This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA R A 3 3 NATAA L A 4 4 NATAA G A 5 5 NATAA D A 6 6 NATAA A A 7 7 NATAA A A 8 8 NATAA E A 9 9 NATAA L A 10 10 NATRO C A 11 11 NATAA Y A 12 12 NATAA N A 13 13 NATAA L A 14 14 NATAA T A 15 15 NATAA S A 16 16 NATAA S A 17 17 NATAA Y A 18 18 NATAA L A 19 19 NATAA Q A 20 20 NATAA I A 21 21 NATAA A A 22 22 NATAA A A 23 23 NATAA E A 24 24 NATAA S A 25 25 NATAA D A 26 26 NATAA S A 27 27 NATAA I A 28 28 NATAA I A 29 29 NATAA A A 30 30 NATAA Q A 31 31 NATAA T A 32 32 NATAA Q A 33 33 NATAA R A 34 34 NATAA A A 35 35 NATAA I A 36 36 NATAA N A 37 37 NATAA T A 38 38 NATAA T A 39 39 NATAA K A 40 40 NATAA S A 41 41 NATAA I A 42 42 NATAA L A 43 43 NATAA I A 44 44 NATAA N A 45 45 NATAA E A 46 46 NATAA T A 47 47 NATAA F A 48 48 NATRO P A 49 49 NATAA K A 50 50 NATAA W A 51 51 NATAA S A 52 52 NATRO P A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA N A 55 55 NATAA G A 56 56 NATAA E A 57 57 NATAA I A 58 58 NATAA S A 59 59 NATAA F A 60 60 NATAA S A 61 61 NATAA Y A 62 62 NATAA N A 63 63 NATAA G A 64 64 NATAA G A 65 65 NATAA K A 66 66 NATAA D A 67 67 NATRO C A 68 68 NATAA Q A 69 69 NATAA V A 70 70 NATAA L A 71 71 NATAA L A 72 72 NATAA L A 73 73 NATAA L A 74 74 NATAA Y A 75 75 NATAA L A 76 76 NATAA S A 77 77 NATRO C A 78 78 NATAA L A 79 79 NATAA W A 80 80 NATAA E A 81 81 NATAA Y A 82 82 NATAA Y A 83 83 NATAA I A 84 84 NATAA V A 85 85 NATAA K A 86 86 NATAA L A 87 87 NATAA S A 88 88 NATAA Q A 89 89 NATAA S A 90 90 NATAA Q A 91 91 NATAA F A 92 92 NATAA D A 93 93 NATAA G A 94 94 NATAA K A 95 95 NATAA F A 96 96 NATAA H A 97 97 NATAA R A 98 98 NATAA F A 99 99 NATRO P A 100 100 NATAA L A 101 101 NATAA T A 102 102 NATAA K A 103 103 NATAA L A 104 104 NATRO P A 105 105 NATAA T A 106 106 NATAA V A 107 107 NATAA F A 108 108 NATAA I A 109 109 NATAA D A 110 110 NATAA H A 111 111 NATAA D A 112 112 NATAA D A 113 113 NATAA T A 114 114 NATAA F A 115 115 NATAA K A 116 116 NATAA T A 117 117 NATAA L A 118 118 NATAA E A 119 119 NATAA N A 120 120 NATAA F A 121 121 NATAA I A 122 122 NATAA E A 123 123 NATAA E A 124 124 NATAA T A 125 125 NATAA S A 126 126 NATAA L A 127 127 NATAA R A 128 128 NATAA Y A 129 129 NATAA S A 130 130 NATAA L A 131 131 NATAA S A 132 132 NATAA L A 133 133 NATAA Y A 134 134 NATAA E A 135 135 NATAA S A 136 136 NATAA D A 137 137 NATAA R A 138 138 NATAA D A 139 139 NATAA K A 140 140 NATRO C A 141 141 NATAA E A 142 142 NATAA T A 143 143 NATAA M A 144 144 NATAA A A 145 145 NATAA E A 146 146 NATAA A A 147 147 NATAA F A 148 148 NATAA E A 149 149 NATAA T A 150 150 NATAA F A 151 151 NATAA L A 152 152 NATAA Q A 153 153 NATAA V A 154 154 NATAA F A 155 155 NATRO P A 156 156 NATAA E A 157 157 NATAA T A 158 158 NATAA K A 159 159 NATAA A A 160 160 NATAA I A 161 161 NATAA V A 162 162 NATAA I A 163 163 NATAA G A 164 164 NATAA I A 165 165 NATAA R A 166 166 NATAA H A 167 167 NATAA T A 168 168 NATAA D A 169 169 NATRO P A 170 170 NATAA F A 171 171 NATAA G A 172 172 NATAA E A 173 173 NATAA H A 174 174 NATAA L A 175 175 NATAA K A 176 176 NATRO P A 177 177 NATAA I A 178 178 NATAA Q A 179 179 NATAA K A 180 180 NATAA T A 181 181 NATAA D A 182 182 NATAA A A 183 183 NATAA N A 184 184 NATAA W A 185 185 NATRO P A 186 186 NATAA D A 187 187 NATAA F A 188 188 NATAA Y A 189 189 NATAA R A 190 190 NATAA L A 191 191 NATAA Q A 192 192 NATRO P A 193 193 NATAA L A 194 194 NATAA L A 195 195 NATAA H A 196 196 NATAA W A 197 197 NATAA N A 198 198 NATAA L A 199 199 NATAA A A 200 200 NATAA N A 201 201 NATAA I A 202 202 NATAA W A 203 203 NATAA S A 204 204 NATAA F A 205 205 NATAA L A 206 206 NATAA L A 207 207 NATAA Y A 208 208 NATAA S A 209 209 NATAA N A 210 210 NATAA E A 211 211 NATRO P A 212 212 NATAA I A 213 213 NATRO C A 214 214 NATAA E A 215 215 NATAA L A 216 216 NATAA Y A 217 217 NATAA R A 218 218 NATAA Y A 219 219 NATAA G A 220 220 NATAA F A 221 221 NATAA T A 222 222 NATAA S A 223 223 NATAA L A 224 224 NATAA G A 225 225 NATAA N A 226 226 NATAA V A 227 227 NATAA E A 228 228 NATAA E A 229 229 NATAA T A 230 230 NATAA L A 231 231 NATRO P A 232 232 NATAA N A 233 233 NATRO P A 234 234 NATAA H A 235 235 NATAA L A 236 236 NATAA R A 237 237 NATAA K A 238 238 NATAA D A 239 239 NATAA K A 240 240 NATAA N A 241 241 NATAA S A 242 242 NATAA T A 243 243 NATRO P A 244 244 NATAA L A 245 245 NATAA K A 246 246 NATAA L A 247 247 NATAA N A 248 248 NATAA F A 249 249 NATAA E A 250 250 NATAA W A 251 251 NATAA E A 252 252 NATAA I A 253 253 NATAA E A 254 254 NATAA N A 255 255 NATAA R A 256 256 NATAA Y A 257 257 NATAA K A 258 258 NATAA H A 259 259 NATAA N A 260 260 NATAA E A 261 261 NATAA V A 262 262 NATAA T A 263 263 NATAA K A 264 264 NATAA A A 265 265 NATAA E A 266 266 NATRO P A 267 267 NATAA I A 268 268 NATRO P A 269 269 NATAA I A 270 270 NATAA A A 271 271 NATAA D A 272 272 NATAA E A 273 273 NATAA D A 274 274 NATAA L A 275 275 NATAA V A 276 276 NATAA K A 277 277 NATAA I A 278 278 NATAA E A 279 279 NATAA N A 280 280 NATAA L A 281 281 NATAA H A 282 282 NATAA E A 283 283 NATAA D A 284 284 NATAA Y A 285 285 NATAA Y A 286 286 NATRO P A 287 287 NATAA G A 288 288 NATAA W A 289 289 NATAA Y A 290 290 NATAA L A 291 291 NATAA V A 292 292 NATAA D A 293 293 NATAA D A 294 294 NATAA K A 295 295 NATAA L A 296 296 NATAA E A 297 297 NATAA R A 298 298 NATAA A A 299 299 NATAA G A 300 300 NATAA R A 301 301 NATAA I A 302 302 NATAA K A 303 303 NATAA K A 304 304 NATAA K