# TARGET T0395 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0395.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3830 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.487 0.204 0.147 0.100 0.049 0.013 0.001 2 R 0.471 0.315 0.134 0.056 0.017 0.005 0.001 3 L 0.158 0.134 0.189 0.248 0.192 0.074 0.006 4 G 0.358 0.311 0.193 0.098 0.033 0.008 0.001 5 D 0.417 0.358 0.140 0.062 0.018 0.005 0.001 6 A 0.111 0.149 0.193 0.267 0.193 0.078 0.008 7 A 0.070 0.106 0.168 0.273 0.263 0.112 0.007 8 E 0.290 0.413 0.186 0.072 0.028 0.010 0.001 9 L 0.074 0.143 0.233 0.317 0.170 0.058 0.006 10 C 0.065 0.081 0.127 0.197 0.295 0.213 0.023 11 Y 0.121 0.213 0.285 0.238 0.109 0.031 0.003 12 N 0.439 0.375 0.122 0.043 0.016 0.004 0.001 13 L 0.091 0.143 0.206 0.284 0.210 0.062 0.005 14 T 0.140 0.223 0.219 0.208 0.143 0.063 0.006 15 S 0.140 0.225 0.280 0.214 0.098 0.039 0.004 16 S 0.215 0.341 0.224 0.146 0.055 0.017 0.002 17 Y 0.029 0.082 0.164 0.278 0.274 0.155 0.018 18 L 0.016 0.036 0.066 0.149 0.362 0.329 0.042 19 Q 0.051 0.247 0.298 0.264 0.107 0.031 0.003 20 I 0.015 0.038 0.079 0.204 0.394 0.247 0.023 21 A 0.050 0.198 0.271 0.259 0.172 0.048 0.002 22 A 0.103 0.221 0.263 0.239 0.140 0.032 0.001 23 E 0.234 0.344 0.240 0.130 0.042 0.009 0.001 24 S 0.253 0.215 0.223 0.195 0.088 0.024 0.002 25 D 0.421 0.256 0.184 0.100 0.031 0.008 0.001 26 S 0.488 0.306 0.136 0.054 0.012 0.003 0.001 27 I 0.165 0.169 0.206 0.234 0.163 0.057 0.004 28 I 0.131 0.232 0.240 0.210 0.128 0.055 0.004 29 A 0.109 0.155 0.230 0.256 0.175 0.068 0.007 30 Q 0.213 0.341 0.235 0.125 0.064 0.019 0.002 31 T 0.091 0.158 0.189 0.261 0.207 0.083 0.011 32 Q 0.115 0.250 0.275 0.210 0.107 0.039 0.004 33 R 0.074 0.208 0.254 0.294 0.116 0.049 0.005 34 A 0.020 0.056 0.116 0.246 0.305 0.234 0.024 35 I 0.021 0.037 0.065 0.146 0.281 0.390 0.060 36 N 0.084 0.256 0.306 0.219 0.091 0.039 0.006 37 T 0.036 0.083 0.145 0.270 0.290 0.156 0.021 38 T 0.063 0.168 0.239 0.259 0.185 0.079 0.008 39 K 0.148 0.283 0.232 0.184 0.105 0.044 0.005 40 S 0.148 0.373 0.255 0.136 0.062 0.023 0.003 41 I 0.017 0.046 0.103 0.253 0.372 0.188 0.021 42 L 0.014 0.085 0.216 0.319 0.225 0.126 0.015 43 I 0.010 0.025 0.043 0.112 0.274 0.455 0.082 44 N 0.027 0.150 0.274 0.312 0.179 0.055 0.003 45 E 0.055 0.217 0.247 0.280 0.151 0.047 0.004 46 T 0.007 0.030 0.092 0.213 0.401 0.242 0.015 47 F 0.018 0.073 0.184 0.353 0.292 0.078 0.002 48 P 0.303 0.484 0.141 0.047 0.022 0.004 0.001 49 K 0.194 0.362 0.246 0.155 0.037 0.006 0.001 50 W 0.094 0.132 0.309 0.285 0.159 0.022 0.001 51 S 0.462 0.368 0.129 0.035 0.006 0.001 0.001 52 P 0.535 0.274 0.133 0.047 0.009 0.001 0.001 53 L 0.355 0.264 0.226 0.119 0.032 0.003 0.001 54 N 0.494 0.406 0.070 0.021 0.007 0.001 0.001 55 G 0.166 0.302 0.197 0.181 0.126 0.028 0.001 56 E 0.018 0.103 0.249 0.331 0.214 0.079 0.005 57 I 0.001 0.005 0.019 0.053 0.220 0.549 0.153 58 S 0.001 0.001 0.005 0.016 0.063 0.322 0.593 59 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.117 0.875 60 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.086 0.900 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.142 0.840 62 N 0.001 0.004 0.007 0.022 0.074 0.292 0.601 63 G 0.004 0.014 0.022 0.057 0.139 0.364 0.400 64 G 0.009 0.028 0.052 0.106 0.228 0.342 0.235 65 K 0.014 0.041 0.074 0.119 0.240 0.317 0.195 66 D 0.011 0.024 0.039 0.068 0.174 0.322 0.362 67 C 0.003 0.004 0.008 0.025 0.065 0.284 0.611 68 Q 0.005 0.008 0.020 0.055 0.123 0.284 0.505 69 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.043 0.228 0.717 70 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.130 0.851 71 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.038 0.232 0.717 72 L 0.002 0.012 0.042 0.101 0.216 0.321 0.306 73 L 0.001 0.004 0.013 0.047 0.168 0.452 0.314 74 Y 0.001 0.005 0.009 0.036 0.131 0.490 0.327 75 L 0.009 0.050 0.137 0.273 0.303 0.191 0.037 76 S 0.056 0.207 0.285 0.255 0.130 0.060 0.007 77 C 0.033 0.076 0.152 0.282 0.289 0.154 0.013 78 L 0.104 0.147 0.168 0.239 0.225 0.108 0.009 79 W 0.219 0.233 0.237 0.176 0.094 0.037 0.003 80 E 0.389 0.292 0.168 0.105 0.033 0.012 0.001 81 Y 0.240 0.176 0.193 0.189 0.139 0.057 0.006 82 Y 0.299 0.233 0.172 0.158 0.091 0.042 0.005 83 I 0.322 0.229 0.172 0.136 0.091 0.045 0.005 84 V 0.395 0.262 0.161 0.109 0.051 0.020 0.003 85 K 0.438 0.260 0.142 0.087 0.050 0.020 0.003 86 L 0.291 0.195 0.185 0.176 0.103 0.044 0.007 87 S 0.402 0.228 0.150 0.118 0.066 0.032 0.004 88 Q 0.360 0.243 0.177 0.121 0.064 0.031 0.004 89 S 0.325 0.231 0.162 0.147 0.090 0.041 0.004 90 Q 0.261 0.231 0.184 0.162 0.099 0.056 0.006 91 F 0.259 0.183 0.222 0.194 0.092 0.046 0.006 92 D 0.563 0.213 0.118 0.065 0.027 0.012 0.002 93 G 0.477 0.206 0.131 0.104 0.055 0.023 0.004 94 K 0.419 0.256 0.128 0.098 0.063 0.032 0.004 95 F 0.264 0.242 0.187 0.156 0.089 0.055 0.007 96 H 0.256 0.221 0.183 0.167 0.104 0.061 0.008 97 R 0.238 0.205 0.222 0.173 0.099 0.054 0.008 98 F 0.207 0.165 0.197 0.201 0.145 0.073 0.012 99 P 0.361 0.298 0.141 0.095 0.065 0.034 0.006 100 L 0.109 0.152 0.206 0.245 0.166 0.103 0.019 101 T 0.136 0.226 0.196 0.178 0.156 0.091 0.017 102 K 0.018 0.067 0.135 0.221 0.274 0.220 0.065 103 L 0.003 0.006 0.015 0.051 0.215 0.480 0.230 104 P 0.002 0.011 0.034 0.086 0.213 0.446 0.208 105 T 0.001 0.001 0.004 0.011 0.052 0.328 0.602 106 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.216 0.755 107 F 0.001 0.001 0.003 0.007 0.035 0.243 0.711 108 I 0.002 0.009 0.026 0.084 0.208 0.339 0.331 109 D 0.011 0.051 0.098 0.186 0.250 0.315 0.089 110 H 0.029 0.069 0.142 0.226 0.312 0.201 0.022 111 D 0.315 0.365 0.186 0.085 0.034 0.014 0.002 112 D 0.243 0.248 0.237 0.180 0.068 0.022 0.002 113 T 0.307 0.266 0.198 0.140 0.062 0.024 0.002 114 F 0.131 0.146 0.216 0.259 0.183 0.062 0.003 115 K 0.534 0.336 0.090 0.028 0.010 0.002 0.001 116 T 0.378 0.378 0.145 0.068 0.025 0.005 0.001 117 L 0.115 0.182 0.229 0.266 0.163 0.043 0.003 118 E 0.064 0.184 0.312 0.294 0.117 0.028 0.001 119 N 0.344 0.450 0.137 0.052 0.015 0.003 0.001 120 F 0.020 0.073 0.207 0.369 0.245 0.082 0.004 121 I 0.027 0.050 0.095 0.216 0.376 0.223 0.013 122 E 0.125 0.371 0.302 0.150 0.044 0.008 0.001 123 E 0.193 0.409 0.232 0.126 0.033 0.006 0.001 124 T 0.019 0.060 0.141 0.304 0.338 0.133 0.005 125 S 0.041 0.101 0.239 0.353 0.208 0.056 0.002 126 L 0.284 0.420 0.196 0.071 0.023 0.006 0.001 127 R 0.249 0.357 0.228 0.123 0.034 0.008 0.001 128 Y 0.047 0.075 0.171 0.326 0.283 0.091 0.006 129 S 0.174 0.394 0.249 0.121 0.045 0.016 0.001 130 L 0.055 0.072 0.134 0.270 0.288 0.161 0.020 131 S 0.121 0.321 0.258 0.190 0.083 0.024 0.002 132 L 0.045 0.065 0.097 0.196 0.282 0.282 0.035 133 Y 0.068 0.172 0.224 0.262 0.197 0.071 0.005 134 E 0.120 0.214 0.245 0.215 0.143 0.059 0.004 135 S 0.199 0.227 0.223 0.205 0.114 0.030 0.002 136 D 0.505 0.303 0.117 0.050 0.020 0.005 0.001 137 R 0.396 0.214 0.201 0.132 0.046 0.010 0.001 138 D 0.677 0.255 0.049 0.014 0.004 0.001 0.001 139 K 0.319 0.232 0.183 0.171 0.069 0.023 0.002 140 C 0.286 0.251 0.210 0.140 0.085 0.026 0.002 141 E 0.362 0.334 0.180 0.087 0.029 0.008 0.001 142 T 0.104 0.164 0.236 0.231 0.203 0.057 0.006 143 M 0.065 0.156 0.195 0.245 0.211 0.115 0.015 144 A 0.022 0.062 0.158 0.260 0.289 0.191 0.018 145 E 0.103 0.289 0.304 0.204 0.073 0.024 0.002 146 A 0.012 0.040 0.134 0.248 0.350 0.184 0.032 147 F 0.002 0.008 0.011 0.032 0.190 0.579 0.178 148 E 0.009 0.098 0.296 0.378 0.164 0.052 0.003 149 T 0.040 0.245 0.305 0.295 0.088 0.025 0.002 150 F 0.002 0.015 0.070 0.211 0.428 0.265 0.008 151 L 0.009 0.026 0.078 0.233 0.428 0.218 0.008 152 Q 0.230 0.551 0.166 0.039 0.012 0.002 0.001 153 V 0.189 0.418 0.219 0.140 0.030 0.005 0.001 154 F 0.061 0.115 0.292 0.353 0.155 0.024 0.001 155 P 0.323 0.376 0.199 0.074 0.025 0.003 0.001 156 E 0.385 0.450 0.107 0.040 0.015 0.002 0.001 157 T 0.015 0.073 0.175 0.354 0.301 0.077 0.004 158 K 0.009 0.078 0.231 0.373 0.216 0.089 0.004 159 A 0.002 0.015 0.064 0.146 0.325 0.391 0.057 160 I 0.001 0.001 0.003 0.010 0.060 0.415 0.511 161 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.201 0.770 162 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.029 0.158 0.802 163 G 0.001 0.002 0.004 0.010 0.049 0.244 0.691 164 I 0.001 0.004 0.007 0.017 0.071 0.370 0.531 165 R 0.012 0.044 0.086 0.141 0.243 0.307 0.167 166 H 0.031 0.078 0.129 0.211 0.244 0.240 0.067 167 T 0.149 0.178 0.162 0.170 0.189 0.128 0.024 168 D 0.232 0.233 0.182 0.159 0.112 0.069 0.013 169 P 0.253 0.199 0.165 0.159 0.134 0.075 0.014 170 F 0.243 0.196 0.181 0.180 0.122 0.067 0.011 171 G 0.368 0.257 0.161 0.113 0.067 0.031 0.005 172 E 0.337 0.264 0.173 0.125 0.066 0.030 0.005 173 H 0.202 0.167 0.172 0.197 0.164 0.085 0.013 174 L 0.197 0.202 0.220 0.202 0.120 0.053 0.007 175 K 0.352 0.272 0.175 0.116 0.060 0.023 0.003 176 P 0.265 0.253 0.191 0.163 0.089 0.035 0.004 177 I 0.146 0.140 0.176 0.238 0.204 0.088 0.008 178 Q 0.266 0.272 0.217 0.139 0.076 0.029 0.002 179 K 0.286 0.271 0.220 0.143 0.057 0.021 0.002 180 T 0.238 0.176 0.189 0.210 0.136 0.048 0.003 181 D 0.412 0.247 0.186 0.104 0.038 0.011 0.001 182 A 0.604 0.247 0.094 0.039 0.012 0.003 0.001 183 N 0.524 0.261 0.111 0.068 0.028 0.008 0.001 184 W 0.307 0.219 0.202 0.175 0.072 0.023 0.002 185 P 0.553 0.279 0.102 0.043 0.017 0.005 0.001 186 D 0.406 0.336 0.149 0.072 0.028 0.008 0.001 187 F 0.071 0.108 0.184 0.275 0.248 0.102 0.012 188 Y 0.059 0.150 0.205 0.241 0.210 0.120 0.014 189 R 0.035 0.098 0.174 0.226 0.214 0.200 0.053 190 L 0.010 0.017 0.038 0.102 0.245 0.434 0.154 191 Q 0.022 0.069 0.143 0.201 0.246 0.236 0.082 192 P 0.007 0.019 0.037 0.080 0.190 0.394 0.274 193 L 0.007 0.018 0.039 0.089 0.197 0.409 0.239 194 L 0.016 0.065 0.143 0.227 0.267 0.232 0.050 195 H 0.049 0.198 0.268 0.232 0.161 0.077 0.014 196 W 0.012 0.028 0.067 0.204 0.365 0.284 0.040 197 N 0.056 0.163 0.205 0.226 0.225 0.112 0.012 198 L 0.055 0.163 0.263 0.266 0.155 0.089 0.010 199 A 0.179 0.305 0.259 0.174 0.064 0.018 0.001 200 N 0.052 0.186 0.278 0.264 0.168 0.046 0.006 201 I 0.004 0.011 0.017 0.058 0.270 0.499 0.142 202 W 0.005 0.039 0.124 0.328 0.299 0.192 0.014 203 S 0.028 0.149 0.233 0.288 0.172 0.116 0.014 204 F 0.005 0.020 0.090 0.231 0.383 0.236 0.034 205 L 0.004 0.009 0.015 0.040 0.169 0.569 0.194 206 L 0.034 0.146 0.303 0.294 0.160 0.055 0.008 207 Y 0.145 0.284 0.243 0.214 0.079 0.031 0.004 208 S 0.163 0.190 0.222 0.218 0.155 0.049 0.003 209 N 0.405 0.326 0.138 0.077 0.036 0.016 0.002 210 E 0.129 0.141 0.217 0.255 0.188 0.063 0.007 211 P 0.301 0.349 0.185 0.103 0.043 0.017 0.002 212 I 0.100 0.123 0.144 0.215 0.220 0.168 0.031 213 C 0.113 0.142 0.177 0.223 0.194 0.125 0.025 214 E 0.169 0.221 0.204 0.184 0.130 0.076 0.017 215 L 0.085 0.119 0.151 0.195 0.222 0.165 0.063 216 Y 0.071 0.100 0.120 0.182 0.232 0.214 0.081 217 R 0.114 0.166 0.176 0.195 0.155 0.140 0.055 218 Y 0.088 0.098 0.139 0.199 0.187 0.194 0.095 219 G 0.091 0.089 0.083 0.130 0.181 0.266 0.159 220 F 0.078 0.066 0.074 0.124 0.181 0.274 0.203 221 T 0.131 0.148 0.120 0.157 0.152 0.173 0.118 222 S 0.147 0.148 0.131 0.146 0.156 0.171 0.102 223 L 0.110 0.103 0.103 0.153 0.164 0.215 0.152 224 G 0.139 0.137 0.131 0.155 0.172 0.167 0.100 225 N 0.127 0.142 0.125 0.151 0.163 0.174 0.118 226 V 0.112 0.123 0.139 0.173 0.194 0.174 0.086 227 E 0.176 0.195 0.163 0.174 0.135 0.111 0.046 228 E 0.091 0.109 0.126 0.173 0.213 0.214 0.074 229 T 0.090 0.106 0.116 0.181 0.227 0.210 0.071 230 L 0.092 0.124 0.164 0.213 0.216 0.154 0.036 231 P 0.176 0.213 0.210 0.192 0.126 0.070 0.014 232 N 0.274 0.237 0.193 0.160 0.089 0.040 0.007 233 P 0.357 0.267 0.162 0.120 0.062 0.027 0.004 234 H 0.204 0.206 0.198 0.196 0.129 0.060 0.007 235 L 0.125 0.148 0.201 0.228 0.198 0.092 0.008 236 R 0.159 0.223 0.256 0.206 0.111 0.042 0.003 237 K 0.205 0.226 0.238 0.200 0.101 0.029 0.002 238 D 0.410 0.268 0.164 0.103 0.044 0.011 0.001 239 K 0.570 0.253 0.106 0.049 0.018 0.004 0.001 240 N 0.583 0.261 0.094 0.045 0.013 0.004 0.001 241 S 0.235 0.206 0.264 0.204 0.070 0.020 0.001 242 T 0.340 0.270 0.204 0.128 0.046 0.012 0.001 243 P 0.397 0.349 0.145 0.068 0.031 0.009 0.001 244 L 0.100 0.133 0.177 0.271 0.226 0.087 0.006 245 K 0.120 0.234 0.276 0.221 0.109 0.038 0.002 246 L 0.178 0.268 0.277 0.186 0.069 0.020 0.001 247 N 0.214 0.307 0.246 0.150 0.066 0.017 0.001 248 F 0.055 0.075 0.145 0.299 0.300 0.119 0.008 249 E 0.251 0.374 0.201 0.112 0.047 0.015 0.001 250 W 0.234 0.320 0.227 0.153 0.050 0.015 0.001 251 E 0.108 0.220 0.252 0.253 0.127 0.037 0.003 252 I 0.039 0.076 0.132 0.250 0.323 0.169 0.011 253 E 0.141 0.281 0.274 0.194 0.081 0.026 0.002 254 N 0.206 0.295 0.232 0.174 0.071 0.021 0.002 255 R 0.065 0.145 0.224 0.296 0.200 0.066 0.004 256 Y 0.060 0.108 0.195 0.269 0.255 0.106 0.006 257 K 0.264 0.365 0.190 0.111 0.051 0.018 0.001 258 H 0.178 0.207 0.233 0.234 0.108 0.036 0.003 259 N 0.267 0.237 0.225 0.166 0.081 0.023 0.001 260 E 0.415 0.350 0.141 0.063 0.023 0.007 0.001 261 V 0.131 0.132 0.208 0.277 0.182 0.065 0.005 262 T 0.227 0.240 0.241 0.184 0.078 0.028 0.002 263 K 0.454 0.302 0.137 0.069 0.027 0.009 0.001 264 A 0.372 0.278 0.160 0.117 0.053 0.017 0.002 265 E 0.159 0.179 0.185 0.224 0.169 0.075 0.008 266 P 0.139 0.220 0.207 0.209 0.135 0.080 0.010 267 I 0.107 0.137 0.187 0.228 0.205 0.122 0.014 268 P 0.142 0.247 0.246 0.193 0.116 0.051 0.005 269 I 0.084 0.137 0.212 0.252 0.205 0.098 0.012 270 A 0.123 0.154 0.190 0.229 0.204 0.090 0.009 271 D 0.317 0.316 0.193 0.114 0.045 0.014 0.001 272 E 0.470 0.302 0.133 0.066 0.023 0.006 0.001 273 D 0.239 0.327 0.210 0.154 0.054 0.015 0.001 274 L 0.076 0.105 0.198 0.299 0.240 0.078 0.003 275 V 0.282 0.343 0.225 0.110 0.033 0.007 0.001 276 K 0.438 0.360 0.136 0.050 0.013 0.003 0.001 277 I 0.116 0.106 0.220 0.342 0.178 0.037 0.001 278 E 0.597 0.302 0.070 0.022 0.008 0.001 0.001 279 N 0.648 0.274 0.057 0.017 0.004 0.001 0.001 280 L 0.322 0.216 0.210 0.170 0.067 0.013 0.001 281 H 0.376 0.279 0.182 0.105 0.044 0.013 0.001 282 E 0.449 0.263 0.149 0.087 0.038 0.012 0.001 283 D 0.433 0.277 0.155 0.084 0.035 0.013 0.002 284 Y 0.195 0.173 0.185 0.205 0.153 0.078 0.012 285 Y 0.173 0.167 0.192 0.196 0.154 0.098 0.020 286 P 0.243 0.197 0.170 0.165 0.125 0.080 0.019 287 G 0.271 0.223 0.157 0.151 0.114 0.070 0.015 288 W 0.171 0.157 0.163 0.187 0.178 0.122 0.023 289 Y 0.161 0.170 0.182 0.200 0.168 0.104 0.016 290 L 0.203 0.203 0.210 0.189 0.124 0.062 0.008 291 V 0.332 0.208 0.174 0.156 0.089 0.036 0.004 292 D 0.663 0.228 0.065 0.027 0.011 0.004 0.001 293 D 0.589 0.218 0.105 0.059 0.020 0.007 0.001 294 K 0.407 0.220 0.173 0.120 0.056 0.021 0.003 295 L 0.328 0.265 0.169 0.127 0.071 0.035 0.005 296 E 0.242 0.177 0.164 0.172 0.141 0.086 0.017 297 R 0.245 0.194 0.193 0.172 0.111 0.072 0.012 298 A 0.368 0.213 0.146 0.126 0.082 0.052 0.012 299 G 0.273 0.136 0.123 0.159 0.160 0.120 0.028 300 R 0.308 0.229 0.173 0.124 0.094 0.061 0.010 301 I 0.273 0.214 0.182 0.171 0.106 0.048 0.006 302 K 0.537 0.242 0.118 0.063 0.028 0.011 0.001 303 K 0.692 0.167 0.076 0.043 0.015 0.005 0.001 304 K 0.845 0.118 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001