# TARGET T0395 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0395.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 268 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.444 0.137 0.096 0.118 0.106 0.072 0.026 2 R 0.328 0.206 0.153 0.122 0.097 0.069 0.024 3 L 0.198 0.158 0.155 0.172 0.137 0.128 0.052 4 G 0.232 0.168 0.148 0.175 0.134 0.103 0.041 5 D 0.229 0.196 0.166 0.153 0.119 0.095 0.042 6 A 0.112 0.076 0.086 0.142 0.165 0.238 0.181 7 A 0.097 0.071 0.090 0.163 0.206 0.242 0.131 8 E 0.139 0.234 0.230 0.191 0.110 0.072 0.024 9 L 0.047 0.071 0.102 0.188 0.271 0.238 0.082 10 C 0.042 0.075 0.084 0.150 0.241 0.310 0.098 11 Y 0.059 0.107 0.170 0.245 0.220 0.163 0.036 12 N 0.140 0.189 0.209 0.218 0.136 0.087 0.022 13 L 0.101 0.114 0.153 0.214 0.224 0.160 0.034 14 T 0.154 0.146 0.140 0.185 0.194 0.146 0.036 15 S 0.279 0.246 0.191 0.143 0.087 0.045 0.010 16 S 0.292 0.263 0.191 0.143 0.066 0.037 0.009 17 Y 0.147 0.133 0.135 0.182 0.205 0.156 0.043 18 L 0.125 0.138 0.157 0.204 0.198 0.144 0.033 19 Q 0.161 0.213 0.197 0.187 0.137 0.088 0.018 20 I 0.080 0.116 0.160 0.216 0.238 0.160 0.030 21 A 0.093 0.111 0.144 0.229 0.241 0.157 0.025 22 A 0.237 0.271 0.221 0.153 0.086 0.030 0.003 23 E 0.309 0.298 0.189 0.130 0.053 0.020 0.002 24 S 0.258 0.214 0.196 0.186 0.109 0.036 0.002 25 D 0.392 0.297 0.175 0.093 0.034 0.009 0.001 26 S 0.325 0.315 0.194 0.114 0.039 0.011 0.001 27 I 0.119 0.124 0.197 0.261 0.221 0.075 0.004 28 I 0.234 0.267 0.243 0.166 0.072 0.016 0.001 29 A 0.496 0.339 0.108 0.040 0.014 0.003 0.001 30 Q 0.252 0.235 0.214 0.194 0.083 0.021 0.001 31 T 0.222 0.232 0.228 0.191 0.099 0.026 0.001 32 Q 0.410 0.328 0.163 0.070 0.023 0.006 0.001 33 R 0.221 0.302 0.248 0.165 0.051 0.012 0.001 34 A 0.093 0.098 0.153 0.239 0.286 0.125 0.006 35 I 0.141 0.213 0.264 0.242 0.112 0.028 0.001 36 N 0.521 0.340 0.094 0.031 0.012 0.003 0.001 37 T 0.256 0.245 0.222 0.194 0.066 0.016 0.001 38 T 0.313 0.232 0.193 0.151 0.087 0.024 0.001 39 K 0.420 0.286 0.168 0.087 0.030 0.008 0.001 40 S 0.484 0.301 0.129 0.059 0.021 0.006 0.001 41 I 0.189 0.194 0.203 0.219 0.139 0.051 0.004 42 L 0.155 0.169 0.204 0.219 0.169 0.076 0.008 43 I 0.218 0.232 0.217 0.176 0.106 0.046 0.005 44 N 0.273 0.277 0.193 0.140 0.082 0.031 0.004 45 E 0.152 0.171 0.180 0.215 0.184 0.087 0.011 46 T 0.125 0.171 0.195 0.214 0.187 0.096 0.011 47 F 0.135 0.182 0.257 0.243 0.128 0.050 0.005 48 P 0.298 0.278 0.206 0.133 0.064 0.019 0.001 49 K 0.246 0.259 0.204 0.170 0.088 0.030 0.002 50 W 0.145 0.145 0.202 0.243 0.191 0.069 0.004 51 S 0.345 0.307 0.193 0.105 0.037 0.011 0.001 52 P 0.377 0.289 0.177 0.104 0.041 0.011 0.001 53 L 0.245 0.229 0.207 0.178 0.105 0.033 0.003 54 N 0.192 0.243 0.208 0.179 0.124 0.049 0.006 55 G 0.138 0.218 0.215 0.203 0.142 0.072 0.010 56 E 0.037 0.101 0.195 0.278 0.223 0.136 0.031 57 I 0.006 0.007 0.013 0.034 0.143 0.479 0.318 58 S 0.005 0.008 0.014 0.036 0.085 0.340 0.513 59 F 0.002 0.002 0.003 0.008 0.026 0.185 0.774 60 S 0.004 0.006 0.009 0.023 0.047 0.190 0.722 61 Y 0.005 0.008 0.011 0.026 0.080 0.282 0.588 62 N 0.015 0.033 0.046 0.096 0.151 0.285 0.375 63 G 0.022 0.042 0.057 0.106 0.169 0.303 0.301 64 G 0.026 0.044 0.059 0.111 0.197 0.286 0.278 65 K 0.027 0.051 0.077 0.115 0.206 0.280 0.244 66 D 0.020 0.039 0.062 0.105 0.170 0.271 0.334 67 C 0.005 0.007 0.012 0.032 0.087 0.304 0.552 68 Q 0.005 0.008 0.015 0.042 0.105 0.285 0.539 69 V 0.001 0.002 0.003 0.009 0.034 0.215 0.736 70 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.023 0.152 0.812 71 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.044 0.245 0.694 72 L 0.003 0.010 0.026 0.068 0.156 0.309 0.428 73 L 0.002 0.005 0.012 0.041 0.114 0.368 0.458 74 Y 0.003 0.008 0.014 0.047 0.122 0.404 0.401 75 L 0.011 0.039 0.096 0.188 0.302 0.284 0.081 76 S 0.033 0.157 0.274 0.279 0.154 0.087 0.016 77 C 0.018 0.044 0.095 0.237 0.337 0.240 0.030 78 L 0.033 0.070 0.116 0.237 0.332 0.191 0.022 79 W 0.073 0.172 0.251 0.234 0.187 0.075 0.008 80 E 0.160 0.336 0.244 0.164 0.064 0.028 0.005 81 Y 0.028 0.064 0.135 0.270 0.300 0.179 0.023 82 Y 0.022 0.074 0.151 0.260 0.263 0.201 0.029 83 I 0.014 0.019 0.034 0.077 0.180 0.444 0.231 84 V 0.007 0.012 0.018 0.046 0.133 0.415 0.369 85 K 0.028 0.068 0.139 0.231 0.208 0.197 0.127 86 L 0.017 0.036 0.060 0.116 0.226 0.357 0.188 87 S 0.051 0.106 0.147 0.187 0.230 0.212 0.067 88 Q 0.084 0.126 0.155 0.204 0.199 0.175 0.056 89 S 0.199 0.197 0.152 0.159 0.150 0.111 0.031 90 Q 0.157 0.178 0.192 0.180 0.147 0.116 0.031 91 F 0.113 0.133 0.149 0.180 0.198 0.171 0.055 92 D 0.167 0.176 0.150 0.163 0.167 0.137 0.039 93 G 0.211 0.221 0.203 0.165 0.111 0.068 0.020 94 K 0.132 0.179 0.176 0.194 0.167 0.114 0.037 95 F 0.058 0.066 0.074 0.132 0.247 0.324 0.099 96 H 0.051 0.111 0.175 0.249 0.229 0.162 0.022 97 R 0.153 0.317 0.257 0.161 0.075 0.033 0.004 98 F 0.038 0.056 0.112 0.254 0.309 0.205 0.026 99 P 0.094 0.163 0.210 0.239 0.204 0.085 0.006 100 L 0.309 0.333 0.203 0.105 0.038 0.011 0.001 101 T 0.446 0.340 0.134 0.060 0.017 0.004 0.001 102 K 0.185 0.248 0.218 0.206 0.107 0.034 0.002 103 L 0.077 0.123 0.223 0.289 0.206 0.076 0.005 104 P 0.255 0.346 0.205 0.120 0.055 0.018 0.001 105 T 0.164 0.272 0.254 0.198 0.082 0.028 0.003 106 V 0.040 0.064 0.097 0.193 0.342 0.235 0.027 107 F 0.049 0.157 0.228 0.272 0.182 0.102 0.011 108 I 0.053 0.073 0.131 0.232 0.274 0.203 0.034 109 D 0.129 0.258 0.257 0.195 0.110 0.045 0.006 110 H 0.082 0.115 0.149 0.231 0.264 0.144 0.016 111 D 0.220 0.326 0.236 0.129 0.066 0.020 0.002 112 D 0.218 0.317 0.233 0.160 0.054 0.016 0.001 113 T 0.076 0.117 0.183 0.245 0.260 0.111 0.008 114 F 0.080 0.148 0.257 0.292 0.176 0.046 0.002 115 K 0.433 0.399 0.118 0.037 0.011 0.002 0.001 116 T 0.272 0.361 0.206 0.123 0.031 0.006 0.001 117 L 0.060 0.081 0.197 0.345 0.249 0.068 0.002 118 E 0.408 0.404 0.137 0.040 0.009 0.001 0.001 119 N 0.352 0.463 0.132 0.044 0.009 0.001 0.001 120 F 0.037 0.073 0.139 0.321 0.338 0.089 0.003 121 I 0.050 0.140 0.264 0.344 0.160 0.041 0.001 122 E 0.371 0.398 0.156 0.055 0.016 0.003 0.001 123 E 0.220 0.312 0.244 0.163 0.050 0.009 0.001 124 T 0.071 0.116 0.165 0.269 0.277 0.096 0.005 125 S 0.099 0.180 0.265 0.241 0.152 0.059 0.004 126 L 0.206 0.277 0.254 0.168 0.068 0.024 0.002 127 R 0.275 0.281 0.211 0.143 0.065 0.022 0.002 128 Y 0.125 0.150 0.208 0.254 0.179 0.075 0.009 129 S 0.197 0.258 0.198 0.167 0.113 0.060 0.008 130 L 0.098 0.119 0.166 0.241 0.232 0.128 0.017 131 S 0.186 0.303 0.205 0.158 0.100 0.043 0.005 132 L 0.079 0.122 0.165 0.229 0.248 0.143 0.014 133 Y 0.103 0.161 0.206 0.240 0.195 0.088 0.008 134 E 0.188 0.233 0.236 0.192 0.108 0.040 0.003 135 S 0.316 0.251 0.195 0.146 0.069 0.021 0.002 136 D 0.459 0.269 0.148 0.081 0.032 0.009 0.001 137 R 0.491 0.247 0.137 0.084 0.031 0.010 0.001 138 D 0.475 0.254 0.146 0.081 0.032 0.010 0.001 139 K 0.377 0.267 0.180 0.115 0.044 0.016 0.002 140 C 0.258 0.248 0.200 0.161 0.091 0.038 0.004 141 E 0.149 0.200 0.211 0.214 0.144 0.074 0.009 142 T 0.100 0.125 0.162 0.211 0.215 0.160 0.028 143 M 0.072 0.135 0.187 0.222 0.213 0.149 0.024 144 A 0.102 0.185 0.218 0.222 0.172 0.087 0.013 145 E 0.106 0.181 0.200 0.215 0.195 0.091 0.013 146 A 0.056 0.150 0.204 0.245 0.202 0.124 0.018 147 F 0.033 0.053 0.102 0.215 0.308 0.255 0.033 148 E 0.168 0.310 0.249 0.154 0.087 0.029 0.002 149 T 0.143 0.277 0.249 0.210 0.090 0.027 0.003 150 F 0.021 0.041 0.082 0.161 0.359 0.308 0.026 151 L 0.057 0.190 0.314 0.292 0.121 0.025 0.001 152 Q 0.289 0.477 0.156 0.057 0.017 0.004 0.001 153 V 0.028 0.105 0.258 0.394 0.175 0.040 0.001 154 F 0.030 0.055 0.163 0.338 0.337 0.076 0.002 155 P 0.414 0.470 0.088 0.020 0.007 0.001 0.001 156 E 0.302 0.472 0.147 0.062 0.014 0.003 0.001 157 T 0.011 0.044 0.136 0.330 0.359 0.115 0.006 158 K 0.008 0.070 0.271 0.416 0.165 0.066 0.004 159 A 0.002 0.004 0.010 0.027 0.162 0.562 0.232 160 I 0.001 0.004 0.011 0.036 0.107 0.388 0.454 161 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.027 0.216 0.747 162 I 0.001 0.002 0.005 0.012 0.046 0.217 0.718 163 G 0.001 0.002 0.005 0.010 0.051 0.272 0.659 164 I 0.003 0.009 0.016 0.041 0.122 0.371 0.437 165 R 0.016 0.052 0.093 0.155 0.270 0.302 0.112 166 H 0.036 0.083 0.143 0.235 0.271 0.200 0.033 167 T 0.179 0.209 0.183 0.165 0.164 0.091 0.010 168 D 0.339 0.267 0.162 0.130 0.071 0.029 0.003 169 P 0.549 0.238 0.103 0.061 0.035 0.013 0.001 170 F 0.355 0.222 0.193 0.149 0.058 0.022 0.002 171 G 0.509 0.242 0.124 0.074 0.038 0.012 0.001 172 E 0.472 0.268 0.133 0.081 0.034 0.010 0.001 173 H 0.407 0.263 0.156 0.100 0.055 0.018 0.002 174 L 0.244 0.216 0.211 0.193 0.101 0.033 0.003 175 K 0.388 0.300 0.166 0.089 0.044 0.012 0.001 176 P 0.239 0.274 0.215 0.171 0.075 0.024 0.002 177 I 0.114 0.123 0.183 0.244 0.236 0.094 0.005 178 Q 0.194 0.241 0.258 0.186 0.091 0.029 0.001 179 K 0.354 0.299 0.206 0.099 0.033 0.009 0.001 180 T 0.316 0.243 0.182 0.168 0.071 0.019 0.001 181 D 0.348 0.252 0.203 0.126 0.056 0.014 0.001 182 A 0.620 0.252 0.085 0.033 0.008 0.001 0.001 183 N 0.607 0.319 0.052 0.015 0.005 0.001 0.001 184 W 0.098 0.130 0.213 0.322 0.182 0.052 0.004 185 P 0.165 0.275 0.277 0.183 0.078 0.022 0.001 186 D 0.241 0.381 0.204 0.115 0.044 0.014 0.001 187 F 0.021 0.048 0.106 0.240 0.329 0.220 0.035 188 Y 0.011 0.023 0.039 0.095 0.253 0.452 0.126 189 R 0.016 0.055 0.136 0.215 0.197 0.239 0.142 190 L 0.004 0.006 0.012 0.031 0.113 0.370 0.465 191 Q 0.006 0.012 0.025 0.047 0.125 0.334 0.450 192 P 0.004 0.009 0.014 0.032 0.087 0.293 0.562 193 L 0.008 0.013 0.023 0.054 0.104 0.288 0.509 194 L 0.008 0.017 0.029 0.065 0.162 0.399 0.321 195 H 0.030 0.080 0.127 0.184 0.223 0.227 0.129 196 W 0.023 0.042 0.074 0.152 0.268 0.314 0.127 197 N 0.059 0.138 0.159 0.196 0.213 0.174 0.061 198 L 0.031 0.074 0.142 0.200 0.248 0.246 0.059 199 A 0.069 0.167 0.265 0.271 0.145 0.071 0.013 200 N 0.053 0.152 0.240 0.236 0.211 0.088 0.020 201 I 0.006 0.011 0.013 0.045 0.178 0.492 0.255 202 W 0.007 0.036 0.097 0.251 0.305 0.270 0.033 203 S 0.038 0.147 0.230 0.285 0.150 0.126 0.023 204 F 0.009 0.020 0.073 0.173 0.347 0.307 0.070 205 L 0.006 0.010 0.015 0.041 0.142 0.531 0.254 206 L 0.030 0.100 0.232 0.293 0.227 0.100 0.019 207 Y 0.121 0.267 0.253 0.230 0.088 0.037 0.005 208 S 0.173 0.205 0.198 0.188 0.169 0.062 0.004 209 N 0.266 0.325 0.177 0.125 0.068 0.035 0.004 210 E 0.089 0.129 0.221 0.257 0.214 0.082 0.009 211 P 0.131 0.257 0.267 0.203 0.098 0.038 0.006 212 I 0.035 0.062 0.086 0.146 0.257 0.332 0.081 213 C 0.027 0.060 0.121 0.232 0.297 0.225 0.037 214 E 0.104 0.256 0.244 0.218 0.121 0.051 0.007 215 L 0.022 0.046 0.096 0.186 0.314 0.269 0.069 216 Y 0.023 0.051 0.080 0.172 0.285 0.303 0.085 217 R 0.096 0.227 0.272 0.226 0.115 0.054 0.010 218 Y 0.068 0.146 0.257 0.291 0.144 0.079 0.015 219 G 0.088 0.110 0.119 0.194 0.223 0.207 0.060 220 F 0.041 0.038 0.057 0.133 0.237 0.334 0.161 221 T 0.088 0.156 0.184 0.208 0.153 0.140 0.070 222 S 0.084 0.077 0.088 0.136 0.205 0.246 0.164 223 L 0.046 0.055 0.053 0.098 0.146 0.304 0.299 224 G 0.052 0.058 0.070 0.123 0.222 0.269 0.206 225 N 0.056 0.092 0.076 0.122 0.165 0.252 0.236 226 V 0.073 0.104 0.138 0.169 0.201 0.192 0.123 227 E 0.123 0.151 0.172 0.208 0.137 0.130 0.079 228 E 0.089 0.087 0.103 0.147 0.214 0.248 0.112 229 T 0.099 0.081 0.077 0.128 0.181 0.282 0.153 230 L 0.104 0.116 0.135 0.207 0.200 0.177 0.062 231 P 0.163 0.228 0.205 0.197 0.123 0.071 0.013 232 N 0.226 0.224 0.220 0.185 0.101 0.039 0.005 233 P 0.553 0.284 0.093 0.044 0.019 0.006 0.001 234 H 0.312 0.287 0.201 0.131 0.052 0.017 0.001 235 L 0.147 0.129 0.193 0.255 0.205 0.068 0.003 236 R 0.285 0.305 0.236 0.124 0.042 0.009 0.001 237 K 0.587 0.269 0.093 0.039 0.011 0.002 0.001 238 D 0.677 0.223 0.064 0.026 0.008 0.001 0.001 239 K 0.618 0.229 0.092 0.046 0.013 0.002 0.001 240 N 0.661 0.257 0.057 0.018 0.006 0.001 0.001 241 S 0.421 0.304 0.156 0.086 0.027 0.006 0.001 242 T 0.230 0.244 0.246 0.177 0.080 0.022 0.001 243 P 0.219 0.253 0.256 0.175 0.070 0.024 0.002 244 L 0.145 0.159 0.198 0.223 0.189 0.079 0.007 245 K 0.149 0.254 0.242 0.198 0.107 0.046 0.005 246 L 0.063 0.083 0.128 0.231 0.288 0.187 0.019 247 N 0.144 0.270 0.263 0.187 0.095 0.039 0.003 248 F 0.131 0.162 0.194 0.246 0.186 0.075 0.006 249 E 0.357 0.320 0.148 0.097 0.057 0.020 0.002 250 W 0.179 0.196 0.239 0.236 0.111 0.036 0.002 251 E 0.430 0.304 0.162 0.071 0.025 0.007 0.001 252 I 0.228 0.240 0.201 0.187 0.109 0.032 0.002 253 E 0.224 0.223 0.193 0.184 0.130 0.043 0.003 254 N 0.212 0.249 0.235 0.182 0.092 0.029 0.001 255 R 0.403 0.324 0.166 0.074 0.026 0.007 0.001 256 Y 0.197 0.163 0.238 0.241 0.129 0.030 0.001 257 K 0.414 0.315 0.153 0.078 0.032 0.008 0.001 258 H 0.262 0.215 0.228 0.189 0.084 0.021 0.001 259 N 0.527 0.285 0.114 0.052 0.019 0.003 0.001 260 E 0.588 0.302 0.072 0.028 0.008 0.002 0.001 261 V 0.428 0.243 0.173 0.111 0.038 0.006 0.001 262 T 0.499 0.275 0.142 0.061 0.019 0.003 0.001 263 K 0.477 0.285 0.143 0.069 0.021 0.005 0.001 264 A 0.307 0.265 0.219 0.144 0.051 0.012 0.001 265 E 0.231 0.295 0.228 0.164 0.061 0.020 0.001 266 P 0.127 0.176 0.203 0.234 0.176 0.077 0.006 267 I 0.089 0.105 0.150 0.220 0.266 0.158 0.013 268 P 0.144 0.255 0.256 0.192 0.109 0.041 0.003 269 I 0.161 0.217 0.242 0.220 0.120 0.038 0.002 270 A 0.313 0.275 0.192 0.137 0.066 0.018 0.001 271 D 0.476 0.267 0.141 0.078 0.030 0.008 0.001 272 E 0.604 0.246 0.093 0.041 0.013 0.003 0.001 273 D 0.500 0.317 0.110 0.052 0.017 0.004 0.001 274 L 0.214 0.236 0.256 0.195 0.080 0.019 0.001 275 V 0.347 0.282 0.206 0.115 0.042 0.008 0.001 276 K 0.333 0.336 0.194 0.098 0.032 0.007 0.001 277 I 0.135 0.135 0.230 0.291 0.169 0.039 0.001 278 E 0.500 0.354 0.096 0.034 0.014 0.002 0.001 279 N 0.497 0.368 0.092 0.033 0.008 0.002 0.001 280 L 0.119 0.115 0.228 0.310 0.185 0.040 0.002 281 H 0.396 0.326 0.168 0.079 0.024 0.005 0.001 282 E 0.565 0.275 0.098 0.044 0.014 0.003 0.001 283 D 0.323 0.313 0.193 0.117 0.041 0.012 0.001 284 Y 0.099 0.100 0.138 0.222 0.267 0.154 0.019 285 Y 0.115 0.154 0.196 0.211 0.185 0.114 0.024 286 P 0.104 0.147 0.188 0.202 0.162 0.146 0.051 287 G 0.094 0.106 0.124 0.179 0.204 0.197 0.097 288 W 0.042 0.058 0.071 0.099 0.216 0.339 0.175 289 Y 0.058 0.091 0.124 0.181 0.196 0.226 0.125 290 L 0.045 0.046 0.069 0.137 0.179 0.315 0.209 291 V 0.066 0.083 0.122 0.217 0.222 0.216 0.074 292 D 0.237 0.240 0.190 0.153 0.109 0.058 0.013 293 D 0.295 0.283 0.179 0.138 0.064 0.035 0.007 294 K 0.256 0.242 0.185 0.152 0.100 0.055 0.011 295 L 0.129 0.117 0.154 0.211 0.205 0.148 0.036 296 E 0.181 0.164 0.155 0.168 0.168 0.124 0.040 297 R 0.140 0.128 0.140 0.163 0.175 0.188 0.066 298 A 0.244 0.133 0.112 0.140 0.143 0.156 0.072 299 G 0.408 0.191 0.104 0.100 0.086 0.078 0.034 300 R 0.287 0.172 0.142 0.147 0.115 0.101 0.036 301 I 0.236 0.156 0.147 0.168 0.161 0.107 0.025 302 K 0.503 0.269 0.108 0.061 0.036 0.019 0.003 303 K 0.573 0.204 0.100 0.067 0.035 0.017 0.004 304 K 0.672 0.160 0.078 0.051 0.025 0.012 0.003