# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.1116 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.057 0.006 0.003 0.081 0.077 0.107 0.101 0.002 0.001 0.003 0.562 2 D 0.029 0.002 0.001 0.034 0.021 0.043 0.058 0.001 0.001 0.001 0.809 3 A 0.082 0.007 0.004 0.099 0.078 0.163 0.111 0.001 0.001 0.004 0.451 4 D 0.010 0.005 0.001 0.022 0.011 0.024 0.439 0.001 0.001 0.003 0.484 5 S 0.010 0.004 0.001 0.012 0.003 0.010 0.064 0.001 0.001 0.010 0.886 6 E 0.009 0.010 0.001 0.003 0.001 0.003 0.517 0.001 0.001 0.006 0.450 7 Q 0.199 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.685 0.001 0.001 0.010 0.079 8 R 0.262 0.586 0.004 0.003 0.002 0.003 0.023 0.003 0.001 0.004 0.111 9 K 0.019 0.684 0.024 0.004 0.005 0.005 0.025 0.002 0.001 0.001 0.230 10 S 0.027 0.727 0.009 0.006 0.008 0.009 0.026 0.004 0.001 0.001 0.184 11 L 0.028 0.866 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.085 12 H 0.018 0.916 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.049 13 L 0.006 0.947 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 14 A 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 15 A 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 16 V 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 17 F 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 18 T 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 19 C 0.023 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.023 20 N 0.080 0.817 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.061 21 F 0.094 0.680 0.068 0.004 0.001 0.001 0.020 0.019 0.001 0.001 0.114 22 T 0.030 0.749 0.055 0.006 0.001 0.001 0.033 0.008 0.001 0.001 0.118 23 N 0.011 0.831 0.009 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.129 24 H 0.006 0.926 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.052 25 M 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 26 Y 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 27 A 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 28 L 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 29 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 30 A 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 31 E 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 32 L 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 33 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 34 K 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 35 K 0.029 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.006 36 Y 0.104 0.798 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.017 37 N 0.513 0.174 0.026 0.003 0.001 0.001 0.002 0.191 0.001 0.009 0.080 38 L 0.014 0.006 0.943 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.018 39 P 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.954 40 F 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.057 0.001 0.001 0.001 0.923 41 D 0.017 0.016 0.001 0.029 0.005 0.007 0.167 0.001 0.001 0.005 0.754 42 V 0.195 0.036 0.002 0.013 0.002 0.003 0.220 0.001 0.001 0.009 0.520 43 M 0.324 0.371 0.006 0.030 0.002 0.011 0.068 0.003 0.001 0.006 0.180 44 L 0.091 0.461 0.009 0.040 0.007 0.012 0.030 0.002 0.001 0.003 0.345 45 P 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.987 46 L 0.034 0.404 0.005 0.009 0.004 0.017 0.047 0.002 0.001 0.001 0.476 47 I 0.044 0.850 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.090 48 D 0.021 0.867 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.101 49 E 0.049 0.826 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.112 50 T 0.061 0.873 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.051 51 A 0.032 0.895 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.048 52 R 0.007 0.907 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.064 53 K 0.063 0.812 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.001 0.001 0.091 54 V 0.087 0.861 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.028 55 H 0.024 0.907 0.012 0.003 0.006 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.035 56 E 0.123 0.590 0.026 0.004 0.003 0.003 0.019 0.048 0.001 0.001 0.183 57 L 0.411 0.386 0.012 0.008 0.002 0.007 0.006 0.064 0.001 0.001 0.102 58 E 0.205 0.135 0.064 0.023 0.007 0.008 0.052 0.041 0.001 0.002 0.462 59 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 60 K 0.024 0.016 0.007 0.086 0.021 0.069 0.157 0.001 0.001 0.004 0.615 61 T 0.192 0.037 0.002 0.051 0.008 0.012 0.136 0.002 0.001 0.010 0.550 62 A 0.195 0.135 0.006 0.071 0.025 0.047 0.084 0.003 0.001 0.007 0.426 63 Q 0.142 0.140 0.008 0.105 0.028 0.038 0.093 0.004 0.001 0.008 0.434 64 T 0.098 0.091 0.014 0.046 0.023 0.055 0.072 0.006 0.001 0.007 0.588 65 G 0.196 0.053 0.011 0.085 0.054 0.101 0.059 0.003 0.001 0.006 0.433 66 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.968 67 A 0.024 0.044 0.003 0.096 0.069 0.160 0.071 0.001 0.001 0.004 0.527 68 I 0.051 0.237 0.002 0.087 0.062 0.085 0.104 0.001 0.001 0.004 0.366 69 R 0.081 0.292 0.002 0.055 0.065 0.077 0.045 0.003 0.001 0.004 0.376 70 Y 0.080 0.224 0.005 0.028 0.013 0.023 0.053 0.005 0.001 0.003 0.566 71 D 0.177 0.257 0.011 0.029 0.016 0.036 0.138 0.004 0.001 0.004 0.327 72 E 0.088 0.307 0.011 0.022 0.005 0.014 0.105 0.003 0.001 0.006 0.439 73 N 0.033 0.307 0.007 0.006 0.003 0.005 0.206 0.002 0.001 0.006 0.425 74 V 0.052 0.569 0.012 0.005 0.001 0.003 0.136 0.002 0.001 0.002 0.218 75 I 0.013 0.924 0.004 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.048 76 G 0.003 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 77 N 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.051 78 H 0.039 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.025 79 L 0.016 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 80 R 0.008 0.952 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.027 81 M 0.039 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.043 82 L 0.130 0.764 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.027 83 A 0.133 0.693 0.024 0.003 0.002 0.002 0.004 0.082 0.001 0.001 0.057 84 D 0.135 0.328 0.203 0.004 0.001 0.002 0.032 0.103 0.001 0.001 0.192 85 D 0.265 0.222 0.065 0.019 0.002 0.005 0.035 0.032 0.001 0.007 0.347 86 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.985 87 A 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.841 0.001 0.001 0.003 0.143 88 M 0.331 0.104 0.002 0.003 0.001 0.001 0.385 0.001 0.001 0.006 0.166 89 Q 0.024 0.864 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.097 90 R 0.004 0.818 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.158 91 L 0.007 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 92 Y 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 93 E 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 94 L 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 95 L 0.030 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.014 96 S 0.018 0.952 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 97 R 0.018 0.917 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.039 98 S 0.045 0.868 0.009 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.053 99 I 0.079 0.816 0.009 0.004 0.002 0.003 0.005 0.016 0.001 0.001 0.066 100 H 0.075 0.736 0.016 0.010 0.010 0.014 0.014 0.021 0.001 0.001 0.104 101 E 0.117 0.534 0.028 0.015 0.013 0.016 0.035 0.036 0.001 0.002 0.203 102 R 0.182 0.383 0.032 0.021 0.015 0.024 0.027 0.034 0.001 0.002 0.278 103 Q 0.053 0.069 0.017 0.015 0.015 0.021 0.064 0.015 0.001 0.003 0.729 104 Y 0.057 0.006 0.003 0.081 0.077 0.107 0.101 0.002 0.001 0.003 0.562 105 D 0.029 0.002 0.001 0.034 0.021 0.043 0.058 0.001 0.001 0.001 0.809 106 A 0.082 0.007 0.004 0.099 0.078 0.163 0.111 0.001 0.001 0.004 0.451 107 D 0.010 0.005 0.001 0.022 0.011 0.024 0.439 0.001 0.001 0.003 0.484 108 S 0.010 0.004 0.001 0.012 0.003 0.010 0.064 0.001 0.001 0.010 0.886 109 E 0.009 0.010 0.001 0.003 0.001 0.003 0.517 0.001 0.001 0.006 0.450 110 Q 0.199 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.685 0.001 0.001 0.010 0.079 111 R 0.262 0.586 0.004 0.003 0.002 0.003 0.023 0.003 0.001 0.004 0.111 112 K 0.019 0.684 0.024 0.004 0.005 0.005 0.025 0.002 0.001 0.001 0.230 113 S 0.027 0.727 0.009 0.006 0.008 0.009 0.026 0.004 0.001 0.001 0.184 114 L 0.028 0.866 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.085 115 H 0.018 0.916 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.049 116 L 0.006 0.947 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 117 A 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 118 A 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 119 V 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 120 F 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 121 T 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 122 C 0.023 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.023 123 N 0.080 0.817 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.061 124 F 0.094 0.680 0.068 0.004 0.001 0.001 0.020 0.019 0.001 0.001 0.114 125 T 0.030 0.749 0.055 0.006 0.001 0.001 0.033 0.008 0.001 0.001 0.118 126 N 0.011 0.831 0.009 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.129 127 H 0.006 0.926 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.052 128 M 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 129 Y 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 130 A 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 131 L 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 132 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 133 A 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 134 E 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 135 L 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 136 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 137 K 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 138 K 0.029 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.006 139 Y 0.104 0.798 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.017 140 N 0.513 0.174 0.026 0.003 0.001 0.001 0.002 0.191 0.001 0.009 0.080 141 L 0.014 0.006 0.943 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.018 142 P 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.954 143 F 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.057 0.001 0.001 0.001 0.923 144 D 0.017 0.016 0.001 0.029 0.005 0.007 0.167 0.001 0.001 0.005 0.754 145 V 0.195 0.036 0.002 0.013 0.002 0.003 0.220 0.001 0.001 0.009 0.520 146 M 0.324 0.371 0.006 0.030 0.002 0.011 0.068 0.003 0.001 0.006 0.180 147 L 0.091 0.461 0.009 0.040 0.007 0.012 0.030 0.002 0.001 0.003 0.345 148 P 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.987 149 L 0.034 0.404 0.005 0.009 0.004 0.017 0.047 0.002 0.001 0.001 0.476 150 I 0.044 0.850 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.090 151 D 0.021 0.867 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.101 152 E 0.049 0.826 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.112 153 T 0.061 0.873 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.051 154 A 0.032 0.895 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.048 155 R 0.007 0.907 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.064 156 K 0.063 0.812 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.001 0.001 0.091 157 V 0.087 0.861 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.028 158 H 0.024 0.907 0.012 0.003 0.006 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.035 159 E 0.123 0.590 0.026 0.004 0.003 0.003 0.019 0.048 0.001 0.001 0.183 160 L 0.411 0.386 0.012 0.008 0.002 0.007 0.006 0.064 0.001 0.001 0.102 161 E 0.205 0.135 0.064 0.023 0.007 0.008 0.052 0.041 0.001 0.002 0.462 162 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 163 K 0.024 0.016 0.007 0.086 0.021 0.069 0.157 0.001 0.001 0.004 0.615 164 T 0.192 0.037 0.002 0.051 0.008 0.012 0.136 0.002 0.001 0.010 0.550 165 A 0.195 0.135 0.006 0.071 0.025 0.047 0.084 0.003 0.001 0.007 0.426 166 Q 0.142 0.140 0.008 0.105 0.028 0.038 0.093 0.004 0.001 0.008 0.434 167 T 0.098 0.091 0.014 0.046 0.023 0.055 0.072 0.006 0.001 0.007 0.588 168 G 0.196 0.053 0.011 0.085 0.054 0.101 0.059 0.003 0.001 0.006 0.433 169 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.968 170 A 0.024 0.044 0.003 0.096 0.069 0.160 0.071 0.001 0.001 0.004 0.527 171 I 0.051 0.237 0.002 0.087 0.062 0.085 0.104 0.001 0.001 0.004 0.366 172 R 0.081 0.292 0.002 0.055 0.065 0.077 0.045 0.003 0.001 0.004 0.376 173 Y 0.080 0.224 0.005 0.028 0.013 0.023 0.053 0.005 0.001 0.003 0.566 174 D 0.177 0.257 0.011 0.029 0.016 0.036 0.138 0.004 0.001 0.004 0.327 175 E 0.088 0.307 0.011 0.022 0.005 0.014 0.105 0.003 0.001 0.006 0.439 176 N 0.033 0.307 0.007 0.006 0.003 0.005 0.206 0.002 0.001 0.006 0.425 177 V 0.052 0.569 0.012 0.005 0.001 0.003 0.136 0.002 0.001 0.002 0.218 178 I 0.013 0.924 0.004 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.048 179 G 0.003 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 180 N 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.051 181 H 0.039 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.025 182 L 0.016 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 183 R 0.008 0.952 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.027 184 M 0.039 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.043 185 L 0.130 0.764 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.027 186 A 0.133 0.693 0.024 0.003 0.002 0.002 0.004 0.082 0.001 0.001 0.057 187 D 0.135 0.328 0.203 0.004 0.001 0.002 0.032 0.103 0.001 0.001 0.192 188 D 0.265 0.222 0.065 0.019 0.002 0.005 0.035 0.032 0.001 0.007 0.347 189 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.985 190 A 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.841 0.001 0.001 0.003 0.143 191 M 0.331 0.104 0.002 0.003 0.001 0.001 0.385 0.001 0.001 0.006 0.166 192 Q 0.024 0.864 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.097 193 R 0.004 0.818 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.158 194 L 0.007 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 195 Y 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 196 E 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 197 L 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 198 L 0.030 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.014 199 S 0.018 0.952 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 200 R 0.018 0.917 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.039 201 S 0.045 0.868 0.009 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.053 202 I 0.079 0.816 0.009 0.004 0.002 0.003 0.005 0.016 0.001 0.001 0.066 203 H 0.075 0.736 0.016 0.010 0.010 0.014 0.014 0.021 0.001 0.001 0.104 204 E 0.117 0.534 0.028 0.015 0.013 0.016 0.035 0.036 0.001 0.002 0.203 205 R 0.182 0.383 0.032 0.021 0.015 0.024 0.027 0.034 0.001 0.002 0.278 206 Q 0.053 0.069 0.017 0.015 0.015 0.021 0.064 0.015 0.001 0.003 0.729