# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.1977 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.030 0.011 0.004 0.142 0.137 0.185 0.054 0.001 0.001 0.004 0.433 2 D 0.023 0.006 0.001 0.064 0.095 0.145 0.042 0.001 0.001 0.003 0.620 3 A 0.035 0.014 0.007 0.142 0.100 0.250 0.081 0.001 0.001 0.005 0.367 4 D 0.017 0.011 0.001 0.032 0.054 0.092 0.354 0.001 0.001 0.005 0.433 5 S 0.032 0.009 0.002 0.013 0.009 0.019 0.103 0.001 0.001 0.009 0.803 6 E 0.015 0.019 0.001 0.004 0.003 0.004 0.418 0.001 0.001 0.003 0.532 7 Q 0.075 0.020 0.002 0.004 0.002 0.006 0.579 0.001 0.001 0.011 0.299 8 R 0.174 0.357 0.003 0.010 0.012 0.017 0.150 0.002 0.001 0.007 0.269 9 K 0.031 0.622 0.007 0.006 0.020 0.019 0.050 0.001 0.001 0.002 0.242 10 S 0.048 0.671 0.007 0.008 0.014 0.022 0.035 0.002 0.001 0.002 0.191 11 L 0.025 0.823 0.004 0.007 0.023 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.085 12 H 0.022 0.761 0.004 0.010 0.021 0.038 0.015 0.004 0.001 0.001 0.125 13 L 0.014 0.828 0.012 0.008 0.022 0.028 0.011 0.002 0.001 0.001 0.075 14 A 0.012 0.830 0.003 0.010 0.033 0.036 0.010 0.002 0.001 0.001 0.063 15 A 0.011 0.863 0.002 0.007 0.020 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.063 16 V 0.032 0.789 0.002 0.013 0.043 0.043 0.004 0.001 0.001 0.001 0.071 17 F 0.012 0.860 0.002 0.008 0.047 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 18 T 0.015 0.882 0.006 0.005 0.030 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 0.032 19 C 0.032 0.795 0.007 0.011 0.022 0.053 0.008 0.005 0.001 0.001 0.066 20 N 0.038 0.636 0.006 0.007 0.011 0.017 0.022 0.011 0.001 0.003 0.249 21 F 0.077 0.428 0.030 0.007 0.004 0.009 0.068 0.013 0.001 0.003 0.362 22 T 0.051 0.545 0.022 0.010 0.006 0.012 0.123 0.008 0.001 0.002 0.221 23 N 0.010 0.660 0.005 0.006 0.005 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.273 24 H 0.009 0.850 0.003 0.003 0.002 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.101 25 M 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 26 Y 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 27 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 28 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 29 A 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 30 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 31 E 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 32 L 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 L 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 34 K 0.006 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 35 K 0.036 0.933 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.012 36 Y 0.109 0.824 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.018 37 N 0.298 0.260 0.068 0.003 0.001 0.002 0.007 0.215 0.001 0.001 0.143 38 L 0.044 0.044 0.806 0.005 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.086 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 40 F 0.004 0.002 0.003 0.006 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.969 41 D 0.035 0.046 0.001 0.027 0.019 0.020 0.068 0.001 0.001 0.003 0.779 42 V 0.217 0.071 0.003 0.020 0.006 0.008 0.127 0.001 0.001 0.003 0.543 43 M 0.359 0.296 0.006 0.027 0.004 0.014 0.142 0.004 0.001 0.004 0.144 44 L 0.249 0.428 0.004 0.023 0.009 0.023 0.110 0.005 0.001 0.002 0.148 45 P 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 46 L 0.062 0.440 0.005 0.009 0.004 0.011 0.141 0.009 0.001 0.004 0.315 47 I 0.145 0.779 0.002 0.002 0.002 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.051 48 D 0.019 0.917 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.045 49 E 0.022 0.847 0.007 0.001 0.002 0.002 0.033 0.002 0.001 0.001 0.084 50 T 0.050 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.067 51 A 0.017 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.029 52 R 0.011 0.854 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.103 53 K 0.166 0.636 0.010 0.002 0.001 0.001 0.064 0.027 0.001 0.002 0.091 54 V 0.096 0.870 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.021 55 H 0.051 0.807 0.015 0.003 0.004 0.004 0.007 0.019 0.001 0.001 0.090 56 E 0.102 0.472 0.045 0.008 0.003 0.005 0.015 0.037 0.001 0.001 0.313 57 L 0.291 0.394 0.039 0.016 0.010 0.015 0.019 0.056 0.001 0.005 0.154 58 E 0.191 0.121 0.040 0.016 0.011 0.013 0.094 0.034 0.001 0.004 0.477 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 60 K 0.012 0.018 0.003 0.043 0.023 0.062 0.192 0.002 0.001 0.006 0.641 61 T 0.315 0.027 0.002 0.032 0.007 0.012 0.137 0.004 0.001 0.005 0.459 62 A 0.399 0.143 0.002 0.046 0.024 0.040 0.030 0.003 0.001 0.003 0.310 63 Q 0.223 0.108 0.016 0.118 0.069 0.086 0.089 0.006 0.001 0.007 0.278 64 T 0.128 0.064 0.019 0.080 0.042 0.079 0.082 0.010 0.001 0.010 0.485 65 G 0.069 0.039 0.023 0.155 0.127 0.171 0.074 0.002 0.001 0.004 0.336 66 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 67 A 0.024 0.007 0.001 0.077 0.080 0.243 0.073 0.001 0.001 0.004 0.491 68 I 0.118 0.032 0.001 0.061 0.051 0.090 0.087 0.001 0.001 0.003 0.556 69 R 0.180 0.069 0.002 0.044 0.042 0.073 0.123 0.003 0.001 0.005 0.458 70 Y 0.128 0.084 0.004 0.026 0.020 0.039 0.132 0.003 0.001 0.006 0.558 71 D 0.067 0.057 0.004 0.011 0.014 0.032 0.201 0.004 0.001 0.007 0.603 72 E 0.027 0.054 0.010 0.008 0.008 0.013 0.132 0.001 0.001 0.005 0.742 73 N 0.010 0.052 0.002 0.004 0.005 0.005 0.520 0.001 0.001 0.003 0.399 74 V 0.133 0.195 0.004 0.009 0.007 0.008 0.387 0.001 0.001 0.007 0.249 75 I 0.018 0.901 0.002 0.003 0.008 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.046 76 G 0.012 0.898 0.002 0.004 0.006 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.058 77 N 0.008 0.941 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.035 78 H 0.044 0.905 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 0.030 79 L 0.029 0.909 0.009 0.002 0.004 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 0.033 80 R 0.025 0.793 0.024 0.003 0.007 0.007 0.018 0.007 0.001 0.001 0.114 81 M 0.061 0.793 0.009 0.004 0.004 0.005 0.017 0.014 0.001 0.001 0.093 82 L 0.146 0.733 0.002 0.004 0.002 0.005 0.014 0.027 0.001 0.001 0.066 83 A 0.244 0.512 0.016 0.007 0.002 0.006 0.046 0.060 0.001 0.001 0.105 84 D 0.228 0.335 0.046 0.006 0.002 0.005 0.027 0.069 0.001 0.005 0.277 85 D 0.230 0.236 0.053 0.006 0.005 0.007 0.037 0.029 0.001 0.003 0.394 86 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.995 87 A 0.005 0.014 0.002 0.002 0.001 0.003 0.804 0.001 0.001 0.001 0.169 88 M 0.308 0.377 0.001 0.003 0.002 0.004 0.089 0.002 0.001 0.004 0.211 89 Q 0.033 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.122 90 R 0.021 0.833 0.005 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.105 91 L 0.032 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.026 92 Y 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 93 E 0.008 0.964 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.017 94 L 0.012 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 95 L 0.014 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 96 S 0.025 0.909 0.011 0.002 0.002 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.032 97 R 0.087 0.723 0.024 0.004 0.005 0.005 0.011 0.019 0.001 0.001 0.121 98 S 0.154 0.530 0.024 0.005 0.004 0.005 0.034 0.031 0.001 0.003 0.209 99 I 0.087 0.548 0.050 0.012 0.013 0.016 0.037 0.012 0.001 0.002 0.222 100 H 0.049 0.511 0.013 0.016 0.016 0.030 0.078 0.010 0.001 0.003 0.275 101 E 0.097 0.416 0.010 0.014 0.011 0.021 0.076 0.013 0.001 0.003 0.338 102 R 0.160 0.496 0.005 0.011 0.013 0.022 0.035 0.016 0.001 0.004 0.237 103 Q 0.209 0.324 0.019 0.014 0.019 0.025 0.045 0.017 0.001 0.006 0.322 104 Y 0.030 0.011 0.004 0.142 0.137 0.185 0.054 0.001 0.001 0.004 0.433 105 D 0.023 0.006 0.001 0.064 0.095 0.145 0.042 0.001 0.001 0.003 0.620 106 A 0.035 0.014 0.007 0.142 0.100 0.250 0.081 0.001 0.001 0.005 0.367 107 D 0.017 0.011 0.001 0.032 0.054 0.092 0.354 0.001 0.001 0.005 0.433 108 S 0.032 0.009 0.002 0.013 0.009 0.019 0.103 0.001 0.001 0.009 0.803 109 E 0.015 0.019 0.001 0.004 0.003 0.004 0.418 0.001 0.001 0.003 0.532 110 Q 0.075 0.020 0.002 0.004 0.002 0.006 0.579 0.001 0.001 0.011 0.299 111 R 0.174 0.357 0.003 0.010 0.012 0.017 0.150 0.002 0.001 0.007 0.269 112 K 0.031 0.622 0.007 0.006 0.020 0.019 0.050 0.001 0.001 0.002 0.242 113 S 0.048 0.671 0.007 0.008 0.014 0.022 0.035 0.002 0.001 0.002 0.191 114 L 0.025 0.823 0.004 0.007 0.023 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.085 115 H 0.022 0.761 0.004 0.010 0.021 0.038 0.015 0.004 0.001 0.001 0.125 116 L 0.014 0.828 0.012 0.008 0.022 0.028 0.011 0.002 0.001 0.001 0.075 117 A 0.012 0.830 0.003 0.010 0.033 0.036 0.010 0.002 0.001 0.001 0.063 118 A 0.011 0.863 0.002 0.007 0.020 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.063 119 V 0.032 0.789 0.002 0.013 0.043 0.043 0.004 0.001 0.001 0.001 0.071 120 F 0.012 0.860 0.002 0.008 0.047 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 121 T 0.015 0.882 0.006 0.005 0.030 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 0.032 122 C 0.032 0.795 0.007 0.011 0.022 0.053 0.008 0.005 0.001 0.001 0.066 123 N 0.038 0.636 0.006 0.007 0.011 0.017 0.022 0.011 0.001 0.003 0.249 124 F 0.077 0.428 0.030 0.007 0.004 0.009 0.068 0.013 0.001 0.003 0.362 125 T 0.051 0.545 0.022 0.010 0.006 0.012 0.123 0.008 0.001 0.002 0.221 126 N 0.010 0.660 0.005 0.006 0.005 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.273 127 H 0.009 0.850 0.003 0.003 0.002 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.101 128 M 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 129 Y 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 130 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 131 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 132 A 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 133 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 134 E 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 135 L 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 136 L 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 137 K 0.006 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 138 K 0.036 0.933 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.012 139 Y 0.109 0.824 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.018 140 N 0.298 0.260 0.068 0.003 0.001 0.002 0.007 0.215 0.001 0.001 0.143 141 L 0.044 0.044 0.806 0.005 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.086 142 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 143 F 0.004 0.002 0.003 0.006 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.969 144 D 0.035 0.046 0.001 0.027 0.019 0.020 0.068 0.001 0.001 0.003 0.779 145 V 0.217 0.071 0.003 0.020 0.006 0.008 0.127 0.001 0.001 0.003 0.543 146 M 0.359 0.296 0.006 0.027 0.004 0.014 0.142 0.004 0.001 0.004 0.144 147 L 0.249 0.428 0.004 0.023 0.009 0.023 0.110 0.005 0.001 0.002 0.148 148 P 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 149 L 0.062 0.440 0.005 0.009 0.004 0.011 0.141 0.009 0.001 0.004 0.315 150 I 0.145 0.779 0.002 0.002 0.002 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.051 151 D 0.019 0.917 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.045 152 E 0.022 0.847 0.007 0.001 0.002 0.002 0.033 0.002 0.001 0.001 0.084 153 T 0.050 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.067 154 A 0.017 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.029 155 R 0.011 0.854 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.103 156 K 0.166 0.636 0.010 0.002 0.001 0.001 0.064 0.027 0.001 0.002 0.091 157 V 0.096 0.870 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.021 158 H 0.051 0.807 0.015 0.003 0.004 0.004 0.007 0.019 0.001 0.001 0.090 159 E 0.102 0.472 0.045 0.008 0.003 0.005 0.015 0.037 0.001 0.001 0.313 160 L 0.291 0.394 0.039 0.016 0.010 0.015 0.019 0.056 0.001 0.005 0.154 161 E 0.191 0.121 0.040 0.016 0.011 0.013 0.094 0.034 0.001 0.004 0.477 162 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 163 K 0.012 0.018 0.003 0.043 0.023 0.062 0.192 0.002 0.001 0.006 0.641 164 T 0.315 0.027 0.002 0.032 0.007 0.012 0.137 0.004 0.001 0.005 0.459 165 A 0.399 0.143 0.002 0.046 0.024 0.040 0.030 0.003 0.001 0.003 0.310 166 Q 0.223 0.108 0.016 0.118 0.069 0.086 0.089 0.006 0.001 0.007 0.278 167 T 0.128 0.064 0.019 0.080 0.042 0.079 0.082 0.010 0.001 0.010 0.485 168 G 0.069 0.039 0.023 0.155 0.127 0.171 0.074 0.002 0.001 0.004 0.336 169 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 170 A 0.024 0.007 0.001 0.077 0.080 0.243 0.073 0.001 0.001 0.004 0.491 171 I 0.118 0.032 0.001 0.061 0.051 0.090 0.087 0.001 0.001 0.003 0.556 172 R 0.180 0.069 0.002 0.044 0.042 0.073 0.123 0.003 0.001 0.005 0.458 173 Y 0.128 0.084 0.004 0.026 0.020 0.039 0.132 0.003 0.001 0.006 0.558 174 D 0.067 0.057 0.004 0.011 0.014 0.032 0.201 0.004 0.001 0.007 0.603 175 E 0.027 0.054 0.010 0.008 0.008 0.013 0.132 0.001 0.001 0.005 0.742 176 N 0.010 0.052 0.002 0.004 0.005 0.005 0.520 0.001 0.001 0.003 0.399 177 V 0.133 0.195 0.004 0.009 0.007 0.008 0.387 0.001 0.001 0.007 0.249 178 I 0.018 0.901 0.002 0.003 0.008 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.046 179 G 0.012 0.898 0.002 0.004 0.006 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.058 180 N 0.008 0.941 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.035 181 H 0.044 0.905 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 0.030 182 L 0.029 0.909 0.009 0.002 0.004 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 0.033 183 R 0.025 0.793 0.024 0.003 0.007 0.007 0.018 0.007 0.001 0.001 0.114 184 M 0.061 0.793 0.009 0.004 0.004 0.005 0.017 0.014 0.001 0.001 0.093 185 L 0.146 0.733 0.002 0.004 0.002 0.005 0.014 0.027 0.001 0.001 0.066 186 A 0.244 0.512 0.016 0.007 0.002 0.006 0.046 0.060 0.001 0.001 0.105 187 D 0.228 0.335 0.046 0.006 0.002 0.005 0.027 0.069 0.001 0.005 0.277 188 D 0.230 0.236 0.053 0.006 0.005 0.007 0.037 0.029 0.001 0.003 0.394 189 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.995 190 A 0.005 0.014 0.002 0.002 0.001 0.003 0.804 0.001 0.001 0.001 0.169 191 M 0.308 0.377 0.001 0.003 0.002 0.004 0.089 0.002 0.001 0.004 0.211 192 Q 0.033 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.122 193 R 0.021 0.833 0.005 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.105 194 L 0.032 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.026 195 Y 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 196 E 0.008 0.964 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.017 197 L 0.012 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 198 L 0.014 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 199 S 0.025 0.909 0.011 0.002 0.002 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.032 200 R 0.087 0.723 0.024 0.004 0.005 0.005 0.011 0.019 0.001 0.001 0.121 201 S 0.154 0.530 0.024 0.005 0.004 0.005 0.034 0.031 0.001 0.003 0.209 202 I 0.087 0.548 0.050 0.012 0.013 0.016 0.037 0.012 0.001 0.002 0.222 203 H 0.049 0.511 0.013 0.016 0.016 0.030 0.078 0.010 0.001 0.003 0.275 204 E 0.097 0.416 0.010 0.014 0.011 0.021 0.076 0.013 0.001 0.003 0.338 205 R 0.160 0.496 0.005 0.011 0.013 0.022 0.035 0.016 0.001 0.004 0.237 206 Q 0.209 0.324 0.019 0.014 0.019 0.025 0.045 0.017 0.001 0.006 0.322