# TARGET T0395 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0395.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 281 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 2 R 0.029 0.015 0.019 0.131 0.005 0.050 0.752 3 L 0.043 0.011 0.035 0.190 0.160 0.168 0.393 4 G 0.077 0.008 0.030 0.186 0.150 0.110 0.439 5 D 0.155 0.010 0.025 0.169 0.111 0.045 0.485 6 A 0.425 0.008 0.028 0.241 0.081 0.037 0.181 7 A 0.647 0.008 0.020 0.197 0.019 0.019 0.091 8 E 0.670 0.005 0.018 0.227 0.018 0.012 0.050 9 L 0.711 0.012 0.016 0.185 0.016 0.016 0.045 10 C 0.539 0.010 0.027 0.267 0.030 0.032 0.096 11 Y 0.343 0.008 0.042 0.300 0.075 0.078 0.154 12 N 0.192 0.013 0.046 0.272 0.127 0.127 0.223 13 L 0.108 0.017 0.043 0.171 0.190 0.161 0.311 14 T 0.065 0.011 0.041 0.185 0.213 0.136 0.348 15 S 0.028 0.008 0.072 0.290 0.175 0.173 0.254 16 S 0.025 0.010 0.112 0.342 0.131 0.166 0.214 17 Y 0.019 0.008 0.175 0.387 0.073 0.113 0.226 18 L 0.020 0.007 0.178 0.412 0.066 0.154 0.163 19 Q 0.022 0.006 0.171 0.406 0.068 0.166 0.161 20 I 0.020 0.013 0.108 0.428 0.105 0.120 0.206 21 A 0.019 0.010 0.065 0.440 0.104 0.103 0.259 22 A 0.016 0.005 0.093 0.466 0.072 0.150 0.198 23 E 0.010 0.005 0.092 0.488 0.072 0.163 0.170 24 S 0.010 0.006 0.079 0.576 0.065 0.122 0.143 25 D 0.013 0.007 0.060 0.570 0.077 0.119 0.154 26 S 0.008 0.005 0.046 0.614 0.070 0.084 0.172 27 I 0.004 0.002 0.028 0.736 0.046 0.037 0.147 28 I 0.002 0.001 0.016 0.846 0.031 0.039 0.064 29 A 0.002 0.001 0.011 0.888 0.016 0.045 0.037 30 Q 0.001 0.001 0.006 0.907 0.015 0.036 0.035 31 T 0.001 0.001 0.002 0.930 0.017 0.025 0.024 32 Q 0.001 0.001 0.002 0.942 0.013 0.021 0.021 33 R 0.001 0.001 0.001 0.956 0.008 0.021 0.013 34 A 0.001 0.001 0.001 0.951 0.007 0.021 0.018 35 I 0.001 0.001 0.001 0.953 0.009 0.027 0.009 36 N 0.001 0.001 0.002 0.928 0.012 0.044 0.012 37 T 0.001 0.001 0.006 0.907 0.020 0.038 0.027 38 T 0.001 0.001 0.011 0.886 0.019 0.052 0.030 39 K 0.002 0.001 0.020 0.771 0.022 0.152 0.032 40 S 0.001 0.002 0.014 0.659 0.058 0.185 0.081 41 I 0.001 0.002 0.006 0.715 0.048 0.095 0.134 42 L 0.001 0.001 0.003 0.843 0.035 0.032 0.086 43 I 0.001 0.001 0.002 0.950 0.010 0.013 0.023 44 N 0.001 0.001 0.001 0.974 0.006 0.009 0.010 45 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.005 0.004 46 T 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.003 47 F 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.012 0.003 48 P 0.001 0.001 0.002 0.969 0.003 0.018 0.006 49 K 0.001 0.001 0.007 0.943 0.005 0.035 0.009 50 W 0.003 0.001 0.019 0.874 0.010 0.078 0.015 51 S 0.005 0.002 0.037 0.726 0.031 0.162 0.037 52 P 0.007 0.002 0.033 0.488 0.074 0.315 0.081 53 L 0.013 0.006 0.038 0.175 0.139 0.351 0.278 54 N 0.025 0.008 0.068 0.035 0.197 0.216 0.451 55 G 0.034 0.003 0.080 0.016 0.235 0.476 0.156 56 E 0.117 0.004 0.056 0.012 0.314 0.300 0.199 57 I 0.628 0.023 0.008 0.007 0.035 0.015 0.284 58 S 0.931 0.005 0.002 0.004 0.008 0.005 0.046 59 F 0.960 0.005 0.001 0.003 0.004 0.002 0.024 60 S 0.904 0.004 0.003 0.004 0.008 0.006 0.070 61 Y 0.761 0.005 0.006 0.006 0.047 0.046 0.129 62 N 0.314 0.018 0.014 0.013 0.181 0.149 0.310 63 G 0.042 0.009 0.014 0.030 0.443 0.172 0.291 64 G 0.015 0.005 0.029 0.180 0.327 0.135 0.309 65 K 0.002 0.003 0.049 0.671 0.056 0.172 0.047 66 D 0.003 0.001 0.014 0.839 0.018 0.109 0.016 67 C 0.005 0.001 0.005 0.947 0.008 0.020 0.015 68 Q 0.005 0.001 0.001 0.977 0.004 0.004 0.008 69 V 0.007 0.001 0.001 0.980 0.002 0.004 0.005 70 L 0.003 0.001 0.001 0.990 0.002 0.003 0.001 71 L 0.007 0.001 0.001 0.986 0.001 0.003 0.002 72 L 0.002 0.001 0.001 0.990 0.002 0.003 0.002 73 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 74 Y 0.001 0.001 0.005 0.979 0.001 0.012 0.002 75 L 0.001 0.001 0.012 0.927 0.004 0.052 0.003 76 S 0.001 0.001 0.025 0.743 0.009 0.211 0.011 77 C 0.003 0.008 0.058 0.489 0.074 0.266 0.103 78 L 0.008 0.011 0.092 0.135 0.145 0.206 0.402 79 W 0.014 0.009 0.103 0.100 0.217 0.383 0.175 80 E 0.032 0.007 0.046 0.030 0.128 0.485 0.272 81 Y 0.102 0.005 0.003 0.006 0.178 0.014 0.691 82 Y 0.373 0.007 0.001 0.004 0.193 0.010 0.412 83 I 0.878 0.016 0.001 0.003 0.010 0.004 0.087 84 V 0.939 0.004 0.001 0.002 0.005 0.003 0.045 85 K 0.889 0.004 0.002 0.003 0.014 0.005 0.083 86 L 0.737 0.011 0.005 0.005 0.052 0.018 0.172 87 S 0.233 0.015 0.013 0.009 0.126 0.053 0.552 88 Q 0.029 0.006 0.057 0.020 0.267 0.397 0.224 89 S 0.009 0.006 0.070 0.020 0.315 0.433 0.147 90 Q 0.019 0.019 0.079 0.034 0.318 0.226 0.306 91 F 0.020 0.058 0.030 0.065 0.271 0.085 0.471 92 D 0.014 0.019 0.017 0.093 0.235 0.040 0.581 93 G 0.004 0.003 0.158 0.512 0.057 0.183 0.083 94 K 0.004 0.004 0.244 0.514 0.039 0.137 0.058 95 F 0.006 0.004 0.268 0.589 0.019 0.056 0.057 96 H 0.008 0.003 0.123 0.725 0.022 0.063 0.054 97 R 0.015 0.005 0.085 0.708 0.030 0.103 0.054 98 F 0.009 0.006 0.055 0.749 0.036 0.069 0.075 99 P 0.003 0.002 0.033 0.861 0.013 0.042 0.046 100 L 0.003 0.001 0.043 0.864 0.009 0.054 0.026 101 T 0.004 0.001 0.036 0.862 0.014 0.064 0.019 102 K 0.009 0.004 0.030 0.846 0.020 0.055 0.036 103 L 0.017 0.003 0.045 0.804 0.027 0.059 0.046 104 P 0.022 0.002 0.069 0.722 0.032 0.119 0.034 105 T 0.023 0.003 0.068 0.637 0.045 0.168 0.056 106 V 0.069 0.013 0.036 0.365 0.126 0.220 0.171 107 F 0.090 0.007 0.016 0.066 0.125 0.247 0.449 108 I 0.194 0.019 0.013 0.047 0.102 0.037 0.587 109 D 0.372 0.014 0.015 0.032 0.074 0.031 0.463 110 H 0.460 0.017 0.036 0.057 0.066 0.051 0.314 111 D 0.567 0.017 0.032 0.053 0.063 0.037 0.231 112 D 0.529 0.017 0.030 0.043 0.088 0.027 0.265 113 T 0.318 0.019 0.027 0.053 0.105 0.042 0.437 114 F 0.127 0.023 0.019 0.062 0.192 0.036 0.541 115 K 0.035 0.008 0.040 0.123 0.163 0.077 0.554 116 T 0.016 0.007 0.065 0.226 0.111 0.182 0.392 117 L 0.009 0.004 0.073 0.497 0.063 0.097 0.256 118 E 0.010 0.003 0.033 0.659 0.054 0.066 0.174 119 N 0.009 0.003 0.018 0.825 0.028 0.047 0.071 120 F 0.008 0.003 0.010 0.870 0.027 0.031 0.051 121 I 0.008 0.002 0.004 0.929 0.016 0.018 0.024 122 E 0.011 0.001 0.004 0.945 0.009 0.014 0.017 123 E 0.006 0.001 0.005 0.951 0.008 0.016 0.013 124 T 0.005 0.001 0.007 0.945 0.008 0.019 0.015 125 S 0.003 0.002 0.010 0.930 0.008 0.034 0.012 126 L 0.002 0.001 0.011 0.819 0.016 0.135 0.016 127 R 0.002 0.001 0.011 0.547 0.042 0.354 0.043 128 Y 0.006 0.006 0.015 0.247 0.159 0.211 0.355 129 S 0.015 0.011 0.048 0.165 0.140 0.135 0.485 130 L 0.027 0.008 0.149 0.244 0.116 0.199 0.257 131 S 0.037 0.008 0.183 0.264 0.098 0.157 0.252 132 L 0.070 0.014 0.155 0.370 0.079 0.122 0.189 133 Y 0.138 0.024 0.099 0.342 0.085 0.107 0.206 134 E 0.121 0.024 0.075 0.331 0.098 0.101 0.250 135 S 0.088 0.018 0.055 0.358 0.129 0.130 0.222 136 D 0.045 0.010 0.033 0.336 0.153 0.187 0.236 137 R 0.025 0.008 0.023 0.239 0.171 0.164 0.370 138 D 0.016 0.005 0.066 0.364 0.135 0.174 0.240 139 K 0.020 0.007 0.116 0.417 0.113 0.207 0.120 140 C 0.025 0.010 0.116 0.502 0.086 0.154 0.108 141 E 0.042 0.016 0.066 0.466 0.087 0.145 0.179 142 T 0.069 0.012 0.049 0.393 0.078 0.183 0.215 143 M 0.061 0.011 0.056 0.493 0.084 0.094 0.199 144 A 0.033 0.006 0.051 0.687 0.047 0.053 0.123 145 E 0.038 0.004 0.051 0.714 0.029 0.082 0.082 146 A 0.026 0.005 0.046 0.714 0.027 0.096 0.087 147 F 0.034 0.008 0.022 0.771 0.036 0.039 0.090 148 E 0.026 0.002 0.024 0.854 0.021 0.017 0.057 149 T 0.011 0.002 0.049 0.877 0.010 0.026 0.024 150 F 0.011 0.002 0.074 0.859 0.006 0.029 0.019 151 L 0.008 0.001 0.099 0.841 0.008 0.025 0.017 152 Q 0.005 0.001 0.054 0.876 0.007 0.049 0.009 153 V 0.002 0.001 0.055 0.769 0.021 0.133 0.019 154 F 0.009 0.004 0.097 0.177 0.172 0.159 0.382 155 P 0.001 0.001 0.064 0.019 0.018 0.888 0.009 156 E 0.002 0.001 0.040 0.003 0.020 0.923 0.010 157 T 0.114 0.004 0.005 0.002 0.176 0.017 0.683 158 K 0.657 0.005 0.001 0.001 0.104 0.003 0.231 159 A 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 160 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 161 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 162 I 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 163 G 0.748 0.002 0.001 0.001 0.042 0.003 0.203 164 I 0.518 0.012 0.003 0.002 0.088 0.008 0.370 165 R 0.343 0.036 0.006 0.005 0.100 0.018 0.492 166 H 0.178 0.032 0.011 0.010 0.207 0.069 0.493 167 T 0.053 0.039 0.011 0.015 0.340 0.090 0.452 168 D 0.016 0.015 0.009 0.019 0.416 0.069 0.455 169 P 0.010 0.009 0.038 0.066 0.267 0.248 0.362 170 F 0.009 0.013 0.093 0.093 0.217 0.330 0.244 171 G 0.012 0.019 0.144 0.129 0.210 0.223 0.262 172 E 0.020 0.026 0.216 0.144 0.120 0.170 0.306 173 H 0.038 0.016 0.188 0.136 0.104 0.286 0.232 174 L 0.041 0.028 0.140 0.109 0.131 0.279 0.273 175 K 0.048 0.023 0.021 0.038 0.311 0.036 0.522 176 P 0.077 0.021 0.019 0.027 0.095 0.043 0.717 177 I 0.126 0.050 0.022 0.034 0.074 0.031 0.663 178 Q 0.111 0.029 0.026 0.030 0.083 0.032 0.689 179 K 0.097 0.024 0.045 0.034 0.145 0.102 0.552 180 T 0.053 0.045 0.042 0.032 0.184 0.078 0.567 181 D 0.013 0.022 0.047 0.013 0.168 0.049 0.689 182 A 0.003 0.002 0.094 0.021 0.129 0.658 0.093 183 N 0.002 0.003 0.076 0.011 0.099 0.724 0.085 184 W 0.007 0.027 0.117 0.014 0.221 0.137 0.476 185 P 0.018 0.027 0.133 0.022 0.177 0.264 0.359 186 D 0.037 0.007 0.167 0.030 0.193 0.379 0.187 187 F 0.223 0.054 0.121 0.049 0.106 0.125 0.323 188 Y 0.567 0.036 0.023 0.039 0.057 0.040 0.238 189 R 0.607 0.027 0.024 0.038 0.056 0.029 0.219 190 L 0.528 0.056 0.025 0.067 0.069 0.016 0.239 191 Q 0.177 0.011 0.038 0.050 0.066 0.024 0.634 192 P 0.029 0.006 0.369 0.165 0.069 0.207 0.155 193 L 0.016 0.008 0.544 0.102 0.066 0.156 0.109 194 L 0.014 0.003 0.618 0.074 0.084 0.120 0.087 195 H 0.031 0.009 0.380 0.092 0.118 0.176 0.196 196 W 0.021 0.036 0.123 0.064 0.213 0.116 0.427 197 N 0.031 0.015 0.018 0.087 0.155 0.043 0.651 198 L 0.003 0.001 0.041 0.844 0.021 0.053 0.036 199 A 0.002 0.001 0.020 0.914 0.015 0.029 0.019 200 N 0.001 0.001 0.007 0.951 0.006 0.023 0.011 201 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.004 0.003 202 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 203 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 204 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 205 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.966 0.001 0.029 0.001 207 Y 0.001 0.001 0.004 0.832 0.008 0.145 0.009 208 S 0.001 0.001 0.003 0.159 0.016 0.817 0.005 209 N 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.951 0.018 210 E 0.017 0.011 0.001 0.004 0.123 0.012 0.831 211 P 0.053 0.038 0.002 0.002 0.076 0.009 0.820 212 I 0.126 0.086 0.050 0.029 0.138 0.030 0.539 213 C 0.077 0.008 0.070 0.021 0.087 0.037 0.701 214 E 0.058 0.003 0.350 0.090 0.097 0.177 0.225 215 L 0.078 0.010 0.449 0.188 0.056 0.119 0.100 216 Y 0.031 0.024 0.499 0.167 0.072 0.106 0.101 217 R 0.064 0.016 0.269 0.178 0.106 0.200 0.167 218 Y 0.016 0.007 0.079 0.097 0.078 0.656 0.067 219 G 0.017 0.005 0.016 0.015 0.106 0.764 0.077 220 F 0.149 0.012 0.003 0.002 0.208 0.023 0.602 221 T 0.359 0.040 0.003 0.002 0.089 0.010 0.497 222 S 0.483 0.051 0.009 0.002 0.046 0.014 0.394 223 L 0.367 0.013 0.038 0.005 0.125 0.118 0.334 224 G 0.341 0.015 0.040 0.006 0.247 0.139 0.212 225 N 0.302 0.070 0.019 0.005 0.090 0.019 0.495 226 V 0.150 0.074 0.043 0.014 0.156 0.117 0.446 227 E 0.072 0.036 0.041 0.016 0.159 0.301 0.375 228 E 0.031 0.034 0.033 0.017 0.251 0.303 0.330 229 T 0.016 0.040 0.017 0.028 0.418 0.138 0.344 230 L 0.014 0.020 0.009 0.021 0.364 0.074 0.498 231 P 0.011 0.025 0.010 0.023 0.144 0.075 0.712 232 N 0.016 0.050 0.017 0.038 0.110 0.048 0.722 233 P 0.009 0.013 0.063 0.100 0.126 0.153 0.536 234 H 0.008 0.008 0.122 0.150 0.101 0.352 0.259 235 L 0.015 0.012 0.135 0.162 0.116 0.258 0.301 236 R 0.032 0.025 0.078 0.160 0.162 0.099 0.443 237 K 0.049 0.030 0.057 0.213 0.141 0.076 0.434 238 D 0.035 0.017 0.068 0.274 0.163 0.152 0.291 239 K 0.023 0.013 0.065 0.300 0.101 0.197 0.301 240 N 0.020 0.008 0.055 0.239 0.100 0.430 0.148 241 S 0.026 0.005 0.044 0.170 0.149 0.370 0.236 242 T 0.041 0.027 0.042 0.203 0.180 0.075 0.433 243 P 0.046 0.026 0.050 0.305 0.092 0.051 0.430 244 L 0.019 0.005 0.103 0.514 0.055 0.164 0.139 245 K 0.019 0.005 0.094 0.553 0.052 0.155 0.122 246 L 0.020 0.008 0.045 0.650 0.055 0.077 0.144 247 N 0.026 0.006 0.014 0.728 0.046 0.043 0.137 248 F 0.017 0.003 0.014 0.820 0.031 0.044 0.071 249 E 0.015 0.003 0.012 0.855 0.028 0.037 0.049 250 W 0.015 0.004 0.012 0.876 0.016 0.035 0.041 251 E 0.015 0.003 0.011 0.857 0.023 0.052 0.038 252 I 0.016 0.003 0.014 0.814 0.028 0.077 0.049 253 E 0.014 0.004 0.017 0.749 0.048 0.081 0.086 254 N 0.012 0.004 0.020 0.715 0.054 0.099 0.096 255 R 0.011 0.004 0.032 0.591 0.064 0.183 0.115 256 Y 0.010 0.005 0.042 0.466 0.092 0.236 0.148 257 K 0.013 0.010 0.042 0.464 0.121 0.151 0.199 258 H 0.011 0.009 0.040 0.445 0.133 0.137 0.225 259 N 0.010 0.006 0.037 0.440 0.109 0.151 0.248 260 E 0.008 0.007 0.039 0.502 0.089 0.093 0.262 261 V 0.008 0.005 0.049 0.633 0.072 0.098 0.135 262 T 0.009 0.003 0.054 0.643 0.063 0.116 0.111 263 K 0.008 0.006 0.049 0.660 0.061 0.093 0.123 264 A 0.010 0.006 0.036 0.638 0.058 0.114 0.136 265 E 0.011 0.005 0.038 0.512 0.061 0.230 0.143 266 P 0.014 0.008 0.050 0.430 0.074 0.219 0.205 267 I 0.023 0.012 0.060 0.377 0.107 0.091 0.329 268 P 0.032 0.011 0.071 0.380 0.095 0.098 0.313 269 I 0.019 0.010 0.067 0.441 0.101 0.083 0.280 270 A 0.013 0.007 0.055 0.456 0.097 0.085 0.288 271 D 0.006 0.002 0.069 0.534 0.073 0.162 0.154 272 E 0.006 0.003 0.082 0.543 0.052 0.174 0.141 273 D 0.007 0.005 0.061 0.548 0.063 0.117 0.198 274 L 0.012 0.005 0.029 0.556 0.066 0.067 0.265 275 V 0.017 0.006 0.036 0.581 0.046 0.062 0.252 276 K 0.015 0.010 0.061 0.637 0.044 0.061 0.172 277 I 0.016 0.008 0.095 0.641 0.033 0.078 0.129 278 E 0.013 0.004 0.123 0.585 0.041 0.160 0.075 279 N 0.010 0.002 0.102 0.480 0.048 0.271 0.085 280 L 0.009 0.007 0.100 0.344 0.117 0.217 0.207 281 H 0.013 0.008 0.161 0.233 0.118 0.225 0.243 282 E 0.016 0.004 0.178 0.151 0.138 0.378 0.135 283 D 0.025 0.008 0.140 0.128 0.190 0.340 0.170 284 Y 0.093 0.028 0.029 0.079 0.285 0.088 0.397 285 Y 0.108 0.020 0.017 0.030 0.144 0.038 0.643 286 P 0.206 0.034 0.039 0.035 0.117 0.083 0.486 287 G 0.322 0.011 0.108 0.061 0.103 0.108 0.287 288 W 0.493 0.012 0.089 0.069 0.072 0.065 0.201 289 Y 0.692 0.016 0.031 0.055 0.031 0.028 0.148 290 L 0.579 0.043 0.021 0.064 0.049 0.035 0.210 291 V 0.328 0.027 0.008 0.077 0.120 0.031 0.409 292 D 0.118 0.018 0.016 0.161 0.151 0.052 0.484 293 D 0.042 0.007 0.030 0.551 0.126 0.094 0.150 294 K 0.022 0.004 0.023 0.770 0.060 0.073 0.049 295 L 0.016 0.003 0.026 0.834 0.044 0.033 0.045 296 E 0.011 0.002 0.026 0.823 0.033 0.053 0.052 297 R 0.012 0.006 0.021 0.775 0.020 0.114 0.052 298 A 0.009 0.003 0.023 0.479 0.063 0.351 0.072 299 G 0.017 0.007 0.020 0.197 0.081 0.542 0.136 300 R 0.049 0.014 0.030 0.137 0.121 0.051 0.597 301 I 0.153 0.032 0.109 0.262 0.073 0.044 0.326 302 K 0.192 0.013 0.098 0.259 0.078 0.136 0.225 303 K 0.113 0.030 0.067 0.248 0.021 0.152 0.368 304 K 0.004 0.001 0.003 0.024 0.010 0.003 0.955