# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.1116 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.172 0.067 0.027 0.061 0.091 0.107 0.166 0.111 0.096 0.065 0.036 2 D 0.204 0.283 0.072 0.194 0.137 0.040 0.035 0.016 0.010 0.007 0.003 3 A 0.023 0.030 0.019 0.043 0.044 0.080 0.163 0.171 0.177 0.129 0.122 4 D 0.166 0.580 0.068 0.106 0.050 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 5 S 0.384 0.241 0.051 0.129 0.077 0.052 0.040 0.018 0.005 0.002 0.001 6 E 0.852 0.057 0.037 0.032 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 7 Q 0.083 0.114 0.075 0.253 0.153 0.151 0.120 0.028 0.014 0.006 0.002 8 R 0.005 0.010 0.032 0.051 0.077 0.138 0.221 0.171 0.148 0.086 0.062 9 K 0.062 0.063 0.357 0.233 0.147 0.079 0.040 0.010 0.006 0.003 0.001 10 S 0.009 0.029 0.265 0.168 0.174 0.151 0.116 0.043 0.026 0.013 0.005 11 L 0.004 0.006 0.029 0.020 0.034 0.054 0.168 0.197 0.206 0.165 0.118 12 H 0.004 0.009 0.072 0.052 0.072 0.113 0.235 0.152 0.137 0.104 0.050 13 L 0.002 0.006 0.123 0.033 0.039 0.051 0.129 0.142 0.198 0.170 0.107 14 A 0.002 0.004 0.038 0.021 0.033 0.074 0.224 0.189 0.205 0.130 0.081 15 A 0.001 0.003 0.024 0.012 0.016 0.035 0.117 0.144 0.245 0.229 0.173 16 V 0.001 0.002 0.016 0.008 0.013 0.027 0.096 0.158 0.247 0.223 0.209 17 F 0.002 0.004 0.028 0.016 0.024 0.047 0.142 0.177 0.225 0.191 0.143 18 T 0.002 0.003 0.023 0.011 0.014 0.027 0.096 0.134 0.223 0.250 0.217 19 C 0.003 0.004 0.023 0.015 0.021 0.038 0.129 0.157 0.216 0.202 0.193 20 N 0.006 0.008 0.032 0.029 0.042 0.065 0.165 0.189 0.196 0.161 0.108 21 F 0.004 0.007 0.028 0.025 0.035 0.076 0.174 0.177 0.190 0.173 0.111 22 T 0.008 0.010 0.041 0.038 0.044 0.069 0.156 0.133 0.183 0.183 0.135 23 N 0.011 0.012 0.038 0.042 0.052 0.081 0.162 0.167 0.170 0.147 0.119 24 H 0.008 0.016 0.058 0.071 0.076 0.107 0.176 0.147 0.141 0.125 0.074 25 M 0.001 0.002 0.011 0.007 0.006 0.014 0.057 0.075 0.204 0.289 0.334 26 Y 0.003 0.005 0.027 0.036 0.041 0.095 0.205 0.128 0.190 0.145 0.126 27 A 0.023 0.029 0.195 0.149 0.128 0.127 0.155 0.082 0.056 0.037 0.020 28 L 0.002 0.007 0.033 0.043 0.053 0.129 0.290 0.171 0.129 0.096 0.047 29 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.006 0.041 0.086 0.231 0.298 0.325 30 A 0.003 0.006 0.067 0.109 0.160 0.231 0.246 0.086 0.046 0.036 0.011 31 E 0.015 0.029 0.489 0.241 0.118 0.058 0.032 0.011 0.004 0.003 0.001 32 L 0.001 0.001 0.008 0.007 0.008 0.031 0.162 0.193 0.222 0.212 0.155 33 L 0.002 0.003 0.016 0.010 0.009 0.020 0.097 0.120 0.220 0.275 0.228 34 K 0.004 0.011 0.395 0.193 0.210 0.098 0.058 0.019 0.007 0.005 0.002 35 K 0.009 0.045 0.315 0.214 0.184 0.129 0.081 0.013 0.007 0.003 0.001 36 Y 0.013 0.006 0.012 0.013 0.021 0.066 0.226 0.236 0.179 0.142 0.085 37 N 0.608 0.219 0.063 0.064 0.023 0.009 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 38 L 0.018 0.022 0.041 0.046 0.038 0.078 0.114 0.116 0.177 0.164 0.185 39 P 0.325 0.435 0.062 0.106 0.047 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 40 F 0.067 0.046 0.019 0.062 0.090 0.173 0.195 0.137 0.101 0.063 0.047 41 D 0.338 0.243 0.141 0.154 0.065 0.027 0.014 0.006 0.005 0.004 0.002 42 V 0.012 0.025 0.022 0.080 0.088 0.141 0.223 0.183 0.115 0.071 0.041 43 M 0.008 0.011 0.023 0.032 0.038 0.044 0.102 0.133 0.210 0.236 0.163 44 L 0.007 0.021 0.049 0.126 0.161 0.216 0.201 0.082 0.066 0.047 0.022 45 P 0.033 0.072 0.204 0.186 0.137 0.108 0.116 0.058 0.044 0.029 0.013 46 L 0.002 0.004 0.008 0.014 0.018 0.034 0.109 0.174 0.216 0.255 0.165 47 I 0.002 0.006 0.014 0.019 0.024 0.051 0.130 0.169 0.207 0.216 0.160 48 D 0.045 0.050 0.221 0.278 0.201 0.094 0.059 0.023 0.013 0.012 0.004 49 E 0.066 0.071 0.176 0.224 0.193 0.115 0.094 0.032 0.016 0.009 0.003 50 T 0.002 0.009 0.011 0.014 0.013 0.022 0.087 0.126 0.254 0.269 0.193 51 A 0.002 0.004 0.012 0.027 0.035 0.129 0.279 0.183 0.156 0.101 0.071 52 R 0.125 0.054 0.632 0.136 0.026 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 53 K 0.008 0.026 0.070 0.225 0.267 0.220 0.143 0.027 0.010 0.003 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.040 0.165 0.312 0.462 55 H 0.008 0.022 0.083 0.161 0.219 0.248 0.185 0.041 0.019 0.010 0.004 56 E 0.030 0.060 0.716 0.128 0.042 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 57 L 0.024 0.017 0.021 0.037 0.065 0.145 0.289 0.181 0.108 0.071 0.041 58 E 0.320 0.310 0.064 0.095 0.053 0.037 0.047 0.026 0.023 0.017 0.009 59 P 0.072 0.054 0.047 0.104 0.091 0.120 0.136 0.106 0.099 0.085 0.086 60 K 0.289 0.171 0.139 0.170 0.105 0.052 0.036 0.017 0.012 0.007 0.004 61 T 0.124 0.158 0.052 0.228 0.175 0.108 0.086 0.032 0.021 0.010 0.005 62 A 0.007 0.006 0.006 0.010 0.011 0.022 0.055 0.095 0.205 0.270 0.314 63 Q 0.026 0.054 0.042 0.134 0.137 0.165 0.179 0.097 0.077 0.050 0.040 64 T 0.021 0.055 0.073 0.103 0.078 0.076 0.103 0.096 0.140 0.148 0.107 65 G 0.050 0.030 0.025 0.059 0.083 0.092 0.185 0.147 0.135 0.107 0.088 66 P 0.081 0.103 0.046 0.161 0.139 0.090 0.111 0.085 0.084 0.062 0.039 67 A 0.006 0.004 0.005 0.015 0.013 0.026 0.058 0.088 0.206 0.260 0.318 68 I 0.034 0.063 0.048 0.219 0.230 0.137 0.121 0.054 0.047 0.027 0.019 69 R 0.045 0.059 0.047 0.079 0.077 0.087 0.135 0.114 0.141 0.120 0.096 70 Y 0.065 0.090 0.056 0.185 0.165 0.130 0.125 0.064 0.053 0.046 0.023 71 D 0.015 0.024 0.019 0.039 0.040 0.065 0.137 0.178 0.192 0.162 0.130 72 E 0.104 0.122 0.071 0.248 0.212 0.108 0.070 0.031 0.017 0.012 0.005 73 N 0.280 0.135 0.131 0.172 0.113 0.058 0.056 0.025 0.016 0.011 0.005 74 V 0.007 0.023 0.022 0.069 0.078 0.101 0.183 0.163 0.162 0.120 0.070 75 I 0.001 0.002 0.006 0.007 0.009 0.021 0.086 0.120 0.237 0.262 0.249 76 G 0.031 0.050 0.209 0.263 0.200 0.129 0.071 0.023 0.012 0.008 0.003 77 N 0.026 0.060 0.200 0.253 0.178 0.143 0.090 0.025 0.014 0.007 0.003 78 H 0.001 0.002 0.005 0.007 0.009 0.016 0.085 0.156 0.255 0.252 0.213 79 L 0.001 0.002 0.012 0.017 0.025 0.079 0.208 0.208 0.199 0.156 0.092 80 R 0.009 0.019 0.608 0.205 0.081 0.039 0.020 0.010 0.005 0.004 0.001 81 M 0.001 0.007 0.052 0.054 0.080 0.176 0.341 0.140 0.087 0.044 0.018 82 L 0.002 0.003 0.009 0.007 0.007 0.012 0.069 0.115 0.239 0.315 0.223 83 A 0.012 0.019 0.151 0.144 0.224 0.154 0.173 0.070 0.028 0.020 0.005 84 D 0.047 0.161 0.542 0.123 0.056 0.033 0.023 0.008 0.004 0.003 0.001 85 D 0.073 0.092 0.042 0.098 0.111 0.188 0.259 0.081 0.034 0.017 0.006 86 P 0.906 0.046 0.016 0.010 0.005 0.004 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 87 A 0.303 0.273 0.142 0.166 0.064 0.031 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 88 M 0.009 0.016 0.026 0.032 0.037 0.076 0.195 0.172 0.206 0.131 0.099 89 Q 0.020 0.031 0.066 0.143 0.206 0.237 0.192 0.059 0.027 0.015 0.005 90 R 0.043 0.065 0.555 0.214 0.071 0.031 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 91 L 0.001 0.002 0.018 0.015 0.021 0.062 0.189 0.158 0.219 0.181 0.133 92 Y 0.001 0.001 0.010 0.010 0.014 0.034 0.162 0.142 0.253 0.202 0.169 93 E 0.002 0.007 0.329 0.224 0.289 0.082 0.046 0.012 0.006 0.003 0.001 94 L 0.002 0.009 0.199 0.079 0.101 0.192 0.259 0.086 0.044 0.020 0.008 95 L 0.001 0.002 0.010 0.006 0.007 0.013 0.080 0.130 0.257 0.293 0.200 96 S 0.003 0.004 0.023 0.021 0.027 0.066 0.190 0.178 0.206 0.174 0.109 97 R 0.009 0.026 0.342 0.242 0.205 0.074 0.049 0.025 0.015 0.010 0.004 98 S 0.016 0.027 0.075 0.081 0.107 0.184 0.296 0.111 0.061 0.029 0.012 99 I 0.011 0.013 0.021 0.021 0.016 0.025 0.098 0.116 0.214 0.251 0.214 100 H 0.024 0.024 0.046 0.068 0.073 0.143 0.237 0.162 0.114 0.065 0.045 101 E 0.201 0.201 0.309 0.172 0.065 0.023 0.013 0.007 0.004 0.003 0.001 102 R 0.102 0.079 0.045 0.102 0.108 0.175 0.194 0.097 0.051 0.032 0.016 103 Q 0.633 0.168 0.036 0.056 0.033 0.019 0.020 0.013 0.010 0.008 0.004 104 Y 0.172 0.067 0.027 0.061 0.091 0.107 0.166 0.111 0.096 0.065 0.036 105 D 0.204 0.283 0.072 0.194 0.137 0.040 0.035 0.016 0.010 0.007 0.003 106 A 0.023 0.030 0.019 0.043 0.044 0.080 0.163 0.171 0.177 0.129 0.122 107 D 0.166 0.580 0.068 0.106 0.050 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 108 S 0.384 0.241 0.051 0.129 0.077 0.052 0.040 0.018 0.005 0.002 0.001 109 E 0.852 0.057 0.037 0.032 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.083 0.114 0.075 0.253 0.153 0.151 0.120 0.028 0.014 0.006 0.002 111 R 0.005 0.010 0.032 0.051 0.077 0.138 0.221 0.171 0.148 0.086 0.062 112 K 0.062 0.063 0.357 0.233 0.147 0.079 0.040 0.010 0.006 0.003 0.001 113 S 0.009 0.029 0.265 0.168 0.174 0.151 0.116 0.043 0.026 0.013 0.005 114 L 0.004 0.006 0.029 0.020 0.034 0.054 0.168 0.197 0.206 0.165 0.118 115 H 0.004 0.009 0.072 0.052 0.072 0.113 0.235 0.152 0.137 0.104 0.050 116 L 0.002 0.006 0.123 0.033 0.039 0.051 0.129 0.142 0.198 0.170 0.107 117 A 0.002 0.004 0.038 0.021 0.033 0.074 0.224 0.189 0.205 0.130 0.081 118 A 0.001 0.003 0.024 0.012 0.016 0.035 0.117 0.144 0.245 0.229 0.173 119 V 0.001 0.002 0.016 0.008 0.013 0.027 0.096 0.158 0.247 0.223 0.209 120 F 0.002 0.004 0.028 0.016 0.024 0.047 0.142 0.177 0.225 0.191 0.143 121 T 0.002 0.003 0.023 0.011 0.014 0.027 0.096 0.134 0.223 0.250 0.217 122 C 0.003 0.004 0.023 0.015 0.021 0.038 0.129 0.157 0.216 0.202 0.193 123 N 0.006 0.008 0.032 0.029 0.042 0.065 0.165 0.189 0.196 0.161 0.108 124 F 0.004 0.007 0.028 0.025 0.035 0.076 0.174 0.177 0.190 0.173 0.111 125 T 0.008 0.010 0.041 0.038 0.044 0.069 0.156 0.133 0.183 0.183 0.135 126 N 0.011 0.012 0.038 0.042 0.052 0.081 0.162 0.167 0.170 0.147 0.119 127 H 0.008 0.016 0.058 0.071 0.076 0.107 0.176 0.147 0.141 0.125 0.074 128 M 0.001 0.002 0.011 0.007 0.006 0.014 0.057 0.075 0.204 0.289 0.334 129 Y 0.003 0.005 0.027 0.036 0.041 0.095 0.205 0.128 0.190 0.145 0.126 130 A 0.023 0.029 0.195 0.149 0.128 0.127 0.155 0.082 0.056 0.037 0.020 131 L 0.002 0.007 0.033 0.043 0.053 0.129 0.290 0.171 0.129 0.096 0.047 132 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.006 0.041 0.086 0.231 0.298 0.325 133 A 0.003 0.006 0.067 0.109 0.160 0.231 0.246 0.086 0.046 0.036 0.011 134 E 0.015 0.029 0.489 0.241 0.118 0.058 0.032 0.011 0.004 0.003 0.001 135 L 0.001 0.001 0.008 0.007 0.008 0.031 0.162 0.193 0.222 0.212 0.155 136 L 0.002 0.003 0.016 0.010 0.009 0.020 0.097 0.120 0.220 0.275 0.228 137 K 0.004 0.011 0.395 0.193 0.210 0.098 0.058 0.019 0.007 0.005 0.002 138 K 0.009 0.045 0.315 0.214 0.184 0.129 0.081 0.013 0.007 0.003 0.001 139 Y 0.013 0.006 0.012 0.013 0.021 0.066 0.226 0.236 0.179 0.142 0.085 140 N 0.608 0.219 0.063 0.064 0.023 0.009 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 141 L 0.018 0.022 0.041 0.046 0.038 0.078 0.114 0.116 0.177 0.164 0.185 142 P 0.325 0.435 0.062 0.106 0.047 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 143 F 0.067 0.046 0.019 0.062 0.090 0.173 0.195 0.137 0.101 0.063 0.047 144 D 0.338 0.243 0.141 0.154 0.065 0.027 0.014 0.006 0.005 0.004 0.002 145 V 0.012 0.025 0.022 0.080 0.088 0.141 0.223 0.183 0.115 0.071 0.041 146 M 0.008 0.011 0.023 0.032 0.038 0.044 0.102 0.133 0.210 0.236 0.163 147 L 0.007 0.021 0.049 0.126 0.161 0.216 0.201 0.082 0.066 0.047 0.022 148 P 0.033 0.072 0.204 0.186 0.137 0.108 0.116 0.058 0.044 0.029 0.013 149 L 0.002 0.004 0.008 0.014 0.018 0.034 0.109 0.174 0.216 0.255 0.165 150 I 0.002 0.006 0.014 0.019 0.024 0.051 0.130 0.169 0.207 0.216 0.160 151 D 0.045 0.050 0.221 0.278 0.201 0.094 0.059 0.023 0.013 0.012 0.004 152 E 0.066 0.071 0.176 0.224 0.193 0.115 0.094 0.032 0.016 0.009 0.003 153 T 0.002 0.009 0.011 0.014 0.013 0.022 0.087 0.126 0.254 0.269 0.193 154 A 0.002 0.004 0.012 0.027 0.035 0.129 0.279 0.183 0.156 0.101 0.071 155 R 0.125 0.054 0.632 0.136 0.026 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 156 K 0.008 0.026 0.070 0.225 0.267 0.220 0.143 0.027 0.010 0.003 0.001 157 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.040 0.165 0.312 0.462 158 H 0.008 0.022 0.083 0.161 0.219 0.248 0.185 0.041 0.019 0.010 0.004 159 E 0.030 0.060 0.716 0.128 0.042 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 160 L 0.024 0.017 0.021 0.037 0.065 0.145 0.289 0.181 0.108 0.071 0.041 161 E 0.320 0.310 0.064 0.095 0.053 0.037 0.047 0.026 0.023 0.017 0.009 162 P 0.072 0.054 0.047 0.104 0.091 0.120 0.136 0.106 0.099 0.085 0.086 163 K 0.289 0.171 0.139 0.170 0.105 0.052 0.036 0.017 0.012 0.007 0.004 164 T 0.124 0.158 0.052 0.228 0.175 0.108 0.086 0.032 0.021 0.010 0.005 165 A 0.007 0.006 0.006 0.010 0.011 0.022 0.055 0.095 0.205 0.270 0.314 166 Q 0.026 0.054 0.042 0.134 0.137 0.165 0.179 0.097 0.077 0.050 0.040 167 T 0.021 0.055 0.073 0.103 0.078 0.076 0.103 0.096 0.140 0.148 0.107 168 G 0.050 0.030 0.025 0.059 0.083 0.092 0.185 0.147 0.135 0.107 0.088 169 P 0.081 0.103 0.046 0.161 0.139 0.090 0.111 0.085 0.084 0.062 0.039 170 A 0.006 0.004 0.005 0.015 0.013 0.026 0.058 0.088 0.206 0.260 0.318 171 I 0.034 0.063 0.048 0.219 0.230 0.137 0.121 0.054 0.047 0.027 0.019 172 R 0.045 0.059 0.047 0.079 0.077 0.087 0.135 0.114 0.141 0.120 0.096 173 Y 0.065 0.090 0.056 0.185 0.165 0.130 0.125 0.064 0.053 0.046 0.023 174 D 0.015 0.024 0.019 0.039 0.040 0.065 0.137 0.178 0.192 0.162 0.130 175 E 0.104 0.122 0.071 0.248 0.212 0.108 0.070 0.031 0.017 0.012 0.005 176 N 0.280 0.135 0.131 0.172 0.113 0.058 0.056 0.025 0.016 0.011 0.005 177 V 0.007 0.023 0.022 0.069 0.078 0.101 0.183 0.163 0.162 0.120 0.070 178 I 0.001 0.002 0.006 0.007 0.009 0.021 0.086 0.120 0.237 0.262 0.249 179 G 0.031 0.050 0.209 0.263 0.200 0.129 0.071 0.023 0.012 0.008 0.003 180 N 0.026 0.060 0.200 0.253 0.178 0.143 0.090 0.025 0.014 0.007 0.003 181 H 0.001 0.002 0.005 0.007 0.009 0.016 0.085 0.156 0.255 0.252 0.213 182 L 0.001 0.002 0.012 0.017 0.025 0.079 0.208 0.208 0.199 0.156 0.092 183 R 0.009 0.019 0.608 0.205 0.081 0.039 0.020 0.010 0.005 0.004 0.001 184 M 0.001 0.007 0.052 0.054 0.080 0.176 0.341 0.140 0.087 0.044 0.018 185 L 0.002 0.003 0.009 0.007 0.007 0.012 0.069 0.115 0.239 0.315 0.223 186 A 0.012 0.019 0.151 0.144 0.224 0.154 0.173 0.070 0.028 0.020 0.005 187 D 0.047 0.161 0.542 0.123 0.056 0.033 0.023 0.008 0.004 0.003 0.001 188 D 0.073 0.092 0.042 0.098 0.111 0.188 0.259 0.081 0.034 0.017 0.006 189 P 0.906 0.046 0.016 0.010 0.005 0.004 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 190 A 0.303 0.273 0.142 0.166 0.064 0.031 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 191 M 0.009 0.016 0.026 0.032 0.037 0.076 0.195 0.172 0.206 0.131 0.099 192 Q 0.020 0.031 0.066 0.143 0.206 0.237 0.192 0.059 0.027 0.015 0.005 193 R 0.043 0.065 0.555 0.214 0.071 0.031 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 194 L 0.001 0.002 0.018 0.015 0.021 0.062 0.189 0.158 0.219 0.181 0.133 195 Y 0.001 0.001 0.010 0.010 0.014 0.034 0.162 0.142 0.253 0.202 0.169 196 E 0.002 0.007 0.329 0.224 0.289 0.082 0.046 0.012 0.006 0.003 0.001 197 L 0.002 0.009 0.199 0.079 0.101 0.192 0.259 0.086 0.044 0.020 0.008 198 L 0.001 0.002 0.010 0.006 0.007 0.013 0.080 0.130 0.257 0.293 0.200 199 S 0.003 0.004 0.023 0.021 0.027 0.066 0.190 0.178 0.206 0.174 0.109 200 R 0.009 0.026 0.342 0.242 0.205 0.074 0.049 0.025 0.015 0.010 0.004 201 S 0.016 0.027 0.075 0.081 0.107 0.184 0.296 0.111 0.061 0.029 0.012 202 I 0.011 0.013 0.021 0.021 0.016 0.025 0.098 0.116 0.214 0.251 0.214 203 H 0.024 0.024 0.046 0.068 0.073 0.143 0.237 0.162 0.114 0.065 0.045 204 E 0.201 0.201 0.309 0.172 0.065 0.023 0.013 0.007 0.004 0.003 0.001 205 R 0.102 0.079 0.045 0.102 0.108 0.175 0.194 0.097 0.051 0.032 0.016 206 Q 0.633 0.168 0.036 0.056 0.033 0.019 0.020 0.013 0.010 0.008 0.004