# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6639 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.030 0.005 0.039 0.063 0.078 0.040 0.004 0.740 2 D 0.022 0.003 0.022 0.055 0.092 0.065 0.003 0.739 3 A 0.039 0.007 0.048 0.092 0.143 0.103 0.002 0.566 4 D 0.026 0.017 0.032 0.071 0.103 0.297 0.004 0.450 5 S 0.009 0.005 0.003 0.002 0.005 0.096 0.001 0.879 6 E 0.010 0.009 0.002 0.001 0.002 0.750 0.003 0.224 7 Q 0.247 0.039 0.001 0.001 0.002 0.554 0.021 0.135 8 R 0.116 0.630 0.014 0.004 0.007 0.058 0.011 0.160 9 K 0.016 0.692 0.027 0.004 0.011 0.035 0.004 0.212 10 S 0.034 0.697 0.012 0.005 0.014 0.024 0.006 0.207 11 L 0.031 0.866 0.007 0.007 0.014 0.010 0.005 0.059 12 H 0.019 0.870 0.007 0.006 0.008 0.020 0.006 0.065 13 L 0.009 0.922 0.010 0.005 0.005 0.010 0.003 0.035 14 A 0.004 0.948 0.009 0.004 0.006 0.006 0.002 0.022 15 A 0.004 0.964 0.005 0.003 0.004 0.004 0.001 0.014 16 V 0.004 0.977 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 17 F 0.005 0.979 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.004 18 T 0.007 0.971 0.004 0.002 0.005 0.001 0.004 0.007 19 C 0.028 0.918 0.007 0.003 0.006 0.002 0.015 0.022 20 N 0.050 0.780 0.012 0.005 0.005 0.011 0.042 0.095 21 F 0.092 0.591 0.039 0.006 0.007 0.031 0.042 0.192 22 T 0.042 0.581 0.078 0.009 0.010 0.055 0.015 0.208 23 N 0.035 0.603 0.044 0.011 0.010 0.072 0.007 0.218 24 H 0.028 0.735 0.022 0.003 0.004 0.044 0.003 0.163 25 M 0.008 0.914 0.010 0.001 0.002 0.020 0.001 0.044 26 Y 0.009 0.928 0.005 0.001 0.002 0.008 0.002 0.044 27 A 0.005 0.967 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 28 L 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 29 A 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 30 A 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 31 E 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 32 L 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 33 L 0.008 0.981 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 34 K 0.021 0.960 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 35 K 0.068 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 36 Y 0.115 0.691 0.006 0.001 0.001 0.005 0.128 0.055 37 N 0.447 0.159 0.058 0.002 0.002 0.007 0.181 0.143 38 L 0.054 0.029 0.701 0.012 0.005 0.036 0.009 0.154 39 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 40 F 0.014 0.004 0.020 0.003 0.008 0.045 0.001 0.904 41 D 0.135 0.019 0.067 0.006 0.008 0.112 0.005 0.649 42 V 0.318 0.042 0.050 0.012 0.015 0.140 0.011 0.411 43 M 0.183 0.165 0.069 0.014 0.042 0.071 0.011 0.447 44 L 0.102 0.161 0.060 0.018 0.032 0.141 0.008 0.478 45 P 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.986 46 L 0.032 0.179 0.034 0.004 0.010 0.136 0.005 0.600 47 I 0.150 0.489 0.037 0.004 0.009 0.116 0.004 0.191 48 D 0.131 0.736 0.008 0.001 0.003 0.010 0.006 0.105 49 E 0.034 0.863 0.004 0.001 0.001 0.014 0.003 0.080 50 T 0.047 0.701 0.001 0.001 0.001 0.085 0.012 0.154 51 A 0.020 0.941 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 52 R 0.015 0.854 0.012 0.001 0.001 0.029 0.005 0.085 53 K 0.019 0.922 0.002 0.001 0.001 0.014 0.006 0.036 54 V 0.080 0.886 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 55 H 0.018 0.946 0.014 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 56 E 0.105 0.746 0.008 0.003 0.002 0.010 0.036 0.089 57 L 0.266 0.545 0.020 0.001 0.002 0.005 0.069 0.092 58 E 0.217 0.189 0.063 0.007 0.003 0.081 0.075 0.365 59 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 60 K 0.037 0.027 0.130 0.021 0.022 0.190 0.006 0.568 61 T 0.231 0.043 0.051 0.022 0.014 0.103 0.006 0.531 62 A 0.143 0.203 0.104 0.024 0.036 0.040 0.007 0.443 63 Q 0.103 0.266 0.075 0.024 0.038 0.192 0.012 0.290 64 T 0.202 0.246 0.039 0.021 0.049 0.109 0.031 0.302 65 G 0.199 0.215 0.076 0.028 0.047 0.069 0.032 0.335 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 67 A 0.044 0.054 0.048 0.044 0.070 0.102 0.008 0.631 68 I 0.175 0.224 0.074 0.051 0.088 0.081 0.009 0.298 69 R 0.181 0.269 0.035 0.052 0.083 0.029 0.014 0.338 70 Y 0.169 0.278 0.036 0.016 0.033 0.038 0.020 0.409 71 D 0.122 0.251 0.024 0.037 0.054 0.127 0.022 0.363 72 E 0.084 0.312 0.023 0.019 0.029 0.056 0.020 0.456 73 N 0.036 0.259 0.026 0.012 0.013 0.218 0.006 0.430 74 V 0.046 0.390 0.008 0.004 0.005 0.312 0.005 0.229 75 I 0.033 0.880 0.007 0.002 0.009 0.014 0.002 0.053 76 G 0.044 0.887 0.007 0.002 0.007 0.006 0.003 0.046 77 N 0.018 0.913 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.052 78 H 0.024 0.871 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.084 79 L 0.018 0.926 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.043 80 R 0.032 0.864 0.026 0.002 0.002 0.014 0.006 0.054 81 M 0.088 0.869 0.005 0.001 0.001 0.004 0.009 0.024 82 L 0.201 0.735 0.004 0.001 0.001 0.002 0.021 0.036 83 A 0.230 0.610 0.009 0.002 0.001 0.023 0.044 0.081 84 D 0.306 0.145 0.010 0.001 0.002 0.041 0.133 0.361 85 D 0.521 0.067 0.026 0.002 0.001 0.065 0.068 0.248 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 87 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.782 0.001 0.208 88 M 0.464 0.085 0.007 0.001 0.001 0.153 0.007 0.283 89 Q 0.029 0.657 0.008 0.001 0.001 0.054 0.001 0.248 90 R 0.009 0.817 0.007 0.001 0.001 0.035 0.001 0.131 91 L 0.008 0.948 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 92 Y 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 93 E 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 94 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 95 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 96 S 0.007 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 97 R 0.017 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 98 S 0.038 0.890 0.006 0.002 0.001 0.007 0.020 0.036 99 I 0.054 0.850 0.011 0.003 0.003 0.006 0.018 0.056 100 H 0.034 0.841 0.040 0.009 0.009 0.008 0.011 0.049 101 E 0.100 0.617 0.026 0.016 0.014 0.031 0.029 0.168 102 R 0.185 0.502 0.026 0.016 0.018 0.019 0.046 0.189 103 Q 0.148 0.203 0.047 0.017 0.018 0.043 0.043 0.481 104 Y 0.030 0.005 0.039 0.063 0.078 0.040 0.004 0.740 105 D 0.022 0.003 0.022 0.055 0.092 0.065 0.003 0.739 106 A 0.039 0.007 0.048 0.092 0.143 0.103 0.002 0.566 107 D 0.026 0.017 0.032 0.071 0.103 0.297 0.004 0.450 108 S 0.009 0.005 0.003 0.002 0.005 0.096 0.001 0.879 109 E 0.010 0.009 0.002 0.001 0.002 0.750 0.003 0.224 110 Q 0.247 0.039 0.001 0.001 0.002 0.554 0.021 0.135 111 R 0.116 0.630 0.014 0.004 0.007 0.058 0.011 0.160 112 K 0.016 0.692 0.027 0.004 0.011 0.035 0.004 0.212 113 S 0.034 0.697 0.012 0.005 0.014 0.024 0.006 0.207 114 L 0.031 0.866 0.007 0.007 0.014 0.010 0.005 0.059 115 H 0.019 0.870 0.007 0.006 0.008 0.020 0.006 0.065 116 L 0.009 0.922 0.010 0.005 0.005 0.010 0.003 0.035 117 A 0.004 0.948 0.009 0.004 0.006 0.006 0.002 0.022 118 A 0.004 0.964 0.005 0.003 0.004 0.004 0.001 0.014 119 V 0.004 0.977 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 120 F 0.005 0.979 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.004 121 T 0.007 0.971 0.004 0.002 0.005 0.001 0.004 0.007 122 C 0.028 0.918 0.007 0.003 0.006 0.002 0.015 0.022 123 N 0.050 0.780 0.012 0.005 0.005 0.011 0.042 0.095 124 F 0.092 0.591 0.039 0.006 0.007 0.031 0.042 0.192 125 T 0.042 0.581 0.078 0.009 0.010 0.055 0.015 0.208 126 N 0.035 0.603 0.044 0.011 0.010 0.072 0.007 0.218 127 H 0.028 0.735 0.022 0.003 0.004 0.044 0.003 0.163 128 M 0.008 0.914 0.010 0.001 0.002 0.020 0.001 0.044 129 Y 0.009 0.928 0.005 0.001 0.002 0.008 0.002 0.044 130 A 0.005 0.967 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 131 L 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 132 A 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 133 A 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 134 E 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 135 L 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 136 L 0.008 0.981 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 137 K 0.021 0.960 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 138 K 0.068 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 139 Y 0.115 0.691 0.006 0.001 0.001 0.005 0.128 0.055 140 N 0.447 0.159 0.058 0.002 0.002 0.007 0.181 0.143 141 L 0.054 0.029 0.701 0.012 0.005 0.036 0.009 0.154 142 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 143 F 0.014 0.004 0.020 0.003 0.008 0.045 0.001 0.904 144 D 0.135 0.019 0.067 0.006 0.008 0.112 0.005 0.649 145 V 0.318 0.042 0.050 0.012 0.015 0.140 0.011 0.411 146 M 0.183 0.165 0.069 0.014 0.042 0.071 0.011 0.447 147 L 0.102 0.161 0.060 0.018 0.032 0.141 0.008 0.478 148 P 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.986 149 L 0.032 0.179 0.034 0.004 0.010 0.136 0.005 0.600 150 I 0.150 0.489 0.037 0.004 0.009 0.116 0.004 0.191 151 D 0.131 0.736 0.008 0.001 0.003 0.010 0.006 0.105 152 E 0.034 0.863 0.004 0.001 0.001 0.014 0.003 0.080 153 T 0.047 0.701 0.001 0.001 0.001 0.085 0.012 0.154 154 A 0.020 0.941 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 155 R 0.015 0.854 0.012 0.001 0.001 0.029 0.005 0.085 156 K 0.019 0.922 0.002 0.001 0.001 0.014 0.006 0.036 157 V 0.080 0.886 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 158 H 0.018 0.946 0.014 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 159 E 0.105 0.746 0.008 0.003 0.002 0.010 0.036 0.089 160 L 0.266 0.545 0.020 0.001 0.002 0.005 0.069 0.092 161 E 0.217 0.189 0.063 0.007 0.003 0.081 0.075 0.365 162 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 163 K 0.037 0.027 0.130 0.021 0.022 0.190 0.006 0.568 164 T 0.231 0.043 0.051 0.022 0.014 0.103 0.006 0.531 165 A 0.143 0.203 0.104 0.024 0.036 0.040 0.007 0.443 166 Q 0.103 0.266 0.075 0.024 0.038 0.192 0.012 0.290 167 T 0.202 0.246 0.039 0.021 0.049 0.109 0.031 0.302 168 G 0.199 0.215 0.076 0.028 0.047 0.069 0.032 0.335 169 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 170 A 0.044 0.054 0.048 0.044 0.070 0.102 0.008 0.631 171 I 0.175 0.224 0.074 0.051 0.088 0.081 0.009 0.298 172 R 0.181 0.269 0.035 0.052 0.083 0.029 0.014 0.338 173 Y 0.169 0.278 0.036 0.016 0.033 0.038 0.020 0.409 174 D 0.122 0.251 0.024 0.037 0.054 0.127 0.022 0.363 175 E 0.084 0.312 0.023 0.019 0.029 0.056 0.020 0.456 176 N 0.036 0.259 0.026 0.012 0.013 0.218 0.006 0.430 177 V 0.046 0.390 0.008 0.004 0.005 0.312 0.005 0.229 178 I 0.033 0.880 0.007 0.002 0.009 0.014 0.002 0.053 179 G 0.044 0.887 0.007 0.002 0.007 0.006 0.003 0.046 180 N 0.018 0.913 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.052 181 H 0.024 0.871 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.084 182 L 0.018 0.926 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.043 183 R 0.032 0.864 0.026 0.002 0.002 0.014 0.006 0.054 184 M 0.088 0.869 0.005 0.001 0.001 0.004 0.009 0.024 185 L 0.201 0.735 0.004 0.001 0.001 0.002 0.021 0.036 186 A 0.230 0.610 0.009 0.002 0.001 0.023 0.044 0.081 187 D 0.306 0.145 0.010 0.001 0.002 0.041 0.133 0.361 188 D 0.521 0.067 0.026 0.002 0.001 0.065 0.068 0.248 189 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 190 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.782 0.001 0.208 191 M 0.464 0.085 0.007 0.001 0.001 0.153 0.007 0.283 192 Q 0.029 0.657 0.008 0.001 0.001 0.054 0.001 0.248 193 R 0.009 0.817 0.007 0.001 0.001 0.035 0.001 0.131 194 L 0.008 0.948 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 195 Y 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 196 E 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 197 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 198 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 199 S 0.007 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 200 R 0.017 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 201 S 0.038 0.890 0.006 0.002 0.001 0.007 0.020 0.036 202 I 0.054 0.850 0.011 0.003 0.003 0.006 0.018 0.056 203 H 0.034 0.841 0.040 0.009 0.009 0.008 0.011 0.049 204 E 0.100 0.617 0.026 0.016 0.014 0.031 0.029 0.168 205 R 0.185 0.502 0.026 0.016 0.018 0.019 0.046 0.189 206 Q 0.148 0.203 0.047 0.017 0.018 0.043 0.043 0.481