# TARGET T0393 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 667 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 K 0.100 0.088 0.011 0.016 0.004 0.036 0.744 3 R 0.058 0.030 0.017 0.014 0.299 0.093 0.490 4 S 0.054 0.044 0.022 0.023 0.244 0.075 0.538 5 I 0.024 0.012 0.273 0.081 0.103 0.186 0.322 6 E 0.015 0.014 0.217 0.059 0.136 0.476 0.083 7 D 0.018 0.012 0.151 0.034 0.198 0.480 0.107 8 T 0.030 0.005 0.002 0.008 0.516 0.024 0.415 9 P 0.134 0.004 0.001 0.002 0.404 0.025 0.431 10 I 0.920 0.022 0.001 0.001 0.006 0.002 0.048 11 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 12 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 13 I 0.952 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.040 14 G 0.457 0.006 0.002 0.003 0.043 0.007 0.482 15 A 0.093 0.006 0.017 0.047 0.271 0.037 0.529 16 G 0.011 0.005 0.035 0.240 0.309 0.076 0.325 17 N 0.001 0.001 0.034 0.842 0.040 0.061 0.020 18 L 0.001 0.001 0.010 0.937 0.012 0.026 0.014 19 A 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.010 0.005 20 T 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.005 0.003 21 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 22 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 28 R 0.001 0.001 0.004 0.896 0.002 0.095 0.002 29 K 0.001 0.001 0.002 0.155 0.012 0.829 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.959 0.020 31 F 0.031 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.936 32 R 0.482 0.003 0.001 0.001 0.203 0.002 0.309 33 I 0.977 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 34 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 35 Q 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 36 V 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 37 Y 0.750 0.004 0.002 0.001 0.063 0.011 0.169 38 S 0.327 0.007 0.005 0.003 0.251 0.023 0.384 39 R 0.033 0.017 0.007 0.004 0.311 0.022 0.606 40 T 0.022 0.014 0.003 0.011 0.211 0.011 0.728 41 E 0.001 0.001 0.094 0.781 0.034 0.067 0.023 42 E 0.001 0.001 0.058 0.845 0.024 0.057 0.015 43 S 0.001 0.001 0.049 0.883 0.011 0.037 0.019 44 A 0.001 0.001 0.006 0.962 0.008 0.012 0.011 45 R 0.001 0.001 0.004 0.961 0.007 0.016 0.011 46 E 0.001 0.001 0.004 0.956 0.005 0.026 0.008 47 L 0.001 0.001 0.003 0.958 0.008 0.015 0.015 48 A 0.001 0.001 0.009 0.950 0.010 0.020 0.010 49 Q 0.001 0.001 0.013 0.888 0.008 0.082 0.009 50 K 0.001 0.001 0.017 0.789 0.013 0.164 0.016 51 V 0.002 0.003 0.014 0.422 0.111 0.328 0.120 52 E 0.007 0.003 0.013 0.059 0.096 0.586 0.237 53 A 0.020 0.012 0.010 0.020 0.076 0.025 0.837 54 E 0.130 0.038 0.026 0.032 0.088 0.024 0.663 55 Y 0.221 0.034 0.042 0.043 0.093 0.042 0.526 56 T 0.163 0.017 0.065 0.069 0.094 0.084 0.509 57 T 0.098 0.025 0.068 0.093 0.283 0.115 0.317 58 D 0.067 0.042 0.029 0.141 0.252 0.050 0.419 59 L 0.005 0.004 0.121 0.736 0.026 0.036 0.072 60 A 0.002 0.001 0.104 0.834 0.011 0.028 0.021 61 E 0.001 0.001 0.095 0.849 0.006 0.039 0.009 62 V 0.001 0.002 0.068 0.872 0.005 0.042 0.011 63 N 0.002 0.004 0.149 0.676 0.014 0.105 0.051 64 P 0.002 0.001 0.154 0.317 0.023 0.490 0.013 65 Y 0.006 0.005 0.129 0.118 0.069 0.629 0.043 66 A 0.024 0.004 0.002 0.003 0.109 0.010 0.848 67 K 0.070 0.001 0.001 0.001 0.716 0.003 0.211 68 L 0.984 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 69 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 S 0.617 0.001 0.001 0.001 0.045 0.002 0.333 73 L 0.176 0.004 0.003 0.001 0.316 0.006 0.494 74 K 0.060 0.023 0.010 0.004 0.144 0.012 0.747 75 D 0.023 0.012 0.170 0.103 0.157 0.180 0.356 76 S 0.012 0.004 0.170 0.234 0.155 0.312 0.113 77 A 0.009 0.006 0.162 0.455 0.088 0.117 0.164 78 F 0.007 0.004 0.038 0.781 0.031 0.033 0.104 79 A 0.009 0.002 0.018 0.878 0.020 0.028 0.046 80 E 0.008 0.001 0.019 0.907 0.013 0.029 0.023 81 L 0.003 0.001 0.016 0.926 0.013 0.028 0.014 82 L 0.003 0.001 0.014 0.939 0.007 0.025 0.011 83 Q 0.003 0.001 0.022 0.886 0.006 0.072 0.010 84 G 0.002 0.001 0.026 0.840 0.011 0.104 0.016 85 I 0.006 0.005 0.049 0.777 0.033 0.064 0.065 86 V 0.010 0.004 0.110 0.699 0.023 0.086 0.069 87 E 0.011 0.001 0.124 0.620 0.025 0.135 0.083 88 G 0.011 0.003 0.131 0.538 0.041 0.213 0.063 89 K 0.031 0.013 0.074 0.337 0.163 0.171 0.210 90 R 0.036 0.009 0.092 0.169 0.122 0.163 0.409 91 E 0.012 0.003 0.068 0.060 0.124 0.675 0.057 92 E 0.020 0.001 0.028 0.011 0.142 0.709 0.089 93 A 0.193 0.006 0.004 0.004 0.191 0.021 0.581 94 L 0.761 0.017 0.001 0.002 0.031 0.004 0.185 95 M 0.941 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.046 96 V 0.968 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.023 97 H 0.935 0.002 0.002 0.002 0.007 0.003 0.050 98 T 0.693 0.006 0.010 0.007 0.037 0.019 0.228 99 A 0.337 0.014 0.035 0.017 0.111 0.062 0.424 100 G 0.150 0.006 0.075 0.024 0.235 0.255 0.257 101 S 0.100 0.014 0.062 0.032 0.292 0.236 0.264 102 I 0.099 0.066 0.020 0.032 0.271 0.039 0.473 103 P 0.048 0.019 0.013 0.044 0.082 0.030 0.764 104 M 0.010 0.004 0.119 0.572 0.060 0.106 0.129 105 N 0.010 0.004 0.161 0.598 0.041 0.122 0.065 106 V 0.008 0.004 0.119 0.669 0.042 0.076 0.083 107 W 0.011 0.005 0.061 0.723 0.034 0.055 0.112 108 E 0.008 0.002 0.083 0.724 0.032 0.090 0.062 109 G 0.009 0.002 0.069 0.750 0.028 0.086 0.057 110 H 0.009 0.005 0.081 0.704 0.042 0.071 0.089 111 V 0.015 0.007 0.077 0.591 0.051 0.181 0.078 112 P 0.015 0.005 0.080 0.408 0.054 0.334 0.105 113 H 0.016 0.006 0.072 0.234 0.169 0.314 0.190 114 Y 0.027 0.004 0.035 0.081 0.201 0.472 0.180 115 G 0.100 0.009 0.023 0.029 0.220 0.178 0.441 116 V 0.421 0.021 0.013 0.020 0.091 0.025 0.409 117 F 0.725 0.022 0.007 0.013 0.026 0.010 0.196 118 Y 0.747 0.015 0.010 0.015 0.025 0.012 0.176 119 P 0.703 0.013 0.013 0.014 0.044 0.021 0.193 120 M 0.488 0.032 0.014 0.020 0.100 0.029 0.317 121 Q 0.218 0.023 0.017 0.023 0.164 0.036 0.518 122 T 0.081 0.012 0.044 0.042 0.199 0.194 0.428 123 F 0.034 0.021 0.050 0.059 0.257 0.275 0.303 124 S 0.027 0.016 0.034 0.096 0.274 0.123 0.429 125 K 0.026 0.008 0.049 0.243 0.151 0.201 0.321 126 Q 0.043 0.009 0.070 0.377 0.116 0.122 0.263 127 R 0.084 0.031 0.085 0.499 0.062 0.051 0.189 128 E 0.107 0.019 0.061 0.600 0.038 0.052 0.123 129 V 0.126 0.011 0.076 0.530 0.038 0.105 0.114 130 D 0.099 0.007 0.066 0.451 0.075 0.207 0.094 131 F 0.103 0.009 0.047 0.334 0.116 0.235 0.155 132 K 0.112 0.011 0.034 0.224 0.158 0.152 0.310 133 E 0.144 0.008 0.031 0.167 0.162 0.202 0.287 134 I 0.253 0.010 0.028 0.157 0.200 0.084 0.268 135 P 0.436 0.030 0.028 0.138 0.071 0.038 0.259 136 F 0.590 0.023 0.030 0.133 0.045 0.026 0.154 137 F 0.575 0.019 0.047 0.120 0.043 0.037 0.158 138 I 0.377 0.019 0.084 0.106 0.082 0.076 0.255 139 E 0.225 0.013 0.087 0.097 0.135 0.155 0.287 140 A 0.094 0.014 0.061 0.068 0.196 0.277 0.290 141 S 0.021 0.010 0.016 0.028 0.353 0.071 0.502 142 S 0.008 0.007 0.003 0.039 0.212 0.012 0.717 143 T 0.001 0.001 0.020 0.925 0.020 0.024 0.010 144 E 0.001 0.001 0.017 0.948 0.007 0.021 0.007 145 D 0.001 0.001 0.013 0.963 0.003 0.014 0.007 146 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.004 0.007 0.003 147 A 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.013 0.005 148 F 0.001 0.001 0.002 0.969 0.002 0.023 0.004 149 L 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.011 0.006 150 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.006 0.002 151 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 152 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.003 153 A 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.009 0.002 154 S 0.001 0.001 0.014 0.916 0.005 0.060 0.003 155 T 0.001 0.001 0.024 0.768 0.009 0.190 0.007 156 L 0.002 0.002 0.036 0.430 0.076 0.402 0.051 157 S 0.005 0.003 0.025 0.051 0.072 0.764 0.080 158 N 0.048 0.006 0.028 0.019 0.268 0.175 0.455 159 R 0.245 0.014 0.025 0.016 0.162 0.038 0.501 160 V 0.670 0.020 0.008 0.009 0.043 0.015 0.235 161 Y 0.842 0.008 0.004 0.008 0.021 0.008 0.110 162 D 0.845 0.014 0.003 0.004 0.020 0.007 0.109 163 A 0.499 0.029 0.003 0.004 0.069 0.014 0.382 164 D 0.099 0.006 0.004 0.006 0.127 0.031 0.725 165 S 0.004 0.002 0.253 0.207 0.134 0.354 0.046 166 E 0.005 0.002 0.212 0.291 0.154 0.283 0.052 167 Q 0.012 0.003 0.184 0.470 0.067 0.151 0.112 168 R 0.019 0.004 0.035 0.746 0.044 0.058 0.094 169 K 0.052 0.005 0.018 0.800 0.024 0.044 0.056 170 S 0.062 0.002 0.008 0.877 0.015 0.013 0.023 171 L 0.081 0.001 0.003 0.886 0.006 0.006 0.015 172 H 0.074 0.001 0.004 0.901 0.007 0.006 0.007 173 L 0.089 0.001 0.008 0.880 0.005 0.012 0.005 174 A 0.033 0.001 0.016 0.918 0.005 0.019 0.007 175 A 0.021 0.001 0.022 0.896 0.010 0.041 0.010 176 V 0.021 0.002 0.031 0.761 0.032 0.114 0.039 177 F 0.012 0.005 0.030 0.656 0.063 0.155 0.079 178 T 0.005 0.002 0.011 0.790 0.056 0.041 0.096 179 C 0.001 0.001 0.005 0.934 0.019 0.019 0.021 180 N 0.001 0.001 0.002 0.971 0.007 0.010 0.008 181 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.004 182 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 0.001 183 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 184 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 185 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 187 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 188 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 190 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 191 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.002 192 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.004 193 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.003 194 K 0.001 0.001 0.003 0.973 0.002 0.020 0.002 195 K 0.001 0.001 0.007 0.814 0.006 0.169 0.004 196 Y 0.001 0.001 0.004 0.177 0.018 0.793 0.007 197 N 0.001 0.001 0.003 0.009 0.042 0.880 0.065 198 L 0.003 0.017 0.002 0.002 0.179 0.010 0.787 199 P 0.006 0.015 0.004 0.002 0.048 0.004 0.922 200 F 0.001 0.001 0.376 0.517 0.032 0.052 0.022 201 D 0.001 0.001 0.242 0.675 0.016 0.051 0.014 202 V 0.001 0.002 0.162 0.756 0.013 0.050 0.016 203 M 0.001 0.001 0.016 0.914 0.012 0.032 0.023 204 L 0.001 0.001 0.005 0.951 0.010 0.019 0.014 205 P 0.001 0.001 0.002 0.971 0.006 0.012 0.008 206 L 0.001 0.001 0.002 0.975 0.004 0.007 0.010 207 I 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.010 0.005 208 D 0.001 0.001 0.001 0.967 0.005 0.023 0.003 209 E 0.001 0.001 0.002 0.951 0.005 0.036 0.006 210 T 0.001 0.001 0.002 0.936 0.006 0.041 0.014 211 A 0.001 0.003 0.005 0.903 0.014 0.039 0.036 212 R 0.001 0.001 0.013 0.807 0.023 0.133 0.022 213 K 0.002 0.001 0.015 0.667 0.026 0.259 0.030 214 V 0.003 0.005 0.024 0.671 0.064 0.063 0.171 215 H 0.007 0.007 0.042 0.779 0.028 0.070 0.067 216 E 0.011 0.004 0.059 0.632 0.039 0.192 0.063 217 L 0.011 0.011 0.050 0.500 0.080 0.249 0.099 218 E 0.019 0.013 0.025 0.306 0.168 0.132 0.336 219 P 0.020 0.011 0.058 0.234 0.120 0.150 0.408 220 K 0.019 0.011 0.121 0.244 0.134 0.222 0.249 221 T 0.019 0.011 0.143 0.168 0.142 0.260 0.256 222 A 0.019 0.008 0.128 0.141 0.182 0.255 0.268 223 Q 0.027 0.013 0.086 0.160 0.240 0.231 0.242 224 T 0.036 0.021 0.028 0.121 0.350 0.081 0.363 225 G 0.032 0.010 0.037 0.208 0.212 0.062 0.439 226 P 0.066 0.013 0.066 0.288 0.087 0.081 0.398 227 A 0.137 0.041 0.124 0.388 0.060 0.081 0.169 228 I 0.115 0.029 0.091 0.472 0.040 0.080 0.173 229 R 0.039 0.006 0.059 0.470 0.078 0.226 0.123 230 Y 0.011 0.005 0.024 0.287 0.181 0.377 0.114 231 D 0.008 0.005 0.012 0.267 0.202 0.132 0.374 232 E 0.001 0.001 0.010 0.934 0.014 0.027 0.013 233 N 0.001 0.001 0.007 0.964 0.007 0.017 0.005 234 V 0.001 0.001 0.005 0.981 0.002 0.009 0.003 235 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 236 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 237 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 238 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 239 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 240 R 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.020 0.001 241 M 0.001 0.001 0.006 0.934 0.003 0.055 0.003 242 L 0.001 0.002 0.020 0.871 0.014 0.079 0.014 243 A 0.001 0.001 0.040 0.728 0.022 0.195 0.015 244 D 0.001 0.001 0.037 0.594 0.061 0.264 0.043 245 D 0.001 0.002 0.025 0.459 0.202 0.137 0.174 246 P 0.001 0.004 0.025 0.343 0.112 0.130 0.386 247 A 0.001 0.001 0.063 0.659 0.031 0.183 0.062 248 M 0.003 0.001 0.053 0.763 0.027 0.100 0.052 249 Q 0.005 0.003 0.021 0.871 0.025 0.023 0.052 250 R 0.013 0.002 0.004 0.934 0.011 0.009 0.026 251 L 0.021 0.001 0.003 0.941 0.005 0.013 0.016 252 Y 0.023 0.001 0.003 0.940 0.006 0.016 0.010 253 E 0.029 0.001 0.005 0.929 0.009 0.018 0.009 254 L 0.023 0.001 0.005 0.926 0.010 0.023 0.012 255 L 0.029 0.002 0.009 0.853 0.011 0.073 0.023 256 S 0.039 0.005 0.018 0.641 0.043 0.179 0.075 257 R 0.060 0.009 0.039 0.432 0.119 0.171 0.170 258 S 0.056 0.012 0.039 0.290 0.149 0.097 0.356 259 I 0.060 0.011 0.054 0.279 0.132 0.157 0.306 260 H 0.053 0.006 0.052 0.172 0.193 0.235 0.290 261 E 0.070 0.013 0.042 0.144 0.272 0.178 0.280 262 R 0.075 0.025 0.020 0.095 0.013 0.095 0.677 263 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998