# TARGET T0393 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2001 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.826 0.126 0.030 0.012 0.004 0.001 0.001 2 K 0.787 0.134 0.044 0.024 0.009 0.002 0.001 3 R 0.639 0.218 0.092 0.038 0.011 0.002 0.001 4 S 0.521 0.288 0.119 0.052 0.017 0.004 0.001 5 I 0.431 0.210 0.166 0.127 0.056 0.010 0.001 6 E 0.305 0.281 0.249 0.121 0.039 0.005 0.001 7 D 0.435 0.331 0.153 0.064 0.014 0.002 0.001 8 T 0.077 0.186 0.234 0.263 0.181 0.055 0.004 9 P 0.024 0.089 0.204 0.314 0.277 0.085 0.008 10 I 0.005 0.012 0.033 0.121 0.264 0.427 0.139 11 V 0.001 0.002 0.004 0.017 0.098 0.416 0.463 12 L 0.001 0.003 0.005 0.013 0.037 0.201 0.739 13 I 0.002 0.003 0.006 0.017 0.040 0.150 0.783 14 G 0.001 0.003 0.005 0.014 0.046 0.222 0.709 15 A 0.001 0.002 0.005 0.014 0.053 0.240 0.684 16 G 0.003 0.012 0.030 0.098 0.199 0.385 0.273 17 N 0.013 0.051 0.090 0.173 0.244 0.279 0.151 18 L 0.004 0.014 0.035 0.080 0.148 0.380 0.339 19 A 0.003 0.008 0.015 0.039 0.100 0.359 0.477 20 T 0.001 0.010 0.048 0.178 0.317 0.327 0.120 21 N 0.001 0.004 0.022 0.099 0.290 0.397 0.186 22 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.226 0.756 23 A 0.001 0.001 0.002 0.012 0.090 0.456 0.440 24 K 0.001 0.013 0.115 0.316 0.332 0.164 0.059 25 A 0.001 0.003 0.022 0.131 0.385 0.396 0.064 26 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.094 0.635 0.264 27 Y 0.001 0.013 0.099 0.356 0.417 0.112 0.004 28 R 0.109 0.431 0.302 0.121 0.032 0.004 0.001 29 K 0.117 0.341 0.323 0.180 0.036 0.004 0.001 30 G 0.294 0.441 0.184 0.064 0.015 0.003 0.001 31 F 0.022 0.067 0.166 0.335 0.323 0.083 0.003 32 R 0.076 0.220 0.297 0.248 0.115 0.040 0.005 33 I 0.005 0.014 0.040 0.120 0.276 0.451 0.095 34 V 0.007 0.025 0.059 0.143 0.281 0.376 0.108 35 Q 0.007 0.024 0.056 0.106 0.210 0.393 0.204 36 V 0.004 0.009 0.017 0.053 0.188 0.456 0.272 37 Y 0.005 0.021 0.057 0.152 0.303 0.351 0.111 38 S 0.037 0.148 0.204 0.239 0.206 0.138 0.028 39 R 0.020 0.125 0.246 0.319 0.205 0.075 0.010 40 T 0.131 0.246 0.231 0.204 0.135 0.047 0.005 41 E 0.293 0.360 0.214 0.093 0.031 0.008 0.001 42 E 0.541 0.345 0.086 0.021 0.005 0.001 0.001 43 S 0.071 0.305 0.325 0.215 0.071 0.012 0.001 44 A 0.006 0.026 0.111 0.404 0.382 0.070 0.001 45 R 0.140 0.508 0.279 0.065 0.008 0.001 0.001 46 E 0.125 0.524 0.285 0.061 0.005 0.001 0.001 47 L 0.003 0.009 0.046 0.312 0.496 0.132 0.001 48 A 0.010 0.097 0.349 0.392 0.143 0.009 0.001 49 Q 0.448 0.470 0.072 0.009 0.001 0.001 0.001 50 K 0.204 0.394 0.275 0.108 0.017 0.002 0.001 51 V 0.026 0.107 0.276 0.351 0.203 0.036 0.001 52 E 0.181 0.462 0.247 0.090 0.018 0.003 0.001 53 A 0.012 0.030 0.099 0.291 0.398 0.162 0.009 54 E 0.034 0.200 0.298 0.265 0.143 0.055 0.005 55 Y 0.021 0.047 0.089 0.208 0.322 0.283 0.031 56 T 0.020 0.051 0.120 0.262 0.334 0.188 0.024 57 T 0.087 0.284 0.288 0.196 0.094 0.041 0.009 58 D 0.054 0.165 0.218 0.262 0.187 0.097 0.018 59 L 0.013 0.034 0.074 0.186 0.316 0.314 0.064 60 A 0.109 0.235 0.247 0.204 0.127 0.066 0.012 61 E 0.077 0.267 0.275 0.214 0.105 0.053 0.010 62 V 0.009 0.026 0.066 0.206 0.377 0.286 0.030 63 N 0.017 0.066 0.186 0.334 0.301 0.089 0.006 64 P 0.266 0.468 0.184 0.062 0.017 0.004 0.001 65 Y 0.062 0.304 0.344 0.219 0.060 0.010 0.001 66 A 0.001 0.009 0.049 0.234 0.481 0.215 0.011 67 K 0.012 0.125 0.281 0.345 0.180 0.047 0.009 68 L 0.001 0.001 0.003 0.025 0.164 0.637 0.172 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.468 0.491 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.186 0.798 71 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.168 0.813 72 S 0.001 0.001 0.001 0.007 0.060 0.387 0.544 73 L 0.001 0.002 0.012 0.077 0.266 0.446 0.196 74 K 0.007 0.086 0.195 0.285 0.253 0.145 0.029 75 D 0.055 0.241 0.278 0.234 0.132 0.053 0.008 76 S 0.137 0.356 0.280 0.138 0.064 0.021 0.004 77 A 0.014 0.080 0.196 0.304 0.277 0.119 0.011 78 F 0.004 0.015 0.047 0.197 0.409 0.299 0.028 79 A 0.036 0.267 0.387 0.230 0.066 0.013 0.001 80 E 0.044 0.340 0.410 0.169 0.033 0.004 0.001 81 L 0.001 0.004 0.019 0.119 0.420 0.419 0.017 82 L 0.001 0.008 0.056 0.289 0.494 0.148 0.004 83 Q 0.083 0.500 0.309 0.090 0.016 0.002 0.001 84 G 0.020 0.181 0.403 0.323 0.067 0.006 0.001 85 I 0.002 0.008 0.032 0.187 0.469 0.294 0.009 86 V 0.020 0.165 0.335 0.336 0.130 0.014 0.001 87 E 0.291 0.525 0.144 0.033 0.007 0.001 0.001 88 G 0.065 0.277 0.361 0.229 0.058 0.009 0.001 89 K 0.103 0.209 0.266 0.276 0.127 0.018 0.001 90 R 0.290 0.351 0.227 0.105 0.025 0.002 0.001 91 E 0.379 0.391 0.170 0.052 0.008 0.001 0.001 92 E 0.097 0.465 0.303 0.113 0.020 0.002 0.001 93 A 0.001 0.015 0.101 0.386 0.398 0.097 0.002 94 L 0.001 0.001 0.002 0.020 0.215 0.672 0.091 95 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.353 0.611 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.084 0.913 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.062 0.935 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.940 99 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.203 0.775 100 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.071 0.360 0.554 101 S 0.001 0.005 0.021 0.088 0.245 0.451 0.189 102 I 0.004 0.034 0.092 0.210 0.304 0.290 0.066 103 P 0.022 0.088 0.137 0.211 0.261 0.222 0.059 104 M 0.014 0.065 0.160 0.264 0.285 0.186 0.026 105 N 0.299 0.405 0.186 0.073 0.026 0.009 0.002 106 V 0.044 0.241 0.330 0.249 0.101 0.031 0.005 107 W 0.005 0.010 0.030 0.172 0.443 0.317 0.023 108 E 0.032 0.207 0.366 0.280 0.096 0.017 0.002 109 G 0.210 0.550 0.188 0.044 0.007 0.002 0.001 110 H 0.012 0.082 0.225 0.368 0.234 0.075 0.004 111 V 0.007 0.021 0.090 0.299 0.422 0.153 0.009 112 P 0.292 0.418 0.201 0.070 0.016 0.003 0.001 113 H 0.431 0.350 0.142 0.055 0.017 0.005 0.001 114 Y 0.063 0.213 0.288 0.248 0.131 0.051 0.005 115 G 0.055 0.114 0.171 0.257 0.247 0.134 0.022 116 V 0.031 0.047 0.081 0.164 0.270 0.298 0.108 117 F 0.016 0.024 0.040 0.096 0.191 0.383 0.250 118 Y 0.019 0.020 0.025 0.052 0.125 0.300 0.459 119 P 0.018 0.021 0.029 0.051 0.095 0.252 0.533 120 M 0.015 0.018 0.029 0.055 0.105 0.251 0.526 121 Q 0.018 0.026 0.035 0.064 0.138 0.300 0.418 122 T 0.033 0.058 0.076 0.137 0.215 0.278 0.204 123 F 0.018 0.035 0.056 0.119 0.214 0.350 0.208 124 S 0.037 0.070 0.103 0.189 0.252 0.245 0.104 125 K 0.143 0.251 0.236 0.178 0.101 0.062 0.029 126 Q 0.223 0.237 0.186 0.171 0.106 0.055 0.022 127 R 0.221 0.272 0.232 0.155 0.073 0.035 0.011 128 E 0.289 0.286 0.182 0.121 0.069 0.040 0.014 129 V 0.078 0.119 0.166 0.226 0.220 0.154 0.036 130 D 0.060 0.111 0.156 0.221 0.258 0.167 0.027 131 F 0.052 0.167 0.258 0.284 0.169 0.061 0.008 132 K 0.215 0.344 0.205 0.131 0.065 0.030 0.009 133 E 0.032 0.137 0.219 0.274 0.213 0.108 0.018 134 I 0.004 0.015 0.072 0.244 0.375 0.252 0.039 135 P 0.001 0.002 0.008 0.027 0.122 0.531 0.309 136 F 0.001 0.001 0.003 0.016 0.099 0.496 0.384 137 F 0.001 0.001 0.003 0.011 0.061 0.357 0.567 138 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.074 0.415 0.498 139 E 0.001 0.005 0.021 0.091 0.268 0.471 0.144 140 A 0.002 0.023 0.082 0.221 0.356 0.269 0.046 141 S 0.041 0.205 0.275 0.272 0.153 0.049 0.005 142 S 0.134 0.378 0.281 0.146 0.050 0.012 0.001 143 T 0.578 0.251 0.101 0.046 0.018 0.005 0.001 144 E 0.424 0.375 0.137 0.046 0.014 0.003 0.001 145 D 0.053 0.127 0.216 0.330 0.214 0.058 0.003 146 A 0.026 0.150 0.308 0.352 0.140 0.023 0.001 147 A 0.162 0.562 0.226 0.042 0.007 0.001 0.001 148 F 0.003 0.033 0.184 0.398 0.308 0.072 0.002 149 L 0.001 0.001 0.003 0.035 0.295 0.627 0.038 150 K 0.007 0.125 0.387 0.367 0.100 0.013 0.001 151 A 0.015 0.140 0.380 0.354 0.096 0.014 0.001 152 I 0.001 0.005 0.011 0.042 0.198 0.648 0.094 153 A 0.003 0.012 0.046 0.205 0.405 0.295 0.034 154 S 0.044 0.294 0.326 0.220 0.089 0.024 0.003 155 T 0.025 0.085 0.192 0.362 0.251 0.077 0.007 156 L 0.007 0.018 0.040 0.116 0.296 0.427 0.096 157 S 0.074 0.156 0.221 0.252 0.196 0.093 0.009 158 N 0.182 0.358 0.260 0.137 0.050 0.011 0.002 159 R 0.062 0.149 0.236 0.285 0.187 0.071 0.010 160 V 0.026 0.041 0.080 0.195 0.337 0.286 0.035 161 Y 0.037 0.098 0.169 0.251 0.272 0.155 0.020 162 D 0.103 0.211 0.248 0.225 0.143 0.060 0.011 163 A 0.059 0.120 0.184 0.299 0.233 0.095 0.010 164 D 0.395 0.318 0.159 0.085 0.032 0.010 0.002 165 S 0.362 0.266 0.165 0.115 0.063 0.025 0.004 166 E 0.365 0.342 0.174 0.078 0.030 0.009 0.001 167 Q 0.155 0.235 0.234 0.213 0.116 0.041 0.005 168 R 0.055 0.162 0.241 0.267 0.193 0.076 0.007 169 K 0.041 0.190 0.284 0.254 0.157 0.064 0.009 170 S 0.005 0.021 0.056 0.159 0.308 0.354 0.097 171 L 0.001 0.005 0.014 0.063 0.238 0.470 0.209 172 H 0.001 0.003 0.011 0.041 0.134 0.394 0.415 173 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.044 0.242 0.700 174 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.098 0.887 175 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.099 0.880 176 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.145 0.823 177 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.181 0.785 178 T 0.001 0.001 0.002 0.007 0.031 0.194 0.765 179 C 0.001 0.002 0.005 0.017 0.049 0.199 0.728 180 N 0.001 0.002 0.005 0.019 0.066 0.237 0.671 181 F 0.001 0.001 0.004 0.016 0.048 0.209 0.721 182 T 0.001 0.002 0.003 0.009 0.027 0.157 0.802 183 N 0.001 0.003 0.005 0.016 0.052 0.206 0.717 184 H 0.002 0.005 0.014 0.041 0.085 0.229 0.624 185 M 0.001 0.002 0.004 0.012 0.037 0.223 0.720 186 Y 0.001 0.002 0.003 0.014 0.062 0.288 0.630 187 A 0.001 0.004 0.014 0.062 0.192 0.354 0.373 188 L 0.001 0.005 0.016 0.047 0.096 0.296 0.540 189 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.024 0.193 0.772 190 A 0.001 0.006 0.020 0.079 0.191 0.397 0.306 191 E 0.002 0.025 0.078 0.190 0.255 0.298 0.152 192 L 0.001 0.005 0.013 0.064 0.218 0.512 0.187 193 L 0.002 0.010 0.029 0.106 0.299 0.453 0.102 194 K 0.026 0.185 0.298 0.286 0.152 0.049 0.004 195 K 0.074 0.278 0.331 0.210 0.084 0.021 0.002 196 Y 0.031 0.093 0.235 0.321 0.239 0.076 0.005 197 N 0.274 0.348 0.192 0.104 0.054 0.025 0.004 198 L 0.046 0.077 0.154 0.273 0.302 0.132 0.017 199 P 0.232 0.406 0.210 0.099 0.040 0.012 0.001 200 F 0.055 0.192 0.279 0.320 0.127 0.025 0.002 201 D 0.348 0.419 0.159 0.052 0.017 0.004 0.001 202 V 0.016 0.150 0.363 0.313 0.132 0.024 0.002 203 M 0.002 0.003 0.011 0.086 0.340 0.490 0.069 204 L 0.003 0.062 0.220 0.402 0.246 0.064 0.004 205 P 0.019 0.261 0.397 0.230 0.073 0.018 0.002 206 L 0.001 0.005 0.025 0.127 0.358 0.437 0.048 207 I 0.001 0.002 0.006 0.041 0.233 0.539 0.178 208 D 0.009 0.111 0.274 0.333 0.187 0.077 0.009 209 E 0.014 0.140 0.311 0.332 0.160 0.040 0.004 210 T 0.002 0.010 0.036 0.127 0.315 0.440 0.071 211 A 0.007 0.019 0.045 0.156 0.356 0.354 0.063 212 R 0.066 0.237 0.287 0.238 0.122 0.045 0.006 213 K 0.054 0.189 0.278 0.277 0.148 0.047 0.006 214 V 0.022 0.038 0.068 0.160 0.277 0.353 0.083 215 H 0.042 0.085 0.152 0.268 0.282 0.151 0.019 216 E 0.133 0.282 0.257 0.175 0.097 0.047 0.010 217 L 0.037 0.099 0.187 0.298 0.258 0.109 0.012 218 E 0.098 0.197 0.244 0.233 0.157 0.064 0.008 219 P 0.173 0.250 0.221 0.187 0.118 0.047 0.006 220 K 0.274 0.265 0.208 0.149 0.078 0.024 0.003 221 T 0.188 0.265 0.243 0.185 0.086 0.030 0.003 222 A 0.129 0.174 0.220 0.257 0.159 0.056 0.004 223 Q 0.302 0.290 0.210 0.126 0.055 0.016 0.002 224 T 0.429 0.290 0.161 0.081 0.030 0.007 0.001 225 G 0.351 0.232 0.182 0.142 0.071 0.020 0.002 226 P 0.559 0.252 0.105 0.051 0.023 0.009 0.001 227 A 0.198 0.239 0.238 0.193 0.099 0.031 0.003 228 I 0.150 0.222 0.236 0.218 0.124 0.046 0.005 229 R 0.169 0.237 0.214 0.196 0.125 0.050 0.008 230 Y 0.117 0.155 0.206 0.238 0.186 0.083 0.015 231 D 0.275 0.322 0.213 0.121 0.049 0.017 0.003 232 E 0.194 0.251 0.247 0.189 0.090 0.026 0.004 233 N 0.298 0.332 0.206 0.102 0.042 0.017 0.003 234 V 0.045 0.094 0.153 0.240 0.273 0.171 0.023 235 I 0.017 0.024 0.049 0.149 0.300 0.368 0.093 236 G 0.040 0.119 0.214 0.296 0.213 0.106 0.013 237 N 0.079 0.194 0.260 0.238 0.146 0.072 0.011 238 H 0.035 0.060 0.087 0.141 0.238 0.355 0.083 239 L 0.020 0.027 0.060 0.149 0.303 0.362 0.080 240 R 0.096 0.253 0.270 0.219 0.111 0.043 0.007 241 M 0.043 0.090 0.174 0.302 0.254 0.124 0.013 242 L 0.017 0.026 0.046 0.129 0.332 0.401 0.050 243 A 0.086 0.224 0.293 0.244 0.116 0.033 0.003 244 D 0.274 0.437 0.202 0.068 0.017 0.003 0.001 245 D 0.127 0.222 0.250 0.238 0.123 0.036 0.003 246 P 0.313 0.207 0.147 0.163 0.115 0.050 0.006 247 A 0.311 0.333 0.204 0.104 0.037 0.009 0.001 248 M 0.212 0.287 0.250 0.167 0.067 0.015 0.001 249 Q 0.261 0.335 0.218 0.123 0.047 0.015 0.001 250 R 0.169 0.297 0.256 0.168 0.079 0.028 0.003 251 L 0.039 0.042 0.085 0.212 0.338 0.247 0.037 252 Y 0.048 0.110 0.191 0.302 0.234 0.104 0.011 253 E 0.154 0.330 0.273 0.154 0.063 0.023 0.003 254 L 0.081 0.095 0.159 0.256 0.263 0.134 0.013 255 L 0.062 0.042 0.054 0.129 0.283 0.359 0.071 256 S 0.104 0.202 0.242 0.250 0.139 0.057 0.006 257 R 0.168 0.331 0.270 0.158 0.057 0.014 0.002 258 S 0.075 0.107 0.156 0.267 0.254 0.128 0.013 259 I 0.117 0.123 0.167 0.271 0.230 0.086 0.006 260 H 0.387 0.367 0.169 0.060 0.015 0.002 0.001 261 E 0.520 0.303 0.127 0.040 0.008 0.001 0.001 262 R 0.589 0.244 0.107 0.046 0.012 0.002 0.001 263 Q 0.808 0.135 0.037 0.014 0.005 0.001 0.001