# TARGET T0393 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 640 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 K 0.102 0.085 0.012 0.017 0.004 0.037 0.743 3 R 0.059 0.030 0.018 0.014 0.301 0.094 0.484 4 S 0.057 0.046 0.021 0.023 0.240 0.072 0.541 5 I 0.024 0.012 0.282 0.087 0.100 0.182 0.314 6 E 0.015 0.014 0.223 0.065 0.131 0.472 0.080 7 D 0.017 0.012 0.156 0.037 0.185 0.492 0.101 8 T 0.032 0.005 0.003 0.009 0.506 0.025 0.422 9 P 0.138 0.004 0.001 0.002 0.400 0.025 0.430 10 I 0.921 0.021 0.001 0.001 0.006 0.002 0.047 11 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 12 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 13 I 0.952 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 14 G 0.444 0.006 0.002 0.003 0.044 0.007 0.495 15 A 0.086 0.005 0.019 0.051 0.281 0.040 0.518 16 G 0.010 0.005 0.036 0.255 0.313 0.077 0.304 17 N 0.001 0.001 0.034 0.851 0.037 0.058 0.018 18 L 0.001 0.001 0.010 0.941 0.011 0.024 0.013 19 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.009 0.005 20 T 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.005 0.003 21 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 22 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 28 R 0.001 0.001 0.004 0.894 0.002 0.097 0.002 29 K 0.001 0.001 0.002 0.152 0.012 0.831 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.960 0.020 31 F 0.031 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.937 32 R 0.489 0.003 0.001 0.001 0.204 0.002 0.301 33 I 0.978 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 34 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 35 Q 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 36 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 37 Y 0.760 0.004 0.002 0.001 0.059 0.010 0.164 38 S 0.341 0.007 0.005 0.003 0.246 0.022 0.377 39 R 0.034 0.017 0.007 0.004 0.307 0.022 0.608 40 T 0.024 0.014 0.003 0.011 0.214 0.011 0.723 41 E 0.001 0.001 0.099 0.769 0.036 0.070 0.024 42 E 0.001 0.001 0.064 0.831 0.025 0.062 0.016 43 S 0.001 0.001 0.055 0.870 0.012 0.041 0.020 44 A 0.001 0.001 0.007 0.958 0.009 0.012 0.012 45 R 0.001 0.001 0.004 0.958 0.007 0.017 0.012 46 E 0.001 0.001 0.004 0.953 0.005 0.027 0.009 47 L 0.001 0.001 0.003 0.955 0.009 0.016 0.016 48 A 0.001 0.001 0.010 0.947 0.010 0.021 0.011 49 Q 0.001 0.001 0.014 0.881 0.008 0.086 0.009 50 K 0.001 0.001 0.018 0.778 0.014 0.171 0.017 51 V 0.003 0.003 0.015 0.409 0.121 0.317 0.133 52 E 0.009 0.003 0.013 0.057 0.100 0.572 0.247 53 A 0.023 0.013 0.010 0.020 0.074 0.025 0.834 54 E 0.150 0.036 0.027 0.033 0.085 0.024 0.644 55 Y 0.250 0.034 0.041 0.041 0.094 0.042 0.498 56 T 0.187 0.018 0.056 0.057 0.094 0.076 0.513 57 T 0.108 0.027 0.057 0.076 0.295 0.102 0.335 58 D 0.070 0.043 0.025 0.121 0.256 0.046 0.439 59 L 0.006 0.004 0.138 0.711 0.026 0.039 0.077 60 A 0.002 0.001 0.125 0.808 0.011 0.032 0.022 61 E 0.001 0.001 0.114 0.826 0.006 0.044 0.010 62 V 0.001 0.002 0.080 0.853 0.005 0.047 0.013 63 N 0.002 0.005 0.167 0.637 0.016 0.112 0.062 64 P 0.002 0.001 0.169 0.287 0.024 0.504 0.013 65 Y 0.006 0.005 0.137 0.103 0.068 0.643 0.039 66 A 0.026 0.004 0.002 0.002 0.109 0.010 0.847 67 K 0.072 0.001 0.001 0.001 0.716 0.003 0.209 68 L 0.985 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 69 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 S 0.610 0.001 0.001 0.001 0.045 0.002 0.341 73 L 0.172 0.004 0.003 0.001 0.315 0.006 0.500 74 K 0.060 0.023 0.009 0.004 0.143 0.012 0.748 75 D 0.023 0.012 0.178 0.111 0.153 0.183 0.340 76 S 0.012 0.004 0.174 0.249 0.148 0.307 0.106 77 A 0.009 0.006 0.164 0.465 0.085 0.114 0.157 78 F 0.008 0.004 0.041 0.785 0.030 0.034 0.098 79 A 0.010 0.002 0.020 0.872 0.020 0.029 0.046 80 E 0.008 0.001 0.022 0.902 0.013 0.030 0.024 81 L 0.003 0.001 0.017 0.922 0.014 0.029 0.015 82 L 0.003 0.001 0.016 0.932 0.007 0.028 0.013 83 Q 0.003 0.001 0.023 0.875 0.007 0.079 0.011 84 G 0.003 0.001 0.025 0.832 0.012 0.109 0.018 85 I 0.006 0.005 0.049 0.753 0.037 0.069 0.080 86 V 0.012 0.005 0.105 0.675 0.027 0.094 0.082 87 E 0.014 0.001 0.121 0.592 0.032 0.140 0.100 88 G 0.014 0.004 0.126 0.519 0.048 0.215 0.074 89 K 0.037 0.014 0.072 0.325 0.158 0.159 0.235 90 R 0.038 0.010 0.091 0.164 0.125 0.154 0.419 91 E 0.011 0.003 0.064 0.055 0.117 0.699 0.050 92 E 0.017 0.001 0.026 0.010 0.129 0.739 0.078 93 A 0.194 0.006 0.004 0.004 0.186 0.020 0.586 94 L 0.771 0.017 0.001 0.001 0.029 0.003 0.177 95 M 0.945 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.043 96 V 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 97 H 0.940 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.045 98 T 0.710 0.006 0.010 0.007 0.036 0.017 0.214 99 A 0.356 0.013 0.034 0.016 0.106 0.057 0.418 100 G 0.169 0.006 0.075 0.024 0.224 0.246 0.256 101 S 0.116 0.014 0.062 0.032 0.284 0.232 0.261 102 I 0.115 0.069 0.020 0.031 0.267 0.038 0.461 103 P 0.055 0.020 0.012 0.042 0.080 0.029 0.763 104 M 0.011 0.004 0.120 0.576 0.059 0.099 0.132 105 N 0.011 0.004 0.166 0.597 0.040 0.118 0.064 106 V 0.008 0.004 0.125 0.664 0.041 0.078 0.080 107 W 0.011 0.005 0.064 0.717 0.035 0.055 0.113 108 E 0.007 0.002 0.086 0.723 0.032 0.092 0.059 109 G 0.008 0.002 0.070 0.750 0.027 0.089 0.054 110 H 0.008 0.005 0.082 0.704 0.042 0.070 0.089 111 V 0.014 0.006 0.079 0.595 0.049 0.181 0.075 112 P 0.014 0.005 0.082 0.422 0.051 0.331 0.096 113 H 0.015 0.006 0.072 0.249 0.164 0.316 0.177 114 Y 0.027 0.004 0.033 0.083 0.199 0.471 0.183 115 G 0.101 0.009 0.022 0.029 0.213 0.174 0.452 116 V 0.422 0.022 0.013 0.020 0.091 0.025 0.407 117 F 0.723 0.022 0.007 0.014 0.026 0.010 0.197 118 Y 0.738 0.015 0.011 0.016 0.026 0.012 0.183 119 P 0.698 0.013 0.013 0.015 0.045 0.021 0.195 120 M 0.481 0.033 0.015 0.021 0.101 0.029 0.320 121 Q 0.218 0.024 0.018 0.024 0.166 0.035 0.516 122 T 0.081 0.012 0.044 0.043 0.196 0.194 0.431 123 F 0.033 0.020 0.049 0.060 0.252 0.281 0.306 124 S 0.026 0.016 0.033 0.097 0.273 0.125 0.430 125 K 0.026 0.008 0.048 0.245 0.153 0.194 0.325 126 Q 0.042 0.009 0.070 0.394 0.112 0.112 0.261 127 R 0.078 0.031 0.087 0.515 0.057 0.049 0.182 128 E 0.097 0.017 0.064 0.618 0.036 0.052 0.116 129 V 0.114 0.011 0.078 0.553 0.036 0.101 0.107 130 D 0.088 0.007 0.065 0.479 0.072 0.199 0.089 131 F 0.090 0.008 0.046 0.360 0.113 0.231 0.151 132 K 0.097 0.010 0.034 0.252 0.151 0.145 0.311 133 E 0.129 0.007 0.033 0.201 0.155 0.198 0.277 134 I 0.229 0.010 0.030 0.197 0.187 0.089 0.258 135 P 0.400 0.029 0.029 0.174 0.073 0.041 0.254 136 F 0.555 0.023 0.031 0.169 0.045 0.027 0.150 137 F 0.546 0.017 0.049 0.155 0.042 0.038 0.153 138 I 0.359 0.017 0.094 0.142 0.077 0.081 0.230 139 E 0.222 0.013 0.095 0.130 0.125 0.158 0.257 140 A 0.095 0.014 0.064 0.090 0.183 0.280 0.275 141 S 0.021 0.009 0.017 0.036 0.338 0.076 0.504 142 S 0.008 0.007 0.003 0.047 0.210 0.014 0.710 143 T 0.001 0.001 0.020 0.918 0.022 0.027 0.012 144 E 0.001 0.001 0.017 0.945 0.007 0.022 0.008 145 D 0.001 0.001 0.012 0.962 0.003 0.014 0.007 146 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.004 0.007 0.003 147 A 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.012 0.005 148 F 0.001 0.001 0.001 0.971 0.002 0.022 0.004 149 L 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.010 0.005 150 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.002 151 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 152 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 153 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.008 0.002 154 S 0.001 0.001 0.012 0.926 0.004 0.054 0.003 155 T 0.001 0.001 0.022 0.787 0.008 0.176 0.006 156 L 0.002 0.002 0.032 0.453 0.067 0.400 0.044 157 S 0.005 0.003 0.023 0.054 0.069 0.770 0.076 158 N 0.043 0.006 0.026 0.020 0.270 0.167 0.469 159 R 0.217 0.014 0.026 0.016 0.171 0.040 0.516 160 V 0.641 0.021 0.009 0.011 0.048 0.017 0.253 161 Y 0.829 0.009 0.004 0.009 0.023 0.009 0.117 162 D 0.836 0.014 0.003 0.004 0.021 0.007 0.114 163 A 0.484 0.030 0.003 0.005 0.073 0.015 0.389 164 D 0.091 0.006 0.004 0.006 0.115 0.026 0.752 165 S 0.003 0.001 0.281 0.233 0.116 0.323 0.042 166 E 0.004 0.002 0.232 0.319 0.132 0.267 0.045 167 Q 0.009 0.003 0.192 0.500 0.060 0.138 0.097 168 R 0.015 0.004 0.031 0.774 0.038 0.051 0.088 169 K 0.038 0.004 0.015 0.833 0.021 0.041 0.048 170 S 0.043 0.002 0.007 0.905 0.013 0.012 0.019 171 L 0.051 0.001 0.003 0.922 0.006 0.005 0.012 172 H 0.046 0.001 0.003 0.934 0.005 0.005 0.006 173 L 0.053 0.001 0.005 0.923 0.004 0.010 0.004 174 A 0.020 0.001 0.011 0.943 0.004 0.016 0.005 175 A 0.012 0.001 0.015 0.924 0.008 0.034 0.007 176 V 0.014 0.001 0.023 0.809 0.025 0.098 0.029 177 F 0.008 0.004 0.024 0.722 0.049 0.133 0.060 178 T 0.003 0.001 0.009 0.831 0.045 0.039 0.071 179 C 0.001 0.001 0.005 0.941 0.018 0.018 0.018 180 N 0.001 0.001 0.002 0.972 0.007 0.010 0.008 181 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.004 182 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 0.001 183 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 184 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 185 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 187 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 188 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 190 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 191 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 192 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.004 193 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.003 194 K 0.001 0.001 0.003 0.975 0.002 0.018 0.002 195 K 0.001 0.001 0.007 0.820 0.005 0.165 0.003 196 Y 0.001 0.001 0.004 0.173 0.017 0.799 0.006 197 N 0.001 0.001 0.003 0.009 0.040 0.889 0.058 198 L 0.003 0.017 0.002 0.002 0.175 0.010 0.792 199 P 0.006 0.016 0.004 0.002 0.046 0.004 0.921 200 F 0.001 0.001 0.407 0.485 0.032 0.053 0.022 201 D 0.001 0.001 0.265 0.647 0.016 0.055 0.015 202 V 0.001 0.002 0.181 0.730 0.014 0.055 0.018 203 M 0.001 0.002 0.017 0.909 0.013 0.034 0.024 204 L 0.001 0.001 0.005 0.953 0.010 0.017 0.013 205 P 0.001 0.001 0.002 0.975 0.006 0.010 0.007 206 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.006 0.008 207 I 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.008 0.003 208 D 0.001 0.001 0.001 0.973 0.004 0.019 0.002 209 E 0.001 0.001 0.001 0.959 0.004 0.031 0.005 210 T 0.001 0.001 0.002 0.946 0.005 0.035 0.012 211 A 0.001 0.003 0.004 0.915 0.012 0.035 0.031 212 R 0.001 0.001 0.012 0.818 0.020 0.129 0.019 213 K 0.001 0.001 0.014 0.658 0.025 0.273 0.028 214 V 0.002 0.005 0.025 0.660 0.064 0.072 0.171 215 H 0.007 0.007 0.049 0.767 0.029 0.075 0.066 216 E 0.010 0.004 0.070 0.606 0.040 0.212 0.059 217 L 0.010 0.010 0.051 0.451 0.090 0.290 0.098 218 E 0.019 0.015 0.020 0.227 0.197 0.127 0.394 219 P 0.022 0.011 0.047 0.160 0.131 0.128 0.501 220 K 0.027 0.014 0.123 0.201 0.128 0.198 0.308 221 T 0.029 0.015 0.158 0.149 0.144 0.201 0.304 222 A 0.028 0.008 0.161 0.149 0.177 0.218 0.259 223 Q 0.038 0.012 0.105 0.168 0.227 0.224 0.226 224 T 0.043 0.024 0.035 0.130 0.334 0.088 0.347 225 G 0.034 0.011 0.030 0.151 0.249 0.057 0.469 226 P 0.065 0.015 0.060 0.203 0.099 0.085 0.474 227 A 0.130 0.047 0.129 0.291 0.084 0.090 0.229 228 I 0.101 0.031 0.116 0.357 0.052 0.091 0.252 229 R 0.033 0.006 0.076 0.333 0.105 0.306 0.142 230 Y 0.010 0.007 0.024 0.162 0.246 0.401 0.150 231 D 0.007 0.007 0.008 0.145 0.232 0.078 0.523 232 E 0.001 0.001 0.011 0.944 0.012 0.023 0.010 233 N 0.001 0.001 0.007 0.971 0.005 0.013 0.003 234 V 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.008 0.002 235 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 236 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 237 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 238 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 239 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 240 R 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.019 0.001 241 M 0.001 0.001 0.008 0.934 0.002 0.054 0.002 242 L 0.001 0.002 0.029 0.881 0.010 0.070 0.009 243 A 0.001 0.001 0.053 0.738 0.015 0.185 0.009 244 D 0.001 0.001 0.042 0.607 0.042 0.276 0.032 245 D 0.001 0.002 0.027 0.462 0.212 0.130 0.167 246 P 0.001 0.004 0.025 0.310 0.116 0.152 0.392 247 A 0.001 0.001 0.072 0.591 0.037 0.228 0.069 248 M 0.003 0.001 0.061 0.743 0.030 0.104 0.057 249 Q 0.005 0.002 0.028 0.846 0.032 0.029 0.058 250 R 0.014 0.003 0.006 0.921 0.014 0.012 0.030 251 L 0.018 0.001 0.006 0.935 0.006 0.017 0.018 252 Y 0.017 0.001 0.004 0.944 0.006 0.019 0.008 253 E 0.027 0.001 0.005 0.923 0.008 0.025 0.010 254 L 0.018 0.001 0.005 0.923 0.011 0.029 0.013 255 L 0.027 0.002 0.008 0.865 0.013 0.055 0.030 256 S 0.028 0.003 0.021 0.757 0.032 0.102 0.057 257 R 0.050 0.004 0.040 0.640 0.072 0.103 0.092 258 S 0.052 0.009 0.045 0.535 0.095 0.074 0.191 259 I 0.056 0.009 0.051 0.513 0.095 0.087 0.189 260 H 0.050 0.006 0.064 0.351 0.121 0.188 0.221 261 E 0.046 0.006 0.051 0.243 0.167 0.317 0.170 262 R 0.040 0.013 0.028 0.146 0.010 0.195 0.569 263 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997