# TARGET T0395 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0395.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1828 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.482 0.197 0.152 0.109 0.046 0.014 0.001 2 R 0.641 0.216 0.102 0.030 0.009 0.003 0.001 3 L 0.405 0.224 0.163 0.131 0.059 0.018 0.001 4 G 0.582 0.217 0.133 0.051 0.014 0.004 0.001 5 D 0.556 0.280 0.109 0.039 0.012 0.004 0.001 6 A 0.182 0.193 0.197 0.207 0.155 0.060 0.006 7 A 0.082 0.103 0.160 0.277 0.241 0.123 0.014 8 E 0.259 0.293 0.257 0.125 0.046 0.017 0.003 9 L 0.093 0.163 0.223 0.256 0.182 0.073 0.011 10 C 0.056 0.063 0.090 0.161 0.297 0.285 0.048 11 Y 0.099 0.162 0.200 0.257 0.177 0.091 0.014 12 N 0.270 0.306 0.216 0.124 0.056 0.024 0.004 13 L 0.139 0.159 0.201 0.245 0.170 0.078 0.009 14 T 0.251 0.198 0.186 0.184 0.117 0.055 0.009 15 S 0.477 0.253 0.143 0.083 0.031 0.011 0.002 16 S 0.573 0.239 0.118 0.046 0.018 0.007 0.001 17 Y 0.250 0.215 0.196 0.183 0.106 0.046 0.005 18 L 0.265 0.218 0.193 0.171 0.103 0.046 0.005 19 Q 0.297 0.246 0.189 0.145 0.080 0.038 0.005 20 I 0.212 0.168 0.184 0.198 0.158 0.073 0.008 21 A 0.257 0.264 0.201 0.162 0.079 0.033 0.004 22 A 0.308 0.231 0.183 0.156 0.084 0.034 0.004 23 E 0.330 0.237 0.190 0.141 0.071 0.028 0.003 24 S 0.327 0.243 0.191 0.143 0.070 0.024 0.002 25 D 0.525 0.251 0.126 0.071 0.020 0.006 0.001 26 S 0.484 0.276 0.146 0.062 0.023 0.008 0.001 27 I 0.208 0.184 0.189 0.203 0.144 0.067 0.005 28 I 0.191 0.199 0.242 0.228 0.107 0.030 0.003 29 A 0.398 0.366 0.148 0.063 0.018 0.006 0.001 30 Q 0.144 0.156 0.217 0.245 0.176 0.058 0.004 31 T 0.135 0.140 0.168 0.228 0.211 0.107 0.011 32 Q 0.314 0.328 0.200 0.111 0.037 0.009 0.001 33 R 0.399 0.327 0.144 0.089 0.032 0.008 0.001 34 A 0.207 0.202 0.215 0.201 0.126 0.046 0.003 35 I 0.185 0.202 0.221 0.223 0.124 0.043 0.003 36 N 0.361 0.275 0.195 0.109 0.047 0.012 0.001 37 T 0.439 0.303 0.137 0.085 0.028 0.007 0.001 38 T 0.357 0.293 0.182 0.101 0.048 0.019 0.001 39 K 0.205 0.207 0.192 0.198 0.122 0.067 0.008 40 S 0.183 0.240 0.276 0.195 0.078 0.025 0.003 41 I 0.123 0.300 0.256 0.187 0.096 0.034 0.004 42 L 0.020 0.068 0.184 0.292 0.293 0.128 0.014 43 I 0.005 0.009 0.021 0.075 0.295 0.513 0.083 44 N 0.022 0.161 0.344 0.300 0.132 0.036 0.004 45 E 0.037 0.245 0.309 0.259 0.108 0.036 0.006 46 T 0.007 0.021 0.060 0.177 0.414 0.298 0.023 47 F 0.014 0.041 0.111 0.292 0.369 0.160 0.014 48 P 0.239 0.416 0.241 0.079 0.020 0.004 0.001 49 K 0.256 0.429 0.222 0.070 0.020 0.004 0.001 50 W 0.051 0.093 0.156 0.336 0.274 0.088 0.002 51 S 0.289 0.414 0.180 0.092 0.020 0.005 0.001 52 P 0.368 0.348 0.179 0.073 0.028 0.005 0.001 53 L 0.143 0.247 0.251 0.253 0.093 0.012 0.001 54 N 0.271 0.377 0.215 0.106 0.024 0.007 0.001 55 G 0.167 0.289 0.283 0.158 0.083 0.019 0.001 56 E 0.014 0.083 0.243 0.354 0.228 0.070 0.007 57 I 0.001 0.002 0.009 0.037 0.222 0.581 0.149 58 S 0.001 0.001 0.003 0.010 0.044 0.395 0.546 59 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.155 0.833 60 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.092 0.896 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.127 0.850 62 N 0.001 0.003 0.006 0.021 0.061 0.217 0.690 63 G 0.004 0.010 0.019 0.049 0.104 0.307 0.509 64 G 0.010 0.024 0.039 0.081 0.179 0.316 0.352 65 K 0.016 0.035 0.054 0.110 0.171 0.271 0.343 66 D 0.020 0.029 0.048 0.082 0.154 0.291 0.377 67 C 0.012 0.018 0.029 0.063 0.135 0.328 0.415 68 Q 0.013 0.024 0.036 0.082 0.178 0.287 0.380 69 V 0.003 0.005 0.007 0.016 0.049 0.253 0.667 70 L 0.001 0.002 0.003 0.008 0.026 0.194 0.766 71 L 0.001 0.003 0.006 0.019 0.062 0.262 0.647 72 L 0.004 0.017 0.037 0.093 0.181 0.256 0.411 73 L 0.001 0.003 0.008 0.023 0.084 0.351 0.530 74 Y 0.002 0.004 0.009 0.030 0.115 0.399 0.441 75 L 0.008 0.039 0.079 0.182 0.275 0.284 0.132 76 S 0.026 0.114 0.232 0.266 0.192 0.120 0.050 77 C 0.013 0.025 0.049 0.128 0.267 0.407 0.112 78 L 0.039 0.085 0.125 0.203 0.286 0.208 0.055 79 W 0.102 0.198 0.205 0.253 0.155 0.074 0.014 80 E 0.303 0.300 0.205 0.109 0.052 0.026 0.006 81 Y 0.138 0.164 0.183 0.221 0.168 0.105 0.022 82 Y 0.220 0.250 0.179 0.165 0.110 0.060 0.015 83 I 0.216 0.202 0.167 0.189 0.135 0.075 0.017 84 V 0.265 0.179 0.157 0.176 0.125 0.077 0.021 85 K 0.371 0.244 0.160 0.110 0.064 0.038 0.013 86 L 0.315 0.188 0.142 0.154 0.112 0.066 0.022 87 S 0.345 0.233 0.137 0.126 0.085 0.054 0.020 88 Q 0.363 0.244 0.135 0.113 0.072 0.051 0.021 89 S 0.314 0.224 0.148 0.138 0.100 0.055 0.020 90 Q 0.282 0.252 0.151 0.153 0.090 0.055 0.017 91 F 0.164 0.125 0.163 0.201 0.198 0.127 0.022 92 D 0.264 0.232 0.188 0.156 0.097 0.052 0.011 93 G 0.279 0.241 0.174 0.160 0.106 0.033 0.006 94 K 0.339 0.347 0.135 0.120 0.043 0.014 0.002 95 F 0.252 0.206 0.183 0.187 0.125 0.043 0.004 96 H 0.385 0.274 0.164 0.122 0.043 0.011 0.001 97 R 0.369 0.373 0.137 0.082 0.031 0.008 0.001 98 F 0.180 0.187 0.233 0.226 0.132 0.041 0.002 99 P 0.187 0.267 0.221 0.194 0.097 0.032 0.002 100 L 0.261 0.350 0.196 0.129 0.047 0.015 0.002 101 T 0.129 0.243 0.205 0.231 0.150 0.038 0.005 102 K 0.073 0.226 0.300 0.251 0.091 0.048 0.010 103 L 0.005 0.017 0.054 0.162 0.389 0.330 0.045 104 P 0.010 0.052 0.125 0.249 0.298 0.210 0.055 105 T 0.003 0.008 0.019 0.044 0.137 0.422 0.368 106 V 0.002 0.004 0.008 0.017 0.049 0.401 0.518 107 F 0.004 0.010 0.021 0.079 0.151 0.335 0.399 108 I 0.008 0.014 0.024 0.054 0.147 0.372 0.381 109 D 0.032 0.066 0.110 0.185 0.230 0.251 0.125 110 H 0.056 0.104 0.148 0.226 0.238 0.188 0.041 111 D 0.277 0.293 0.192 0.135 0.065 0.033 0.006 112 D 0.319 0.241 0.178 0.145 0.081 0.033 0.004 113 T 0.323 0.317 0.172 0.112 0.054 0.020 0.002 114 F 0.130 0.125 0.200 0.263 0.209 0.069 0.004 115 K 0.498 0.278 0.137 0.062 0.018 0.006 0.001 116 T 0.157 0.239 0.261 0.198 0.106 0.036 0.003 117 L 0.095 0.130 0.149 0.216 0.227 0.170 0.014 118 E 0.082 0.208 0.290 0.275 0.115 0.026 0.004 119 N 0.281 0.449 0.169 0.076 0.018 0.007 0.001 120 F 0.018 0.039 0.134 0.301 0.383 0.118 0.006 121 I 0.023 0.043 0.111 0.276 0.335 0.195 0.015 122 E 0.266 0.362 0.288 0.063 0.017 0.004 0.001 123 E 0.159 0.418 0.239 0.137 0.040 0.007 0.001 124 T 0.031 0.051 0.094 0.216 0.390 0.211 0.008 125 S 0.105 0.220 0.291 0.261 0.098 0.023 0.002 126 L 0.387 0.406 0.131 0.058 0.015 0.003 0.001 127 R 0.231 0.322 0.231 0.141 0.062 0.013 0.001 128 Y 0.077 0.125 0.180 0.320 0.218 0.076 0.004 129 S 0.258 0.389 0.224 0.092 0.027 0.009 0.001 130 L 0.069 0.116 0.161 0.327 0.247 0.077 0.004 131 S 0.210 0.364 0.259 0.120 0.036 0.011 0.001 132 L 0.055 0.088 0.147 0.300 0.295 0.109 0.005 133 Y 0.205 0.262 0.245 0.189 0.079 0.020 0.001 134 E 0.456 0.311 0.146 0.065 0.018 0.004 0.001 135 S 0.556 0.271 0.107 0.050 0.013 0.003 0.001 136 D 0.493 0.242 0.162 0.067 0.028 0.008 0.001 137 R 0.351 0.283 0.195 0.128 0.035 0.007 0.001 138 D 0.573 0.275 0.105 0.035 0.009 0.003 0.001 139 K 0.240 0.271 0.196 0.172 0.094 0.025 0.002 140 C 0.108 0.133 0.198 0.279 0.197 0.081 0.004 141 E 0.259 0.280 0.249 0.137 0.055 0.017 0.002 142 T 0.137 0.274 0.290 0.189 0.083 0.025 0.003 143 M 0.024 0.041 0.062 0.162 0.351 0.320 0.040 144 A 0.034 0.109 0.259 0.351 0.174 0.066 0.007 145 E 0.207 0.363 0.305 0.084 0.027 0.012 0.002 146 A 0.012 0.053 0.163 0.333 0.308 0.119 0.012 147 F 0.004 0.008 0.015 0.062 0.259 0.564 0.088 148 E 0.046 0.196 0.368 0.262 0.101 0.024 0.003 149 T 0.106 0.390 0.293 0.153 0.043 0.013 0.002 150 F 0.013 0.043 0.136 0.294 0.365 0.143 0.007 151 L 0.015 0.034 0.081 0.259 0.384 0.213 0.014 152 Q 0.298 0.408 0.228 0.049 0.014 0.003 0.001 153 V 0.145 0.405 0.222 0.166 0.050 0.011 0.001 154 F 0.085 0.135 0.226 0.277 0.214 0.062 0.002 155 P 0.192 0.305 0.225 0.213 0.054 0.011 0.001 156 E 0.557 0.300 0.113 0.022 0.006 0.002 0.001 157 T 0.040 0.135 0.219 0.301 0.224 0.075 0.007 158 K 0.040 0.155 0.239 0.309 0.172 0.078 0.007 159 A 0.008 0.028 0.062 0.172 0.347 0.313 0.070 160 I 0.003 0.003 0.006 0.013 0.045 0.438 0.490 161 V 0.003 0.005 0.010 0.036 0.087 0.321 0.538 162 I 0.007 0.013 0.024 0.060 0.120 0.275 0.501 163 G 0.011 0.020 0.041 0.088 0.185 0.335 0.320 164 I 0.018 0.030 0.063 0.124 0.224 0.381 0.160 165 R 0.053 0.108 0.180 0.207 0.245 0.173 0.033 166 H 0.142 0.178 0.204 0.221 0.160 0.084 0.011 167 T 0.390 0.260 0.174 0.108 0.047 0.018 0.002 168 D 0.491 0.251 0.135 0.078 0.034 0.011 0.001 169 P 0.535 0.263 0.115 0.059 0.021 0.007 0.001 170 F 0.340 0.223 0.180 0.156 0.077 0.022 0.001 171 G 0.491 0.269 0.141 0.070 0.021 0.006 0.001 172 E 0.366 0.268 0.174 0.118 0.056 0.017 0.001 173 H 0.237 0.219 0.210 0.188 0.100 0.042 0.005 174 L 0.174 0.192 0.209 0.213 0.142 0.063 0.007 175 K 0.231 0.248 0.224 0.172 0.083 0.036 0.006 176 P 0.161 0.194 0.203 0.203 0.152 0.077 0.010 177 I 0.124 0.140 0.176 0.223 0.202 0.123 0.012 178 Q 0.235 0.235 0.212 0.178 0.095 0.040 0.004 179 K 0.354 0.272 0.190 0.117 0.050 0.017 0.002 180 T 0.356 0.267 0.181 0.126 0.055 0.015 0.001 181 D 0.451 0.245 0.164 0.099 0.032 0.008 0.001 182 A 0.722 0.196 0.059 0.018 0.004 0.001 0.001 183 N 0.538 0.308 0.103 0.037 0.011 0.003 0.001 184 W 0.211 0.211 0.227 0.212 0.115 0.023 0.001 185 P 0.373 0.342 0.148 0.107 0.023 0.006 0.001 186 D 0.389 0.322 0.176 0.074 0.030 0.008 0.001 187 F 0.033 0.087 0.200 0.293 0.260 0.115 0.012 188 Y 0.010 0.036 0.085 0.194 0.352 0.281 0.042 189 R 0.018 0.070 0.149 0.233 0.234 0.198 0.098 190 L 0.005 0.009 0.018 0.036 0.114 0.476 0.342 191 Q 0.011 0.038 0.078 0.182 0.241 0.260 0.190 192 P 0.006 0.013 0.022 0.052 0.139 0.378 0.390 193 L 0.009 0.016 0.037 0.079 0.182 0.392 0.285 194 L 0.020 0.068 0.105 0.207 0.246 0.268 0.087 195 H 0.044 0.149 0.235 0.251 0.193 0.108 0.021 196 W 0.024 0.039 0.083 0.203 0.321 0.290 0.041 197 N 0.111 0.259 0.243 0.192 0.113 0.066 0.015 198 L 0.097 0.198 0.217 0.255 0.153 0.069 0.011 199 A 0.199 0.289 0.243 0.166 0.071 0.028 0.004 200 N 0.047 0.150 0.260 0.268 0.192 0.071 0.011 201 I 0.009 0.015 0.025 0.069 0.227 0.503 0.153 202 W 0.016 0.059 0.151 0.282 0.281 0.173 0.038 203 S 0.048 0.202 0.261 0.254 0.140 0.074 0.022 204 F 0.020 0.051 0.113 0.206 0.293 0.267 0.049 205 L 0.016 0.025 0.043 0.121 0.294 0.395 0.106 206 L 0.049 0.172 0.245 0.271 0.177 0.077 0.009 207 Y 0.130 0.230 0.237 0.215 0.127 0.054 0.007 208 S 0.159 0.259 0.234 0.197 0.095 0.049 0.008 209 N 0.318 0.335 0.179 0.102 0.040 0.021 0.004 210 E 0.070 0.142 0.205 0.276 0.218 0.081 0.007 211 P 0.078 0.183 0.274 0.245 0.146 0.065 0.010 212 I 0.016 0.037 0.078 0.169 0.289 0.345 0.065 213 C 0.024 0.066 0.123 0.215 0.290 0.238 0.044 214 E 0.045 0.183 0.291 0.297 0.122 0.049 0.013 215 L 0.018 0.026 0.043 0.102 0.277 0.411 0.121 216 Y 0.021 0.066 0.114 0.264 0.283 0.197 0.055 217 R 0.157 0.317 0.257 0.148 0.064 0.043 0.014 218 Y 0.048 0.109 0.178 0.287 0.229 0.121 0.028 219 G 0.054 0.121 0.134 0.182 0.207 0.219 0.083 220 F 0.042 0.070 0.102 0.180 0.250 0.249 0.106 221 T 0.120 0.142 0.151 0.186 0.170 0.157 0.074 222 S 0.076 0.118 0.144 0.178 0.187 0.191 0.104 223 L 0.052 0.050 0.069 0.112 0.176 0.315 0.225 224 G 0.069 0.095 0.099 0.147 0.186 0.244 0.161 225 N 0.101 0.137 0.123 0.168 0.165 0.180 0.127 226 V 0.078 0.107 0.128 0.192 0.215 0.180 0.099 227 E 0.104 0.153 0.157 0.192 0.160 0.157 0.078 228 E 0.083 0.107 0.147 0.204 0.217 0.203 0.039 229 T 0.097 0.122 0.166 0.209 0.226 0.151 0.029 230 L 0.087 0.143 0.205 0.243 0.188 0.116 0.019 231 P 0.181 0.233 0.203 0.181 0.133 0.059 0.011 232 N 0.262 0.266 0.200 0.189 0.059 0.021 0.003 233 P 0.627 0.233 0.101 0.028 0.008 0.003 0.001 234 H 0.180 0.261 0.265 0.175 0.092 0.025 0.001 235 L 0.071 0.086 0.153 0.262 0.299 0.125 0.005 236 R 0.186 0.336 0.244 0.167 0.055 0.011 0.001 237 K 0.400 0.378 0.137 0.064 0.017 0.003 0.001 238 D 0.259 0.262 0.223 0.166 0.080 0.010 0.001 239 K 0.603 0.268 0.080 0.041 0.006 0.001 0.001 240 N 0.660 0.230 0.078 0.025 0.007 0.001 0.001 241 S 0.366 0.293 0.194 0.107 0.033 0.007 0.001 242 T 0.224 0.244 0.243 0.175 0.092 0.022 0.001 243 P 0.279 0.297 0.214 0.149 0.049 0.011 0.001 244 L 0.278 0.284 0.209 0.140 0.069 0.019 0.001 245 K 0.198 0.226 0.238 0.200 0.105 0.032 0.002 246 L 0.192 0.159 0.206 0.237 0.160 0.044 0.002 247 N 0.478 0.318 0.136 0.052 0.013 0.003 0.001 248 F 0.459 0.268 0.141 0.089 0.036 0.007 0.001 249 E 0.531 0.281 0.116 0.051 0.015 0.004 0.001 250 W 0.359 0.267 0.172 0.137 0.055 0.011 0.001 251 E 0.543 0.268 0.119 0.052 0.014 0.003 0.001 252 I 0.248 0.259 0.211 0.178 0.083 0.020 0.001 253 E 0.231 0.216 0.218 0.191 0.111 0.031 0.002 254 N 0.309 0.269 0.195 0.160 0.053 0.013 0.001 255 R 0.528 0.275 0.130 0.046 0.016 0.005 0.001 256 Y 0.158 0.165 0.206 0.266 0.150 0.052 0.003 257 K 0.354 0.263 0.220 0.102 0.044 0.015 0.001 258 H 0.279 0.259 0.193 0.182 0.068 0.018 0.001 259 N 0.529 0.245 0.135 0.064 0.021 0.006 0.001 260 E 0.464 0.286 0.159 0.060 0.023 0.007 0.001 261 V 0.234 0.165 0.191 0.244 0.131 0.033 0.002 262 T 0.517 0.307 0.111 0.049 0.012 0.004 0.001 263 K 0.414 0.256 0.166 0.101 0.049 0.014 0.001 264 A 0.346 0.205 0.184 0.163 0.077 0.024 0.002 265 E 0.426 0.292 0.153 0.084 0.032 0.011 0.002 266 P 0.285 0.198 0.181 0.168 0.114 0.049 0.005 267 I 0.301 0.236 0.203 0.153 0.075 0.028 0.003 268 P 0.294 0.315 0.189 0.122 0.055 0.022 0.002 269 I 0.153 0.141 0.208 0.246 0.174 0.073 0.005 270 A 0.185 0.193 0.213 0.207 0.143 0.055 0.004 271 D 0.367 0.317 0.172 0.101 0.035 0.008 0.001 272 E 0.542 0.277 0.103 0.058 0.016 0.003 0.001 273 D 0.496 0.290 0.140 0.052 0.017 0.005 0.001 274 L 0.129 0.162 0.226 0.305 0.147 0.030 0.001 275 V 0.414 0.313 0.171 0.080 0.018 0.004 0.001 276 K 0.392 0.345 0.175 0.062 0.022 0.004 0.001 277 I 0.100 0.112 0.185 0.339 0.207 0.056 0.002 278 E 0.520 0.269 0.152 0.048 0.008 0.002 0.001 279 N 0.443 0.342 0.157 0.042 0.013 0.003 0.001 280 L 0.079 0.111 0.192 0.302 0.229 0.082 0.005 281 H 0.081 0.140 0.181 0.268 0.220 0.102 0.007 282 E 0.341 0.323 0.188 0.101 0.034 0.011 0.001 283 D 0.254 0.244 0.219 0.154 0.093 0.033 0.004 284 Y 0.162 0.167 0.192 0.221 0.163 0.083 0.013 285 Y 0.271 0.220 0.196 0.189 0.083 0.035 0.006 286 P 0.550 0.231 0.141 0.046 0.019 0.010 0.002 287 G 0.186 0.204 0.182 0.189 0.142 0.080 0.018 288 W 0.120 0.122 0.166 0.196 0.203 0.157 0.036 289 Y 0.121 0.158 0.188 0.213 0.166 0.133 0.021 290 L 0.097 0.105 0.184 0.225 0.212 0.153 0.023 291 V 0.097 0.129 0.150 0.198 0.232 0.158 0.036 292 D 0.184 0.275 0.214 0.172 0.097 0.046 0.013 293 D 0.237 0.324 0.167 0.168 0.065 0.032 0.007 294 K 0.103 0.152 0.205 0.250 0.182 0.096 0.013 295 L 0.071 0.102 0.170 0.233 0.250 0.147 0.027 296 E 0.067 0.108 0.175 0.236 0.221 0.161 0.033 297 R 0.097 0.175 0.225 0.234 0.168 0.088 0.014 298 A 0.099 0.145 0.194 0.216 0.197 0.130 0.018 299 G 0.174 0.219 0.211 0.179 0.119 0.088 0.009 300 R 0.118 0.226 0.291 0.215 0.109 0.038 0.003 301 I 0.123 0.125 0.187 0.329 0.181 0.053 0.002 302 K 0.528 0.266 0.156 0.039 0.010 0.001 0.001 303 K 0.835 0.142 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 304 K 0.820 0.136 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001