# TARGET T0393 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 667 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.004 0.004 0.011 0.091 0.862 2 K 0.043 0.029 0.025 0.018 0.196 0.689 3 R 0.063 0.058 0.035 0.016 0.285 0.543 4 S 0.038 0.016 0.068 0.022 0.535 0.322 5 I 0.006 0.006 0.309 0.038 0.621 0.021 6 E 0.005 0.003 0.244 0.021 0.700 0.027 7 D 0.015 0.002 0.135 0.007 0.790 0.050 8 T 0.220 0.003 0.004 0.003 0.421 0.349 9 P 0.703 0.015 0.001 0.001 0.042 0.239 10 I 0.986 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 11 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 12 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 13 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 14 G 0.673 0.007 0.001 0.004 0.028 0.287 15 A 0.109 0.009 0.010 0.077 0.127 0.666 16 G 0.003 0.002 0.020 0.150 0.109 0.716 17 N 0.001 0.001 0.029 0.957 0.007 0.006 18 L 0.001 0.001 0.026 0.969 0.005 0.001 19 A 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 20 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.008 0.973 0.014 0.005 28 R 0.001 0.001 0.014 0.944 0.028 0.013 29 K 0.001 0.001 0.014 0.793 0.071 0.120 30 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.078 0.914 31 F 0.031 0.002 0.001 0.002 0.101 0.864 32 R 0.369 0.007 0.002 0.002 0.108 0.513 33 I 0.938 0.003 0.001 0.001 0.017 0.040 34 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 35 Q 0.976 0.002 0.001 0.001 0.005 0.016 36 V 0.928 0.002 0.001 0.002 0.027 0.038 37 Y 0.724 0.005 0.002 0.002 0.091 0.175 38 S 0.175 0.019 0.003 0.004 0.315 0.484 39 R 0.018 0.031 0.004 0.007 0.360 0.581 40 T 0.006 0.004 0.001 0.011 0.100 0.878 41 E 0.001 0.001 0.028 0.914 0.037 0.020 42 E 0.001 0.001 0.014 0.949 0.025 0.012 43 S 0.001 0.001 0.013 0.974 0.008 0.004 44 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 45 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.002 46 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 47 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 48 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.009 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.007 0.971 0.017 0.005 50 K 0.001 0.001 0.008 0.908 0.048 0.036 51 V 0.006 0.005 0.012 0.616 0.118 0.243 52 E 0.003 0.001 0.002 0.014 0.122 0.859 53 A 0.045 0.003 0.005 0.012 0.160 0.775 54 E 0.261 0.021 0.007 0.012 0.164 0.536 55 Y 0.402 0.019 0.009 0.013 0.122 0.435 56 T 0.288 0.017 0.017 0.022 0.136 0.519 57 T 0.105 0.016 0.021 0.045 0.147 0.667 58 D 0.049 0.006 0.011 0.068 0.102 0.763 59 L 0.005 0.001 0.032 0.847 0.050 0.065 60 A 0.002 0.001 0.060 0.856 0.070 0.012 61 E 0.001 0.001 0.080 0.802 0.106 0.010 62 V 0.001 0.001 0.064 0.832 0.091 0.012 63 N 0.001 0.001 0.160 0.724 0.103 0.011 64 P 0.001 0.001 0.198 0.504 0.252 0.044 65 Y 0.004 0.002 0.149 0.230 0.456 0.159 66 A 0.027 0.006 0.018 0.020 0.581 0.348 67 K 0.092 0.001 0.005 0.002 0.388 0.511 68 L 0.949 0.002 0.001 0.001 0.015 0.035 69 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 71 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 72 S 0.848 0.003 0.001 0.001 0.017 0.130 73 L 0.266 0.015 0.001 0.001 0.111 0.606 74 K 0.042 0.005 0.002 0.002 0.213 0.737 75 D 0.008 0.003 0.093 0.108 0.531 0.257 76 S 0.003 0.002 0.248 0.351 0.335 0.060 77 A 0.004 0.002 0.249 0.595 0.133 0.017 78 F 0.004 0.001 0.053 0.867 0.045 0.030 79 A 0.008 0.001 0.027 0.923 0.023 0.017 80 E 0.006 0.001 0.036 0.922 0.022 0.012 81 L 0.007 0.001 0.024 0.938 0.017 0.013 82 L 0.006 0.001 0.038 0.910 0.025 0.020 83 Q 0.007 0.001 0.042 0.906 0.026 0.019 84 G 0.010 0.002 0.050 0.849 0.050 0.040 85 I 0.013 0.002 0.047 0.733 0.100 0.105 86 V 0.015 0.002 0.183 0.572 0.163 0.064 87 E 0.014 0.003 0.182 0.544 0.190 0.066 88 G 0.023 0.003 0.209 0.396 0.260 0.110 89 K 0.084 0.024 0.071 0.251 0.316 0.254 90 R 0.065 0.022 0.031 0.083 0.719 0.081 91 E 0.026 0.003 0.022 0.047 0.815 0.085 92 E 0.024 0.001 0.007 0.005 0.857 0.106 93 A 0.483 0.008 0.003 0.003 0.391 0.112 94 L 0.938 0.004 0.001 0.001 0.013 0.044 95 M 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 96 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 97 H 0.912 0.007 0.001 0.003 0.022 0.054 98 T 0.529 0.008 0.017 0.011 0.155 0.279 99 A 0.137 0.007 0.074 0.020 0.461 0.301 100 G 0.058 0.008 0.095 0.038 0.507 0.293 101 S 0.073 0.026 0.056 0.051 0.453 0.342 102 I 0.106 0.037 0.028 0.052 0.385 0.392 103 P 0.064 0.008 0.051 0.158 0.381 0.339 104 M 0.013 0.002 0.177 0.421 0.272 0.114 105 N 0.013 0.003 0.162 0.514 0.206 0.101 106 V 0.012 0.004 0.120 0.639 0.145 0.080 107 W 0.017 0.003 0.050 0.685 0.129 0.117 108 E 0.014 0.004 0.067 0.704 0.144 0.066 109 G 0.009 0.002 0.063 0.746 0.127 0.053 110 H 0.009 0.001 0.058 0.751 0.130 0.051 111 V 0.008 0.003 0.072 0.737 0.131 0.050 112 P 0.020 0.005 0.051 0.582 0.232 0.109 113 H 0.024 0.003 0.048 0.331 0.339 0.255 114 Y 0.024 0.003 0.017 0.061 0.383 0.513 115 G 0.095 0.007 0.012 0.031 0.329 0.526 116 V 0.488 0.016 0.007 0.033 0.160 0.297 117 F 0.778 0.014 0.005 0.023 0.059 0.123 118 Y 0.813 0.012 0.007 0.018 0.056 0.094 119 P 0.703 0.011 0.013 0.033 0.101 0.139 120 M 0.418 0.012 0.023 0.044 0.204 0.298 121 Q 0.154 0.011 0.020 0.034 0.398 0.383 122 T 0.070 0.008 0.031 0.036 0.476 0.379 123 F 0.041 0.013 0.066 0.080 0.526 0.273 124 S 0.037 0.014 0.052 0.105 0.492 0.300 125 K 0.026 0.007 0.060 0.229 0.403 0.275 126 Q 0.030 0.008 0.065 0.352 0.349 0.197 127 R 0.051 0.015 0.079 0.495 0.241 0.119 128 E 0.074 0.009 0.111 0.503 0.202 0.101 129 V 0.097 0.005 0.159 0.485 0.173 0.081 130 D 0.070 0.005 0.143 0.515 0.179 0.088 131 F 0.078 0.005 0.067 0.416 0.229 0.205 132 K 0.095 0.007 0.040 0.251 0.285 0.322 133 E 0.105 0.007 0.028 0.157 0.242 0.461 134 I 0.322 0.012 0.022 0.120 0.180 0.343 135 P 0.492 0.010 0.016 0.122 0.111 0.249 136 F 0.727 0.012 0.007 0.078 0.048 0.129 137 F 0.694 0.017 0.011 0.062 0.066 0.150 138 I 0.503 0.031 0.023 0.065 0.188 0.191 139 E 0.240 0.007 0.047 0.065 0.385 0.256 140 A 0.064 0.007 0.028 0.028 0.476 0.397 141 S 0.013 0.018 0.007 0.012 0.408 0.542 142 S 0.004 0.004 0.003 0.033 0.151 0.804 143 T 0.001 0.001 0.015 0.897 0.053 0.033 144 E 0.001 0.001 0.012 0.933 0.039 0.015 145 D 0.001 0.001 0.011 0.963 0.017 0.007 146 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 147 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 148 F 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 149 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.005 0.007 150 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 151 A 0.001 0.001 0.002 0.979 0.008 0.011 152 I 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.005 153 A 0.001 0.001 0.019 0.951 0.022 0.006 154 S 0.001 0.001 0.045 0.898 0.046 0.010 155 T 0.001 0.001 0.046 0.786 0.115 0.052 156 L 0.004 0.002 0.036 0.484 0.278 0.196 157 S 0.012 0.003 0.013 0.036 0.394 0.541 158 N 0.098 0.007 0.013 0.014 0.378 0.491 159 R 0.653 0.005 0.008 0.005 0.142 0.188 160 V 0.891 0.005 0.003 0.002 0.029 0.070 161 Y 0.926 0.003 0.002 0.001 0.017 0.052 162 D 0.893 0.010 0.003 0.001 0.025 0.069 163 A 0.571 0.013 0.002 0.001 0.076 0.337 164 D 0.127 0.008 0.005 0.003 0.390 0.468 165 S 0.004 0.001 0.197 0.099 0.644 0.055 166 E 0.002 0.001 0.291 0.147 0.530 0.030 167 Q 0.007 0.004 0.273 0.398 0.295 0.023 168 R 0.033 0.002 0.033 0.638 0.157 0.137 169 K 0.081 0.004 0.015 0.754 0.063 0.082 170 S 0.217 0.017 0.018 0.691 0.031 0.027 171 L 0.245 0.002 0.011 0.711 0.014 0.016 172 H 0.145 0.001 0.009 0.826 0.009 0.009 173 L 0.068 0.001 0.009 0.905 0.007 0.010 174 A 0.053 0.001 0.006 0.920 0.009 0.010 175 A 0.045 0.001 0.010 0.917 0.014 0.015 176 V 0.033 0.002 0.016 0.876 0.034 0.038 177 F 0.025 0.005 0.020 0.801 0.057 0.092 178 T 0.015 0.002 0.014 0.846 0.054 0.068 179 C 0.003 0.001 0.010 0.927 0.032 0.028 180 N 0.001 0.001 0.008 0.963 0.014 0.014 181 F 0.001 0.001 0.006 0.981 0.006 0.005 182 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 183 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 184 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 185 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 187 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 188 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 189 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 190 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 191 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.005 192 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 193 L 0.001 0.001 0.006 0.978 0.012 0.004 194 K 0.001 0.001 0.026 0.951 0.017 0.005 195 K 0.001 0.001 0.032 0.935 0.021 0.011 196 Y 0.001 0.001 0.017 0.866 0.039 0.076 197 N 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.942 198 L 0.003 0.007 0.001 0.002 0.063 0.924 199 P 0.003 0.002 0.001 0.005 0.090 0.899 200 F 0.001 0.001 0.262 0.604 0.090 0.043 201 D 0.002 0.001 0.358 0.579 0.050 0.010 202 V 0.001 0.001 0.326 0.640 0.030 0.004 203 M 0.001 0.001 0.038 0.936 0.012 0.012 204 L 0.001 0.001 0.018 0.957 0.016 0.008 205 P 0.001 0.001 0.016 0.953 0.019 0.012 206 L 0.001 0.001 0.015 0.954 0.022 0.010 207 I 0.001 0.001 0.006 0.968 0.016 0.009 208 D 0.001 0.001 0.004 0.964 0.017 0.014 209 E 0.001 0.001 0.005 0.939 0.030 0.026 210 T 0.001 0.001 0.006 0.938 0.026 0.028 211 A 0.001 0.001 0.009 0.897 0.047 0.045 212 R 0.001 0.001 0.009 0.923 0.035 0.032 213 K 0.001 0.001 0.012 0.774 0.082 0.130 214 V 0.002 0.001 0.033 0.831 0.078 0.055 215 H 0.005 0.002 0.057 0.794 0.091 0.050 216 E 0.005 0.002 0.049 0.836 0.072 0.037 217 L 0.005 0.003 0.036 0.787 0.084 0.085 218 E 0.011 0.005 0.020 0.265 0.211 0.490 219 P 0.015 0.011 0.080 0.288 0.290 0.315 220 K 0.020 0.015 0.179 0.270 0.316 0.200 221 T 0.020 0.007 0.264 0.213 0.341 0.155 222 A 0.026 0.008 0.244 0.192 0.353 0.177 223 Q 0.036 0.011 0.076 0.158 0.426 0.293 224 T 0.035 0.018 0.044 0.124 0.379 0.400 225 G 0.029 0.011 0.022 0.081 0.351 0.505 226 P 0.031 0.009 0.077 0.125 0.347 0.411 227 A 0.071 0.021 0.145 0.148 0.346 0.269 228 I 0.076 0.016 0.164 0.218 0.315 0.211 229 R 0.049 0.019 0.120 0.273 0.310 0.229 230 Y 0.013 0.007 0.040 0.238 0.316 0.387 231 D 0.006 0.008 0.021 0.504 0.128 0.332 232 E 0.001 0.001 0.003 0.979 0.010 0.008 233 N 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.003 234 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 235 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 236 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 237 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 238 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 239 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 240 R 0.001 0.001 0.004 0.975 0.011 0.009 241 M 0.001 0.001 0.007 0.944 0.023 0.025 242 L 0.002 0.002 0.016 0.860 0.065 0.055 243 A 0.003 0.002 0.023 0.678 0.173 0.121 244 D 0.002 0.002 0.023 0.545 0.208 0.221 245 D 0.002 0.003 0.019 0.371 0.274 0.331 246 P 0.002 0.004 0.019 0.324 0.281 0.371 247 A 0.002 0.002 0.079 0.662 0.180 0.075 248 M 0.003 0.002 0.067 0.743 0.125 0.060 249 Q 0.004 0.002 0.041 0.828 0.067 0.059 250 R 0.007 0.003 0.014 0.905 0.033 0.038 251 L 0.010 0.002 0.008 0.931 0.024 0.026 252 Y 0.014 0.001 0.009 0.927 0.022 0.027 253 E 0.023 0.001 0.010 0.901 0.027 0.038 254 L 0.022 0.002 0.013 0.900 0.032 0.031 255 L 0.029 0.003 0.014 0.871 0.036 0.047 256 S 0.033 0.002 0.036 0.743 0.085 0.099 257 R 0.043 0.005 0.055 0.695 0.104 0.098 258 S 0.056 0.007 0.047 0.548 0.196 0.146 259 I 0.054 0.006 0.047 0.426 0.258 0.209 260 H 0.088 0.015 0.039 0.245 0.299 0.314 261 E 0.115 0.027 0.047 0.202 0.246 0.364 262 R 0.073 0.018 0.021 0.132 0.172 0.585 263 Q 0.009 0.008 0.011 0.058 0.104 0.809