# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3171 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.545 0.219 0.123 0.075 0.033 0.005 0.001 2 K 0.699 0.223 0.060 0.014 0.003 0.001 0.001 3 R 0.553 0.238 0.143 0.055 0.010 0.001 0.001 4 S 0.689 0.243 0.053 0.012 0.002 0.001 0.001 5 I 0.336 0.224 0.223 0.164 0.047 0.006 0.001 6 E 0.653 0.265 0.059 0.017 0.006 0.001 0.001 7 D 0.441 0.407 0.099 0.036 0.013 0.003 0.001 8 T 0.056 0.139 0.224 0.297 0.222 0.057 0.004 9 P 0.011 0.060 0.232 0.357 0.235 0.096 0.009 10 I 0.002 0.003 0.008 0.019 0.117 0.547 0.304 11 V 0.001 0.003 0.011 0.032 0.089 0.338 0.526 12 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.022 0.166 0.802 13 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 0.168 0.799 14 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.035 0.195 0.759 15 A 0.001 0.004 0.008 0.023 0.056 0.237 0.671 16 G 0.004 0.017 0.035 0.086 0.176 0.344 0.337 17 N 0.006 0.022 0.051 0.114 0.265 0.335 0.208 18 L 0.003 0.007 0.013 0.037 0.133 0.390 0.416 19 A 0.002 0.006 0.012 0.032 0.108 0.368 0.472 20 T 0.006 0.021 0.069 0.142 0.201 0.302 0.260 21 N 0.002 0.007 0.026 0.052 0.169 0.344 0.400 22 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.211 0.766 23 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.046 0.308 0.635 24 K 0.003 0.035 0.144 0.277 0.224 0.224 0.093 25 A 0.001 0.013 0.060 0.152 0.340 0.360 0.073 26 L 0.001 0.002 0.004 0.016 0.134 0.648 0.196 27 Y 0.004 0.030 0.100 0.330 0.328 0.188 0.021 28 R 0.092 0.345 0.280 0.182 0.071 0.026 0.002 29 K 0.054 0.193 0.317 0.302 0.108 0.027 0.001 30 G 0.074 0.205 0.194 0.227 0.205 0.089 0.006 31 F 0.012 0.036 0.104 0.235 0.400 0.196 0.017 32 R 0.041 0.175 0.300 0.269 0.131 0.070 0.013 33 I 0.008 0.011 0.020 0.054 0.173 0.467 0.268 34 V 0.010 0.029 0.057 0.119 0.209 0.359 0.217 35 Q 0.011 0.021 0.037 0.072 0.179 0.362 0.317 36 V 0.010 0.026 0.038 0.072 0.155 0.368 0.331 37 Y 0.013 0.036 0.068 0.117 0.272 0.361 0.134 38 S 0.040 0.140 0.213 0.244 0.212 0.126 0.025 39 R 0.079 0.173 0.245 0.254 0.177 0.065 0.006 40 T 0.224 0.264 0.195 0.151 0.121 0.043 0.002 41 E 0.369 0.346 0.168 0.084 0.028 0.005 0.001 42 E 0.514 0.364 0.086 0.028 0.007 0.001 0.001 43 S 0.141 0.296 0.307 0.200 0.047 0.008 0.001 44 A 0.031 0.062 0.175 0.352 0.316 0.065 0.001 45 R 0.276 0.523 0.159 0.033 0.009 0.001 0.001 46 E 0.131 0.384 0.308 0.154 0.021 0.002 0.001 47 L 0.013 0.036 0.116 0.254 0.458 0.122 0.002 48 A 0.055 0.177 0.353 0.337 0.072 0.006 0.001 49 Q 0.539 0.422 0.032 0.005 0.002 0.001 0.001 50 K 0.182 0.371 0.247 0.173 0.023 0.003 0.001 51 V 0.039 0.082 0.287 0.355 0.203 0.032 0.001 52 E 0.162 0.444 0.287 0.086 0.017 0.004 0.001 53 A 0.045 0.056 0.126 0.261 0.372 0.130 0.010 54 E 0.063 0.291 0.271 0.242 0.101 0.029 0.001 55 Y 0.015 0.051 0.095 0.179 0.301 0.326 0.034 56 T 0.021 0.091 0.205 0.304 0.260 0.107 0.010 57 T 0.083 0.265 0.291 0.214 0.118 0.026 0.002 58 D 0.041 0.155 0.258 0.280 0.193 0.065 0.008 59 L 0.010 0.036 0.092 0.216 0.372 0.257 0.017 60 A 0.132 0.383 0.288 0.139 0.046 0.011 0.001 61 E 0.100 0.371 0.309 0.174 0.039 0.006 0.001 62 V 0.006 0.018 0.045 0.144 0.427 0.334 0.025 63 N 0.010 0.052 0.174 0.459 0.230 0.073 0.003 64 P 0.225 0.542 0.165 0.047 0.016 0.004 0.001 65 Y 0.022 0.146 0.338 0.375 0.099 0.020 0.002 66 A 0.001 0.005 0.016 0.068 0.395 0.463 0.052 67 K 0.004 0.060 0.197 0.355 0.239 0.132 0.013 68 L 0.001 0.004 0.017 0.050 0.189 0.495 0.244 69 Y 0.001 0.001 0.004 0.016 0.077 0.377 0.525 70 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.233 0.737 71 V 0.001 0.002 0.006 0.016 0.068 0.259 0.649 72 S 0.001 0.006 0.016 0.049 0.134 0.394 0.401 73 L 0.002 0.011 0.028 0.088 0.257 0.442 0.173 74 K 0.015 0.067 0.133 0.207 0.306 0.232 0.040 75 D 0.071 0.217 0.256 0.218 0.159 0.072 0.007 76 S 0.164 0.320 0.269 0.167 0.061 0.018 0.001 77 A 0.043 0.113 0.215 0.283 0.246 0.091 0.010 78 F 0.013 0.029 0.052 0.124 0.355 0.380 0.047 79 A 0.035 0.200 0.333 0.277 0.120 0.034 0.001 80 E 0.071 0.316 0.328 0.216 0.060 0.010 0.001 81 L 0.001 0.007 0.025 0.079 0.340 0.494 0.053 82 L 0.003 0.015 0.046 0.169 0.382 0.358 0.027 83 Q 0.082 0.433 0.307 0.127 0.041 0.010 0.001 84 G 0.027 0.181 0.371 0.342 0.071 0.008 0.001 85 I 0.003 0.008 0.020 0.062 0.388 0.501 0.019 86 V 0.022 0.128 0.313 0.391 0.129 0.017 0.001 87 E 0.308 0.546 0.115 0.024 0.005 0.001 0.001 88 G 0.051 0.166 0.343 0.335 0.095 0.009 0.001 89 K 0.092 0.154 0.266 0.288 0.181 0.019 0.001 90 R 0.318 0.430 0.173 0.056 0.021 0.002 0.001 91 E 0.434 0.424 0.097 0.035 0.009 0.001 0.001 92 E 0.171 0.376 0.237 0.150 0.056 0.010 0.001 93 A 0.008 0.052 0.222 0.467 0.195 0.055 0.002 94 L 0.002 0.007 0.024 0.057 0.262 0.573 0.074 95 M 0.002 0.003 0.012 0.036 0.090 0.424 0.434 96 V 0.001 0.001 0.004 0.011 0.038 0.234 0.710 97 H 0.001 0.004 0.015 0.039 0.102 0.248 0.591 98 T 0.002 0.008 0.016 0.032 0.103 0.342 0.497 99 A 0.010 0.028 0.050 0.100 0.200 0.379 0.234 100 G 0.028 0.104 0.152 0.200 0.216 0.226 0.074 101 S 0.031 0.055 0.099 0.183 0.286 0.281 0.064 102 I 0.057 0.120 0.174 0.223 0.234 0.160 0.031 103 P 0.119 0.206 0.196 0.188 0.160 0.110 0.021 104 M 0.083 0.131 0.189 0.260 0.218 0.106 0.013 105 N 0.283 0.394 0.174 0.091 0.044 0.013 0.001 106 V 0.062 0.169 0.244 0.291 0.172 0.057 0.006 107 W 0.030 0.053 0.093 0.209 0.375 0.223 0.018 108 E 0.100 0.275 0.296 0.233 0.077 0.018 0.001 109 G 0.297 0.404 0.188 0.083 0.023 0.005 0.001 110 H 0.057 0.159 0.299 0.346 0.111 0.027 0.001 111 V 0.049 0.060 0.151 0.288 0.333 0.114 0.005 112 P 0.355 0.407 0.156 0.060 0.019 0.004 0.001 113 H 0.390 0.365 0.140 0.070 0.026 0.007 0.001 114 Y 0.096 0.195 0.246 0.267 0.144 0.046 0.005 115 G 0.047 0.136 0.193 0.233 0.250 0.122 0.018 116 V 0.013 0.032 0.067 0.144 0.301 0.332 0.111 117 F 0.007 0.016 0.036 0.084 0.205 0.393 0.258 118 Y 0.002 0.003 0.007 0.017 0.061 0.313 0.598 119 P 0.002 0.003 0.006 0.014 0.044 0.203 0.729 120 M 0.002 0.003 0.005 0.011 0.046 0.221 0.712 121 Q 0.003 0.008 0.010 0.023 0.076 0.312 0.568 122 T 0.010 0.031 0.044 0.098 0.208 0.372 0.237 123 F 0.021 0.070 0.113 0.204 0.254 0.258 0.079 124 S 0.054 0.090 0.150 0.225 0.264 0.180 0.037 125 K 0.290 0.297 0.202 0.124 0.057 0.025 0.005 126 Q 0.482 0.274 0.132 0.069 0.029 0.012 0.003 127 R 0.309 0.227 0.186 0.163 0.077 0.032 0.006 128 E 0.234 0.260 0.205 0.172 0.082 0.043 0.005 129 V 0.147 0.160 0.190 0.228 0.171 0.093 0.011 130 D 0.206 0.246 0.221 0.174 0.100 0.046 0.006 131 F 0.138 0.158 0.203 0.231 0.172 0.086 0.012 132 K 0.243 0.257 0.205 0.151 0.095 0.042 0.007 133 E 0.176 0.259 0.205 0.172 0.116 0.058 0.014 134 I 0.027 0.065 0.119 0.222 0.281 0.224 0.062 135 P 0.011 0.029 0.055 0.127 0.282 0.387 0.108 136 F 0.007 0.025 0.051 0.098 0.222 0.414 0.183 137 F 0.005 0.008 0.016 0.042 0.118 0.402 0.409 138 I 0.004 0.008 0.014 0.036 0.107 0.396 0.436 139 E 0.013 0.039 0.090 0.188 0.263 0.277 0.130 140 A 0.032 0.099 0.183 0.244 0.249 0.164 0.029 141 S 0.107 0.205 0.250 0.239 0.134 0.059 0.006 142 S 0.261 0.272 0.204 0.137 0.089 0.036 0.003 143 T 0.405 0.294 0.176 0.088 0.029 0.006 0.001 144 E 0.345 0.401 0.159 0.067 0.023 0.005 0.001 145 D 0.077 0.155 0.216 0.300 0.186 0.062 0.005 146 A 0.023 0.104 0.251 0.337 0.208 0.074 0.002 147 A 0.183 0.416 0.213 0.128 0.048 0.011 0.001 148 F 0.006 0.043 0.191 0.337 0.312 0.101 0.010 149 L 0.002 0.006 0.009 0.030 0.210 0.587 0.155 150 K 0.005 0.063 0.259 0.441 0.171 0.057 0.003 151 A 0.026 0.161 0.289 0.341 0.132 0.046 0.005 152 I 0.001 0.007 0.025 0.086 0.307 0.513 0.061 153 A 0.005 0.015 0.038 0.137 0.334 0.398 0.074 154 S 0.047 0.262 0.352 0.219 0.084 0.033 0.004 155 T 0.044 0.146 0.249 0.309 0.188 0.059 0.006 156 L 0.028 0.050 0.091 0.198 0.330 0.269 0.035 157 S 0.110 0.249 0.256 0.200 0.125 0.054 0.007 158 N 0.142 0.249 0.266 0.215 0.086 0.037 0.006 159 R 0.055 0.136 0.202 0.257 0.240 0.099 0.012 160 V 0.038 0.057 0.071 0.152 0.283 0.339 0.059 161 Y 0.030 0.083 0.158 0.252 0.279 0.179 0.019 162 D 0.069 0.185 0.288 0.263 0.136 0.054 0.005 163 A 0.058 0.099 0.182 0.274 0.277 0.101 0.007 164 D 0.338 0.380 0.155 0.080 0.038 0.008 0.001 165 S 0.450 0.314 0.140 0.071 0.021 0.004 0.001 166 E 0.439 0.326 0.149 0.063 0.020 0.003 0.001 167 Q 0.322 0.301 0.205 0.128 0.035 0.009 0.001 168 R 0.096 0.161 0.316 0.278 0.116 0.031 0.002 169 K 0.216 0.343 0.234 0.142 0.050 0.014 0.001 170 S 0.023 0.077 0.154 0.267 0.284 0.170 0.024 171 L 0.006 0.013 0.022 0.064 0.250 0.493 0.153 172 H 0.007 0.029 0.079 0.167 0.225 0.338 0.157 173 L 0.002 0.003 0.007 0.016 0.061 0.283 0.628 174 A 0.001 0.001 0.003 0.007 0.028 0.191 0.770 175 A 0.001 0.003 0.006 0.015 0.052 0.194 0.730 176 V 0.002 0.006 0.009 0.019 0.061 0.238 0.664 177 F 0.004 0.008 0.012 0.034 0.076 0.267 0.598 178 T 0.003 0.006 0.010 0.030 0.077 0.284 0.589 179 C 0.009 0.022 0.035 0.076 0.169 0.324 0.364 180 N 0.014 0.032 0.048 0.086 0.201 0.296 0.323 181 F 0.007 0.014 0.020 0.049 0.098 0.290 0.523 182 T 0.005 0.015 0.035 0.072 0.158 0.318 0.396 183 N 0.009 0.027 0.073 0.145 0.226 0.290 0.230 184 H 0.003 0.012 0.027 0.052 0.185 0.380 0.340 185 M 0.001 0.002 0.003 0.016 0.047 0.292 0.639 186 Y 0.001 0.002 0.005 0.019 0.082 0.362 0.530 187 A 0.003 0.017 0.068 0.155 0.230 0.314 0.214 188 L 0.002 0.012 0.056 0.109 0.287 0.314 0.221 189 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.405 0.560 190 A 0.001 0.011 0.052 0.168 0.331 0.352 0.086 191 E 0.010 0.100 0.292 0.375 0.118 0.089 0.016 192 L 0.001 0.006 0.033 0.113 0.416 0.391 0.039 193 L 0.004 0.011 0.023 0.075 0.262 0.522 0.103 194 K 0.084 0.355 0.273 0.173 0.091 0.022 0.001 195 K 0.176 0.390 0.245 0.148 0.032 0.009 0.001 196 Y 0.049 0.092 0.230 0.350 0.223 0.054 0.002 197 N 0.353 0.399 0.156 0.060 0.025 0.007 0.001 198 L 0.074 0.102 0.225 0.334 0.214 0.048 0.003 199 P 0.391 0.375 0.146 0.055 0.026 0.007 0.001 200 F 0.125 0.209 0.265 0.256 0.107 0.035 0.003 201 D 0.428 0.375 0.125 0.048 0.021 0.004 0.001 202 V 0.061 0.195 0.263 0.276 0.159 0.042 0.005 203 M 0.014 0.040 0.062 0.152 0.348 0.321 0.063 204 L 0.007 0.049 0.154 0.324 0.286 0.169 0.012 205 P 0.028 0.147 0.315 0.311 0.140 0.054 0.006 206 L 0.006 0.017 0.058 0.161 0.352 0.341 0.064 207 I 0.005 0.014 0.024 0.073 0.225 0.479 0.180 208 D 0.026 0.120 0.291 0.327 0.158 0.068 0.011 209 E 0.076 0.262 0.317 0.237 0.078 0.027 0.003 210 T 0.050 0.110 0.143 0.247 0.290 0.148 0.013 211 A 0.029 0.065 0.130 0.260 0.319 0.181 0.016 212 R 0.118 0.249 0.323 0.205 0.076 0.027 0.003 213 K 0.159 0.310 0.273 0.172 0.065 0.020 0.002 214 V 0.061 0.082 0.110 0.248 0.306 0.171 0.022 215 H 0.067 0.144 0.211 0.260 0.217 0.094 0.007 216 E 0.135 0.309 0.267 0.186 0.071 0.029 0.003 217 L 0.050 0.071 0.123 0.244 0.334 0.162 0.016 218 E 0.121 0.223 0.244 0.226 0.137 0.044 0.003 219 P 0.215 0.252 0.246 0.175 0.082 0.029 0.003 220 K 0.352 0.264 0.199 0.126 0.044 0.013 0.001 221 T 0.315 0.225 0.197 0.162 0.072 0.027 0.003 222 A 0.422 0.259 0.161 0.097 0.044 0.016 0.002 223 Q 0.316 0.274 0.198 0.131 0.057 0.022 0.002 224 T 0.216 0.223 0.169 0.180 0.138 0.065 0.009 225 G 0.147 0.181 0.234 0.241 0.131 0.058 0.007 226 P 0.394 0.327 0.151 0.081 0.033 0.013 0.002 227 A 0.119 0.185 0.221 0.236 0.160 0.069 0.010 228 I 0.045 0.066 0.093 0.196 0.336 0.233 0.031 229 R 0.060 0.168 0.252 0.257 0.170 0.085 0.009 230 Y 0.103 0.198 0.242 0.245 0.150 0.056 0.006 231 D 0.178 0.229 0.223 0.197 0.113 0.052 0.007 232 E 0.137 0.187 0.240 0.239 0.136 0.054 0.006 233 N 0.269 0.357 0.205 0.112 0.041 0.014 0.002 234 V 0.033 0.075 0.154 0.256 0.311 0.149 0.023 235 I 0.017 0.040 0.055 0.122 0.285 0.389 0.092 236 G 0.024 0.106 0.248 0.317 0.191 0.102 0.012 237 N 0.057 0.190 0.294 0.279 0.123 0.049 0.007 238 H 0.010 0.035 0.081 0.170 0.333 0.318 0.053 239 L 0.011 0.024 0.047 0.129 0.317 0.391 0.080 240 R 0.052 0.248 0.315 0.237 0.104 0.040 0.003 241 M 0.041 0.147 0.251 0.302 0.190 0.065 0.004 242 L 0.031 0.055 0.126 0.255 0.345 0.179 0.010 243 A 0.274 0.322 0.210 0.125 0.056 0.012 0.001 244 D 0.408 0.327 0.163 0.074 0.022 0.006 0.001 245 D 0.409 0.295 0.178 0.090 0.023 0.005 0.001 246 P 0.383 0.309 0.166 0.095 0.038 0.009 0.001 247 A 0.187 0.263 0.221 0.182 0.110 0.035 0.003 248 M 0.048 0.110 0.192 0.267 0.255 0.119 0.008 249 Q 0.118 0.297 0.286 0.191 0.081 0.026 0.002 250 R 0.053 0.165 0.284 0.278 0.171 0.044 0.006 251 L 0.009 0.024 0.039 0.101 0.280 0.450 0.098 252 Y 0.008 0.039 0.116 0.295 0.313 0.211 0.017 253 E 0.089 0.341 0.295 0.177 0.068 0.028 0.002 254 L 0.014 0.053 0.179 0.352 0.288 0.104 0.010 255 L 0.011 0.020 0.035 0.092 0.298 0.479 0.064 256 S 0.074 0.217 0.318 0.266 0.100 0.024 0.001 257 R 0.423 0.433 0.098 0.035 0.009 0.002 0.001 258 S 0.140 0.223 0.249 0.254 0.106 0.027 0.001 259 I 0.110 0.094 0.181 0.284 0.250 0.077 0.004 260 H 0.568 0.315 0.083 0.023 0.009 0.002 0.001 261 E 0.729 0.217 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 262 R 0.462 0.241 0.148 0.100 0.037 0.011 0.001 263 Q 0.440 0.197 0.149 0.119 0.066 0.027 0.003