# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2003 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.710 0.158 0.091 0.030 0.009 0.002 0.001 2 K 0.777 0.157 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001 3 R 0.545 0.231 0.128 0.071 0.022 0.004 0.001 4 S 0.571 0.262 0.117 0.036 0.011 0.003 0.001 5 I 0.295 0.237 0.199 0.175 0.078 0.015 0.001 6 E 0.437 0.298 0.145 0.086 0.028 0.006 0.001 7 D 0.326 0.290 0.210 0.110 0.046 0.016 0.002 8 T 0.120 0.196 0.234 0.237 0.150 0.056 0.007 9 P 0.036 0.116 0.241 0.295 0.206 0.087 0.019 10 I 0.006 0.014 0.030 0.080 0.243 0.445 0.183 11 V 0.003 0.008 0.017 0.043 0.119 0.423 0.387 12 L 0.002 0.003 0.005 0.018 0.056 0.265 0.651 13 I 0.001 0.002 0.003 0.009 0.031 0.205 0.748 14 G 0.002 0.005 0.008 0.027 0.065 0.200 0.693 15 A 0.001 0.003 0.006 0.017 0.053 0.242 0.678 16 G 0.005 0.018 0.037 0.090 0.177 0.313 0.360 17 N 0.007 0.032 0.061 0.135 0.231 0.287 0.246 18 L 0.002 0.006 0.013 0.035 0.105 0.342 0.497 19 A 0.001 0.004 0.009 0.027 0.088 0.366 0.505 20 T 0.003 0.021 0.070 0.175 0.270 0.290 0.172 21 N 0.002 0.014 0.046 0.126 0.298 0.325 0.190 22 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.345 0.620 23 A 0.001 0.001 0.003 0.014 0.082 0.428 0.473 24 K 0.002 0.042 0.149 0.303 0.255 0.166 0.082 25 A 0.003 0.042 0.154 0.333 0.287 0.143 0.038 26 L 0.001 0.003 0.010 0.040 0.252 0.577 0.117 27 Y 0.006 0.034 0.095 0.260 0.408 0.184 0.013 28 R 0.093 0.343 0.314 0.175 0.060 0.014 0.001 29 K 0.165 0.383 0.240 0.138 0.057 0.015 0.002 30 G 0.148 0.393 0.186 0.167 0.066 0.035 0.005 31 F 0.022 0.068 0.135 0.305 0.356 0.106 0.008 32 R 0.093 0.241 0.286 0.238 0.098 0.039 0.006 33 I 0.008 0.021 0.053 0.115 0.282 0.424 0.097 34 V 0.013 0.028 0.060 0.117 0.234 0.388 0.159 35 Q 0.017 0.047 0.086 0.176 0.205 0.281 0.188 36 V 0.016 0.022 0.041 0.068 0.158 0.451 0.244 37 Y 0.016 0.033 0.070 0.185 0.292 0.314 0.090 38 S 0.074 0.193 0.249 0.199 0.155 0.111 0.020 39 R 0.036 0.087 0.219 0.336 0.197 0.116 0.009 40 T 0.150 0.292 0.214 0.173 0.109 0.058 0.004 41 E 0.284 0.363 0.204 0.108 0.035 0.006 0.001 42 E 0.476 0.382 0.089 0.044 0.008 0.002 0.001 43 S 0.106 0.198 0.327 0.223 0.127 0.019 0.001 44 A 0.017 0.034 0.119 0.385 0.354 0.090 0.002 45 R 0.331 0.404 0.225 0.033 0.005 0.001 0.001 46 E 0.160 0.484 0.251 0.084 0.019 0.002 0.001 47 L 0.015 0.027 0.072 0.270 0.501 0.114 0.002 48 A 0.069 0.239 0.322 0.298 0.061 0.011 0.001 49 Q 0.607 0.283 0.094 0.013 0.003 0.001 0.001 50 K 0.281 0.444 0.183 0.071 0.018 0.003 0.001 51 V 0.025 0.085 0.151 0.349 0.311 0.077 0.003 52 E 0.135 0.380 0.284 0.144 0.040 0.016 0.001 53 A 0.011 0.027 0.067 0.189 0.387 0.294 0.025 54 E 0.027 0.171 0.266 0.311 0.157 0.061 0.007 55 Y 0.005 0.023 0.057 0.161 0.343 0.353 0.057 56 T 0.009 0.027 0.085 0.175 0.302 0.327 0.075 57 T 0.043 0.229 0.278 0.259 0.124 0.056 0.010 58 D 0.018 0.130 0.264 0.312 0.205 0.059 0.011 59 L 0.003 0.008 0.021 0.081 0.300 0.526 0.060 60 A 0.020 0.157 0.315 0.320 0.139 0.044 0.005 61 E 0.035 0.252 0.314 0.265 0.104 0.027 0.003 62 V 0.006 0.020 0.053 0.179 0.410 0.312 0.020 63 N 0.010 0.046 0.113 0.287 0.347 0.181 0.017 64 P 0.124 0.426 0.278 0.125 0.038 0.009 0.001 65 Y 0.034 0.248 0.303 0.253 0.117 0.038 0.008 66 A 0.001 0.013 0.047 0.209 0.405 0.303 0.023 67 K 0.004 0.049 0.200 0.331 0.282 0.117 0.018 68 L 0.001 0.001 0.004 0.017 0.119 0.592 0.266 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.371 0.608 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.158 0.832 71 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.160 0.828 72 S 0.001 0.001 0.003 0.020 0.082 0.332 0.562 73 L 0.001 0.001 0.005 0.025 0.135 0.478 0.356 74 K 0.006 0.042 0.123 0.196 0.250 0.298 0.085 75 D 0.027 0.118 0.236 0.296 0.189 0.118 0.017 76 S 0.110 0.282 0.279 0.178 0.096 0.051 0.005 77 A 0.019 0.075 0.188 0.263 0.315 0.128 0.013 78 F 0.006 0.017 0.039 0.137 0.332 0.431 0.038 79 A 0.051 0.248 0.412 0.211 0.065 0.013 0.001 80 E 0.048 0.344 0.351 0.183 0.056 0.017 0.002 81 L 0.002 0.008 0.038 0.156 0.494 0.281 0.021 82 L 0.002 0.007 0.042 0.179 0.433 0.306 0.032 83 Q 0.161 0.429 0.342 0.054 0.011 0.002 0.001 84 G 0.029 0.251 0.380 0.250 0.080 0.009 0.001 85 I 0.005 0.012 0.032 0.122 0.469 0.348 0.012 86 V 0.037 0.168 0.302 0.326 0.137 0.028 0.001 87 E 0.276 0.536 0.148 0.033 0.007 0.001 0.001 88 G 0.057 0.189 0.268 0.343 0.123 0.020 0.001 89 K 0.167 0.281 0.257 0.211 0.074 0.011 0.001 90 R 0.330 0.409 0.142 0.096 0.021 0.002 0.001 91 E 0.559 0.255 0.152 0.026 0.006 0.001 0.001 92 E 0.151 0.346 0.326 0.128 0.040 0.010 0.001 93 A 0.005 0.057 0.183 0.389 0.299 0.064 0.003 94 L 0.001 0.002 0.008 0.037 0.245 0.614 0.095 95 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.294 0.683 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.176 0.814 97 H 0.001 0.001 0.003 0.018 0.052 0.138 0.788 98 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.156 0.825 99 A 0.001 0.001 0.003 0.011 0.041 0.264 0.679 100 G 0.001 0.006 0.010 0.038 0.097 0.352 0.496 101 S 0.007 0.017 0.039 0.087 0.185 0.322 0.343 102 I 0.021 0.056 0.100 0.167 0.210 0.282 0.165 103 P 0.020 0.049 0.090 0.157 0.266 0.290 0.127 104 M 0.013 0.020 0.060 0.131 0.324 0.363 0.089 105 N 0.104 0.306 0.288 0.185 0.073 0.036 0.008 106 V 0.034 0.155 0.302 0.297 0.161 0.047 0.005 107 W 0.010 0.013 0.028 0.119 0.440 0.364 0.026 108 E 0.064 0.213 0.365 0.266 0.073 0.018 0.001 109 G 0.322 0.469 0.158 0.040 0.009 0.003 0.001 110 H 0.056 0.170 0.305 0.312 0.133 0.023 0.001 111 V 0.026 0.038 0.081 0.280 0.398 0.167 0.010 112 P 0.348 0.371 0.210 0.053 0.014 0.003 0.001 113 H 0.396 0.378 0.140 0.063 0.018 0.005 0.001 114 Y 0.119 0.205 0.236 0.226 0.151 0.056 0.006 115 G 0.102 0.188 0.193 0.245 0.166 0.088 0.017 116 V 0.061 0.102 0.141 0.199 0.247 0.202 0.048 117 F 0.035 0.069 0.105 0.171 0.225 0.275 0.121 118 Y 0.023 0.039 0.072 0.116 0.200 0.313 0.237 119 P 0.021 0.041 0.058 0.103 0.162 0.311 0.303 120 M 0.016 0.032 0.049 0.100 0.172 0.313 0.318 121 Q 0.010 0.014 0.031 0.065 0.167 0.351 0.363 122 T 0.023 0.074 0.122 0.175 0.202 0.257 0.146 123 F 0.018 0.038 0.092 0.182 0.270 0.304 0.095 124 S 0.024 0.034 0.063 0.141 0.298 0.343 0.097 125 K 0.130 0.250 0.267 0.195 0.096 0.049 0.012 126 Q 0.141 0.226 0.202 0.212 0.145 0.064 0.011 127 R 0.162 0.201 0.214 0.222 0.129 0.065 0.008 128 E 0.282 0.310 0.200 0.134 0.051 0.020 0.002 129 V 0.137 0.204 0.226 0.230 0.144 0.054 0.003 130 D 0.112 0.171 0.227 0.230 0.181 0.074 0.006 131 F 0.079 0.191 0.233 0.290 0.152 0.048 0.007 132 K 0.290 0.344 0.221 0.097 0.032 0.014 0.003 133 E 0.060 0.190 0.241 0.240 0.185 0.075 0.009 134 I 0.005 0.026 0.092 0.240 0.361 0.227 0.049 135 P 0.001 0.002 0.007 0.019 0.105 0.588 0.278 136 F 0.001 0.003 0.009 0.034 0.098 0.448 0.406 137 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.294 0.658 138 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 0.331 0.629 139 E 0.004 0.015 0.041 0.133 0.235 0.371 0.202 140 A 0.011 0.042 0.129 0.256 0.260 0.260 0.043 141 S 0.038 0.129 0.236 0.284 0.210 0.095 0.008 142 S 0.313 0.434 0.155 0.072 0.021 0.005 0.001 143 T 0.567 0.288 0.086 0.044 0.013 0.002 0.001 144 E 0.335 0.387 0.164 0.089 0.020 0.004 0.001 145 D 0.086 0.196 0.258 0.240 0.170 0.049 0.001 146 A 0.037 0.142 0.332 0.338 0.131 0.019 0.001 147 A 0.186 0.529 0.176 0.083 0.020 0.005 0.001 148 F 0.006 0.048 0.225 0.346 0.312 0.059 0.003 149 L 0.001 0.003 0.013 0.067 0.296 0.557 0.063 150 K 0.013 0.128 0.403 0.276 0.144 0.033 0.003 151 A 0.014 0.178 0.273 0.325 0.163 0.041 0.006 152 I 0.002 0.007 0.018 0.056 0.205 0.578 0.135 153 A 0.002 0.009 0.028 0.115 0.283 0.441 0.123 154 S 0.028 0.242 0.302 0.283 0.102 0.036 0.007 155 T 0.012 0.076 0.198 0.294 0.273 0.128 0.018 156 L 0.005 0.018 0.036 0.110 0.266 0.453 0.112 157 S 0.018 0.090 0.183 0.295 0.267 0.122 0.025 158 N 0.174 0.384 0.248 0.132 0.044 0.015 0.003 159 R 0.041 0.169 0.265 0.282 0.175 0.062 0.007 160 V 0.016 0.025 0.058 0.143 0.345 0.364 0.049 161 Y 0.040 0.131 0.201 0.256 0.238 0.124 0.010 162 D 0.129 0.305 0.266 0.196 0.078 0.025 0.002 163 A 0.073 0.126 0.190 0.309 0.234 0.065 0.004 164 D 0.340 0.370 0.177 0.085 0.022 0.006 0.001 165 S 0.587 0.253 0.098 0.045 0.014 0.002 0.001 166 E 0.580 0.280 0.091 0.038 0.009 0.002 0.001 167 Q 0.371 0.297 0.197 0.084 0.040 0.010 0.001 168 R 0.151 0.268 0.262 0.222 0.079 0.017 0.002 169 K 0.185 0.338 0.251 0.151 0.054 0.019 0.002 170 S 0.009 0.050 0.129 0.256 0.378 0.162 0.016 171 L 0.003 0.009 0.035 0.109 0.302 0.409 0.133 172 H 0.001 0.004 0.014 0.032 0.121 0.464 0.364 173 L 0.002 0.005 0.012 0.034 0.089 0.301 0.558 174 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.152 0.829 175 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.117 0.863 176 V 0.001 0.003 0.005 0.019 0.060 0.203 0.710 177 F 0.001 0.005 0.010 0.033 0.090 0.232 0.629 178 T 0.001 0.002 0.005 0.014 0.045 0.221 0.712 179 C 0.001 0.003 0.005 0.018 0.065 0.271 0.637 180 N 0.002 0.007 0.014 0.045 0.128 0.266 0.538 181 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.035 0.203 0.748 182 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.179 0.796 183 N 0.001 0.002 0.005 0.016 0.059 0.256 0.660 184 H 0.001 0.004 0.011 0.036 0.102 0.254 0.593 185 M 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 0.219 0.755 186 Y 0.001 0.002 0.007 0.028 0.098 0.343 0.521 187 A 0.006 0.037 0.097 0.184 0.244 0.250 0.181 188 L 0.003 0.017 0.060 0.162 0.289 0.315 0.154 189 A 0.002 0.003 0.006 0.018 0.081 0.485 0.405 190 A 0.005 0.024 0.066 0.164 0.283 0.324 0.135 191 E 0.032 0.172 0.278 0.284 0.137 0.070 0.027 192 L 0.014 0.038 0.101 0.224 0.292 0.283 0.046 193 L 0.022 0.039 0.067 0.152 0.320 0.319 0.082 194 K 0.088 0.266 0.266 0.226 0.107 0.041 0.005 195 K 0.132 0.276 0.239 0.214 0.103 0.031 0.004 196 Y 0.059 0.118 0.167 0.300 0.224 0.125 0.007 197 N 0.219 0.357 0.239 0.117 0.047 0.018 0.002 198 L 0.048 0.092 0.163 0.336 0.250 0.105 0.006 199 P 0.197 0.327 0.239 0.140 0.065 0.028 0.004 200 F 0.068 0.162 0.230 0.312 0.161 0.061 0.006 201 D 0.349 0.362 0.198 0.064 0.019 0.007 0.001 202 V 0.018 0.106 0.254 0.331 0.227 0.059 0.006 203 M 0.003 0.007 0.018 0.066 0.275 0.530 0.101 204 L 0.005 0.042 0.181 0.318 0.300 0.141 0.014 205 P 0.024 0.203 0.364 0.257 0.109 0.035 0.008 206 L 0.001 0.009 0.035 0.103 0.263 0.466 0.124 207 I 0.001 0.002 0.006 0.032 0.160 0.518 0.281 208 D 0.008 0.087 0.217 0.334 0.221 0.108 0.025 209 E 0.019 0.122 0.228 0.280 0.214 0.106 0.031 210 T 0.003 0.014 0.034 0.096 0.241 0.475 0.138 211 A 0.006 0.022 0.049 0.139 0.291 0.367 0.127 212 R 0.052 0.211 0.234 0.258 0.162 0.069 0.015 213 K 0.041 0.174 0.261 0.273 0.160 0.074 0.018 214 V 0.014 0.027 0.062 0.144 0.284 0.385 0.085 215 H 0.040 0.128 0.161 0.253 0.237 0.153 0.028 216 E 0.112 0.300 0.264 0.198 0.087 0.034 0.005 217 L 0.045 0.066 0.124 0.258 0.307 0.180 0.020 218 E 0.092 0.186 0.205 0.244 0.173 0.088 0.012 219 P 0.188 0.256 0.216 0.204 0.101 0.032 0.003 220 K 0.438 0.296 0.154 0.077 0.025 0.007 0.001 221 T 0.311 0.296 0.201 0.121 0.051 0.018 0.001 222 A 0.203 0.199 0.211 0.218 0.128 0.039 0.002 223 Q 0.344 0.268 0.203 0.127 0.044 0.013 0.001 224 T 0.482 0.270 0.146 0.068 0.027 0.007 0.001 225 G 0.460 0.279 0.137 0.090 0.027 0.007 0.001 226 P 0.570 0.258 0.114 0.042 0.013 0.004 0.001 227 A 0.187 0.209 0.223 0.221 0.123 0.034 0.002 228 I 0.154 0.189 0.211 0.234 0.154 0.055 0.003 229 R 0.221 0.250 0.230 0.179 0.090 0.028 0.002 230 Y 0.208 0.236 0.221 0.205 0.095 0.032 0.003 231 D 0.335 0.293 0.191 0.103 0.048 0.026 0.004 232 E 0.213 0.236 0.221 0.202 0.094 0.030 0.005 233 N 0.272 0.348 0.208 0.113 0.039 0.017 0.003 234 V 0.025 0.058 0.145 0.246 0.299 0.203 0.023 235 I 0.014 0.033 0.060 0.136 0.260 0.402 0.095 236 G 0.029 0.107 0.234 0.277 0.236 0.094 0.023 237 N 0.051 0.223 0.240 0.261 0.142 0.064 0.019 238 H 0.012 0.041 0.093 0.179 0.290 0.305 0.080 239 L 0.004 0.008 0.028 0.090 0.313 0.434 0.122 240 R 0.034 0.245 0.326 0.242 0.102 0.042 0.008 241 M 0.021 0.086 0.185 0.300 0.265 0.127 0.015 242 L 0.015 0.026 0.045 0.125 0.338 0.396 0.056 243 A 0.085 0.204 0.282 0.268 0.122 0.035 0.004 244 D 0.375 0.357 0.159 0.075 0.026 0.006 0.001 245 D 0.291 0.290 0.206 0.140 0.054 0.019 0.001 246 P 0.246 0.226 0.211 0.173 0.102 0.039 0.003 247 A 0.312 0.304 0.201 0.114 0.051 0.017 0.002 248 M 0.276 0.287 0.190 0.157 0.066 0.022 0.002 249 Q 0.250 0.255 0.207 0.166 0.087 0.032 0.003 250 R 0.155 0.217 0.273 0.192 0.111 0.046 0.006 251 L 0.031 0.040 0.067 0.144 0.277 0.353 0.089 252 Y 0.034 0.085 0.172 0.252 0.259 0.163 0.035 253 E 0.092 0.232 0.249 0.219 0.118 0.070 0.019 254 L 0.039 0.072 0.155 0.253 0.268 0.175 0.037 255 L 0.030 0.037 0.055 0.113 0.271 0.383 0.110 256 S 0.086 0.193 0.270 0.250 0.142 0.051 0.008 257 R 0.213 0.347 0.228 0.139 0.051 0.019 0.003 258 S 0.085 0.146 0.237 0.251 0.192 0.085 0.004 259 I 0.126 0.172 0.207 0.244 0.184 0.064 0.003 260 H 0.388 0.366 0.159 0.069 0.015 0.002 0.001 261 E 0.714 0.231 0.040 0.012 0.002 0.001 0.001 262 R 0.516 0.264 0.130 0.070 0.018 0.002 0.001 263 Q 0.805 0.143 0.039 0.011 0.001 0.001 0.001