# TARGET T0393 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2001 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.002 0.002 0.013 0.008 0.010 0.959 2 K 0.032 0.027 0.011 0.032 0.016 0.040 0.843 3 R 0.047 0.023 0.051 0.046 0.203 0.054 0.576 4 S 0.037 0.009 0.094 0.027 0.084 0.090 0.659 5 I 0.018 0.013 0.431 0.062 0.058 0.122 0.295 6 E 0.016 0.006 0.289 0.082 0.077 0.330 0.201 7 D 0.018 0.010 0.141 0.060 0.207 0.389 0.175 8 T 0.040 0.005 0.003 0.005 0.558 0.016 0.373 9 P 0.138 0.002 0.002 0.004 0.282 0.021 0.550 10 I 0.906 0.004 0.003 0.006 0.026 0.010 0.045 11 V 0.979 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 12 L 0.978 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 13 I 0.885 0.002 0.005 0.049 0.007 0.006 0.047 14 G 0.413 0.006 0.013 0.054 0.089 0.039 0.385 15 A 0.069 0.006 0.054 0.129 0.222 0.070 0.450 16 G 0.016 0.006 0.125 0.343 0.272 0.092 0.146 17 N 0.002 0.002 0.084 0.815 0.019 0.057 0.021 18 L 0.001 0.001 0.042 0.892 0.005 0.044 0.015 19 A 0.001 0.001 0.009 0.957 0.002 0.023 0.008 20 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.009 0.001 28 R 0.001 0.001 0.012 0.910 0.003 0.074 0.001 29 K 0.001 0.001 0.008 0.143 0.005 0.844 0.001 30 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.980 0.008 31 F 0.011 0.002 0.001 0.001 0.025 0.003 0.958 32 R 0.333 0.011 0.004 0.001 0.133 0.008 0.511 33 I 0.910 0.005 0.003 0.001 0.010 0.002 0.068 34 V 0.951 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.041 35 Q 0.965 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.024 36 V 0.822 0.003 0.004 0.002 0.012 0.007 0.151 37 Y 0.733 0.012 0.004 0.002 0.069 0.017 0.164 38 S 0.308 0.022 0.003 0.002 0.152 0.032 0.482 39 R 0.049 0.016 0.001 0.001 0.391 0.046 0.495 40 T 0.017 0.018 0.001 0.006 0.285 0.009 0.663 41 E 0.001 0.001 0.015 0.972 0.001 0.009 0.002 42 E 0.001 0.001 0.017 0.976 0.001 0.006 0.001 43 S 0.001 0.001 0.022 0.971 0.001 0.005 0.002 44 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 45 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.004 0.001 46 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 47 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.009 0.003 48 A 0.001 0.002 0.005 0.979 0.002 0.008 0.002 49 Q 0.001 0.001 0.006 0.949 0.001 0.044 0.001 50 K 0.001 0.001 0.008 0.907 0.006 0.070 0.009 51 V 0.002 0.002 0.016 0.615 0.025 0.297 0.043 52 E 0.019 0.006 0.012 0.078 0.115 0.459 0.310 53 A 0.080 0.005 0.002 0.018 0.070 0.006 0.818 54 E 0.295 0.046 0.004 0.016 0.058 0.006 0.576 55 Y 0.467 0.069 0.009 0.029 0.055 0.015 0.355 56 T 0.355 0.024 0.011 0.017 0.124 0.066 0.403 57 T 0.146 0.031 0.003 0.007 0.543 0.028 0.242 58 D 0.054 0.031 0.001 0.009 0.340 0.004 0.561 59 L 0.001 0.001 0.102 0.872 0.002 0.015 0.008 60 A 0.001 0.001 0.160 0.810 0.002 0.024 0.002 61 E 0.002 0.001 0.259 0.709 0.002 0.022 0.006 62 V 0.004 0.005 0.165 0.783 0.006 0.030 0.006 63 N 0.014 0.007 0.215 0.560 0.031 0.118 0.056 64 P 0.002 0.001 0.334 0.247 0.013 0.397 0.006 65 Y 0.009 0.002 0.270 0.074 0.032 0.581 0.033 66 A 0.135 0.016 0.077 0.005 0.143 0.073 0.551 67 K 0.148 0.003 0.005 0.001 0.615 0.035 0.194 68 L 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.033 69 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 72 S 0.926 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.062 73 L 0.399 0.020 0.002 0.001 0.221 0.004 0.354 74 K 0.084 0.011 0.002 0.001 0.141 0.002 0.759 75 D 0.002 0.001 0.433 0.371 0.027 0.108 0.058 76 S 0.001 0.001 0.274 0.606 0.011 0.102 0.005 77 A 0.001 0.002 0.172 0.737 0.009 0.063 0.016 78 F 0.001 0.001 0.016 0.970 0.001 0.008 0.004 79 A 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.003 0.001 80 E 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.003 0.001 81 L 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.004 0.001 82 L 0.001 0.001 0.012 0.977 0.001 0.009 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.018 0.908 0.002 0.071 0.001 84 G 0.001 0.001 0.023 0.797 0.002 0.172 0.005 85 I 0.002 0.006 0.040 0.781 0.041 0.078 0.052 86 V 0.004 0.005 0.114 0.497 0.100 0.121 0.158 87 E 0.001 0.001 0.118 0.313 0.025 0.527 0.015 88 G 0.003 0.003 0.105 0.172 0.033 0.639 0.045 89 K 0.025 0.032 0.054 0.081 0.230 0.084 0.494 90 R 0.048 0.010 0.064 0.049 0.139 0.102 0.588 91 E 0.014 0.004 0.168 0.076 0.076 0.627 0.036 92 E 0.055 0.003 0.111 0.026 0.109 0.609 0.087 93 A 0.328 0.011 0.018 0.009 0.108 0.034 0.492 94 L 0.903 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.081 95 M 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 96 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 97 H 0.973 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.019 98 T 0.875 0.002 0.013 0.008 0.020 0.011 0.070 99 A 0.508 0.009 0.056 0.012 0.147 0.058 0.210 100 G 0.261 0.011 0.050 0.008 0.318 0.065 0.287 101 S 0.149 0.023 0.037 0.015 0.386 0.071 0.319 102 I 0.087 0.039 0.014 0.027 0.517 0.028 0.288 103 P 0.050 0.018 0.037 0.184 0.128 0.058 0.526 104 M 0.001 0.001 0.064 0.888 0.004 0.016 0.026 105 N 0.001 0.001 0.053 0.928 0.005 0.007 0.006 106 V 0.001 0.001 0.052 0.942 0.001 0.004 0.001 107 W 0.001 0.001 0.041 0.945 0.001 0.010 0.001 108 E 0.001 0.001 0.064 0.892 0.002 0.040 0.001 109 G 0.001 0.001 0.051 0.719 0.003 0.224 0.002 110 H 0.004 0.007 0.055 0.647 0.033 0.220 0.033 111 V 0.008 0.014 0.015 0.049 0.487 0.018 0.409 112 P 0.005 0.003 0.184 0.083 0.053 0.503 0.169 113 H 0.005 0.006 0.183 0.040 0.070 0.667 0.029 114 Y 0.016 0.004 0.134 0.027 0.181 0.568 0.070 115 G 0.084 0.011 0.030 0.014 0.385 0.244 0.231 116 V 0.357 0.050 0.005 0.011 0.113 0.025 0.441 117 F 0.657 0.065 0.005 0.008 0.036 0.009 0.220 118 Y 0.698 0.034 0.010 0.014 0.032 0.010 0.202 119 P 0.670 0.012 0.021 0.011 0.044 0.034 0.207 120 M 0.508 0.030 0.046 0.020 0.045 0.036 0.315 121 Q 0.310 0.029 0.090 0.065 0.120 0.054 0.331 122 T 0.184 0.023 0.118 0.074 0.126 0.117 0.358 123 F 0.109 0.102 0.058 0.102 0.122 0.133 0.374 124 S 0.045 0.041 0.012 0.018 0.091 0.032 0.760 125 K 0.007 0.006 0.025 0.039 0.078 0.782 0.063 126 Q 0.004 0.003 0.016 0.039 0.181 0.649 0.108 127 R 0.013 0.012 0.004 0.064 0.508 0.015 0.385 128 E 0.022 0.012 0.022 0.553 0.047 0.067 0.276 129 V 0.046 0.018 0.086 0.610 0.065 0.074 0.101 130 D 0.059 0.015 0.119 0.576 0.042 0.072 0.118 131 F 0.035 0.012 0.158 0.555 0.026 0.178 0.035 132 K 0.012 0.002 0.040 0.106 0.029 0.796 0.015 133 E 0.033 0.003 0.022 0.028 0.327 0.404 0.182 134 I 0.127 0.007 0.003 0.006 0.419 0.013 0.424 135 P 0.541 0.012 0.007 0.010 0.063 0.019 0.348 136 F 0.939 0.006 0.007 0.010 0.011 0.005 0.022 137 F 0.964 0.003 0.006 0.013 0.002 0.002 0.010 138 I 0.953 0.003 0.010 0.012 0.004 0.003 0.014 139 E 0.867 0.004 0.018 0.013 0.013 0.019 0.067 140 A 0.328 0.011 0.018 0.008 0.175 0.049 0.412 141 S 0.038 0.011 0.001 0.001 0.668 0.009 0.271 142 S 0.007 0.011 0.001 0.003 0.333 0.004 0.641 143 T 0.001 0.001 0.035 0.931 0.003 0.027 0.004 144 E 0.001 0.001 0.073 0.887 0.003 0.034 0.003 145 D 0.001 0.001 0.059 0.916 0.002 0.014 0.009 146 A 0.001 0.001 0.009 0.984 0.001 0.004 0.001 147 A 0.001 0.001 0.006 0.977 0.001 0.016 0.001 148 F 0.001 0.001 0.009 0.958 0.001 0.030 0.002 149 L 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.008 0.002 150 K 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.005 0.001 151 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.009 0.001 152 I 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.013 0.001 153 A 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.007 0.001 154 S 0.001 0.001 0.015 0.967 0.001 0.017 0.001 155 T 0.001 0.001 0.017 0.909 0.002 0.070 0.001 156 L 0.003 0.003 0.046 0.691 0.023 0.210 0.023 157 S 0.021 0.008 0.143 0.380 0.087 0.247 0.114 158 N 0.060 0.002 0.130 0.240 0.223 0.258 0.087 159 R 0.213 0.010 0.070 0.200 0.148 0.177 0.181 160 V 0.502 0.022 0.022 0.092 0.039 0.057 0.267 161 Y 0.766 0.026 0.009 0.040 0.024 0.015 0.120 162 D 0.705 0.029 0.007 0.021 0.028 0.023 0.187 163 A 0.168 0.024 0.008 0.018 0.179 0.080 0.523 164 D 0.038 0.010 0.007 0.013 0.256 0.042 0.635 165 S 0.004 0.003 0.185 0.416 0.084 0.215 0.092 166 E 0.002 0.002 0.196 0.517 0.019 0.235 0.029 167 Q 0.001 0.002 0.138 0.603 0.024 0.182 0.050 168 R 0.001 0.003 0.020 0.853 0.016 0.054 0.052 169 K 0.001 0.001 0.006 0.958 0.004 0.022 0.009 170 S 0.001 0.001 0.005 0.981 0.002 0.006 0.006 171 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 172 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 173 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.006 0.001 174 A 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.012 0.001 175 A 0.001 0.001 0.006 0.956 0.002 0.033 0.002 176 V 0.001 0.002 0.007 0.893 0.012 0.081 0.004 177 F 0.001 0.001 0.004 0.913 0.010 0.064 0.007 178 T 0.001 0.001 0.005 0.961 0.002 0.021 0.010 179 C 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 180 N 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 181 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 182 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 183 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 184 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 185 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 187 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 188 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 190 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 191 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 192 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 193 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 194 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 195 K 0.001 0.001 0.003 0.931 0.002 0.063 0.001 196 Y 0.001 0.001 0.003 0.228 0.004 0.763 0.002 197 N 0.001 0.001 0.002 0.012 0.020 0.912 0.053 198 L 0.001 0.009 0.001 0.002 0.116 0.003 0.868 199 P 0.003 0.013 0.001 0.002 0.021 0.001 0.959 200 F 0.001 0.001 0.067 0.918 0.001 0.011 0.003 201 D 0.001 0.001 0.041 0.952 0.001 0.005 0.001 202 V 0.001 0.001 0.028 0.969 0.001 0.002 0.001 203 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 204 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 205 P 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 207 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 208 D 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.022 0.001 209 E 0.001 0.001 0.004 0.913 0.001 0.080 0.001 210 T 0.001 0.001 0.010 0.874 0.009 0.076 0.028 211 A 0.001 0.003 0.049 0.820 0.020 0.068 0.038 212 R 0.004 0.004 0.115 0.650 0.031 0.176 0.020 213 K 0.005 0.002 0.097 0.555 0.029 0.266 0.046 214 V 0.006 0.004 0.153 0.592 0.029 0.114 0.103 215 H 0.014 0.005 0.212 0.450 0.068 0.167 0.085 216 E 0.032 0.008 0.223 0.340 0.060 0.213 0.124 217 L 0.071 0.033 0.091 0.290 0.137 0.087 0.290 218 E 0.064 0.017 0.017 0.081 0.126 0.028 0.668 219 P 0.026 0.009 0.169 0.195 0.066 0.137 0.398 220 K 0.036 0.014 0.248 0.135 0.125 0.192 0.250 221 T 0.060 0.020 0.273 0.093 0.097 0.162 0.295 222 A 0.058 0.014 0.199 0.112 0.103 0.134 0.379 223 Q 0.077 0.023 0.121 0.111 0.153 0.210 0.305 224 T 0.064 0.023 0.057 0.056 0.243 0.226 0.330 225 G 0.040 0.013 0.032 0.026 0.157 0.095 0.637 226 P 0.043 0.014 0.046 0.023 0.094 0.099 0.681 227 A 0.124 0.046 0.088 0.036 0.141 0.109 0.456 228 I 0.181 0.054 0.038 0.029 0.199 0.062 0.437 229 R 0.102 0.039 0.019 0.026 0.108 0.093 0.613 230 Y 0.042 0.019 0.008 0.025 0.298 0.084 0.523 231 D 0.019 0.016 0.009 0.102 0.204 0.073 0.576 232 E 0.005 0.002 0.026 0.720 0.038 0.168 0.041 233 N 0.009 0.003 0.021 0.798 0.037 0.095 0.038 234 V 0.023 0.017 0.014 0.834 0.028 0.020 0.063 235 I 0.015 0.005 0.005 0.928 0.010 0.014 0.024 236 G 0.002 0.001 0.006 0.967 0.003 0.018 0.003 237 N 0.003 0.001 0.009 0.943 0.005 0.032 0.008 238 H 0.001 0.001 0.005 0.970 0.003 0.011 0.009 239 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.004 0.003 240 R 0.001 0.001 0.011 0.976 0.001 0.009 0.002 241 M 0.001 0.001 0.020 0.950 0.002 0.024 0.002 242 L 0.002 0.003 0.033 0.866 0.008 0.082 0.006 243 A 0.002 0.005 0.034 0.593 0.019 0.323 0.024 244 D 0.002 0.003 0.014 0.405 0.136 0.267 0.173 245 D 0.001 0.001 0.014 0.634 0.104 0.042 0.205 246 P 0.001 0.001 0.050 0.889 0.008 0.041 0.012 247 A 0.001 0.001 0.093 0.828 0.006 0.062 0.011 248 M 0.001 0.001 0.076 0.874 0.004 0.036 0.008 249 Q 0.001 0.001 0.017 0.926 0.005 0.048 0.004 250 R 0.001 0.001 0.014 0.893 0.005 0.075 0.011 251 L 0.001 0.001 0.007 0.947 0.004 0.026 0.015 252 Y 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.004 0.004 253 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 254 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 255 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 256 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 257 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 258 S 0.001 0.001 0.002 0.973 0.001 0.022 0.002 259 I 0.001 0.001 0.006 0.940 0.003 0.044 0.005 260 H 0.005 0.002 0.020 0.779 0.018 0.155 0.022 261 E 0.006 0.002 0.024 0.469 0.054 0.328 0.117 262 R 0.005 0.006 0.007 0.162 0.060 0.107 0.654 263 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.003 0.985