# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2003 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.049 0.049 0.051 0.084 0.072 0.011 0.620 2 K 0.041 0.025 0.023 0.042 0.066 0.143 0.008 0.651 3 R 0.071 0.031 0.032 0.062 0.089 0.081 0.008 0.627 4 S 0.099 0.051 0.033 0.064 0.087 0.125 0.015 0.527 5 I 0.089 0.055 0.029 0.041 0.050 0.051 0.009 0.676 6 E 0.074 0.061 0.024 0.033 0.054 0.307 0.013 0.434 7 D 0.307 0.029 0.016 0.018 0.025 0.268 0.030 0.307 8 T 0.440 0.022 0.065 0.026 0.024 0.095 0.047 0.280 9 P 0.007 0.001 0.020 0.004 0.005 0.017 0.001 0.946 10 I 0.012 0.002 0.499 0.056 0.095 0.081 0.002 0.253 11 V 0.016 0.001 0.761 0.062 0.074 0.028 0.001 0.057 12 L 0.003 0.001 0.895 0.021 0.026 0.014 0.001 0.040 13 I 0.001 0.001 0.954 0.011 0.012 0.009 0.001 0.013 14 G 0.001 0.001 0.894 0.011 0.019 0.027 0.001 0.047 15 A 0.003 0.002 0.685 0.010 0.023 0.079 0.001 0.196 16 G 0.016 0.009 0.356 0.009 0.026 0.153 0.007 0.423 17 N 0.101 0.020 0.098 0.004 0.010 0.185 0.010 0.571 18 L 0.056 0.076 0.049 0.003 0.008 0.140 0.010 0.659 19 A 0.099 0.133 0.018 0.002 0.008 0.198 0.013 0.527 20 T 0.107 0.419 0.017 0.002 0.003 0.077 0.006 0.370 21 N 0.019 0.738 0.006 0.001 0.001 0.026 0.002 0.207 22 L 0.016 0.877 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.078 23 A 0.014 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 24 K 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.015 25 A 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 26 L 0.018 0.968 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 27 Y 0.014 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 28 R 0.023 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 29 K 0.055 0.781 0.002 0.001 0.001 0.003 0.119 0.040 30 G 0.678 0.042 0.010 0.001 0.001 0.001 0.224 0.044 31 F 0.036 0.014 0.877 0.009 0.002 0.008 0.006 0.049 32 R 0.009 0.010 0.422 0.116 0.030 0.125 0.004 0.285 33 I 0.029 0.008 0.228 0.015 0.035 0.022 0.002 0.662 34 V 0.013 0.007 0.841 0.017 0.029 0.026 0.001 0.066 35 Q 0.006 0.003 0.853 0.026 0.024 0.030 0.001 0.057 36 V 0.003 0.002 0.817 0.019 0.032 0.017 0.001 0.109 37 Y 0.005 0.004 0.660 0.028 0.055 0.095 0.001 0.152 38 S 0.015 0.004 0.208 0.034 0.060 0.110 0.004 0.564 39 R 0.043 0.010 0.101 0.007 0.020 0.245 0.007 0.567 40 T 0.059 0.012 0.010 0.002 0.004 0.546 0.009 0.358 41 E 0.105 0.031 0.004 0.001 0.001 0.050 0.009 0.799 42 E 0.008 0.048 0.002 0.001 0.001 0.424 0.002 0.515 43 S 0.010 0.026 0.001 0.001 0.001 0.893 0.001 0.070 44 A 0.083 0.847 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.050 45 R 0.015 0.963 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 46 E 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 47 L 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.025 48 A 0.016 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 49 Q 0.021 0.938 0.019 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 50 K 0.060 0.865 0.012 0.001 0.001 0.003 0.026 0.033 51 V 0.098 0.763 0.027 0.001 0.001 0.004 0.049 0.056 52 E 0.229 0.295 0.191 0.009 0.007 0.015 0.092 0.162 53 A 0.049 0.056 0.650 0.026 0.013 0.019 0.009 0.177 54 E 0.025 0.048 0.503 0.080 0.042 0.058 0.007 0.238 55 Y 0.026 0.021 0.213 0.015 0.029 0.037 0.003 0.655 56 T 0.027 0.032 0.503 0.045 0.072 0.079 0.004 0.238 57 T 0.060 0.025 0.159 0.027 0.037 0.150 0.008 0.535 58 D 0.065 0.038 0.057 0.016 0.025 0.213 0.010 0.576 59 L 0.028 0.026 0.019 0.002 0.006 0.113 0.005 0.801 60 A 0.012 0.017 0.003 0.001 0.001 0.588 0.003 0.375 61 E 0.134 0.044 0.002 0.001 0.002 0.637 0.012 0.169 62 V 0.518 0.382 0.009 0.001 0.002 0.011 0.015 0.061 63 N 0.046 0.852 0.045 0.003 0.007 0.003 0.005 0.039 64 P 0.020 0.087 0.002 0.002 0.003 0.012 0.006 0.869 65 Y 0.188 0.160 0.009 0.011 0.018 0.031 0.051 0.531 66 A 0.577 0.045 0.114 0.024 0.018 0.014 0.060 0.148 67 K 0.048 0.023 0.562 0.147 0.030 0.044 0.013 0.133 68 L 0.015 0.006 0.683 0.047 0.041 0.014 0.002 0.192 69 Y 0.005 0.002 0.896 0.039 0.037 0.006 0.001 0.015 70 I 0.001 0.001 0.861 0.043 0.059 0.004 0.001 0.031 71 V 0.001 0.001 0.959 0.014 0.019 0.002 0.001 0.006 72 S 0.001 0.001 0.841 0.035 0.053 0.008 0.001 0.062 73 L 0.001 0.001 0.702 0.043 0.079 0.044 0.001 0.131 74 K 0.004 0.001 0.292 0.062 0.150 0.184 0.002 0.307 75 D 0.005 0.001 0.019 0.003 0.009 0.069 0.002 0.894 76 S 0.032 0.002 0.005 0.001 0.003 0.314 0.009 0.634 77 A 0.389 0.005 0.001 0.001 0.001 0.262 0.022 0.320 78 F 0.122 0.171 0.012 0.003 0.010 0.256 0.007 0.420 79 A 0.057 0.329 0.012 0.006 0.019 0.163 0.004 0.410 80 E 0.043 0.658 0.010 0.002 0.006 0.046 0.002 0.234 81 L 0.029 0.866 0.003 0.001 0.001 0.014 0.003 0.084 82 L 0.009 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 83 Q 0.027 0.928 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.032 84 G 0.049 0.897 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 0.034 85 I 0.269 0.604 0.005 0.001 0.001 0.007 0.047 0.068 86 V 0.041 0.861 0.016 0.002 0.001 0.010 0.009 0.059 87 E 0.045 0.622 0.022 0.003 0.003 0.029 0.018 0.257 88 G 0.256 0.442 0.013 0.004 0.004 0.017 0.050 0.213 89 K 0.477 0.236 0.028 0.004 0.004 0.023 0.055 0.174 90 R 0.116 0.339 0.090 0.036 0.019 0.077 0.026 0.299 91 E 0.044 0.045 0.029 0.007 0.007 0.066 0.015 0.788 92 E 0.225 0.041 0.115 0.021 0.015 0.126 0.069 0.388 93 A 0.514 0.009 0.218 0.017 0.012 0.057 0.043 0.130 94 L 0.011 0.005 0.796 0.055 0.031 0.035 0.001 0.065 95 M 0.003 0.002 0.784 0.057 0.075 0.031 0.001 0.048 96 V 0.005 0.001 0.808 0.063 0.064 0.017 0.001 0.041 97 H 0.001 0.002 0.732 0.053 0.091 0.039 0.001 0.082 98 T 0.003 0.003 0.572 0.052 0.095 0.094 0.001 0.179 99 A 0.019 0.010 0.296 0.054 0.099 0.216 0.008 0.298 100 G 0.108 0.022 0.146 0.036 0.070 0.159 0.025 0.433 101 S 0.219 0.045 0.109 0.018 0.049 0.073 0.040 0.446 102 I 0.134 0.047 0.097 0.035 0.044 0.164 0.019 0.461 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 104 M 0.056 0.037 0.035 0.030 0.074 0.118 0.005 0.644 105 N 0.068 0.081 0.038 0.014 0.018 0.072 0.004 0.705 106 V 0.106 0.166 0.012 0.005 0.010 0.079 0.007 0.614 107 W 0.119 0.614 0.021 0.006 0.027 0.035 0.006 0.170 108 E 0.121 0.670 0.009 0.007 0.014 0.032 0.013 0.134 109 G 0.147 0.608 0.008 0.004 0.006 0.026 0.034 0.167 110 H 0.376 0.331 0.017 0.003 0.005 0.015 0.063 0.190 111 V 0.166 0.363 0.114 0.033 0.028 0.036 0.027 0.233 112 P 0.004 0.010 0.005 0.003 0.004 0.006 0.001 0.966 113 H 0.091 0.048 0.041 0.020 0.022 0.059 0.011 0.708 114 Y 0.257 0.068 0.164 0.021 0.020 0.051 0.040 0.379 115 G 0.346 0.024 0.195 0.022 0.024 0.033 0.040 0.316 116 V 0.036 0.006 0.775 0.023 0.018 0.029 0.002 0.110 117 F 0.013 0.004 0.528 0.073 0.073 0.052 0.002 0.254 118 Y 0.016 0.002 0.544 0.040 0.067 0.055 0.001 0.274 119 P 0.002 0.001 0.187 0.009 0.020 0.035 0.001 0.746 120 M 0.011 0.002 0.298 0.027 0.070 0.168 0.004 0.420 121 Q 0.160 0.003 0.326 0.023 0.034 0.130 0.007 0.316 122 T 0.039 0.005 0.206 0.020 0.035 0.053 0.006 0.636 123 F 0.047 0.009 0.380 0.032 0.060 0.129 0.006 0.337 124 S 0.043 0.011 0.164 0.031 0.045 0.196 0.006 0.503 125 K 0.036 0.012 0.070 0.014 0.032 0.120 0.009 0.706 126 Q 0.073 0.017 0.059 0.009 0.019 0.239 0.013 0.572 127 R 0.113 0.032 0.043 0.014 0.017 0.195 0.013 0.573 128 E 0.029 0.034 0.016 0.008 0.016 0.060 0.005 0.833 129 V 0.048 0.079 0.026 0.031 0.062 0.086 0.005 0.663 130 D 0.094 0.306 0.028 0.026 0.047 0.161 0.013 0.326 131 F 0.134 0.565 0.016 0.025 0.061 0.019 0.013 0.166 132 K 0.125 0.496 0.036 0.024 0.039 0.042 0.026 0.213 133 E 0.300 0.180 0.034 0.034 0.037 0.060 0.115 0.241 134 I 0.463 0.055 0.115 0.046 0.045 0.037 0.049 0.189 135 P 0.007 0.010 0.153 0.066 0.070 0.017 0.003 0.673 136 F 0.011 0.006 0.316 0.170 0.294 0.069 0.003 0.130 137 F 0.041 0.006 0.524 0.136 0.132 0.029 0.001 0.131 138 I 0.005 0.007 0.532 0.132 0.169 0.035 0.001 0.119 139 E 0.006 0.005 0.371 0.117 0.184 0.082 0.002 0.233 140 A 0.014 0.007 0.168 0.055 0.141 0.121 0.005 0.488 141 S 0.043 0.007 0.066 0.018 0.049 0.202 0.013 0.602 142 S 0.061 0.005 0.015 0.003 0.006 0.221 0.011 0.678 143 T 0.030 0.005 0.004 0.001 0.002 0.062 0.004 0.892 144 E 0.014 0.013 0.002 0.001 0.001 0.422 0.002 0.545 145 D 0.054 0.052 0.001 0.001 0.001 0.683 0.003 0.206 146 A 0.101 0.725 0.004 0.001 0.001 0.017 0.004 0.147 147 A 0.010 0.822 0.002 0.001 0.001 0.068 0.001 0.097 148 F 0.012 0.876 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 0.074 149 L 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 150 K 0.004 0.979 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 151 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 152 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 153 A 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 154 S 0.007 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 155 T 0.019 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 156 L 0.041 0.913 0.005 0.001 0.001 0.002 0.021 0.018 157 S 0.046 0.820 0.041 0.004 0.004 0.004 0.022 0.059 158 N 0.069 0.564 0.110 0.020 0.010 0.023 0.045 0.159 159 R 0.280 0.257 0.087 0.020 0.014 0.037 0.083 0.222 160 V 0.156 0.166 0.290 0.034 0.034 0.021 0.023 0.275 161 Y 0.023 0.088 0.462 0.134 0.090 0.053 0.006 0.145 162 D 0.038 0.033 0.175 0.125 0.152 0.046 0.006 0.425 163 A 0.044 0.042 0.241 0.083 0.136 0.122 0.007 0.326 164 D 0.022 0.022 0.083 0.063 0.079 0.267 0.008 0.456 165 S 0.014 0.007 0.012 0.006 0.011 0.123 0.004 0.825 166 E 0.030 0.012 0.006 0.003 0.006 0.611 0.010 0.322 167 Q 0.319 0.041 0.005 0.003 0.006 0.346 0.036 0.245 168 R 0.153 0.348 0.020 0.010 0.018 0.124 0.018 0.309 169 K 0.045 0.332 0.022 0.009 0.020 0.102 0.011 0.460 170 S 0.104 0.342 0.022 0.013 0.023 0.087 0.014 0.396 171 L 0.064 0.597 0.032 0.021 0.037 0.053 0.009 0.187 172 H 0.030 0.618 0.038 0.055 0.065 0.056 0.006 0.133 173 L 0.030 0.731 0.063 0.027 0.034 0.018 0.005 0.093 174 A 0.023 0.828 0.060 0.011 0.018 0.007 0.005 0.048 175 A 0.022 0.833 0.037 0.010 0.021 0.011 0.008 0.057 176 V 0.059 0.693 0.050 0.015 0.028 0.020 0.019 0.116 177 F 0.103 0.447 0.063 0.015 0.023 0.045 0.035 0.268 178 T 0.088 0.385 0.068 0.012 0.016 0.072 0.030 0.328 179 C 0.049 0.264 0.044 0.007 0.012 0.071 0.014 0.539 180 N 0.042 0.375 0.044 0.007 0.009 0.109 0.008 0.407 181 F 0.057 0.579 0.018 0.003 0.005 0.068 0.008 0.262 182 T 0.027 0.846 0.008 0.001 0.003 0.016 0.003 0.095 183 N 0.010 0.898 0.006 0.001 0.002 0.017 0.002 0.065 184 H 0.007 0.927 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.048 185 M 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 186 Y 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 187 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 188 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 189 A 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 A 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 192 L 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 193 L 0.015 0.966 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 194 K 0.027 0.929 0.032 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 195 K 0.024 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 196 Y 0.047 0.819 0.003 0.001 0.001 0.003 0.094 0.034 197 N 0.713 0.054 0.014 0.001 0.001 0.001 0.181 0.037 198 L 0.019 0.012 0.923 0.003 0.001 0.009 0.002 0.029 199 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 0.001 0.970 200 F 0.006 0.002 0.005 0.001 0.002 0.009 0.001 0.976 201 D 0.034 0.035 0.050 0.001 0.002 0.177 0.001 0.699 202 V 0.151 0.048 0.005 0.002 0.002 0.521 0.005 0.268 203 M 0.359 0.470 0.006 0.001 0.004 0.015 0.006 0.140 204 L 0.100 0.737 0.010 0.002 0.004 0.019 0.005 0.123 205 P 0.014 0.380 0.002 0.001 0.001 0.040 0.004 0.559 206 L 0.042 0.723 0.004 0.001 0.001 0.018 0.007 0.205 207 I 0.021 0.919 0.014 0.001 0.001 0.007 0.002 0.035 208 D 0.032 0.913 0.009 0.001 0.001 0.005 0.005 0.035 209 E 0.029 0.935 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 210 T 0.069 0.830 0.003 0.001 0.001 0.013 0.021 0.064 211 A 0.048 0.867 0.010 0.001 0.001 0.006 0.012 0.055 212 R 0.036 0.730 0.054 0.003 0.003 0.038 0.017 0.119 213 K 0.147 0.594 0.018 0.004 0.003 0.048 0.032 0.156 214 V 0.189 0.606 0.034 0.003 0.003 0.013 0.020 0.132 215 H 0.054 0.573 0.056 0.009 0.008 0.029 0.014 0.258 216 E 0.147 0.348 0.029 0.015 0.018 0.076 0.031 0.336 217 L 0.298 0.348 0.031 0.013 0.020 0.041 0.043 0.207 218 E 0.212 0.202 0.042 0.019 0.018 0.089 0.045 0.372 219 P 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991 220 K 0.043 0.024 0.056 0.025 0.038 0.097 0.008 0.710 221 T 0.177 0.024 0.026 0.036 0.029 0.074 0.009 0.626 222 A 0.142 0.046 0.032 0.022 0.032 0.040 0.009 0.677 223 Q 0.154 0.074 0.060 0.035 0.044 0.204 0.014 0.415 224 T 0.197 0.055 0.026 0.023 0.042 0.157 0.025 0.476 225 G 0.155 0.032 0.031 0.019 0.035 0.092 0.020 0.616 226 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 227 A 0.039 0.005 0.032 0.041 0.060 0.086 0.005 0.733 228 I 0.176 0.013 0.036 0.061 0.073 0.087 0.004 0.550 229 R 0.052 0.022 0.024 0.048 0.101 0.058 0.004 0.691 230 Y 0.085 0.040 0.054 0.058 0.123 0.149 0.009 0.482 231 D 0.025 0.011 0.012 0.009 0.016 0.083 0.004 0.840 232 E 0.042 0.028 0.022 0.010 0.021 0.106 0.017 0.754 233 N 0.232 0.033 0.014 0.006 0.008 0.187 0.026 0.493 234 V 0.160 0.136 0.029 0.024 0.026 0.276 0.010 0.339 235 I 0.071 0.255 0.014 0.017 0.064 0.300 0.007 0.272 236 G 0.129 0.554 0.014 0.024 0.076 0.032 0.007 0.163 237 N 0.026 0.587 0.009 0.007 0.015 0.058 0.004 0.294 238 H 0.020 0.543 0.003 0.002 0.003 0.150 0.007 0.274 239 L 0.042 0.815 0.007 0.002 0.006 0.013 0.006 0.108 240 R 0.020 0.870 0.015 0.005 0.004 0.020 0.003 0.063 241 M 0.024 0.940 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 242 L 0.077 0.894 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 243 A 0.092 0.836 0.004 0.001 0.002 0.010 0.021 0.034 244 D 0.196 0.473 0.018 0.003 0.004 0.027 0.085 0.194 245 D 0.187 0.187 0.028 0.003 0.002 0.071 0.071 0.451 246 P 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.981 247 A 0.016 0.054 0.012 0.001 0.001 0.565 0.004 0.346 248 M 0.288 0.324 0.012 0.002 0.002 0.127 0.009 0.237 249 Q 0.075 0.759 0.010 0.001 0.001 0.021 0.006 0.128 250 R 0.130 0.675 0.017 0.001 0.001 0.018 0.011 0.147 251 L 0.071 0.754 0.025 0.001 0.002 0.016 0.006 0.125 252 Y 0.035 0.710 0.008 0.003 0.005 0.037 0.008 0.194 253 E 0.040 0.701 0.008 0.002 0.002 0.034 0.006 0.207 254 L 0.021 0.792 0.009 0.001 0.001 0.026 0.004 0.148 255 L 0.014 0.913 0.008 0.001 0.001 0.014 0.003 0.048 256 S 0.018 0.940 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.028 257 R 0.010 0.969 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 258 S 0.023 0.927 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.034 259 I 0.034 0.940 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 260 H 0.043 0.898 0.011 0.002 0.002 0.005 0.014 0.025 261 E 0.138 0.731 0.007 0.003 0.003 0.011 0.042 0.066 262 R 0.179 0.551 0.015 0.003 0.003 0.014 0.081 0.153 263 Q 0.141 0.169 0.030 0.008 0.005 0.037 0.055 0.555