# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3171 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.026 0.049 0.035 0.065 0.108 0.013 0.596 2 K 0.123 0.026 0.035 0.036 0.056 0.155 0.016 0.553 3 R 0.129 0.034 0.069 0.037 0.065 0.113 0.011 0.542 4 S 0.056 0.041 0.016 0.028 0.045 0.162 0.008 0.643 5 I 0.074 0.030 0.025 0.024 0.050 0.054 0.009 0.733 6 E 0.063 0.026 0.018 0.024 0.045 0.377 0.019 0.428 7 D 0.239 0.021 0.026 0.017 0.028 0.232 0.061 0.376 8 T 0.329 0.020 0.098 0.097 0.058 0.083 0.015 0.301 9 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.988 10 I 0.005 0.001 0.580 0.079 0.146 0.041 0.002 0.146 11 V 0.002 0.001 0.927 0.038 0.022 0.002 0.001 0.009 12 L 0.001 0.001 0.888 0.023 0.044 0.004 0.001 0.040 13 I 0.001 0.001 0.981 0.004 0.007 0.001 0.001 0.006 14 G 0.001 0.001 0.764 0.016 0.026 0.066 0.001 0.126 15 A 0.004 0.003 0.528 0.010 0.034 0.105 0.002 0.314 16 G 0.015 0.012 0.164 0.010 0.024 0.238 0.006 0.531 17 N 0.079 0.016 0.035 0.005 0.009 0.190 0.010 0.657 18 L 0.066 0.278 0.059 0.014 0.013 0.132 0.013 0.425 19 A 0.129 0.336 0.028 0.005 0.016 0.163 0.027 0.294 20 T 0.045 0.715 0.015 0.003 0.005 0.047 0.006 0.164 21 N 0.017 0.819 0.003 0.001 0.002 0.028 0.003 0.127 22 L 0.017 0.906 0.002 0.001 0.001 0.018 0.004 0.051 23 A 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 24 K 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 26 L 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 27 Y 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 28 R 0.024 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 29 K 0.203 0.613 0.010 0.002 0.001 0.001 0.152 0.018 30 G 0.723 0.023 0.012 0.002 0.001 0.001 0.209 0.029 31 F 0.064 0.010 0.815 0.014 0.007 0.016 0.017 0.057 32 R 0.005 0.003 0.464 0.065 0.057 0.054 0.005 0.345 33 I 0.004 0.001 0.237 0.021 0.047 0.036 0.001 0.653 34 V 0.001 0.001 0.856 0.062 0.043 0.009 0.001 0.026 35 Q 0.002 0.001 0.746 0.052 0.042 0.016 0.001 0.141 36 V 0.002 0.001 0.694 0.070 0.126 0.010 0.001 0.097 37 Y 0.005 0.003 0.563 0.078 0.152 0.054 0.001 0.144 38 S 0.016 0.007 0.282 0.104 0.138 0.083 0.007 0.363 39 R 0.033 0.003 0.165 0.014 0.037 0.168 0.006 0.573 40 T 0.022 0.001 0.009 0.002 0.006 0.787 0.003 0.170 41 E 0.024 0.005 0.004 0.001 0.004 0.046 0.002 0.914 42 E 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.406 0.001 0.573 43 S 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.031 44 A 0.027 0.910 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.057 45 R 0.001 0.907 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.076 46 E 0.007 0.929 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.052 47 L 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 48 A 0.006 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 49 Q 0.044 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.028 50 K 0.196 0.701 0.009 0.001 0.001 0.003 0.054 0.035 51 V 0.132 0.698 0.037 0.009 0.005 0.004 0.052 0.063 52 E 0.082 0.130 0.163 0.018 0.014 0.031 0.064 0.499 53 A 0.043 0.040 0.461 0.016 0.017 0.032 0.014 0.377 54 E 0.029 0.026 0.486 0.043 0.035 0.050 0.007 0.324 55 Y 0.007 0.008 0.114 0.009 0.014 0.035 0.002 0.811 56 T 0.021 0.020 0.573 0.034 0.049 0.065 0.006 0.233 57 T 0.044 0.014 0.214 0.019 0.020 0.191 0.006 0.492 58 D 0.054 0.020 0.041 0.011 0.027 0.450 0.006 0.392 59 L 0.062 0.046 0.030 0.005 0.049 0.092 0.004 0.710 60 A 0.022 0.025 0.006 0.002 0.005 0.444 0.005 0.491 61 E 0.037 0.012 0.001 0.001 0.001 0.880 0.004 0.066 62 V 0.281 0.627 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.077 63 N 0.019 0.817 0.006 0.005 0.014 0.011 0.004 0.125 64 P 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.984 65 Y 0.170 0.215 0.006 0.016 0.039 0.061 0.052 0.440 66 A 0.647 0.072 0.019 0.025 0.015 0.021 0.073 0.130 67 K 0.123 0.053 0.380 0.140 0.059 0.075 0.034 0.137 68 L 0.055 0.006 0.269 0.066 0.113 0.127 0.007 0.357 69 Y 0.004 0.001 0.794 0.110 0.078 0.006 0.001 0.005 70 I 0.001 0.002 0.699 0.131 0.121 0.006 0.001 0.039 71 V 0.001 0.001 0.935 0.027 0.034 0.001 0.001 0.003 72 S 0.001 0.001 0.811 0.050 0.063 0.009 0.001 0.066 73 L 0.001 0.001 0.792 0.060 0.071 0.015 0.001 0.060 74 K 0.002 0.001 0.270 0.025 0.081 0.136 0.001 0.485 75 D 0.005 0.001 0.062 0.005 0.042 0.093 0.002 0.791 76 S 0.017 0.002 0.006 0.002 0.004 0.137 0.003 0.830 77 A 0.044 0.005 0.003 0.001 0.001 0.495 0.006 0.444 78 F 0.132 0.073 0.007 0.002 0.007 0.444 0.008 0.327 79 A 0.025 0.688 0.009 0.002 0.008 0.038 0.002 0.229 80 E 0.013 0.635 0.003 0.001 0.003 0.074 0.003 0.267 81 L 0.037 0.851 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.092 82 L 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 83 Q 0.013 0.942 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.032 84 G 0.168 0.702 0.004 0.001 0.001 0.003 0.028 0.092 85 I 0.117 0.748 0.018 0.002 0.004 0.005 0.022 0.084 86 V 0.032 0.723 0.022 0.005 0.012 0.017 0.013 0.177 87 E 0.049 0.532 0.018 0.006 0.008 0.032 0.023 0.332 88 G 0.275 0.313 0.028 0.008 0.007 0.030 0.054 0.285 89 K 0.289 0.320 0.068 0.014 0.015 0.038 0.042 0.214 90 R 0.085 0.134 0.101 0.031 0.044 0.120 0.041 0.445 91 E 0.043 0.043 0.044 0.021 0.025 0.070 0.019 0.736 92 E 0.132 0.026 0.080 0.034 0.026 0.110 0.068 0.523 93 A 0.532 0.003 0.151 0.025 0.019 0.102 0.034 0.134 94 L 0.007 0.001 0.829 0.051 0.032 0.016 0.002 0.062 95 M 0.002 0.001 0.578 0.126 0.207 0.015 0.001 0.071 96 V 0.001 0.001 0.763 0.078 0.110 0.005 0.001 0.043 97 H 0.001 0.001 0.668 0.117 0.144 0.015 0.001 0.055 98 T 0.002 0.001 0.532 0.059 0.138 0.043 0.001 0.223 99 A 0.009 0.003 0.268 0.072 0.180 0.146 0.003 0.318 100 G 0.038 0.003 0.087 0.042 0.069 0.167 0.016 0.578 101 S 0.092 0.005 0.056 0.019 0.032 0.072 0.018 0.707 102 I 0.066 0.006 0.052 0.052 0.053 0.116 0.006 0.650 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 104 M 0.008 0.009 0.023 0.031 0.138 0.068 0.002 0.722 105 N 0.045 0.033 0.018 0.019 0.031 0.085 0.005 0.763 106 V 0.094 0.107 0.010 0.014 0.031 0.089 0.005 0.651 107 W 0.137 0.512 0.017 0.016 0.036 0.053 0.006 0.223 108 E 0.090 0.591 0.012 0.013 0.026 0.035 0.014 0.219 109 G 0.234 0.392 0.008 0.010 0.012 0.021 0.040 0.284 110 H 0.368 0.286 0.025 0.011 0.014 0.022 0.072 0.202 111 V 0.161 0.318 0.035 0.040 0.054 0.032 0.027 0.334 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 113 H 0.019 0.028 0.020 0.029 0.054 0.123 0.011 0.715 114 Y 0.494 0.028 0.033 0.012 0.009 0.049 0.044 0.332 115 G 0.346 0.024 0.092 0.032 0.020 0.058 0.032 0.397 116 V 0.066 0.007 0.533 0.067 0.054 0.046 0.008 0.217 117 F 0.015 0.005 0.321 0.070 0.104 0.050 0.006 0.430 118 Y 0.011 0.003 0.442 0.101 0.133 0.031 0.003 0.278 119 P 0.001 0.001 0.083 0.015 0.019 0.011 0.001 0.871 120 M 0.005 0.003 0.290 0.066 0.160 0.065 0.002 0.409 121 Q 0.037 0.005 0.272 0.071 0.117 0.096 0.006 0.396 122 T 0.014 0.004 0.043 0.030 0.046 0.054 0.003 0.806 123 F 0.064 0.007 0.092 0.036 0.085 0.144 0.007 0.566 124 S 0.054 0.017 0.036 0.028 0.041 0.213 0.009 0.602 125 K 0.124 0.021 0.033 0.021 0.040 0.100 0.023 0.638 126 Q 0.112 0.019 0.020 0.011 0.018 0.373 0.015 0.433 127 R 0.273 0.032 0.028 0.019 0.031 0.252 0.018 0.347 128 E 0.033 0.068 0.022 0.021 0.038 0.070 0.004 0.744 129 V 0.028 0.069 0.037 0.050 0.124 0.100 0.007 0.585 130 D 0.073 0.102 0.021 0.052 0.090 0.170 0.013 0.480 131 F 0.201 0.106 0.021 0.035 0.080 0.057 0.020 0.480 132 K 0.202 0.105 0.034 0.056 0.072 0.154 0.033 0.343 133 E 0.162 0.060 0.038 0.037 0.042 0.094 0.065 0.501 134 I 0.151 0.032 0.088 0.059 0.086 0.095 0.018 0.471 135 P 0.001 0.001 0.009 0.008 0.008 0.010 0.001 0.963 136 F 0.015 0.008 0.167 0.128 0.213 0.068 0.006 0.396 137 F 0.047 0.016 0.364 0.123 0.183 0.037 0.006 0.225 138 I 0.021 0.021 0.340 0.184 0.254 0.027 0.003 0.150 139 E 0.033 0.020 0.211 0.113 0.251 0.077 0.006 0.289 140 A 0.073 0.025 0.196 0.085 0.124 0.087 0.016 0.395 141 S 0.098 0.011 0.065 0.022 0.031 0.214 0.019 0.539 142 S 0.125 0.007 0.027 0.007 0.015 0.194 0.012 0.614 143 T 0.008 0.004 0.006 0.001 0.005 0.044 0.001 0.930 144 E 0.009 0.009 0.003 0.001 0.003 0.338 0.002 0.635 145 D 0.021 0.030 0.001 0.001 0.001 0.730 0.002 0.215 146 A 0.026 0.861 0.002 0.001 0.002 0.013 0.001 0.095 147 A 0.004 0.911 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.067 148 F 0.011 0.934 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.045 149 L 0.027 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 150 K 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 151 A 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 152 I 0.016 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 153 A 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 154 S 0.029 0.912 0.004 0.002 0.002 0.004 0.012 0.034 155 T 0.234 0.612 0.009 0.003 0.002 0.007 0.056 0.077 156 L 0.177 0.602 0.048 0.006 0.006 0.010 0.052 0.099 157 S 0.092 0.342 0.092 0.018 0.018 0.074 0.071 0.293 158 N 0.100 0.155 0.139 0.022 0.016 0.057 0.056 0.454 159 R 0.269 0.051 0.235 0.029 0.031 0.113 0.036 0.235 160 V 0.044 0.031 0.276 0.040 0.044 0.069 0.006 0.490 161 Y 0.012 0.021 0.500 0.120 0.125 0.042 0.005 0.175 162 D 0.017 0.018 0.177 0.091 0.108 0.064 0.005 0.520 163 A 0.035 0.020 0.314 0.083 0.140 0.067 0.006 0.335 164 D 0.020 0.011 0.047 0.026 0.068 0.342 0.005 0.480 165 S 0.032 0.009 0.016 0.007 0.025 0.070 0.004 0.837 166 E 0.021 0.018 0.006 0.004 0.009 0.444 0.004 0.495 167 Q 0.123 0.045 0.003 0.003 0.009 0.503 0.013 0.301 168 R 0.136 0.507 0.007 0.005 0.011 0.070 0.007 0.256 169 K 0.052 0.482 0.006 0.006 0.010 0.072 0.012 0.360 170 S 0.229 0.428 0.011 0.006 0.008 0.067 0.022 0.229 171 L 0.121 0.702 0.018 0.011 0.017 0.018 0.012 0.101 172 H 0.027 0.703 0.046 0.029 0.035 0.021 0.009 0.130 173 L 0.013 0.649 0.060 0.018 0.029 0.029 0.007 0.196 174 A 0.012 0.848 0.041 0.017 0.023 0.013 0.005 0.040 175 A 0.018 0.838 0.040 0.013 0.015 0.013 0.009 0.055 176 V 0.065 0.639 0.058 0.014 0.015 0.027 0.024 0.158 177 F 0.113 0.548 0.056 0.012 0.011 0.045 0.023 0.192 178 T 0.077 0.575 0.033 0.009 0.016 0.049 0.019 0.223 179 C 0.031 0.494 0.024 0.005 0.012 0.044 0.009 0.381 180 N 0.024 0.630 0.007 0.003 0.004 0.054 0.006 0.272 181 F 0.035 0.798 0.005 0.002 0.002 0.031 0.007 0.120 182 T 0.015 0.929 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.040 183 N 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 184 H 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 185 M 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 186 Y 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 187 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 188 L 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 189 A 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 190 A 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 191 E 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 192 L 0.008 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 193 L 0.010 0.959 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.021 194 K 0.011 0.957 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.021 195 K 0.040 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 196 Y 0.239 0.577 0.022 0.003 0.001 0.001 0.132 0.025 197 N 0.714 0.013 0.013 0.001 0.001 0.002 0.184 0.072 198 L 0.031 0.007 0.894 0.008 0.005 0.012 0.004 0.041 199 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 200 F 0.002 0.002 0.020 0.002 0.012 0.024 0.001 0.937 201 D 0.029 0.012 0.021 0.003 0.004 0.159 0.003 0.769 202 V 0.239 0.030 0.014 0.002 0.003 0.208 0.008 0.496 203 M 0.266 0.369 0.021 0.008 0.011 0.061 0.009 0.256 204 L 0.035 0.649 0.021 0.009 0.021 0.017 0.003 0.244 205 P 0.004 0.112 0.003 0.001 0.003 0.010 0.001 0.867 206 L 0.058 0.704 0.007 0.006 0.010 0.021 0.009 0.185 207 I 0.056 0.843 0.009 0.003 0.004 0.008 0.010 0.067 208 D 0.053 0.799 0.017 0.005 0.007 0.010 0.013 0.095 209 E 0.085 0.676 0.023 0.005 0.006 0.017 0.015 0.173 210 T 0.100 0.601 0.016 0.003 0.005 0.058 0.026 0.192 211 A 0.085 0.677 0.029 0.004 0.007 0.039 0.018 0.141 212 R 0.038 0.713 0.023 0.004 0.006 0.055 0.012 0.150 213 K 0.132 0.545 0.013 0.004 0.005 0.063 0.026 0.214 214 V 0.088 0.761 0.024 0.003 0.006 0.017 0.009 0.093 215 H 0.033 0.776 0.013 0.008 0.011 0.022 0.013 0.124 216 E 0.150 0.534 0.029 0.012 0.017 0.034 0.041 0.183 217 L 0.276 0.442 0.046 0.017 0.023 0.021 0.063 0.111 218 E 0.194 0.236 0.068 0.048 0.049 0.044 0.030 0.330 219 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 220 K 0.027 0.022 0.027 0.031 0.068 0.185 0.009 0.632 221 T 0.372 0.028 0.022 0.013 0.014 0.071 0.019 0.461 222 A 0.158 0.062 0.039 0.024 0.030 0.061 0.011 0.615 223 Q 0.198 0.035 0.053 0.028 0.041 0.192 0.015 0.438 224 T 0.115 0.036 0.034 0.021 0.032 0.126 0.026 0.611 225 G 0.102 0.037 0.041 0.045 0.066 0.071 0.012 0.626 226 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 227 A 0.012 0.008 0.018 0.038 0.074 0.103 0.003 0.743 228 I 0.352 0.043 0.045 0.051 0.084 0.081 0.010 0.335 229 R 0.114 0.078 0.117 0.142 0.146 0.063 0.008 0.332 230 Y 0.071 0.058 0.067 0.057 0.082 0.097 0.006 0.561 231 D 0.044 0.085 0.048 0.023 0.051 0.106 0.008 0.635 232 E 0.061 0.058 0.015 0.007 0.017 0.082 0.013 0.747 233 N 0.055 0.032 0.007 0.003 0.004 0.615 0.012 0.273 234 V 0.205 0.092 0.005 0.002 0.004 0.467 0.009 0.216 235 I 0.029 0.771 0.009 0.003 0.007 0.051 0.003 0.127 236 G 0.006 0.833 0.006 0.003 0.009 0.020 0.002 0.122 237 N 0.011 0.839 0.003 0.002 0.004 0.024 0.003 0.114 238 H 0.019 0.933 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 0.033 239 L 0.007 0.976 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 240 R 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 241 M 0.024 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 242 L 0.122 0.812 0.005 0.001 0.002 0.002 0.028 0.028 243 A 0.343 0.428 0.024 0.004 0.004 0.010 0.065 0.123 244 D 0.188 0.267 0.112 0.005 0.005 0.024 0.079 0.321 245 D 0.138 0.097 0.040 0.004 0.005 0.039 0.019 0.658 246 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 247 A 0.008 0.018 0.008 0.002 0.005 0.574 0.003 0.381 248 M 0.190 0.108 0.014 0.001 0.003 0.342 0.007 0.334 249 Q 0.050 0.632 0.005 0.001 0.002 0.047 0.002 0.261 250 R 0.029 0.678 0.003 0.001 0.001 0.068 0.003 0.217 251 L 0.027 0.875 0.002 0.001 0.001 0.012 0.003 0.080 252 Y 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 253 E 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 254 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 255 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 256 S 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 257 R 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 258 S 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 259 I 0.014 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 260 H 0.017 0.927 0.003 0.002 0.002 0.005 0.006 0.037 261 E 0.059 0.816 0.009 0.003 0.003 0.010 0.026 0.074 262 R 0.161 0.657 0.011 0.004 0.002 0.008 0.059 0.098 263 Q 0.201 0.429 0.072 0.015 0.013 0.031 0.044 0.197