# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2003 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.033 0.021 0.044 0.058 0.095 0.056 0.630 2 K 0.149 0.025 0.008 0.032 0.045 0.078 0.036 0.626 3 R 0.043 0.008 0.017 0.028 0.036 0.095 0.036 0.737 4 S 0.196 0.014 0.027 0.041 0.050 0.085 0.091 0.496 5 I 0.225 0.004 0.017 0.013 0.024 0.086 0.065 0.566 6 E 0.021 0.003 0.048 0.017 0.027 0.151 0.023 0.710 7 D 0.011 0.003 0.010 0.012 0.018 0.148 0.018 0.781 8 T 0.007 0.019 0.114 0.097 0.107 0.164 0.073 0.420 9 P 0.005 0.029 0.313 0.107 0.195 0.065 0.087 0.199 10 I 0.001 0.011 0.460 0.182 0.176 0.024 0.055 0.092 11 V 0.001 0.009 0.703 0.098 0.134 0.009 0.022 0.023 12 L 0.004 0.016 0.555 0.146 0.156 0.017 0.053 0.053 13 I 0.015 0.028 0.514 0.085 0.130 0.033 0.095 0.100 14 G 0.057 0.106 0.330 0.063 0.087 0.078 0.105 0.175 15 A 0.073 0.181 0.115 0.021 0.038 0.114 0.103 0.355 16 G 0.057 0.207 0.057 0.011 0.021 0.099 0.282 0.265 17 N 0.031 0.310 0.032 0.010 0.010 0.071 0.356 0.179 18 L 0.019 0.722 0.015 0.004 0.004 0.029 0.095 0.112 19 A 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.014 20 T 0.008 0.909 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.016 21 N 0.007 0.721 0.005 0.001 0.001 0.005 0.242 0.018 22 L 0.024 0.888 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.014 23 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 24 K 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.027 25 A 0.011 0.827 0.003 0.001 0.001 0.006 0.105 0.046 26 L 0.088 0.155 0.117 0.007 0.002 0.020 0.565 0.045 27 Y 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.044 28 R 0.049 0.001 0.005 0.001 0.001 0.043 0.008 0.893 29 K 0.004 0.001 0.059 0.001 0.002 0.115 0.004 0.815 30 G 0.017 0.001 0.031 0.004 0.004 0.158 0.019 0.765 31 F 0.002 0.001 0.035 0.004 0.005 0.112 0.006 0.835 32 R 0.004 0.002 0.686 0.037 0.070 0.039 0.058 0.104 33 I 0.002 0.001 0.290 0.028 0.027 0.074 0.023 0.555 34 V 0.001 0.001 0.851 0.040 0.036 0.013 0.017 0.041 35 Q 0.007 0.002 0.708 0.062 0.093 0.021 0.029 0.078 36 V 0.006 0.003 0.647 0.052 0.065 0.031 0.052 0.144 37 Y 0.019 0.007 0.430 0.063 0.069 0.076 0.027 0.310 38 S 0.032 0.015 0.120 0.039 0.086 0.140 0.073 0.496 39 R 0.005 0.016 0.129 0.007 0.010 0.112 0.076 0.644 40 T 0.089 0.768 0.002 0.001 0.001 0.010 0.086 0.043 41 E 0.084 0.855 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.028 42 E 0.004 0.909 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.051 43 S 0.006 0.891 0.001 0.001 0.001 0.003 0.079 0.020 44 A 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 45 R 0.009 0.860 0.001 0.001 0.001 0.004 0.104 0.021 46 E 0.013 0.875 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.058 47 L 0.055 0.648 0.019 0.002 0.002 0.015 0.199 0.061 48 A 0.141 0.038 0.120 0.010 0.003 0.052 0.451 0.187 49 Q 0.322 0.020 0.004 0.001 0.001 0.027 0.018 0.608 50 K 0.050 0.005 0.023 0.001 0.002 0.084 0.014 0.820 51 V 0.024 0.007 0.071 0.003 0.007 0.124 0.015 0.749 52 E 0.012 0.005 0.045 0.006 0.011 0.137 0.038 0.746 53 A 0.004 0.002 0.155 0.016 0.012 0.119 0.023 0.670 54 E 0.019 0.014 0.538 0.029 0.051 0.053 0.125 0.171 55 Y 0.028 0.010 0.206 0.015 0.013 0.082 0.028 0.618 56 T 0.051 0.022 0.107 0.018 0.023 0.122 0.046 0.613 57 T 0.032 0.052 0.139 0.016 0.033 0.117 0.046 0.566 58 D 0.191 0.319 0.038 0.008 0.015 0.063 0.118 0.249 59 L 0.350 0.237 0.008 0.007 0.006 0.053 0.141 0.198 60 A 0.089 0.056 0.013 0.014 0.015 0.086 0.104 0.623 61 E 0.030 0.046 0.035 0.011 0.030 0.105 0.052 0.691 62 V 0.047 0.026 0.034 0.014 0.013 0.117 0.036 0.712 63 N 0.292 0.026 0.021 0.021 0.011 0.094 0.087 0.447 64 P 0.122 0.007 0.012 0.003 0.005 0.075 0.021 0.754 65 Y 0.017 0.006 0.030 0.003 0.007 0.113 0.029 0.794 66 A 0.003 0.009 0.163 0.018 0.029 0.177 0.046 0.555 67 K 0.001 0.009 0.398 0.061 0.133 0.100 0.058 0.240 68 L 0.001 0.003 0.575 0.085 0.113 0.044 0.044 0.135 69 Y 0.001 0.003 0.835 0.062 0.046 0.007 0.032 0.014 70 I 0.001 0.003 0.863 0.035 0.032 0.007 0.030 0.028 71 V 0.002 0.003 0.819 0.050 0.046 0.012 0.022 0.046 72 S 0.006 0.002 0.480 0.051 0.099 0.078 0.040 0.244 73 L 0.013 0.006 0.397 0.034 0.051 0.129 0.058 0.312 74 K 0.242 0.186 0.017 0.005 0.007 0.081 0.080 0.381 75 D 0.201 0.396 0.003 0.002 0.001 0.043 0.075 0.279 76 S 0.018 0.608 0.003 0.002 0.002 0.028 0.045 0.294 77 A 0.044 0.774 0.004 0.001 0.003 0.014 0.041 0.118 78 F 0.044 0.889 0.002 0.002 0.001 0.006 0.022 0.033 79 A 0.042 0.813 0.003 0.003 0.004 0.010 0.060 0.065 80 E 0.052 0.603 0.008 0.007 0.010 0.020 0.183 0.118 81 L 0.168 0.579 0.008 0.006 0.009 0.021 0.075 0.134 82 L 0.188 0.454 0.011 0.007 0.007 0.040 0.062 0.229 83 Q 0.027 0.483 0.006 0.005 0.006 0.034 0.018 0.421 84 G 0.088 0.527 0.022 0.008 0.013 0.041 0.075 0.225 85 I 0.218 0.213 0.043 0.028 0.015 0.063 0.102 0.318 86 V 0.326 0.046 0.030 0.010 0.019 0.043 0.061 0.463 87 E 0.147 0.013 0.024 0.007 0.013 0.057 0.017 0.723 88 G 0.030 0.004 0.054 0.009 0.018 0.097 0.033 0.755 89 K 0.072 0.002 0.033 0.009 0.008 0.095 0.018 0.762 90 R 0.512 0.006 0.009 0.002 0.003 0.045 0.020 0.402 91 E 0.007 0.001 0.030 0.002 0.003 0.159 0.015 0.782 92 E 0.001 0.004 0.197 0.017 0.034 0.154 0.046 0.546 93 A 0.001 0.002 0.722 0.045 0.098 0.026 0.025 0.082 94 L 0.001 0.001 0.920 0.039 0.024 0.003 0.004 0.011 95 M 0.001 0.001 0.936 0.027 0.025 0.001 0.006 0.005 96 V 0.001 0.001 0.959 0.011 0.014 0.002 0.006 0.007 97 H 0.051 0.007 0.740 0.024 0.040 0.022 0.051 0.065 98 T 0.101 0.019 0.432 0.022 0.031 0.090 0.053 0.253 99 A 0.061 0.029 0.202 0.013 0.037 0.130 0.104 0.424 100 G 0.032 0.072 0.142 0.019 0.031 0.144 0.065 0.495 101 S 0.059 0.088 0.062 0.023 0.026 0.143 0.142 0.457 102 I 0.036 0.203 0.045 0.026 0.017 0.104 0.122 0.447 103 P 0.089 0.620 0.006 0.003 0.007 0.026 0.067 0.181 104 M 0.050 0.836 0.002 0.003 0.002 0.013 0.022 0.073 105 N 0.078 0.690 0.005 0.003 0.003 0.015 0.083 0.123 106 V 0.149 0.406 0.014 0.007 0.008 0.039 0.112 0.265 107 W 0.538 0.261 0.009 0.003 0.006 0.020 0.034 0.131 108 E 0.233 0.018 0.008 0.004 0.006 0.077 0.072 0.582 109 G 0.010 0.027 0.008 0.005 0.008 0.104 0.015 0.823 110 H 0.025 0.037 0.032 0.006 0.013 0.126 0.041 0.721 111 V 0.273 0.019 0.040 0.019 0.005 0.093 0.156 0.393 112 P 0.364 0.007 0.008 0.003 0.002 0.054 0.020 0.541 113 H 0.072 0.003 0.043 0.001 0.003 0.075 0.012 0.791 114 Y 0.010 0.004 0.067 0.004 0.007 0.107 0.019 0.781 115 G 0.004 0.003 0.125 0.026 0.040 0.146 0.042 0.613 116 V 0.002 0.003 0.287 0.055 0.087 0.098 0.023 0.445 117 F 0.012 0.007 0.462 0.060 0.135 0.052 0.033 0.238 118 Y 0.017 0.005 0.549 0.055 0.075 0.060 0.062 0.176 119 P 0.016 0.007 0.457 0.052 0.085 0.071 0.066 0.247 120 M 0.016 0.009 0.261 0.045 0.089 0.084 0.059 0.437 121 Q 0.023 0.010 0.376 0.064 0.101 0.085 0.069 0.272 122 T 0.018 0.010 0.145 0.061 0.077 0.157 0.072 0.460 123 F 0.045 0.015 0.077 0.028 0.039 0.130 0.051 0.615 124 S 0.202 0.047 0.038 0.018 0.026 0.098 0.115 0.456 125 K 0.025 0.040 0.013 0.008 0.009 0.103 0.030 0.772 126 Q 0.037 0.174 0.010 0.006 0.014 0.095 0.045 0.620 127 R 0.080 0.483 0.008 0.019 0.014 0.048 0.072 0.276 128 E 0.228 0.300 0.010 0.016 0.020 0.045 0.090 0.291 129 V 0.110 0.135 0.038 0.034 0.047 0.076 0.159 0.401 130 D 0.394 0.047 0.031 0.017 0.046 0.059 0.075 0.330 131 F 0.418 0.022 0.012 0.013 0.027 0.066 0.079 0.363 132 K 0.009 0.011 0.016 0.015 0.034 0.135 0.019 0.761 133 E 0.014 0.032 0.050 0.045 0.143 0.150 0.055 0.511 134 I 0.011 0.037 0.082 0.220 0.197 0.101 0.065 0.287 135 P 0.020 0.036 0.162 0.154 0.315 0.058 0.058 0.196 136 F 0.014 0.024 0.219 0.185 0.238 0.054 0.086 0.179 137 F 0.016 0.013 0.315 0.131 0.159 0.071 0.080 0.215 138 I 0.032 0.022 0.203 0.114 0.206 0.078 0.080 0.264 139 E 0.037 0.012 0.144 0.076 0.104 0.132 0.075 0.420 140 A 0.007 0.010 0.080 0.031 0.056 0.184 0.071 0.561 141 S 0.017 0.129 0.040 0.009 0.017 0.126 0.062 0.600 142 S 0.101 0.777 0.001 0.001 0.001 0.013 0.051 0.056 143 T 0.039 0.849 0.001 0.001 0.001 0.011 0.033 0.066 144 E 0.013 0.875 0.002 0.001 0.001 0.005 0.057 0.046 145 D 0.025 0.744 0.002 0.001 0.001 0.005 0.198 0.025 146 A 0.014 0.895 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 0.017 147 A 0.007 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.030 148 F 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.023 149 L 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 150 K 0.026 0.696 0.003 0.001 0.001 0.004 0.256 0.014 151 A 0.012 0.148 0.009 0.002 0.001 0.027 0.700 0.101 152 I 0.009 0.539 0.067 0.004 0.003 0.041 0.262 0.075 153 A 0.057 0.187 0.167 0.004 0.003 0.075 0.298 0.208 154 S 0.089 0.131 0.034 0.004 0.002 0.112 0.148 0.480 155 T 0.032 0.076 0.094 0.006 0.009 0.144 0.086 0.552 156 L 0.100 0.036 0.158 0.005 0.012 0.116 0.069 0.503 157 S 0.055 0.042 0.056 0.012 0.014 0.146 0.098 0.576 158 N 0.007 0.016 0.119 0.022 0.044 0.148 0.063 0.581 159 R 0.010 0.021 0.299 0.058 0.128 0.105 0.066 0.313 160 V 0.007 0.015 0.262 0.070 0.101 0.087 0.051 0.407 161 Y 0.012 0.011 0.380 0.085 0.112 0.073 0.036 0.291 162 D 0.022 0.015 0.210 0.050 0.106 0.125 0.127 0.346 163 A 0.016 0.040 0.120 0.015 0.023 0.100 0.055 0.631 164 D 0.288 0.508 0.005 0.002 0.003 0.023 0.079 0.091 165 S 0.147 0.507 0.003 0.002 0.002 0.043 0.083 0.214 166 E 0.028 0.356 0.008 0.002 0.004 0.066 0.171 0.366 167 Q 0.036 0.732 0.004 0.001 0.002 0.026 0.114 0.085 168 R 0.051 0.615 0.004 0.003 0.003 0.024 0.222 0.079 169 K 0.007 0.783 0.003 0.006 0.003 0.022 0.090 0.086 170 S 0.012 0.838 0.007 0.003 0.011 0.014 0.048 0.068 171 L 0.019 0.758 0.030 0.016 0.016 0.018 0.093 0.051 172 H 0.039 0.521 0.049 0.030 0.032 0.028 0.213 0.088 173 L 0.051 0.326 0.077 0.037 0.057 0.049 0.198 0.206 174 A 0.056 0.180 0.128 0.037 0.064 0.064 0.204 0.267 175 A 0.051 0.188 0.135 0.036 0.062 0.098 0.144 0.286 176 V 0.042 0.207 0.067 0.022 0.035 0.126 0.110 0.390 177 F 0.029 0.301 0.049 0.016 0.025 0.117 0.125 0.339 178 T 0.034 0.471 0.024 0.006 0.010 0.040 0.310 0.104 179 C 0.012 0.457 0.011 0.005 0.004 0.027 0.394 0.090 180 N 0.002 0.880 0.006 0.002 0.001 0.005 0.086 0.018 181 F 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 182 T 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 183 N 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 184 H 0.001 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 185 M 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 186 Y 0.002 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 187 A 0.005 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.116 0.005 188 L 0.005 0.905 0.002 0.001 0.001 0.002 0.075 0.010 189 A 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 190 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 191 E 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 192 L 0.013 0.795 0.007 0.001 0.001 0.005 0.145 0.033 193 L 0.066 0.095 0.220 0.005 0.001 0.024 0.542 0.047 194 K 0.907 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.026 0.057 195 K 0.035 0.001 0.028 0.001 0.001 0.054 0.023 0.859 196 Y 0.002 0.002 0.066 0.001 0.001 0.104 0.004 0.821 197 N 0.007 0.004 0.007 0.001 0.001 0.107 0.004 0.871 198 L 0.007 0.009 0.043 0.001 0.001 0.087 0.006 0.847 199 P 0.245 0.474 0.013 0.001 0.001 0.022 0.134 0.111 200 F 0.183 0.473 0.037 0.001 0.001 0.025 0.135 0.146 201 D 0.048 0.359 0.069 0.002 0.002 0.032 0.213 0.276 202 V 0.013 0.780 0.024 0.002 0.006 0.017 0.041 0.118 203 M 0.008 0.921 0.015 0.001 0.002 0.006 0.019 0.027 204 L 0.015 0.835 0.005 0.004 0.002 0.008 0.111 0.020 205 P 0.025 0.842 0.006 0.002 0.003 0.007 0.081 0.033 206 L 0.040 0.418 0.038 0.005 0.008 0.029 0.349 0.112 207 I 0.031 0.674 0.028 0.008 0.004 0.033 0.139 0.081 208 D 0.051 0.567 0.021 0.003 0.004 0.046 0.062 0.245 209 E 0.042 0.363 0.042 0.008 0.004 0.068 0.184 0.289 210 T 0.146 0.475 0.016 0.004 0.005 0.040 0.089 0.224 211 A 0.180 0.182 0.030 0.004 0.006 0.076 0.088 0.434 212 R 0.035 0.233 0.020 0.008 0.009 0.075 0.031 0.589 213 K 0.130 0.235 0.031 0.008 0.020 0.081 0.092 0.402 214 V 0.188 0.136 0.057 0.024 0.022 0.085 0.141 0.348 215 H 0.176 0.038 0.051 0.019 0.063 0.084 0.133 0.436 216 E 0.023 0.021 0.057 0.017 0.047 0.125 0.031 0.679 217 L 0.014 0.011 0.082 0.035 0.076 0.154 0.063 0.565 218 E 0.076 0.041 0.040 0.075 0.056 0.146 0.087 0.479 219 P 0.217 0.037 0.022 0.013 0.026 0.097 0.060 0.528 220 K 0.051 0.017 0.042 0.027 0.031 0.129 0.102 0.601 221 T 0.070 0.020 0.051 0.029 0.049 0.128 0.103 0.549 222 A 0.038 0.004 0.034 0.023 0.039 0.136 0.046 0.679 223 Q 0.017 0.004 0.046 0.025 0.043 0.144 0.037 0.684 224 T 0.033 0.006 0.023 0.026 0.036 0.146 0.037 0.693 225 G 0.093 0.012 0.030 0.023 0.033 0.151 0.061 0.598 226 P 0.034 0.015 0.045 0.030 0.044 0.146 0.072 0.614 227 A 0.022 0.012 0.078 0.031 0.064 0.135 0.060 0.598 228 I 0.022 0.014 0.088 0.058 0.077 0.175 0.056 0.509 229 R 0.013 0.007 0.036 0.023 0.033 0.162 0.035 0.692 230 Y 0.101 0.093 0.033 0.019 0.028 0.120 0.098 0.508 231 D 0.210 0.384 0.006 0.004 0.005 0.058 0.086 0.248 232 E 0.035 0.472 0.006 0.005 0.006 0.077 0.050 0.349 233 N 0.022 0.540 0.010 0.012 0.014 0.054 0.156 0.192 234 V 0.016 0.741 0.012 0.013 0.018 0.029 0.064 0.107 235 I 0.022 0.902 0.004 0.003 0.004 0.007 0.026 0.031 236 G 0.017 0.759 0.007 0.010 0.005 0.013 0.145 0.045 237 N 0.014 0.851 0.004 0.006 0.008 0.010 0.036 0.070 238 H 0.051 0.854 0.007 0.003 0.008 0.007 0.032 0.039 239 L 0.027 0.855 0.007 0.011 0.007 0.012 0.026 0.055 240 R 0.080 0.772 0.009 0.005 0.013 0.011 0.059 0.051 241 M 0.143 0.350 0.029 0.019 0.021 0.045 0.128 0.266 242 L 0.216 0.118 0.045 0.019 0.035 0.085 0.202 0.280 243 A 0.027 0.268 0.017 0.009 0.015 0.098 0.022 0.544 244 D 0.051 0.651 0.004 0.002 0.003 0.029 0.014 0.246 245 D 0.103 0.704 0.002 0.002 0.001 0.020 0.079 0.088 246 P 0.076 0.352 0.017 0.003 0.002 0.044 0.281 0.224 247 A 0.179 0.458 0.008 0.001 0.003 0.023 0.081 0.247 248 M 0.246 0.392 0.007 0.002 0.002 0.029 0.099 0.223 249 Q 0.019 0.437 0.006 0.004 0.003 0.045 0.042 0.443 250 R 0.045 0.759 0.005 0.001 0.005 0.019 0.024 0.142 251 L 0.027 0.898 0.004 0.001 0.002 0.008 0.018 0.041 252 Y 0.041 0.404 0.017 0.006 0.008 0.043 0.368 0.113 253 E 0.017 0.673 0.014 0.005 0.005 0.028 0.182 0.076 254 L 0.016 0.130 0.067 0.003 0.005 0.043 0.646 0.089 255 L 0.016 0.637 0.039 0.009 0.003 0.044 0.149 0.102 256 S 0.054 0.630 0.014 0.002 0.003 0.045 0.074 0.178 257 R 0.039 0.524 0.023 0.007 0.004 0.055 0.066 0.282 258 S 0.094 0.348 0.030 0.005 0.009 0.056 0.148 0.310 259 I 0.068 0.082 0.101 0.021 0.012 0.109 0.196 0.412 260 H 0.236 0.026 0.017 0.007 0.009 0.063 0.063 0.581 261 E 0.147 0.007 0.007 0.003 0.003 0.068 0.017 0.747 262 R 0.051 0.007 0.013 0.003 0.006 0.088 0.013 0.819 263 Q 0.038 0.005 0.011 0.004 0.007 0.103 0.017 0.815