# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.1116 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.012 0.004 0.040 0.116 0.111 0.103 0.031 0.584 2 D 0.030 0.027 0.069 0.116 0.135 0.121 0.058 0.444 3 A 0.050 0.043 0.025 0.026 0.025 0.101 0.039 0.691 4 D 0.322 0.314 0.013 0.014 0.010 0.037 0.080 0.211 5 S 0.219 0.483 0.004 0.003 0.004 0.033 0.030 0.224 6 E 0.033 0.212 0.008 0.006 0.013 0.069 0.266 0.393 7 Q 0.021 0.528 0.005 0.010 0.017 0.042 0.213 0.164 8 R 0.015 0.669 0.003 0.006 0.011 0.032 0.148 0.115 9 K 0.003 0.916 0.002 0.006 0.009 0.007 0.027 0.030 10 S 0.002 0.927 0.003 0.003 0.008 0.005 0.039 0.014 11 L 0.001 0.960 0.002 0.004 0.003 0.002 0.024 0.004 12 H 0.002 0.973 0.002 0.002 0.003 0.001 0.016 0.002 13 L 0.003 0.934 0.002 0.001 0.002 0.002 0.054 0.004 14 A 0.002 0.789 0.007 0.003 0.004 0.002 0.188 0.006 15 A 0.005 0.848 0.010 0.003 0.004 0.005 0.115 0.011 16 V 0.011 0.601 0.029 0.008 0.007 0.011 0.313 0.022 17 F 0.049 0.834 0.020 0.003 0.005 0.011 0.049 0.029 18 T 0.051 0.171 0.014 0.002 0.003 0.037 0.584 0.138 19 C 0.010 0.272 0.017 0.006 0.005 0.044 0.452 0.194 20 N 0.027 0.661 0.010 0.002 0.005 0.055 0.102 0.136 21 F 0.011 0.896 0.004 0.002 0.002 0.014 0.020 0.050 22 T 0.011 0.920 0.005 0.002 0.004 0.008 0.021 0.029 23 N 0.008 0.892 0.007 0.002 0.002 0.009 0.051 0.029 24 H 0.004 0.929 0.011 0.002 0.002 0.005 0.037 0.010 25 M 0.005 0.966 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 26 Y 0.005 0.955 0.003 0.001 0.001 0.002 0.029 0.006 27 A 0.002 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 0.008 28 L 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 29 A 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 30 A 0.007 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.008 31 E 0.006 0.962 0.007 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 32 L 0.136 0.786 0.015 0.001 0.001 0.007 0.023 0.030 33 L 0.148 0.016 0.203 0.004 0.001 0.011 0.570 0.046 34 K 0.606 0.018 0.005 0.001 0.001 0.018 0.015 0.337 35 K 0.161 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.009 0.800 36 Y 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.131 0.009 0.848 37 N 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.051 0.004 0.936 38 L 0.040 0.011 0.005 0.003 0.001 0.112 0.010 0.818 39 P 0.210 0.226 0.032 0.005 0.004 0.057 0.236 0.230 40 F 0.359 0.307 0.009 0.001 0.003 0.042 0.065 0.214 41 D 0.055 0.145 0.121 0.011 0.012 0.068 0.201 0.387 42 V 0.008 0.487 0.082 0.010 0.011 0.057 0.055 0.291 43 M 0.017 0.848 0.018 0.001 0.003 0.021 0.014 0.077 44 L 0.025 0.861 0.031 0.004 0.003 0.008 0.043 0.025 45 P 0.039 0.810 0.021 0.002 0.003 0.013 0.064 0.048 46 L 0.022 0.143 0.015 0.001 0.001 0.009 0.788 0.021 47 I 0.008 0.801 0.006 0.001 0.001 0.006 0.156 0.021 48 D 0.010 0.909 0.004 0.001 0.001 0.005 0.014 0.056 49 E 0.006 0.836 0.019 0.003 0.002 0.017 0.038 0.079 50 T 0.038 0.925 0.004 0.001 0.001 0.004 0.017 0.010 51 A 0.165 0.655 0.018 0.001 0.001 0.010 0.106 0.045 52 R 0.034 0.664 0.032 0.003 0.002 0.023 0.048 0.194 53 K 0.149 0.263 0.077 0.003 0.004 0.048 0.126 0.330 54 V 0.395 0.110 0.063 0.007 0.005 0.073 0.084 0.264 55 H 0.238 0.026 0.032 0.005 0.006 0.057 0.053 0.582 56 E 0.010 0.008 0.003 0.001 0.002 0.056 0.009 0.913 57 L 0.013 0.008 0.022 0.005 0.005 0.140 0.068 0.739 58 E 0.139 0.055 0.017 0.011 0.007 0.150 0.105 0.516 59 P 0.296 0.058 0.012 0.003 0.004 0.084 0.053 0.490 60 K 0.134 0.036 0.032 0.010 0.017 0.115 0.122 0.534 61 T 0.079 0.040 0.045 0.012 0.036 0.106 0.103 0.579 62 A 0.022 0.017 0.062 0.021 0.032 0.198 0.035 0.613 63 Q 0.008 0.019 0.167 0.046 0.079 0.154 0.037 0.490 64 T 0.086 0.102 0.083 0.035 0.071 0.091 0.056 0.476 65 G 0.133 0.089 0.134 0.078 0.090 0.085 0.122 0.269 66 P 0.057 0.048 0.140 0.067 0.101 0.084 0.076 0.425 67 A 0.039 0.035 0.101 0.122 0.152 0.086 0.063 0.404 68 I 0.044 0.049 0.072 0.041 0.067 0.099 0.044 0.585 69 R 0.037 0.068 0.051 0.080 0.106 0.116 0.062 0.480 70 Y 0.027 0.085 0.016 0.014 0.018 0.094 0.058 0.687 71 D 0.067 0.833 0.002 0.003 0.003 0.008 0.039 0.045 72 E 0.033 0.762 0.007 0.003 0.005 0.024 0.039 0.128 73 N 0.008 0.204 0.013 0.010 0.011 0.019 0.652 0.084 74 V 0.015 0.730 0.007 0.004 0.005 0.013 0.199 0.027 75 I 0.018 0.936 0.002 0.001 0.002 0.005 0.020 0.016 76 G 0.011 0.873 0.009 0.006 0.008 0.008 0.028 0.058 77 N 0.016 0.859 0.006 0.004 0.007 0.014 0.033 0.061 78 H 0.034 0.878 0.012 0.002 0.002 0.007 0.049 0.017 79 L 0.124 0.706 0.029 0.008 0.006 0.012 0.058 0.057 80 R 0.119 0.184 0.089 0.014 0.010 0.055 0.091 0.437 81 M 0.130 0.099 0.081 0.008 0.009 0.076 0.102 0.495 82 L 0.548 0.044 0.042 0.003 0.003 0.061 0.051 0.247 83 A 0.014 0.009 0.006 0.002 0.002 0.067 0.017 0.884 84 D 0.009 0.043 0.001 0.001 0.001 0.035 0.014 0.897 85 D 0.220 0.634 0.001 0.001 0.001 0.018 0.055 0.070 86 P 0.053 0.711 0.003 0.001 0.001 0.032 0.055 0.144 87 A 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.028 88 M 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 89 Q 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 90 R 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 91 L 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 92 Y 0.003 0.432 0.010 0.001 0.001 0.002 0.549 0.003 93 E 0.006 0.846 0.004 0.001 0.001 0.004 0.125 0.014 94 L 0.052 0.507 0.033 0.002 0.002 0.025 0.313 0.065 95 L 0.019 0.634 0.020 0.006 0.005 0.029 0.205 0.081 96 S 0.055 0.606 0.007 0.002 0.004 0.030 0.063 0.233 97 R 0.054 0.429 0.022 0.011 0.008 0.066 0.089 0.320 98 S 0.100 0.283 0.048 0.025 0.029 0.097 0.141 0.277 99 I 0.300 0.058 0.042 0.013 0.015 0.084 0.138 0.349 100 H 0.099 0.016 0.046 0.022 0.025 0.116 0.078 0.597 101 E 0.039 0.005 0.015 0.005 0.010 0.070 0.030 0.825 102 R 0.029 0.005 0.013 0.008 0.011 0.115 0.031 0.788 103 Q 0.046 0.007 0.023 0.015 0.026 0.125 0.033 0.725 104 Y 0.012 0.004 0.040 0.116 0.111 0.103 0.031 0.584 105 D 0.030 0.027 0.069 0.116 0.135 0.121 0.058 0.444 106 A 0.050 0.043 0.025 0.026 0.025 0.101 0.039 0.691 107 D 0.322 0.314 0.013 0.014 0.010 0.037 0.080 0.211 108 S 0.219 0.483 0.004 0.003 0.004 0.033 0.030 0.224 109 E 0.033 0.212 0.008 0.006 0.013 0.069 0.266 0.393 110 Q 0.021 0.528 0.005 0.010 0.017 0.042 0.213 0.164 111 R 0.015 0.669 0.003 0.006 0.011 0.032 0.148 0.115 112 K 0.003 0.916 0.002 0.006 0.009 0.007 0.027 0.030 113 S 0.002 0.927 0.003 0.003 0.008 0.005 0.039 0.014 114 L 0.001 0.960 0.002 0.004 0.003 0.002 0.024 0.004 115 H 0.002 0.973 0.002 0.002 0.003 0.001 0.016 0.002 116 L 0.003 0.934 0.002 0.001 0.002 0.002 0.054 0.004 117 A 0.002 0.789 0.007 0.003 0.004 0.002 0.188 0.006 118 A 0.005 0.848 0.010 0.003 0.004 0.005 0.115 0.011 119 V 0.011 0.601 0.029 0.008 0.007 0.011 0.313 0.022 120 F 0.049 0.834 0.020 0.003 0.005 0.011 0.049 0.029 121 T 0.051 0.171 0.014 0.002 0.003 0.037 0.584 0.138 122 C 0.010 0.272 0.017 0.006 0.005 0.044 0.452 0.194 123 N 0.027 0.661 0.010 0.002 0.005 0.055 0.102 0.136 124 F 0.011 0.896 0.004 0.002 0.002 0.014 0.020 0.050 125 T 0.011 0.920 0.005 0.002 0.004 0.008 0.021 0.029 126 N 0.008 0.892 0.007 0.002 0.002 0.009 0.051 0.029 127 H 0.004 0.929 0.011 0.002 0.002 0.005 0.037 0.010 128 M 0.005 0.966 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 129 Y 0.005 0.955 0.003 0.001 0.001 0.002 0.029 0.006 130 A 0.002 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 0.008 131 L 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 132 A 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 133 A 0.007 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.008 134 E 0.006 0.962 0.007 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 135 L 0.136 0.786 0.015 0.001 0.001 0.007 0.023 0.030 136 L 0.148 0.016 0.203 0.004 0.001 0.011 0.570 0.046 137 K 0.606 0.018 0.005 0.001 0.001 0.018 0.015 0.337 138 K 0.161 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.009 0.800 139 Y 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.131 0.009 0.848 140 N 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.051 0.004 0.936 141 L 0.040 0.011 0.005 0.003 0.001 0.112 0.010 0.818 142 P 0.210 0.226 0.032 0.005 0.004 0.057 0.236 0.230 143 F 0.359 0.307 0.009 0.001 0.003 0.042 0.065 0.214 144 D 0.055 0.145 0.121 0.011 0.012 0.068 0.201 0.387 145 V 0.008 0.487 0.082 0.010 0.011 0.057 0.055 0.291 146 M 0.017 0.848 0.018 0.001 0.003 0.021 0.014 0.077 147 L 0.025 0.861 0.031 0.004 0.003 0.008 0.043 0.025 148 P 0.039 0.810 0.021 0.002 0.003 0.013 0.064 0.048 149 L 0.022 0.143 0.015 0.001 0.001 0.009 0.788 0.021 150 I 0.008 0.801 0.006 0.001 0.001 0.006 0.156 0.021 151 D 0.010 0.909 0.004 0.001 0.001 0.005 0.014 0.056 152 E 0.006 0.836 0.019 0.003 0.002 0.017 0.038 0.079 153 T 0.038 0.925 0.004 0.001 0.001 0.004 0.017 0.010 154 A 0.165 0.655 0.018 0.001 0.001 0.010 0.106 0.045 155 R 0.034 0.664 0.032 0.003 0.002 0.023 0.048 0.194 156 K 0.149 0.263 0.077 0.003 0.004 0.048 0.126 0.330 157 V 0.395 0.110 0.063 0.007 0.005 0.073 0.084 0.264 158 H 0.238 0.026 0.032 0.005 0.006 0.057 0.053 0.582 159 E 0.010 0.008 0.003 0.001 0.002 0.056 0.009 0.913 160 L 0.013 0.008 0.022 0.005 0.005 0.140 0.068 0.739 161 E 0.139 0.055 0.017 0.011 0.007 0.150 0.105 0.516 162 P 0.296 0.058 0.012 0.003 0.004 0.084 0.053 0.490 163 K 0.134 0.036 0.032 0.010 0.017 0.115 0.122 0.534 164 T 0.079 0.040 0.045 0.012 0.036 0.106 0.103 0.579 165 A 0.022 0.017 0.062 0.021 0.032 0.198 0.035 0.613 166 Q 0.008 0.019 0.167 0.046 0.079 0.154 0.037 0.490 167 T 0.086 0.102 0.083 0.035 0.071 0.091 0.056 0.476 168 G 0.133 0.089 0.134 0.078 0.090 0.085 0.122 0.269 169 P 0.057 0.048 0.140 0.067 0.101 0.084 0.076 0.425 170 A 0.039 0.035 0.101 0.122 0.152 0.086 0.063 0.404 171 I 0.044 0.049 0.072 0.041 0.067 0.099 0.044 0.585 172 R 0.037 0.068 0.051 0.080 0.106 0.116 0.062 0.480 173 Y 0.027 0.085 0.016 0.014 0.018 0.094 0.058 0.687 174 D 0.067 0.833 0.002 0.003 0.003 0.008 0.039 0.045 175 E 0.033 0.762 0.007 0.003 0.005 0.024 0.039 0.128 176 N 0.008 0.204 0.013 0.010 0.011 0.019 0.652 0.084 177 V 0.015 0.730 0.007 0.004 0.005 0.013 0.199 0.027 178 I 0.018 0.936 0.002 0.001 0.002 0.005 0.020 0.016 179 G 0.011 0.873 0.009 0.006 0.008 0.008 0.028 0.058 180 N 0.016 0.859 0.006 0.004 0.007 0.014 0.033 0.061 181 H 0.034 0.878 0.012 0.002 0.002 0.007 0.049 0.017 182 L 0.124 0.706 0.029 0.008 0.006 0.012 0.058 0.057 183 R 0.119 0.184 0.089 0.014 0.010 0.055 0.091 0.437 184 M 0.130 0.099 0.081 0.008 0.009 0.076 0.102 0.495 185 L 0.548 0.044 0.042 0.003 0.003 0.061 0.051 0.247 186 A 0.014 0.009 0.006 0.002 0.002 0.067 0.017 0.884 187 D 0.009 0.043 0.001 0.001 0.001 0.035 0.014 0.897 188 D 0.220 0.634 0.001 0.001 0.001 0.018 0.055 0.070 189 P 0.053 0.711 0.003 0.001 0.001 0.032 0.055 0.144 190 A 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.028 191 M 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 192 Q 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 193 R 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 194 L 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 195 Y 0.003 0.432 0.010 0.001 0.001 0.002 0.549 0.003 196 E 0.006 0.846 0.004 0.001 0.001 0.004 0.125 0.014 197 L 0.052 0.507 0.033 0.002 0.002 0.025 0.313 0.065 198 L 0.019 0.634 0.020 0.006 0.005 0.029 0.205 0.081 199 S 0.055 0.606 0.007 0.002 0.004 0.030 0.063 0.233 200 R 0.054 0.429 0.022 0.011 0.008 0.066 0.089 0.320 201 S 0.100 0.283 0.048 0.025 0.029 0.097 0.141 0.277 202 I 0.300 0.058 0.042 0.013 0.015 0.084 0.138 0.349 203 H 0.099 0.016 0.046 0.022 0.025 0.116 0.078 0.597 204 E 0.039 0.005 0.015 0.005 0.010 0.070 0.030 0.825 205 R 0.029 0.005 0.013 0.008 0.011 0.115 0.031 0.788 206 Q 0.046 0.007 0.023 0.015 0.026 0.125 0.033 0.725