 D 0.008 0.003 0.054 0.589 0.155 0.190 272 E 0.006 0.003 0.054 0.613 0.160 0.163 273 D 0.005 0.003 0.045 0.681 0.136 0.131 274 L 0.006 0.003 0.025 0.634 0.144 0.190 275 V 0.005 0.003 0.021 0.631 0.155 0.185 276 K 0.010 0.007 0.025 0.612 0.162 0.184 277 I 0.013 0.005 0.039 0.631 0.169 0.143 278 E 0.017 0.005 0.048 0.624 0.165 0.141 279 N 0.023 0.005 0.065 0.507 0.230 0.170 280 L 0.023 0.007 0.061 0.497 0.222 0.190 281 H 0.025 0.008 0.079 0.444 0.241 0.203 282 E 0.027 0.006 0.090 0.330 0.304 0.243 283 D 0.069 0.009 0.054 0.256 0.288 0.325 284 Y 0.146 0.039 0.033 0.197 0.237 0.348 285 Y 0.199 0.025 0.017 0.082 0.300 0.376 286 P 0.173 0.008 0.060 0.079 0.330 0.351 287 G 0.272 0.016 0.091 0.043 0.315 0.263 288 W 0.416 0.014 0.086 0.029 0.255 0.200 289 Y 0.526 0.028 0.036 0.024 0.122 0.265 290 L 0.340 0.035 0.020 0.021 0.136 0.448 291 V 0.188 0.041 0.007 0.040 0.150 0.575 292 D 0.029 0.003 0.008 0.090 0.204 0.666 293 D 0.007 0.002 0.021 0.778 0.122 0.069 294 K 0.006 0.002 0.021 0.895 0.062 0.014 295 L 0.009 0.002 0.032 0.864 0.077 0.016 296 E 0.009 0.001 0.032 0.881 0.055 0.022 297 R 0.015 0.005 0.032 0.865 0.055 0.028 298 A 0.011 0.004 0.026 0.873 0.049 0.037 299 G 0.023 0.004 0.039 0.440 0.198 0.296 300 R 0.045 0.011 0.123 0.369 0.199 0.253 301 I 0.092 0.026 0.173 0.302 0.199 0.208 302 K 0.110 0.028 0.127 0.263 0.220 0.252 303 K 0.100 0.026 0.049 0.165 0.181 0.479 304 K 0.010 0.007 0.009 0.036 0.122 0.815