# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.1116 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.092 0.264 0.115 0.026 0.260 0.026 0.030 0.055 0.039 0.054 0.040 2 D 0.207 0.187 0.058 0.011 0.321 0.010 0.019 0.048 0.023 0.053 0.063 3 A 0.105 0.279 0.079 0.024 0.197 0.027 0.030 0.077 0.052 0.073 0.056 4 D 0.073 0.302 0.205 0.026 0.202 0.018 0.017 0.085 0.027 0.024 0.020 5 S 0.008 0.014 0.007 0.003 0.014 0.007 0.020 0.592 0.304 0.025 0.006 6 E 0.009 0.018 0.010 0.004 0.015 0.008 0.028 0.690 0.154 0.057 0.007 7 Q 0.021 0.041 0.014 0.004 0.033 0.005 0.016 0.603 0.111 0.131 0.022 8 R 0.033 0.036 0.011 0.003 0.040 0.005 0.014 0.709 0.100 0.034 0.016 9 K 0.011 0.024 0.007 0.002 0.020 0.007 0.018 0.787 0.099 0.020 0.005 10 S 0.024 0.016 0.004 0.002 0.031 0.004 0.019 0.809 0.068 0.017 0.006 11 L 0.023 0.023 0.006 0.002 0.043 0.004 0.012 0.825 0.046 0.010 0.007 12 H 0.017 0.015 0.003 0.001 0.024 0.002 0.009 0.875 0.039 0.010 0.006 13 L 0.010 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.912 0.051 0.003 0.003 14 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.929 0.046 0.003 0.001 15 A 0.009 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.923 0.037 0.004 0.003 16 V 0.010 0.007 0.002 0.001 0.014 0.002 0.015 0.890 0.050 0.006 0.004 17 F 0.012 0.010 0.003 0.001 0.013 0.003 0.020 0.839 0.083 0.011 0.006 18 T 0.012 0.008 0.003 0.003 0.012 0.006 0.037 0.800 0.092 0.018 0.009 19 C 0.009 0.027 0.013 0.007 0.017 0.017 0.068 0.714 0.096 0.026 0.007 20 N 0.021 0.023 0.014 0.007 0.021 0.009 0.035 0.675 0.084 0.088 0.024 21 F 0.014 0.018 0.007 0.002 0.017 0.002 0.009 0.783 0.100 0.037 0.010 22 T 0.006 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.005 0.882 0.076 0.007 0.003 23 N 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.903 0.063 0.006 0.002 24 H 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.942 0.031 0.005 0.001 25 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.953 0.032 0.004 0.001 26 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.050 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.022 0.001 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.012 0.002 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.030 0.001 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.013 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.058 0.001 0.001 34 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.879 0.108 0.002 0.001 35 K 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.005 0.107 0.684 0.097 0.084 0.013 36 Y 0.003 0.814 0.115 0.002 0.025 0.003 0.022 0.008 0.003 0.005 0.002 37 N 0.013 0.002 0.003 0.004 0.003 0.005 0.004 0.005 0.005 0.629 0.328 38 L 0.008 0.567 0.325 0.008 0.063 0.002 0.002 0.009 0.006 0.008 0.004 39 P 0.082 0.414 0.180 0.011 0.147 0.012 0.009 0.062 0.030 0.016 0.037 40 F 0.012 0.032 0.011 0.005 0.028 0.008 0.019 0.400 0.463 0.016 0.006 41 D 0.009 0.025 0.013 0.003 0.023 0.009 0.034 0.665 0.170 0.044 0.006 42 V 0.015 0.022 0.007 0.001 0.027 0.001 0.008 0.707 0.132 0.074 0.007 43 M 0.015 0.017 0.006 0.002 0.024 0.002 0.007 0.683 0.188 0.048 0.008 44 L 0.006 0.034 0.018 0.002 0.017 0.003 0.004 0.818 0.092 0.005 0.002 45 P 0.002 0.013 0.004 0.001 0.006 0.001 0.018 0.894 0.053 0.005 0.001 46 L 0.005 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.019 0.861 0.078 0.020 0.003 47 I 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.811 0.153 0.013 0.003 48 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.903 0.079 0.003 0.001 49 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.919 0.046 0.010 0.001 50 T 0.005 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.872 0.056 0.043 0.005 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.098 0.004 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.917 0.077 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.916 0.058 0.013 0.001 54 V 0.008 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 0.821 0.115 0.024 0.005 55 H 0.004 0.015 0.006 0.001 0.009 0.004 0.017 0.684 0.233 0.023 0.003 56 E 0.015 0.020 0.010 0.002 0.024 0.008 0.147 0.554 0.102 0.094 0.022 57 L 0.023 0.377 0.201 0.016 0.094 0.016 0.100 0.054 0.036 0.071 0.011 58 E 0.075 0.236 0.279 0.043 0.113 0.015 0.012 0.049 0.018 0.075 0.085 59 P 0.048 0.059 0.017 0.009 0.062 0.007 0.022 0.438 0.257 0.050 0.031 60 K 0.019 0.058 0.022 0.008 0.041 0.030 0.049 0.460 0.239 0.060 0.014 61 T 0.067 0.081 0.022 0.008 0.145 0.015 0.046 0.315 0.121 0.138 0.043 62 A 0.138 0.090 0.042 0.006 0.198 0.010 0.027 0.236 0.103 0.111 0.039 63 Q 0.119 0.090 0.045 0.017 0.159 0.035 0.089 0.259 0.067 0.078 0.042 64 T 0.079 0.156 0.089 0.122 0.122 0.051 0.066 0.090 0.068 0.111 0.046 65 G 0.018 0.097 0.167 0.387 0.033 0.051 0.028 0.101 0.058 0.044 0.016 66 P 0.107 0.114 0.044 0.030 0.202 0.009 0.030 0.163 0.085 0.136 0.082 67 A 0.137 0.110 0.023 0.007 0.190 0.010 0.028 0.205 0.178 0.055 0.058 68 I 0.065 0.151 0.077 0.023 0.120 0.053 0.100 0.220 0.089 0.060 0.043 69 R 0.073 0.176 0.106 0.023 0.118 0.024 0.069 0.212 0.080 0.084 0.036 70 Y 0.050 0.117 0.078 0.039 0.064 0.053 0.049 0.176 0.081 0.223 0.069 71 D 0.104 0.282 0.134 0.007 0.292 0.006 0.003 0.089 0.030 0.031 0.022 72 E 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.624 0.322 0.023 0.001 73 N 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.002 0.011 0.889 0.074 0.010 0.001 74 V 0.005 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.896 0.051 0.023 0.004 75 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.915 0.064 0.007 0.002 76 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.071 0.001 0.001 77 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.937 0.035 0.009 0.001 78 H 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.935 0.038 0.011 0.002 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.880 0.110 0.003 0.001 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.899 0.088 0.002 0.001 81 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.806 0.131 0.012 0.001 82 L 0.015 0.012 0.007 0.005 0.017 0.006 0.044 0.493 0.257 0.127 0.017 83 A 0.004 0.017 0.008 0.006 0.008 0.009 0.073 0.665 0.175 0.030 0.005 84 D 0.008 0.024 0.012 0.007 0.011 0.008 0.053 0.053 0.076 0.724 0.023 85 D 0.058 0.345 0.232 0.002 0.310 0.001 0.001 0.022 0.010 0.008 0.010 86 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.040 0.663 0.270 0.013 0.001 87 A 0.002 0.012 0.006 0.001 0.003 0.001 0.017 0.792 0.092 0.073 0.002 88 M 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.864 0.092 0.030 0.005 89 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.040 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 92 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.977 0.014 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.932 0.048 0.009 0.001 96 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.883 0.106 0.004 0.001 97 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.897 0.084 0.004 0.001 98 S 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.033 0.852 0.079 0.019 0.002 99 I 0.015 0.006 0.002 0.001 0.013 0.002 0.015 0.697 0.180 0.057 0.013 100 H 0.013 0.025 0.007 0.004 0.021 0.010 0.048 0.628 0.187 0.046 0.011 101 E 0.037 0.059 0.032 0.008 0.063 0.016 0.110 0.392 0.107 0.143 0.033 102 R 0.070 0.239 0.118 0.015 0.163 0.016 0.054 0.119 0.066 0.100 0.040 103 Q 0.104 0.220 0.120 0.027 0.184 0.031 0.044 0.088 0.048 0.073 0.061 104 Y 0.092 0.264 0.115 0.026 0.260 0.026 0.030 0.055 0.039 0.054 0.040 105 D 0.207 0.187 0.058 0.011 0.321 0.010 0.019 0.048 0.023 0.053 0.063 106 A 0.105 0.279 0.079 0.024 0.197 0.027 0.030 0.077 0.052 0.073 0.056 107 D 0.073 0.302 0.205 0.026 0.202 0.018 0.017 0.085 0.027 0.024 0.020 108 S 0.008 0.014 0.007 0.003 0.014 0.007 0.020 0.592 0.304 0.025 0.006 109 E 0.009 0.018 0.010 0.004 0.015 0.008 0.028 0.690 0.154 0.057 0.007 110 Q 0.021 0.041 0.014 0.004 0.033 0.005 0.016 0.603 0.111 0.131 0.022 111 R 0.033 0.036 0.011 0.003 0.040 0.005 0.014 0.709 0.100 0.034 0.016 112 K 0.011 0.024 0.007 0.002 0.020 0.007 0.018 0.787 0.099 0.020 0.005 113 S 0.024 0.016 0.004 0.002 0.031 0.004 0.019 0.809 0.068 0.017 0.006 114 L 0.023 0.023 0.006 0.002 0.043 0.004 0.012 0.825 0.046 0.010 0.007 115 H 0.017 0.015 0.003 0.001 0.024 0.002 0.009 0.875 0.039 0.010 0.006 116 L 0.010 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.912 0.051 0.003 0.003 117 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.929 0.046 0.003 0.001 118 A 0.009 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.923 0.037 0.004 0.003 119 V 0.010 0.007 0.002 0.001 0.014 0.002 0.015 0.890 0.050 0.006 0.004 120 F 0.012 0.010 0.003 0.001 0.013 0.003 0.020 0.839 0.083 0.011 0.006 121 T 0.012 0.008 0.003 0.003 0.012 0.006 0.037 0.800 0.092 0.018 0.009 122 C 0.009 0.027 0.013 0.007 0.017 0.017 0.068 0.714 0.096 0.026 0.007 123 N 0.021 0.023 0.014 0.007 0.021 0.009 0.035 0.675 0.084 0.088 0.024 124 F 0.014 0.018 0.007 0.002 0.017 0.002 0.009 0.783 0.100 0.037 0.010 125 T 0.006 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.005 0.882 0.076 0.007 0.003 126 N 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.903 0.063 0.006 0.002 127 H 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.942 0.031 0.005 0.001 128 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.953 0.032 0.004 0.001 129 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.050 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.022 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.012 0.002 0.001 132 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.030 0.001 0.001 134 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.013 0.001 0.001 136 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.058 0.001 0.001 137 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.879 0.108 0.002 0.001 138 K 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.005 0.107 0.684 0.097 0.084 0.013 139 Y 0.003 0.814 0.115 0.002 0.025 0.003 0.022 0.008 0.003 0.005 0.002 140 N 0.013 0.002 0.003 0.004 0.003 0.005 0.004 0.005 0.005 0.629 0.328 141 L 0.008 0.567 0.325 0.008 0.063 0.002 0.002 0.009 0.006 0.008 0.004 142 P 0.082 0.414 0.180 0.011 0.147 0.012 0.009 0.062 0.030 0.016 0.037 143 F 0.012 0.032 0.011 0.005 0.028 0.008 0.019 0.400 0.463 0.016 0.006 144 D 0.009 0.025 0.013 0.003 0.023 0.009 0.034 0.665 0.170 0.044 0.006 145 V 0.015 0.022 0.007 0.001 0.027 0.001 0.008 0.707 0.132 0.074 0.007 146 M 0.015 0.017 0.006 0.002 0.024 0.002 0.007 0.683 0.188 0.048 0.008 147 L 0.006 0.034 0.018 0.002 0.017 0.003 0.004 0.818 0.092 0.005 0.002 148 P 0.002 0.013 0.004 0.001 0.006 0.001 0.018 0.894 0.053 0.005 0.001 149 L 0.005 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.019 0.861 0.078 0.020 0.003 150 I 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.811 0.153 0.013 0.003 151 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.903 0.079 0.003 0.001 152 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.919 0.046 0.010 0.001 153 T 0.005 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.872 0.056 0.043 0.005 154 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.098 0.004 0.001 155 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.917 0.077 0.001 0.001 156 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.916 0.058 0.013 0.001 157 V 0.008 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 0.821 0.115 0.024 0.005 158 H 0.004 0.015 0.006 0.001 0.009 0.004 0.017 0.684 0.233 0.023 0.003 159 E 0.015 0.020 0.010 0.002 0.024 0.008 0.147 0.554 0.102 0.094 0.022 160 L 0.023 0.377 0.201 0.016 0.094 0.016 0.100 0.054 0.036 0.071 0.011 161 E 0.075 0.236 0.279 0.043 0.113 0.015 0.012 0.049 0.018 0.075 0.085 162 P 0.048 0.059 0.017 0.009 0.062 0.007 0.022 0.438 0.257 0.050 0.031 163 K 0.019 0.058 0.022 0.008 0.041 0.030 0.049 0.460 0.239 0.060 0.014 164 T 0.067 0.081 0.022 0.008 0.145 0.015 0.046 0.315 0.121 0.138 0.043 165 A 0.138 0.090 0.042 0.006 0.198 0.010 0.027 0.236 0.103 0.111 0.039 166 Q 0.119 0.090 0.045 0.017 0.159 0.035 0.089 0.259 0.067 0.078 0.042 167 T 0.079 0.156 0.089 0.122 0.122 0.051 0.066 0.090 0.068 0.111 0.046 168 G 0.018 0.097 0.167 0.387 0.033 0.051 0.028 0.101 0.058 0.044 0.016 169 P 0.107 0.114 0.044 0.030 0.202 0.009 0.030 0.163 0.085 0.136 0.082 170 A 0.137 0.110 0.023 0.007 0.190 0.010 0.028 0.205 0.178 0.055 0.058 171 I 0.065 0.151 0.077 0.023 0.120 0.053 0.100 0.220 0.089 0.060 0.043 172 R 0.073 0.176 0.106 0.023 0.118 0.024 0.069 0.212 0.080 0.084 0.036 173 Y 0.050 0.117 0.078 0.039 0.064 0.053 0.049 0.176 0.081 0.223 0.069 174 D 0.104 0.282 0.134 0.007 0.292 0.006 0.003 0.089 0.030 0.031 0.022 175 E 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.624 0.322 0.023 0.001 176 N 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.002 0.011 0.889 0.074 0.010 0.001 177 V 0.005 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.896 0.051 0.023 0.004 178 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.915 0.064 0.007 0.002 179 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.071 0.001 0.001 180 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.937 0.035 0.009 0.001 181 H 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.935 0.038 0.011 0.002 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.880 0.110 0.003 0.001 183 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.899 0.088 0.002 0.001 184 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.806 0.131 0.012 0.001 185 L 0.015 0.012 0.007 0.005 0.017 0.006 0.044 0.493 0.257 0.127 0.017 186 A 0.004 0.017 0.008 0.006 0.008 0.009 0.073 0.665 0.175 0.030 0.005 187 D 0.008 0.024 0.012 0.007 0.011 0.008 0.053 0.053 0.076 0.724 0.023 188 D 0.058 0.345 0.232 0.002 0.310 0.001 0.001 0.022 0.010 0.008 0.010 189 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.040 0.663 0.270 0.013 0.001 190 A 0.002 0.012 0.006 0.001 0.003 0.001 0.017 0.792 0.092 0.073 0.002 191 M 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.864 0.092 0.030 0.005 192 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.040 0.001 0.001 193 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 194 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 195 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 196 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 197 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.977 0.014 0.001 0.001 198 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.932 0.048 0.009 0.001 199 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.883 0.106 0.004 0.001 200 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.897 0.084 0.004 0.001 201 S 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.033 0.852 0.079 0.019 0.002 202 I 0.015 0.006 0.002 0.001 0.013 0.002 0.015 0.697 0.180 0.057 0.013 203 H 0.013 0.025 0.007 0.004 0.021 0.010 0.048 0.628 0.187 0.046 0.011 204 E 0.037 0.059 0.032 0.008 0.063 0.016 0.110 0.392 0.107 0.143 0.033 205 R 0.070 0.239 0.118 0.015 0.163 0.016 0.054 0.119 0.066 0.100 0.040 206 Q 0.104 0.220 0.120 0.027 0.184 0.031 0.044 0.088 0.048 0.073 0.061