# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3171 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.017 0.013 0.055 0.063 0.100 0.068 0.644 2 K 0.062 0.013 0.009 0.038 0.064 0.088 0.055 0.672 3 R 0.045 0.004 0.010 0.034 0.036 0.086 0.047 0.739 4 S 0.201 0.004 0.012 0.026 0.041 0.071 0.083 0.563 5 I 0.127 0.001 0.013 0.010 0.015 0.082 0.055 0.696 6 E 0.013 0.001 0.034 0.013 0.031 0.161 0.020 0.728 7 D 0.002 0.001 0.044 0.010 0.027 0.132 0.026 0.759 8 T 0.001 0.001 0.229 0.076 0.084 0.185 0.066 0.357 9 P 0.001 0.001 0.739 0.047 0.068 0.021 0.061 0.063 10 I 0.001 0.001 0.766 0.053 0.058 0.008 0.066 0.047 11 V 0.001 0.001 0.943 0.019 0.016 0.002 0.013 0.007 12 L 0.002 0.002 0.886 0.026 0.032 0.008 0.022 0.021 13 I 0.005 0.005 0.863 0.022 0.026 0.021 0.031 0.025 14 G 0.042 0.081 0.388 0.020 0.044 0.120 0.149 0.156 15 A 0.088 0.304 0.087 0.005 0.017 0.139 0.105 0.255 16 G 0.050 0.160 0.055 0.006 0.011 0.083 0.489 0.146 17 N 0.006 0.137 0.018 0.004 0.005 0.032 0.742 0.056 18 L 0.011 0.814 0.006 0.001 0.002 0.015 0.115 0.036 19 A 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 20 T 0.007 0.941 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.013 21 N 0.005 0.879 0.002 0.001 0.001 0.003 0.097 0.012 22 L 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 23 A 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 24 K 0.005 0.949 0.011 0.001 0.001 0.002 0.018 0.013 25 A 0.038 0.828 0.026 0.002 0.002 0.008 0.047 0.049 26 L 0.145 0.017 0.317 0.006 0.002 0.012 0.465 0.036 27 Y 0.832 0.005 0.010 0.001 0.001 0.012 0.034 0.107 28 R 0.106 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 0.870 29 K 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.117 0.003 0.869 30 G 0.003 0.001 0.017 0.001 0.006 0.089 0.010 0.872 31 F 0.005 0.001 0.076 0.031 0.018 0.190 0.041 0.636 32 R 0.003 0.002 0.781 0.031 0.036 0.026 0.053 0.069 33 I 0.007 0.004 0.449 0.058 0.053 0.038 0.115 0.277 34 V 0.001 0.001 0.912 0.023 0.023 0.004 0.024 0.013 35 Q 0.005 0.002 0.781 0.039 0.064 0.012 0.046 0.051 36 V 0.010 0.004 0.550 0.113 0.106 0.036 0.060 0.120 37 Y 0.019 0.020 0.386 0.035 0.076 0.092 0.069 0.303 38 S 0.056 0.075 0.070 0.029 0.056 0.211 0.059 0.443 39 R 0.012 0.030 0.028 0.008 0.008 0.119 0.200 0.595 40 T 0.061 0.787 0.002 0.001 0.001 0.014 0.100 0.036 41 E 0.067 0.874 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.023 42 E 0.009 0.901 0.002 0.001 0.001 0.008 0.020 0.058 43 S 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.009 44 A 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 45 R 0.011 0.913 0.005 0.001 0.001 0.003 0.055 0.013 46 E 0.036 0.853 0.010 0.001 0.001 0.006 0.049 0.045 47 L 0.221 0.418 0.043 0.002 0.002 0.020 0.225 0.069 48 A 0.193 0.103 0.113 0.005 0.002 0.036 0.249 0.299 49 Q 0.173 0.038 0.007 0.001 0.001 0.033 0.019 0.729 50 K 0.076 0.012 0.018 0.001 0.001 0.068 0.019 0.805 51 V 0.028 0.010 0.032 0.003 0.006 0.177 0.022 0.721 52 E 0.019 0.005 0.039 0.003 0.009 0.120 0.068 0.737 53 A 0.019 0.009 0.082 0.015 0.016 0.127 0.137 0.595 54 E 0.023 0.020 0.306 0.053 0.056 0.109 0.096 0.336 55 Y 0.038 0.045 0.120 0.018 0.030 0.101 0.047 0.601 56 T 0.046 0.125 0.210 0.031 0.031 0.089 0.054 0.416 57 T 0.036 0.114 0.110 0.021 0.018 0.097 0.048 0.555 58 D 0.196 0.487 0.015 0.005 0.005 0.038 0.081 0.173 59 L 0.391 0.281 0.016 0.004 0.004 0.028 0.156 0.120 60 A 0.187 0.181 0.010 0.007 0.007 0.057 0.128 0.422 61 E 0.037 0.042 0.015 0.012 0.012 0.060 0.115 0.705 62 V 0.080 0.019 0.009 0.009 0.014 0.112 0.064 0.692 63 N 0.345 0.011 0.018 0.008 0.010 0.084 0.166 0.359 64 P 0.088 0.006 0.007 0.003 0.006 0.107 0.023 0.760 65 Y 0.032 0.004 0.020 0.002 0.009 0.130 0.037 0.765 66 A 0.004 0.004 0.108 0.022 0.043 0.257 0.055 0.507 67 K 0.001 0.001 0.703 0.024 0.068 0.044 0.053 0.105 68 L 0.001 0.001 0.710 0.050 0.051 0.017 0.079 0.091 69 Y 0.001 0.001 0.882 0.046 0.033 0.004 0.023 0.012 70 I 0.004 0.001 0.751 0.073 0.080 0.010 0.041 0.039 71 V 0.004 0.003 0.682 0.084 0.107 0.022 0.036 0.062 72 S 0.010 0.009 0.424 0.050 0.111 0.075 0.071 0.250 73 L 0.029 0.031 0.182 0.071 0.073 0.158 0.083 0.373 74 K 0.097 0.164 0.033 0.012 0.018 0.095 0.195 0.387 75 D 0.147 0.565 0.008 0.003 0.004 0.041 0.085 0.148 76 S 0.028 0.618 0.008 0.004 0.004 0.047 0.066 0.226 77 A 0.010 0.927 0.002 0.001 0.001 0.006 0.014 0.040 78 F 0.018 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 79 A 0.018 0.863 0.004 0.001 0.001 0.003 0.096 0.015 80 E 0.017 0.701 0.011 0.001 0.001 0.009 0.212 0.047 81 L 0.053 0.855 0.009 0.001 0.001 0.008 0.045 0.030 82 L 0.085 0.754 0.010 0.001 0.001 0.010 0.077 0.061 83 Q 0.038 0.606 0.013 0.001 0.001 0.019 0.059 0.262 84 G 0.036 0.449 0.029 0.002 0.003 0.048 0.135 0.298 85 I 0.196 0.443 0.051 0.005 0.003 0.050 0.088 0.164 86 V 0.394 0.118 0.043 0.007 0.005 0.043 0.081 0.309 87 E 0.047 0.044 0.021 0.003 0.004 0.061 0.034 0.786 88 G 0.023 0.009 0.099 0.007 0.008 0.114 0.091 0.649 89 K 0.148 0.005 0.048 0.007 0.004 0.119 0.063 0.606 90 R 0.402 0.005 0.012 0.002 0.002 0.051 0.038 0.489 91 E 0.011 0.002 0.026 0.002 0.004 0.198 0.012 0.746 92 E 0.002 0.001 0.167 0.011 0.057 0.140 0.050 0.572 93 A 0.002 0.001 0.368 0.092 0.122 0.073 0.082 0.259 94 L 0.001 0.001 0.709 0.074 0.069 0.022 0.044 0.080 95 M 0.002 0.001 0.711 0.082 0.083 0.017 0.038 0.066 96 V 0.006 0.001 0.715 0.063 0.060 0.027 0.043 0.085 97 H 0.072 0.006 0.402 0.061 0.075 0.074 0.150 0.159 98 T 0.121 0.011 0.108 0.024 0.050 0.146 0.094 0.447 99 A 0.036 0.006 0.058 0.016 0.039 0.154 0.059 0.632 100 G 0.027 0.017 0.047 0.023 0.058 0.160 0.062 0.607 101 S 0.026 0.023 0.026 0.027 0.045 0.137 0.071 0.645 102 I 0.054 0.098 0.036 0.051 0.043 0.153 0.057 0.508 103 P 0.104 0.408 0.012 0.012 0.020 0.061 0.063 0.320 104 M 0.089 0.541 0.025 0.009 0.012 0.044 0.068 0.211 105 N 0.066 0.508 0.036 0.026 0.025 0.043 0.109 0.188 106 V 0.126 0.344 0.053 0.018 0.021 0.056 0.162 0.219 107 W 0.295 0.358 0.023 0.013 0.020 0.040 0.088 0.162 108 E 0.261 0.103 0.019 0.010 0.016 0.053 0.073 0.464 109 G 0.018 0.033 0.014 0.021 0.023 0.075 0.053 0.764 110 H 0.027 0.022 0.025 0.015 0.026 0.130 0.070 0.685 111 V 0.207 0.013 0.050 0.037 0.026 0.128 0.115 0.424 112 P 0.339 0.006 0.011 0.006 0.009 0.065 0.031 0.533 113 H 0.095 0.003 0.010 0.002 0.005 0.061 0.028 0.796 114 Y 0.018 0.002 0.077 0.015 0.045 0.221 0.023 0.600 115 G 0.006 0.001 0.071 0.019 0.050 0.073 0.035 0.746 116 V 0.002 0.001 0.331 0.130 0.113 0.090 0.033 0.299 117 F 0.004 0.001 0.394 0.056 0.102 0.051 0.050 0.342 118 Y 0.027 0.002 0.249 0.232 0.109 0.056 0.076 0.249 119 P 0.016 0.004 0.293 0.049 0.066 0.078 0.051 0.443 120 M 0.022 0.006 0.134 0.038 0.073 0.114 0.070 0.543 121 Q 0.051 0.014 0.150 0.060 0.064 0.115 0.090 0.456 122 T 0.077 0.031 0.094 0.033 0.044 0.125 0.090 0.506 123 F 0.103 0.038 0.056 0.029 0.043 0.125 0.051 0.556 124 S 0.143 0.065 0.030 0.021 0.034 0.106 0.062 0.539 125 K 0.059 0.105 0.015 0.013 0.027 0.117 0.043 0.622 126 Q 0.044 0.142 0.023 0.019 0.034 0.112 0.071 0.555 127 R 0.060 0.268 0.028 0.056 0.049 0.084 0.102 0.354 128 E 0.119 0.212 0.040 0.037 0.057 0.076 0.111 0.348 129 V 0.192 0.068 0.050 0.060 0.067 0.075 0.150 0.338 130 D 0.225 0.031 0.019 0.038 0.051 0.073 0.091 0.473 131 F 0.058 0.012 0.011 0.013 0.025 0.081 0.044 0.757 132 K 0.012 0.006 0.020 0.018 0.041 0.169 0.028 0.706 133 E 0.032 0.010 0.023 0.020 0.037 0.132 0.046 0.700 134 I 0.046 0.022 0.047 0.048 0.054 0.180 0.080 0.522 135 P 0.011 0.015 0.178 0.056 0.156 0.099 0.091 0.394 136 F 0.010 0.009 0.287 0.126 0.254 0.041 0.120 0.152 137 F 0.009 0.004 0.355 0.149 0.168 0.039 0.069 0.207 138 I 0.014 0.003 0.345 0.182 0.183 0.045 0.060 0.168 139 E 0.037 0.007 0.135 0.065 0.105 0.121 0.121 0.408 140 A 0.027 0.014 0.034 0.018 0.031 0.190 0.034 0.652 141 S 0.026 0.039 0.008 0.005 0.006 0.108 0.029 0.779 142 S 0.088 0.698 0.002 0.001 0.001 0.024 0.060 0.125 143 T 0.055 0.877 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.037 144 E 0.015 0.908 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.036 145 D 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 146 A 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.007 147 A 0.002 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 148 F 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 149 L 0.012 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 150 K 0.037 0.530 0.010 0.001 0.001 0.006 0.387 0.029 151 A 0.005 0.054 0.004 0.001 0.001 0.006 0.903 0.027 152 I 0.036 0.501 0.017 0.001 0.001 0.026 0.332 0.085 153 A 0.146 0.215 0.032 0.004 0.005 0.063 0.147 0.387 154 S 0.040 0.045 0.018 0.004 0.005 0.085 0.108 0.696 155 T 0.077 0.043 0.033 0.004 0.006 0.141 0.109 0.587 156 L 0.156 0.028 0.034 0.008 0.009 0.193 0.061 0.511 157 S 0.055 0.014 0.030 0.005 0.010 0.156 0.038 0.691 158 N 0.015 0.012 0.080 0.011 0.028 0.144 0.053 0.656 159 R 0.015 0.014 0.360 0.046 0.085 0.102 0.077 0.301 160 V 0.014 0.012 0.307 0.082 0.097 0.074 0.065 0.350 161 Y 0.017 0.013 0.312 0.079 0.089 0.075 0.050 0.366 162 D 0.042 0.043 0.190 0.080 0.090 0.102 0.081 0.374 163 A 0.042 0.081 0.078 0.025 0.030 0.114 0.060 0.569 164 D 0.184 0.380 0.016 0.010 0.011 0.049 0.091 0.259 165 S 0.154 0.459 0.011 0.004 0.005 0.054 0.077 0.236 166 E 0.035 0.212 0.011 0.006 0.007 0.065 0.323 0.340 167 Q 0.068 0.520 0.004 0.003 0.004 0.024 0.274 0.103 168 R 0.063 0.615 0.003 0.003 0.005 0.046 0.117 0.148 169 K 0.008 0.799 0.004 0.006 0.009 0.019 0.035 0.121 170 S 0.008 0.920 0.003 0.002 0.005 0.010 0.016 0.038 171 L 0.013 0.836 0.017 0.007 0.007 0.015 0.073 0.031 172 H 0.023 0.657 0.070 0.020 0.022 0.017 0.157 0.035 173 L 0.078 0.494 0.075 0.007 0.012 0.039 0.213 0.083 174 A 0.021 0.250 0.105 0.010 0.013 0.034 0.480 0.086 175 A 0.027 0.520 0.079 0.009 0.018 0.048 0.104 0.194 176 V 0.022 0.343 0.064 0.012 0.015 0.073 0.219 0.252 177 F 0.027 0.673 0.034 0.006 0.007 0.046 0.094 0.114 178 T 0.015 0.052 0.003 0.001 0.001 0.008 0.897 0.022 179 C 0.006 0.223 0.004 0.001 0.001 0.017 0.704 0.044 180 N 0.007 0.790 0.003 0.001 0.002 0.018 0.135 0.045 181 F 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 182 T 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 183 N 0.002 0.849 0.001 0.001 0.001 0.002 0.141 0.004 184 H 0.001 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 185 M 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 186 Y 0.002 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 187 A 0.002 0.921 0.008 0.001 0.001 0.001 0.063 0.005 188 L 0.004 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.031 0.006 189 A 0.010 0.960 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 190 A 0.012 0.917 0.003 0.001 0.001 0.003 0.044 0.020 191 E 0.009 0.924 0.017 0.001 0.001 0.004 0.014 0.031 192 L 0.126 0.746 0.041 0.001 0.001 0.013 0.029 0.043 193 L 0.141 0.014 0.478 0.004 0.001 0.016 0.293 0.053 194 K 0.817 0.005 0.005 0.001 0.001 0.011 0.004 0.158 195 K 0.127 0.001 0.007 0.001 0.001 0.023 0.008 0.835 196 Y 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.172 0.006 0.808 197 N 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.062 0.003 0.927 198 L 0.011 0.008 0.005 0.003 0.001 0.078 0.006 0.888 199 P 0.250 0.596 0.010 0.001 0.001 0.013 0.082 0.046 200 F 0.324 0.587 0.002 0.001 0.001 0.009 0.030 0.048 201 D 0.062 0.423 0.051 0.004 0.004 0.033 0.168 0.255 202 V 0.010 0.760 0.021 0.003 0.003 0.027 0.050 0.126 203 M 0.017 0.914 0.004 0.001 0.001 0.014 0.010 0.040 204 L 0.035 0.849 0.021 0.002 0.002 0.007 0.063 0.022 205 P 0.046 0.782 0.013 0.002 0.003 0.015 0.072 0.066 206 L 0.033 0.116 0.032 0.002 0.002 0.020 0.739 0.056 207 I 0.027 0.584 0.029 0.004 0.003 0.025 0.251 0.077 208 D 0.067 0.610 0.014 0.001 0.002 0.025 0.032 0.248 209 E 0.024 0.387 0.035 0.005 0.005 0.069 0.086 0.388 210 T 0.092 0.625 0.022 0.003 0.005 0.043 0.073 0.137 211 A 0.194 0.440 0.019 0.003 0.003 0.049 0.094 0.198 212 R 0.040 0.343 0.048 0.009 0.010 0.071 0.056 0.422 213 K 0.078 0.315 0.053 0.008 0.014 0.068 0.099 0.364 214 V 0.209 0.263 0.055 0.014 0.015 0.082 0.084 0.278 215 H 0.147 0.120 0.081 0.025 0.031 0.084 0.072 0.440 216 E 0.024 0.036 0.021 0.011 0.020 0.095 0.041 0.752 217 L 0.037 0.027 0.049 0.015 0.021 0.128 0.184 0.538 218 E 0.125 0.061 0.038 0.035 0.030 0.138 0.183 0.390 219 P 0.183 0.029 0.012 0.007 0.014 0.089 0.043 0.623 220 K 0.092 0.012 0.016 0.014 0.019 0.102 0.087 0.659 221 T 0.064 0.018 0.017 0.012 0.025 0.129 0.063 0.671 222 A 0.040 0.012 0.015 0.010 0.018 0.166 0.021 0.717 223 Q 0.010 0.010 0.026 0.018 0.019 0.147 0.018 0.752 224 T 0.130 0.108 0.019 0.012 0.019 0.087 0.046 0.578 225 G 0.289 0.130 0.032 0.024 0.028 0.076 0.125 0.297 226 P 0.104 0.084 0.051 0.035 0.049 0.093 0.066 0.518 227 A 0.060 0.044 0.048 0.050 0.075 0.088 0.055 0.580 228 I 0.037 0.042 0.035 0.033 0.056 0.144 0.032 0.619 229 R 0.030 0.043 0.046 0.037 0.061 0.125 0.059 0.597 230 Y 0.096 0.115 0.011 0.013 0.013 0.093 0.042 0.617 231 D 0.122 0.623 0.003 0.004 0.004 0.020 0.083 0.141 232 E 0.021 0.690 0.006 0.003 0.006 0.041 0.052 0.181 233 N 0.005 0.148 0.010 0.006 0.009 0.019 0.729 0.074 234 V 0.007 0.687 0.007 0.008 0.006 0.014 0.240 0.032 235 I 0.010 0.950 0.002 0.001 0.002 0.003 0.023 0.010 236 G 0.010 0.900 0.007 0.005 0.005 0.005 0.046 0.023 237 N 0.013 0.900 0.011 0.004 0.006 0.009 0.025 0.033 238 H 0.053 0.838 0.017 0.002 0.002 0.009 0.051 0.028 239 L 0.176 0.498 0.074 0.008 0.006 0.023 0.142 0.073 240 R 0.148 0.185 0.065 0.009 0.008 0.057 0.105 0.422 241 M 0.125 0.066 0.050 0.003 0.004 0.073 0.071 0.607 242 L 0.217 0.049 0.068 0.006 0.006 0.117 0.076 0.462 243 A 0.021 0.019 0.007 0.001 0.002 0.078 0.017 0.854 244 D 0.025 0.123 0.004 0.001 0.001 0.051 0.021 0.775 245 D 0.124 0.632 0.005 0.001 0.001 0.040 0.053 0.145 246 P 0.056 0.668 0.004 0.001 0.001 0.030 0.118 0.122 247 A 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.022 248 M 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.008 249 Q 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 250 R 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 251 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 252 Y 0.003 0.549 0.004 0.001 0.001 0.001 0.440 0.002 253 E 0.002 0.883 0.002 0.001 0.001 0.002 0.104 0.007 254 L 0.019 0.681 0.015 0.001 0.001 0.008 0.257 0.019 255 L 0.010 0.869 0.007 0.001 0.001 0.006 0.090 0.017 256 S 0.030 0.857 0.004 0.001 0.001 0.008 0.025 0.075 257 R 0.033 0.682 0.012 0.003 0.002 0.026 0.050 0.192 258 S 0.072 0.316 0.059 0.013 0.011 0.078 0.252 0.199 259 I 0.459 0.070 0.030 0.005 0.005 0.060 0.141 0.230 260 H 0.331 0.018 0.017 0.005 0.006 0.066 0.069 0.487 261 E 0.018 0.004 0.008 0.002 0.004 0.059 0.019 0.886 262 R 0.011 0.005 0.015 0.006 0.016 0.128 0.027 0.791 263 Q 0.027 0.007 0.030 0.028 0.037 0.125 0.036 0.711