# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6639 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.285 0.213 0.199 0.212 0.074 0.017 0.001 2 D 0.604 0.262 0.109 0.019 0.005 0.001 0.001 3 A 0.227 0.173 0.217 0.292 0.082 0.010 0.001 4 D 0.814 0.136 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 5 S 0.840 0.126 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 6 E 0.832 0.126 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 7 Q 0.451 0.307 0.169 0.054 0.016 0.003 0.001 8 R 0.240 0.285 0.217 0.174 0.070 0.013 0.001 9 K 0.215 0.263 0.200 0.190 0.098 0.031 0.003 10 S 0.099 0.132 0.189 0.218 0.224 0.119 0.019 11 L 0.040 0.070 0.108 0.178 0.239 0.256 0.109 12 H 0.023 0.040 0.057 0.105 0.175 0.305 0.294 13 L 0.016 0.025 0.032 0.070 0.137 0.293 0.427 14 A 0.011 0.016 0.020 0.050 0.107 0.244 0.552 15 A 0.006 0.007 0.009 0.021 0.059 0.231 0.667 16 V 0.006 0.008 0.010 0.026 0.070 0.231 0.649 17 F 0.005 0.007 0.009 0.023 0.058 0.202 0.696 18 T 0.005 0.006 0.008 0.018 0.048 0.204 0.711 19 C 0.008 0.013 0.017 0.045 0.096 0.241 0.580 20 N 0.012 0.022 0.030 0.063 0.126 0.242 0.503 21 F 0.008 0.011 0.016 0.034 0.080 0.265 0.586 22 T 0.016 0.021 0.029 0.063 0.125 0.277 0.470 23 N 0.031 0.041 0.048 0.088 0.158 0.274 0.361 24 H 0.027 0.043 0.065 0.114 0.173 0.270 0.308 25 M 0.011 0.013 0.016 0.035 0.090 0.337 0.497 26 Y 0.018 0.036 0.069 0.142 0.224 0.283 0.227 27 A 0.056 0.127 0.176 0.187 0.174 0.181 0.098 28 L 0.014 0.040 0.134 0.244 0.276 0.223 0.070 29 A 0.009 0.013 0.020 0.048 0.179 0.526 0.205 30 A 0.026 0.108 0.239 0.296 0.223 0.090 0.019 31 E 0.082 0.324 0.302 0.201 0.061 0.025 0.005 32 L 0.021 0.052 0.149 0.282 0.330 0.158 0.009 33 L 0.028 0.043 0.091 0.248 0.398 0.175 0.016 34 K 0.253 0.436 0.214 0.076 0.017 0.004 0.001 35 K 0.316 0.435 0.163 0.064 0.019 0.003 0.001 36 Y 0.091 0.166 0.248 0.315 0.145 0.034 0.001 37 N 0.444 0.405 0.101 0.041 0.008 0.002 0.001 38 L 0.106 0.176 0.234 0.306 0.154 0.023 0.001 39 P 0.371 0.342 0.186 0.072 0.021 0.007 0.001 40 F 0.154 0.263 0.250 0.220 0.091 0.020 0.002 41 D 0.278 0.351 0.223 0.100 0.036 0.012 0.001 42 V 0.012 0.048 0.137 0.256 0.336 0.188 0.023 43 M 0.004 0.011 0.025 0.067 0.196 0.529 0.169 44 L 0.008 0.045 0.142 0.252 0.291 0.207 0.056 45 P 0.015 0.079 0.161 0.211 0.223 0.214 0.097 46 L 0.002 0.006 0.021 0.063 0.200 0.490 0.218 47 I 0.002 0.005 0.015 0.057 0.245 0.506 0.171 48 D 0.018 0.169 0.339 0.280 0.134 0.049 0.011 49 E 0.033 0.234 0.345 0.238 0.100 0.045 0.006 50 T 0.003 0.012 0.040 0.151 0.498 0.276 0.020 51 A 0.007 0.034 0.136 0.315 0.354 0.144 0.010 52 R 0.321 0.451 0.191 0.029 0.006 0.001 0.001 53 K 0.064 0.377 0.336 0.177 0.042 0.005 0.001 54 V 0.010 0.015 0.043 0.191 0.509 0.227 0.006 55 H 0.084 0.316 0.313 0.213 0.064 0.010 0.001 56 E 0.367 0.478 0.112 0.034 0.007 0.001 0.001 57 L 0.105 0.181 0.248 0.309 0.137 0.019 0.001 58 E 0.222 0.370 0.219 0.134 0.042 0.013 0.001 59 P 0.111 0.212 0.221 0.233 0.165 0.055 0.004 60 K 0.190 0.262 0.240 0.196 0.083 0.027 0.002 61 T 0.059 0.199 0.281 0.251 0.144 0.058 0.008 62 A 0.011 0.027 0.066 0.127 0.241 0.420 0.107 63 Q 0.005 0.010 0.019 0.053 0.133 0.439 0.341 64 T 0.014 0.037 0.075 0.155 0.222 0.260 0.236 65 G 0.012 0.031 0.056 0.104 0.174 0.312 0.311 66 P 0.008 0.020 0.044 0.098 0.204 0.364 0.262 67 A 0.006 0.011 0.023 0.060 0.187 0.455 0.259 68 I 0.022 0.084 0.172 0.236 0.262 0.184 0.040 69 R 0.047 0.105 0.163 0.250 0.227 0.175 0.032 70 Y 0.059 0.151 0.258 0.258 0.158 0.100 0.016 71 D 0.106 0.163 0.150 0.190 0.196 0.169 0.026 72 E 0.118 0.209 0.283 0.258 0.100 0.028 0.003 73 N 0.320 0.411 0.187 0.058 0.016 0.007 0.001 74 V 0.021 0.065 0.211 0.333 0.268 0.096 0.006 75 I 0.007 0.015 0.036 0.141 0.379 0.387 0.034 76 G 0.121 0.325 0.369 0.143 0.035 0.006 0.001 77 N 0.130 0.418 0.294 0.115 0.033 0.009 0.001 78 H 0.009 0.035 0.089 0.207 0.384 0.261 0.015 79 L 0.004 0.016 0.080 0.287 0.414 0.184 0.015 80 R 0.116 0.491 0.320 0.056 0.014 0.004 0.001 81 M 0.023 0.124 0.284 0.356 0.176 0.035 0.001 82 L 0.014 0.027 0.063 0.219 0.476 0.195 0.006 83 A 0.273 0.366 0.251 0.091 0.016 0.002 0.001 84 D 0.572 0.329 0.080 0.015 0.003 0.001 0.001 85 D 0.285 0.326 0.254 0.104 0.028 0.004 0.001 86 P 0.560 0.301 0.087 0.045 0.006 0.001 0.001 87 A 0.383 0.391 0.159 0.048 0.016 0.002 0.001 88 M 0.066 0.123 0.208 0.319 0.217 0.065 0.002 89 Q 0.134 0.293 0.300 0.207 0.058 0.009 0.001 90 R 0.200 0.435 0.214 0.106 0.036 0.008 0.001 91 L 0.016 0.036 0.109 0.238 0.345 0.236 0.020 92 Y 0.009 0.028 0.077 0.203 0.350 0.288 0.045 93 E 0.064 0.253 0.317 0.222 0.097 0.040 0.008 94 L 0.044 0.119 0.193 0.265 0.233 0.123 0.024 95 L 0.021 0.042 0.063 0.131 0.259 0.378 0.106 96 S 0.042 0.081 0.146 0.223 0.268 0.201 0.040 97 R 0.156 0.269 0.247 0.193 0.089 0.041 0.006 98 S 0.098 0.219 0.278 0.213 0.130 0.057 0.004 99 I 0.082 0.114 0.171 0.257 0.247 0.122 0.006 100 H 0.265 0.290 0.246 0.148 0.044 0.007 0.001 101 E 0.748 0.206 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 102 R 0.687 0.197 0.085 0.024 0.006 0.001 0.001 103 Q 0.834 0.131 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 104 Y 0.285 0.213 0.199 0.212 0.074 0.017 0.001 105 D 0.604 0.262 0.109 0.019 0.005 0.001 0.001 106 A 0.227 0.173 0.217 0.292 0.082 0.010 0.001 107 D 0.814 0.136 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 108 S 0.840 0.126 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 109 E 0.832 0.126 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.451 0.307 0.169 0.054 0.016 0.003 0.001 111 R 0.240 0.285 0.217 0.174 0.070 0.013 0.001 112 K 0.215 0.263 0.200 0.190 0.098 0.031 0.003 113 S 0.099 0.132 0.189 0.218 0.224 0.119 0.019 114 L 0.040 0.070 0.108 0.178 0.239 0.256 0.109 115 H 0.023 0.040 0.057 0.105 0.175 0.305 0.294 116 L 0.016 0.025 0.032 0.070 0.137 0.293 0.427 117 A 0.011 0.016 0.020 0.050 0.107 0.244 0.552 118 A 0.006 0.007 0.009 0.021 0.059 0.231 0.667 119 V 0.006 0.008 0.010 0.026 0.070 0.231 0.649 120 F 0.005 0.007 0.009 0.023 0.058 0.202 0.696 121 T 0.005 0.006 0.008 0.018 0.048 0.204 0.711 122 C 0.008 0.013 0.017 0.045 0.096 0.241 0.580 123 N 0.012 0.022 0.030 0.063 0.126 0.242 0.503 124 F 0.008 0.011 0.016 0.034 0.080 0.265 0.586 125 T 0.016 0.021 0.029 0.063 0.125 0.277 0.470 126 N 0.031 0.041 0.048 0.088 0.158 0.274 0.361 127 H 0.027 0.043 0.065 0.114 0.173 0.270 0.308 128 M 0.011 0.013 0.016 0.035 0.090 0.337 0.497 129 Y 0.018 0.036 0.069 0.142 0.224 0.283 0.227 130 A 0.056 0.127 0.176 0.187 0.174 0.181 0.098 131 L 0.014 0.040 0.134 0.244 0.276 0.223 0.070 132 A 0.009 0.013 0.020 0.048 0.179 0.526 0.205 133 A 0.026 0.108 0.239 0.296 0.223 0.090 0.019 134 E 0.082 0.324 0.302 0.201 0.061 0.025 0.005 135 L 0.021 0.052 0.149 0.282 0.330 0.158 0.009 136 L 0.028 0.043 0.091 0.248 0.398 0.175 0.016 137 K 0.253 0.436 0.214 0.076 0.017 0.004 0.001 138 K 0.316 0.435 0.163 0.064 0.019 0.003 0.001 139 Y 0.091 0.166 0.248 0.315 0.145 0.034 0.001 140 N 0.444 0.405 0.101 0.041 0.008 0.002 0.001 141 L 0.106 0.176 0.234 0.306 0.154 0.023 0.001 142 P 0.371 0.342 0.186 0.072 0.021 0.007 0.001 143 F 0.154 0.263 0.250 0.220 0.091 0.020 0.002 144 D 0.278 0.351 0.223 0.100 0.036 0.012 0.001 145 V 0.012 0.048 0.137 0.256 0.336 0.188 0.023 146 M 0.004 0.011 0.025 0.067 0.196 0.529 0.169 147 L 0.008 0.045 0.142 0.252 0.291 0.207 0.056 148 P 0.015 0.079 0.161 0.211 0.223 0.214 0.097 149 L 0.002 0.006 0.021 0.063 0.200 0.490 0.218 150 I 0.002 0.005 0.015 0.057 0.245 0.506 0.171 151 D 0.018 0.169 0.339 0.280 0.134 0.049 0.011 152 E 0.033 0.234 0.345 0.238 0.100 0.045 0.006 153 T 0.003 0.012 0.040 0.151 0.498 0.276 0.020 154 A 0.007 0.034 0.136 0.315 0.354 0.144 0.010 155 R 0.321 0.451 0.191 0.029 0.006 0.001 0.001 156 K 0.064 0.377 0.336 0.177 0.042 0.005 0.001 157 V 0.010 0.015 0.043 0.191 0.509 0.227 0.006 158 H 0.084 0.316 0.313 0.213 0.064 0.010 0.001 159 E 0.367 0.478 0.112 0.034 0.007 0.001 0.001 160 L 0.105 0.181 0.248 0.309 0.137 0.019 0.001 161 E 0.222 0.370 0.219 0.134 0.042 0.013 0.001 162 P 0.111 0.212 0.221 0.233 0.165 0.055 0.004 163 K 0.190 0.262 0.240 0.196 0.083 0.027 0.002 164 T 0.059 0.199 0.281 0.251 0.144 0.058 0.008 165 A 0.011 0.027 0.066 0.127 0.241 0.420 0.107 166 Q 0.005 0.010 0.019 0.053 0.133 0.439 0.341 167 T 0.014 0.037 0.075 0.155 0.222 0.260 0.236 168 G 0.012 0.031 0.056 0.104 0.174 0.312 0.311 169 P 0.008 0.020 0.044 0.098 0.204 0.364 0.262 170 A 0.006 0.011 0.023 0.060 0.187 0.455 0.259 171 I 0.022 0.084 0.172 0.236 0.262 0.184 0.040 172 R 0.047 0.105 0.163 0.250 0.227 0.175 0.032 173 Y 0.059 0.151 0.258 0.258 0.158 0.100 0.016 174 D 0.106 0.163 0.150 0.190 0.196 0.169 0.026 175 E 0.118 0.209 0.283 0.258 0.100 0.028 0.003 176 N 0.320 0.411 0.187 0.058 0.016 0.007 0.001 177 V 0.021 0.065 0.211 0.333 0.268 0.096 0.006 178 I 0.007 0.015 0.036 0.141 0.379 0.387 0.034 179 G 0.121 0.325 0.369 0.143 0.035 0.006 0.001 180 N 0.130 0.418 0.294 0.115 0.033 0.009 0.001 181 H 0.009 0.035 0.089 0.207 0.384 0.261 0.015 182 L 0.004 0.016 0.080 0.287 0.414 0.184 0.015 183 R 0.116 0.491 0.320 0.056 0.014 0.004 0.001 184 M 0.023 0.124 0.284 0.356 0.176 0.035 0.001 185 L 0.014 0.027 0.063 0.219 0.476 0.195 0.006 186 A 0.273 0.366 0.251 0.091 0.016 0.002 0.001 187 D 0.572 0.329 0.080 0.015 0.003 0.001 0.001 188 D 0.285 0.326 0.254 0.104 0.028 0.004 0.001 189 P 0.560 0.301 0.087 0.045 0.006 0.001 0.001 190 A 0.383 0.391 0.159 0.048 0.016 0.002 0.001 191 M 0.066 0.123 0.208 0.319 0.217 0.065 0.002 192 Q 0.134 0.293 0.300 0.207 0.058 0.009 0.001 193 R 0.200 0.435 0.214 0.106 0.036 0.008 0.001 194 L 0.016 0.036 0.109 0.238 0.345 0.236 0.020 195 Y 0.009 0.028 0.077 0.203 0.350 0.288 0.045 196 E 0.064 0.253 0.317 0.222 0.097 0.040 0.008 197 L 0.044 0.119 0.193 0.265 0.233 0.123 0.024 198 L 0.021 0.042 0.063 0.131 0.259 0.378 0.106 199 S 0.042 0.081 0.146 0.223 0.268 0.201 0.040 200 R 0.156 0.269 0.247 0.193 0.089 0.041 0.006 201 S 0.098 0.219 0.278 0.213 0.130 0.057 0.004 202 I 0.082 0.114 0.171 0.257 0.247 0.122 0.006 203 H 0.265 0.290 0.246 0.148 0.044 0.007 0.001 204 E 0.748 0.206 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 205 R 0.687 0.197 0.085 0.024 0.006 0.001 0.001 206 Q 0.834 0.131 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001