# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.1116 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.030 0.003 0.084 0.035 0.042 0.053 0.005 0.749 2 D 0.006 0.001 0.040 0.021 0.026 0.026 0.001 0.878 3 A 0.013 0.003 0.057 0.024 0.051 0.047 0.001 0.805 4 D 0.014 0.003 0.016 0.009 0.045 0.433 0.002 0.477 5 S 0.044 0.008 0.006 0.003 0.014 0.096 0.002 0.827 6 E 0.026 0.015 0.002 0.001 0.002 0.621 0.002 0.331 7 Q 0.285 0.065 0.002 0.001 0.002 0.427 0.016 0.202 8 R 0.141 0.682 0.007 0.004 0.004 0.027 0.007 0.127 9 K 0.018 0.553 0.013 0.007 0.013 0.040 0.008 0.347 10 S 0.074 0.527 0.017 0.011 0.020 0.049 0.015 0.286 11 L 0.072 0.759 0.020 0.014 0.020 0.026 0.010 0.079 12 H 0.046 0.654 0.018 0.015 0.021 0.063 0.013 0.171 13 L 0.022 0.820 0.021 0.009 0.014 0.031 0.003 0.081 14 A 0.005 0.932 0.004 0.007 0.007 0.013 0.002 0.029 15 A 0.008 0.951 0.003 0.005 0.006 0.005 0.003 0.020 16 V 0.010 0.944 0.004 0.005 0.007 0.004 0.003 0.023 17 F 0.002 0.981 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 18 T 0.005 0.974 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.009 19 C 0.014 0.953 0.004 0.003 0.004 0.002 0.006 0.014 20 N 0.028 0.900 0.005 0.004 0.003 0.005 0.013 0.042 21 F 0.021 0.894 0.013 0.003 0.003 0.009 0.009 0.048 22 T 0.015 0.895 0.008 0.003 0.004 0.019 0.007 0.049 23 N 0.018 0.894 0.008 0.003 0.004 0.015 0.004 0.054 24 H 0.004 0.965 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.019 25 M 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 26 Y 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 27 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 28 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 29 A 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 30 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 31 E 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 32 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 33 L 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 34 K 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 35 K 0.034 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 36 Y 0.200 0.680 0.008 0.002 0.001 0.001 0.092 0.016 37 N 0.481 0.060 0.032 0.003 0.002 0.004 0.264 0.154 38 L 0.074 0.025 0.685 0.016 0.012 0.026 0.011 0.151 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 40 F 0.001 0.001 0.011 0.002 0.005 0.018 0.001 0.962 41 D 0.071 0.013 0.046 0.005 0.005 0.071 0.005 0.783 42 V 0.259 0.033 0.054 0.006 0.008 0.122 0.008 0.510 43 M 0.277 0.242 0.070 0.018 0.027 0.114 0.011 0.241 44 L 0.115 0.340 0.061 0.016 0.029 0.058 0.007 0.374 45 P 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.978 46 L 0.038 0.406 0.011 0.008 0.019 0.135 0.007 0.376 47 I 0.054 0.762 0.008 0.002 0.006 0.017 0.008 0.143 48 D 0.011 0.914 0.004 0.002 0.003 0.004 0.003 0.059 49 E 0.035 0.834 0.005 0.002 0.002 0.013 0.007 0.102 50 T 0.067 0.826 0.003 0.001 0.001 0.017 0.011 0.074 51 A 0.017 0.928 0.005 0.001 0.002 0.003 0.003 0.040 52 R 0.010 0.892 0.004 0.001 0.002 0.019 0.005 0.068 53 K 0.090 0.793 0.003 0.001 0.001 0.015 0.019 0.078 54 V 0.032 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 55 H 0.015 0.890 0.009 0.003 0.004 0.010 0.009 0.060 56 E 0.125 0.650 0.014 0.005 0.005 0.019 0.048 0.132 57 L 0.242 0.532 0.039 0.007 0.007 0.009 0.073 0.090 58 E 0.163 0.188 0.052 0.021 0.017 0.048 0.037 0.474 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 60 K 0.015 0.018 0.033 0.028 0.060 0.173 0.005 0.667 61 T 0.233 0.045 0.029 0.015 0.018 0.105 0.016 0.539 62 A 0.313 0.134 0.066 0.043 0.062 0.075 0.012 0.296 63 Q 0.346 0.088 0.064 0.061 0.080 0.122 0.019 0.219 64 T 0.146 0.091 0.095 0.067 0.083 0.054 0.040 0.425 65 G 0.125 0.041 0.117 0.211 0.188 0.045 0.017 0.255 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 67 A 0.007 0.008 0.065 0.103 0.263 0.094 0.004 0.456 68 I 0.175 0.054 0.054 0.052 0.090 0.144 0.007 0.422 69 R 0.116 0.143 0.084 0.109 0.130 0.064 0.008 0.347 70 Y 0.073 0.088 0.039 0.028 0.036 0.108 0.007 0.619 71 D 0.190 0.117 0.031 0.018 0.028 0.107 0.019 0.491 72 E 0.058 0.182 0.029 0.009 0.024 0.107 0.008 0.583 73 N 0.023 0.164 0.004 0.005 0.010 0.397 0.007 0.389 74 V 0.050 0.517 0.004 0.002 0.005 0.145 0.004 0.272 75 I 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 76 G 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 77 N 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 78 H 0.053 0.911 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.025 79 L 0.011 0.966 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 80 R 0.005 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 81 M 0.021 0.939 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 82 L 0.080 0.851 0.005 0.001 0.001 0.004 0.019 0.039 83 A 0.245 0.546 0.020 0.003 0.003 0.012 0.052 0.119 84 D 0.271 0.283 0.066 0.003 0.003 0.021 0.102 0.252 85 D 0.371 0.097 0.047 0.005 0.006 0.042 0.031 0.401 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.644 0.001 0.343 88 M 0.116 0.023 0.002 0.001 0.001 0.696 0.003 0.159 89 Q 0.040 0.816 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.126 90 R 0.009 0.826 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.134 91 L 0.012 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.053 92 Y 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 93 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 94 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 95 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 96 S 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 97 R 0.005 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 98 S 0.018 0.946 0.003 0.002 0.001 0.003 0.009 0.019 99 I 0.027 0.918 0.006 0.002 0.003 0.004 0.008 0.030 100 H 0.030 0.878 0.009 0.006 0.007 0.008 0.009 0.053 101 E 0.073 0.717 0.015 0.010 0.010 0.020 0.030 0.125 102 R 0.155 0.515 0.028 0.013 0.013 0.020 0.055 0.203 103 Q 0.090 0.254 0.026 0.016 0.016 0.035 0.031 0.532 104 Y 0.030 0.003 0.084 0.035 0.042 0.053 0.005 0.749 105 D 0.006 0.001 0.040 0.021 0.026 0.026 0.001 0.878 106 A 0.013 0.003 0.057 0.024 0.051 0.047 0.001 0.805 107 D 0.014 0.003 0.016 0.009 0.045 0.433 0.002 0.477 108 S 0.044 0.008 0.006 0.003 0.014 0.096 0.002 0.827 109 E 0.026 0.015 0.002 0.001 0.002 0.621 0.002 0.331 110 Q 0.285 0.065 0.002 0.001 0.002 0.427 0.016 0.202 111 R 0.141 0.682 0.007 0.004 0.004 0.027 0.007 0.127 112 K 0.018 0.553 0.013 0.007 0.013 0.040 0.008 0.347 113 S 0.074 0.527 0.017 0.011 0.020 0.049 0.015 0.286 114 L 0.072 0.759 0.020 0.014 0.020 0.026 0.010 0.079 115 H 0.046 0.654 0.018 0.015 0.021 0.063 0.013 0.171 116 L 0.022 0.820 0.021 0.009 0.014 0.031 0.003 0.081 117 A 0.005 0.932 0.004 0.007 0.007 0.013 0.002 0.029 118 A 0.008 0.951 0.003 0.005 0.006 0.005 0.003 0.020 119 V 0.010 0.944 0.004 0.005 0.007 0.004 0.003 0.023 120 F 0.002 0.981 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 121 T 0.005 0.974 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.009 122 C 0.014 0.953 0.004 0.003 0.004 0.002 0.006 0.014 123 N 0.028 0.900 0.005 0.004 0.003 0.005 0.013 0.042 124 F 0.021 0.894 0.013 0.003 0.003 0.009 0.009 0.048 125 T 0.015 0.895 0.008 0.003 0.004 0.019 0.007 0.049 126 N 0.018 0.894 0.008 0.003 0.004 0.015 0.004 0.054 127 H 0.004 0.965 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.019 128 M 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 129 Y 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 130 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 131 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 132 A 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 133 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 134 E 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 135 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 136 L 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 137 K 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 138 K 0.034 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 139 Y 0.200 0.680 0.008 0.002 0.001 0.001 0.092 0.016 140 N 0.481 0.060 0.032 0.003 0.002 0.004 0.264 0.154 141 L 0.074 0.025 0.685 0.016 0.012 0.026 0.011 0.151 142 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 143 F 0.001 0.001 0.011 0.002 0.005 0.018 0.001 0.962 144 D 0.071 0.013 0.046 0.005 0.005 0.071 0.005 0.783 145 V 0.259 0.033 0.054 0.006 0.008 0.122 0.008 0.510 146 M 0.277 0.242 0.070 0.018 0.027 0.114 0.011 0.241 147 L 0.115 0.340 0.061 0.016 0.029 0.058 0.007 0.374 148 P 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.978 149 L 0.038 0.406 0.011 0.008 0.019 0.135 0.007 0.376 150 I 0.054 0.762 0.008 0.002 0.006 0.017 0.008 0.143 151 D 0.011 0.914 0.004 0.002 0.003 0.004 0.003 0.059 152 E 0.035 0.834 0.005 0.002 0.002 0.013 0.007 0.102 153 T 0.067 0.826 0.003 0.001 0.001 0.017 0.011 0.074 154 A 0.017 0.928 0.005 0.001 0.002 0.003 0.003 0.040 155 R 0.010 0.892 0.004 0.001 0.002 0.019 0.005 0.068 156 K 0.090 0.793 0.003 0.001 0.001 0.015 0.019 0.078 157 V 0.032 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 158 H 0.015 0.890 0.009 0.003 0.004 0.010 0.009 0.060 159 E 0.125 0.650 0.014 0.005 0.005 0.019 0.048 0.132 160 L 0.242 0.532 0.039 0.007 0.007 0.009 0.073 0.090 161 E 0.163 0.188 0.052 0.021 0.017 0.048 0.037 0.474 162 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 163 K 0.015 0.018 0.033 0.028 0.060 0.173 0.005 0.667 164 T 0.233 0.045 0.029 0.015 0.018 0.105 0.016 0.539 165 A 0.313 0.134 0.066 0.043 0.062 0.075 0.012 0.296 166 Q 0.346 0.088 0.064 0.061 0.080 0.122 0.019 0.219 167 T 0.146 0.091 0.095 0.067 0.083 0.054 0.040 0.425 168 G 0.125 0.041 0.117 0.211 0.188 0.045 0.017 0.255 169 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 170 A 0.007 0.008 0.065 0.103 0.263 0.094 0.004 0.456 171 I 0.175 0.054 0.054 0.052 0.090 0.144 0.007 0.422 172 R 0.116 0.143 0.084 0.109 0.130 0.064 0.008 0.347 173 Y 0.073 0.088 0.039 0.028 0.036 0.108 0.007 0.619 174 D 0.190 0.117 0.031 0.018 0.028 0.107 0.019 0.491 175 E 0.058 0.182 0.029 0.009 0.024 0.107 0.008 0.583 176 N 0.023 0.164 0.004 0.005 0.010 0.397 0.007 0.389 177 V 0.050 0.517 0.004 0.002 0.005 0.145 0.004 0.272 178 I 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 179 G 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 180 N 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 181 H 0.053 0.911 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.025 182 L 0.011 0.966 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 183 R 0.005 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 184 M 0.021 0.939 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 185 L 0.080 0.851 0.005 0.001 0.001 0.004 0.019 0.039 186 A 0.245 0.546 0.020 0.003 0.003 0.012 0.052 0.119 187 D 0.271 0.283 0.066 0.003 0.003 0.021 0.102 0.252 188 D 0.371 0.097 0.047 0.005 0.006 0.042 0.031 0.401 189 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 190 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.644 0.001 0.343 191 M 0.116 0.023 0.002 0.001 0.001 0.696 0.003 0.159 192 Q 0.040 0.816 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.126 193 R 0.009 0.826 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.134 194 L 0.012 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.053 195 Y 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 196 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 197 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 198 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 199 S 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 200 R 0.005 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 201 S 0.018 0.946 0.003 0.002 0.001 0.003 0.009 0.019 202 I 0.027 0.918 0.006 0.002 0.003 0.004 0.008 0.030 203 H 0.030 0.878 0.009 0.006 0.007 0.008 0.009 0.053 204 E 0.073 0.717 0.015 0.010 0.010 0.020 0.030 0.125 205 R 0.155 0.515 0.028 0.013 0.013 0.020 0.055 0.203 206 Q 0.090 0.254 0.026 0.016 0.016 0.035 0.031 0.532