# TARGET T0393 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2001 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.006 0.007 0.008 0.142 0.813 2 K 0.062 0.016 0.009 0.019 0.121 0.772 3 R 0.073 0.037 0.010 0.015 0.134 0.731 4 S 0.080 0.032 0.018 0.019 0.248 0.604 5 I 0.040 0.009 0.286 0.074 0.383 0.208 6 E 0.055 0.005 0.237 0.065 0.428 0.211 7 D 0.078 0.014 0.183 0.046 0.434 0.245 8 T 0.088 0.011 0.024 0.011 0.345 0.521 9 P 0.158 0.006 0.009 0.005 0.260 0.561 10 I 0.800 0.009 0.004 0.003 0.055 0.128 11 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 12 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 I 0.977 0.001 0.001 0.012 0.003 0.007 14 G 0.733 0.003 0.003 0.071 0.040 0.149 15 A 0.176 0.004 0.024 0.223 0.173 0.400 16 G 0.036 0.005 0.122 0.436 0.211 0.191 17 N 0.016 0.005 0.150 0.605 0.148 0.076 18 L 0.006 0.004 0.071 0.821 0.062 0.036 19 A 0.005 0.003 0.030 0.893 0.037 0.033 20 T 0.002 0.001 0.014 0.958 0.019 0.007 21 N 0.001 0.001 0.008 0.981 0.007 0.003 22 L 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.004 23 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.003 27 Y 0.001 0.001 0.016 0.968 0.011 0.003 28 R 0.001 0.001 0.022 0.956 0.018 0.003 29 K 0.001 0.001 0.013 0.924 0.033 0.029 30 G 0.001 0.001 0.003 0.020 0.100 0.875 31 F 0.032 0.004 0.002 0.001 0.086 0.876 32 R 0.640 0.010 0.003 0.001 0.042 0.304 33 I 0.930 0.003 0.004 0.002 0.015 0.046 34 V 0.965 0.001 0.003 0.002 0.007 0.021 35 Q 0.952 0.001 0.003 0.005 0.015 0.024 36 V 0.872 0.005 0.003 0.007 0.039 0.075 37 Y 0.575 0.009 0.007 0.009 0.173 0.226 38 S 0.153 0.009 0.014 0.009 0.361 0.454 39 R 0.031 0.015 0.016 0.016 0.380 0.541 40 T 0.011 0.009 0.003 0.012 0.116 0.850 41 E 0.001 0.001 0.024 0.943 0.021 0.011 42 E 0.001 0.001 0.017 0.970 0.010 0.003 43 S 0.001 0.001 0.008 0.981 0.008 0.002 44 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 45 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 50 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.005 51 V 0.001 0.001 0.003 0.959 0.005 0.033 52 E 0.001 0.001 0.001 0.022 0.027 0.949 53 A 0.020 0.002 0.010 0.019 0.062 0.888 54 E 0.256 0.017 0.038 0.026 0.122 0.540 55 Y 0.423 0.020 0.047 0.022 0.131 0.358 56 T 0.460 0.018 0.015 0.014 0.134 0.360 57 T 0.384 0.023 0.009 0.019 0.129 0.437 58 D 0.160 0.025 0.010 0.081 0.130 0.595 59 L 0.002 0.001 0.263 0.689 0.033 0.012 60 A 0.003 0.001 0.575 0.364 0.051 0.007 61 E 0.005 0.001 0.470 0.451 0.063 0.009 62 V 0.015 0.009 0.173 0.587 0.115 0.100 63 N 0.018 0.018 0.067 0.228 0.528 0.142 64 P 0.001 0.001 0.398 0.138 0.439 0.024 65 Y 0.005 0.001 0.265 0.030 0.637 0.061 66 A 0.052 0.009 0.094 0.007 0.773 0.064 67 K 0.290 0.003 0.006 0.003 0.284 0.414 68 L 0.971 0.002 0.001 0.001 0.007 0.019 69 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 72 S 0.906 0.001 0.001 0.001 0.009 0.083 73 L 0.403 0.005 0.001 0.003 0.051 0.537 74 K 0.079 0.007 0.003 0.006 0.213 0.692 75 D 0.006 0.003 0.072 0.211 0.396 0.313 76 S 0.002 0.001 0.185 0.564 0.205 0.043 77 A 0.002 0.002 0.189 0.675 0.112 0.020 78 F 0.002 0.001 0.030 0.933 0.022 0.012 79 A 0.003 0.001 0.026 0.944 0.018 0.009 80 E 0.003 0.002 0.022 0.943 0.020 0.010 81 L 0.003 0.001 0.015 0.961 0.013 0.008 82 L 0.001 0.001 0.011 0.969 0.010 0.008 83 Q 0.001 0.001 0.018 0.958 0.014 0.009 84 G 0.002 0.001 0.045 0.830 0.067 0.055 85 I 0.008 0.005 0.080 0.638 0.144 0.124 86 V 0.016 0.009 0.129 0.424 0.282 0.139 87 E 0.015 0.003 0.140 0.413 0.288 0.142 88 G 0.022 0.007 0.186 0.185 0.333 0.267 89 K 0.041 0.037 0.122 0.083 0.348 0.368 90 R 0.045 0.020 0.117 0.045 0.689 0.085 91 E 0.028 0.005 0.118 0.036 0.744 0.070 92 E 0.027 0.002 0.040 0.012 0.822 0.098 93 A 0.546 0.008 0.006 0.002 0.335 0.104 94 L 0.966 0.002 0.001 0.001 0.006 0.025 95 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 H 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 98 T 0.722 0.002 0.002 0.003 0.068 0.202 99 A 0.399 0.013 0.023 0.006 0.232 0.327 100 G 0.242 0.014 0.082 0.016 0.367 0.279 101 S 0.137 0.015 0.104 0.032 0.370 0.341 102 I 0.087 0.026 0.059 0.055 0.336 0.436 103 P 0.042 0.027 0.098 0.256 0.198 0.378 104 M 0.008 0.003 0.206 0.617 0.086 0.080 105 N 0.005 0.002 0.252 0.641 0.074 0.026 106 V 0.001 0.001 0.207 0.754 0.031 0.006 107 W 0.003 0.003 0.136 0.798 0.044 0.016 108 E 0.003 0.001 0.207 0.685 0.081 0.022 109 G 0.007 0.002 0.173 0.639 0.128 0.050 110 H 0.011 0.011 0.112 0.635 0.132 0.099 111 V 0.015 0.026 0.057 0.115 0.491 0.296 112 P 0.005 0.003 0.210 0.056 0.625 0.100 113 H 0.014 0.003 0.233 0.060 0.608 0.082 114 Y 0.027 0.012 0.152 0.109 0.590 0.110 115 G 0.068 0.020 0.015 0.012 0.378 0.507 116 V 0.359 0.035 0.009 0.010 0.129 0.459 117 F 0.781 0.047 0.005 0.005 0.059 0.102 118 Y 0.738 0.019 0.009 0.006 0.096 0.132 119 P 0.623 0.012 0.024 0.010 0.153 0.179 120 M 0.415 0.012 0.078 0.020 0.246 0.228 121 Q 0.412 0.025 0.115 0.046 0.211 0.191 122 T 0.356 0.039 0.142 0.056 0.197 0.210 123 F 0.225 0.063 0.109 0.060 0.245 0.298 124 S 0.091 0.031 0.039 0.067 0.507 0.266 125 K 0.028 0.008 0.051 0.109 0.531 0.274 126 Q 0.018 0.011 0.022 0.104 0.389 0.455 127 R 0.043 0.027 0.036 0.195 0.289 0.409 128 E 0.031 0.012 0.115 0.384 0.195 0.263 129 V 0.033 0.020 0.220 0.403 0.178 0.147 130 D 0.055 0.028 0.267 0.277 0.264 0.109 131 F 0.079 0.014 0.215 0.182 0.401 0.109 132 K 0.065 0.006 0.117 0.114 0.513 0.185 133 E 0.113 0.011 0.058 0.049 0.504 0.264 134 I 0.231 0.010 0.008 0.008 0.332 0.411 135 P 0.460 0.006 0.006 0.005 0.141 0.382 136 F 0.911 0.007 0.003 0.003 0.026 0.051 137 F 0.971 0.002 0.001 0.003 0.007 0.015 138 I 0.959 0.003 0.002 0.004 0.009 0.022 139 E 0.845 0.006 0.003 0.006 0.050 0.091 140 A 0.222 0.008 0.004 0.007 0.190 0.569 141 S 0.024 0.006 0.002 0.005 0.212 0.751 142 S 0.007 0.006 0.001 0.014 0.115 0.857 143 T 0.001 0.001 0.027 0.949 0.016 0.007 144 E 0.001 0.001 0.053 0.914 0.026 0.006 145 D 0.001 0.001 0.052 0.931 0.012 0.004 146 A 0.001 0.001 0.015 0.971 0.007 0.005 147 A 0.001 0.001 0.017 0.971 0.006 0.004 148 F 0.001 0.001 0.011 0.978 0.006 0.004 149 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.004 0.006 150 K 0.001 0.001 0.006 0.976 0.008 0.009 151 A 0.001 0.001 0.007 0.981 0.006 0.005 152 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 153 A 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 154 S 0.001 0.001 0.014 0.971 0.011 0.003 155 T 0.002 0.001 0.015 0.943 0.027 0.013 156 L 0.003 0.002 0.019 0.873 0.053 0.049 157 S 0.012 0.005 0.040 0.583 0.221 0.138 158 N 0.012 0.001 0.053 0.487 0.271 0.176 159 R 0.069 0.002 0.051 0.283 0.310 0.285 160 V 0.468 0.007 0.021 0.217 0.125 0.163 161 Y 0.700 0.013 0.007 0.150 0.035 0.096 162 D 0.655 0.014 0.004 0.109 0.072 0.146 163 A 0.270 0.016 0.003 0.077 0.150 0.485 164 D 0.066 0.005 0.006 0.052 0.307 0.562 165 S 0.008 0.002 0.158 0.581 0.210 0.041 166 E 0.006 0.002 0.280 0.518 0.162 0.032 167 Q 0.009 0.005 0.278 0.577 0.103 0.028 168 R 0.009 0.004 0.054 0.851 0.033 0.049 169 K 0.006 0.001 0.021 0.921 0.019 0.033 170 S 0.006 0.001 0.007 0.970 0.008 0.009 171 L 0.008 0.001 0.002 0.984 0.004 0.003 172 H 0.006 0.001 0.002 0.988 0.003 0.001 173 L 0.005 0.001 0.003 0.988 0.003 0.001 174 A 0.006 0.001 0.006 0.980 0.006 0.002 175 A 0.007 0.001 0.016 0.955 0.014 0.008 176 V 0.006 0.001 0.024 0.908 0.028 0.032 177 F 0.003 0.003 0.012 0.900 0.016 0.066 178 T 0.001 0.001 0.006 0.954 0.005 0.033 179 C 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.005 180 N 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 181 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 182 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 183 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 184 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 185 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 187 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 188 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 190 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 191 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 192 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 193 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 194 K 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 195 K 0.001 0.001 0.009 0.988 0.002 0.001 196 Y 0.001 0.001 0.010 0.959 0.005 0.026 197 N 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.968 198 L 0.004 0.022 0.003 0.014 0.076 0.880 199 P 0.007 0.008 0.003 0.028 0.067 0.887 200 F 0.001 0.001 0.059 0.897 0.019 0.024 201 D 0.001 0.001 0.058 0.930 0.008 0.003 202 V 0.001 0.001 0.102 0.888 0.008 0.002 203 M 0.001 0.001 0.012 0.980 0.004 0.003 204 L 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.003 205 P 0.001 0.001 0.006 0.982 0.008 0.003 206 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.002 207 I 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 208 D 0.001 0.001 0.009 0.983 0.005 0.002 209 E 0.001 0.001 0.009 0.978 0.008 0.005 210 T 0.001 0.001 0.011 0.946 0.013 0.028 211 A 0.002 0.002 0.040 0.817 0.058 0.081 212 R 0.002 0.002 0.096 0.724 0.102 0.074 213 K 0.004 0.003 0.099 0.664 0.141 0.089 214 V 0.004 0.004 0.201 0.518 0.196 0.077 215 H 0.006 0.002 0.264 0.409 0.229 0.089 216 E 0.012 0.005 0.241 0.328 0.285 0.130 217 L 0.025 0.024 0.091 0.238 0.308 0.314 218 E 0.028 0.018 0.041 0.092 0.317 0.504 219 P 0.025 0.015 0.145 0.108 0.350 0.356 220 K 0.041 0.024 0.230 0.116 0.344 0.245 221 T 0.053 0.025 0.257 0.147 0.341 0.178 222 A 0.044 0.021 0.135 0.100 0.363 0.337 223 Q 0.065 0.035 0.052 0.086 0.393 0.368 224 T 0.062 0.039 0.023 0.052 0.393 0.431 225 G 0.027 0.014 0.010 0.017 0.391 0.542 226 P 0.036 0.016 0.017 0.012 0.373 0.546 227 A 0.104 0.052 0.036 0.018 0.333 0.458 228 I 0.171 0.103 0.032 0.026 0.325 0.342 229 R 0.091 0.068 0.020 0.034 0.313 0.475 230 Y 0.026 0.027 0.009 0.041 0.446 0.450 231 D 0.009 0.009 0.037 0.258 0.417 0.271 232 E 0.004 0.002 0.063 0.721 0.170 0.040 233 N 0.005 0.003 0.115 0.663 0.182 0.032 234 V 0.007 0.008 0.080 0.765 0.075 0.064 235 I 0.007 0.005 0.031 0.910 0.019 0.028 236 G 0.003 0.001 0.019 0.940 0.017 0.020 237 N 0.002 0.001 0.009 0.974 0.007 0.008 238 H 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 239 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 240 R 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 241 M 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 242 L 0.001 0.001 0.007 0.982 0.007 0.004 243 A 0.001 0.001 0.007 0.944 0.025 0.024 244 D 0.001 0.001 0.007 0.805 0.062 0.125 245 D 0.001 0.001 0.008 0.448 0.177 0.365 246 P 0.001 0.001 0.050 0.802 0.102 0.045 247 A 0.002 0.002 0.072 0.789 0.097 0.039 248 M 0.002 0.001 0.038 0.911 0.032 0.016 249 Q 0.001 0.001 0.014 0.964 0.011 0.009 250 R 0.002 0.001 0.011 0.967 0.008 0.011 251 L 0.003 0.001 0.010 0.966 0.009 0.011 252 Y 0.004 0.001 0.013 0.957 0.011 0.014 253 E 0.003 0.001 0.012 0.966 0.011 0.008 254 L 0.001 0.001 0.012 0.972 0.006 0.008 255 L 0.001 0.001 0.007 0.976 0.006 0.010 256 S 0.001 0.001 0.016 0.960 0.012 0.010 257 R 0.001 0.001 0.011 0.969 0.011 0.007 258 S 0.001 0.001 0.006 0.975 0.009 0.008 259 I 0.001 0.001 0.012 0.952 0.019 0.014 260 H 0.003 0.001 0.017 0.869 0.046 0.064 261 E 0.002 0.002 0.010 0.743 0.046 0.196 262 R 0.003 0.003 0.004 0.182 0.058 0.750 263 Q 0.001 0.001 0.001 0.015 0.036 0.946