This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 161 NATAA Y A 2 162 NATAA D A 3 163 NATAA A A 4 164 NATAA D A 5 165 NATAA S A 6 166 NATAA E A 7 167 NATAA Q A 8 168 NATAA R A 9 169 NATAA K A 10 170 NATAA S A 11 171 NATAA L A 12 172 NATAA H A 13 173 NATAA L A 14 174 NATAA A A 15 175 NATAA A A 16 176 NATAA V A 17 177 NATAA F A 18 178 NATAA T A 19 179 NATRO C A 20 180 NATAA N A 21 181 NATAA F A 22 182 NATAA T A 23 183 NATAA N A 24 184 NATAA H A 25 185 NATAA M A 26 186 NATAA Y A 27 187 NATAA A A 28 188 NATAA L A 29 189 NATAA A A 30 190 NATAA A A 31 191 NATAA E A 32 192 NATAA L A 33 193 NATAA L A 34 194 NATAA K A 35 195 NATAA K A 36 196 NATAA Y A 37 197 NATAA N A 38 198 NATAA L A 39 199 NATRO P A 40 200 NATAA F A 41 201 NATAA D A 42 202 NATAA V A 43 203 NATAA M A 44 204 NATAA L A 45 205 NATRO P A 46 206 NATAA L A 47 207 NATAA I A 48 208 NATAA D A 49 209 NATAA E A 50 210 NATAA T A 51 211 NATAA A A 52 212 NATAA R A 53 213 NATAA K A 54 214 NATAA V A 55 215 NATAA H A 56 216 NATAA E A 57 217 NATAA L A 58 218 NATAA E A 59 219 NATRO P A 60 220 NATAA K A 61 221 NATAA T A 62 222 NATAA A A 63 223 NATAA Q A 64 224 NATAA T A 65 225 NATAA G A 66 226 NATRO P A 67 227 NATAA A A 68 228 NATAA I A 69 229 NATAA R A 70 230 NATAA Y A 71 231 NATAA D A 72 232 NATAA E A 73 233 NATAA N A 74 234 NATAA V A 75 235 NATAA I A 76 236 NATAA G A 77 237 NATAA N A 78 238 NATAA H A 79 239 NATAA L A 80 240 NATAA R A 81 241 NATAA M A 82 242 NATAA L A 83 243 NATAA A A 84 244 NATAA D A 85 245 NATAA D A 86 246 NATRO P A 87 247 NATAA A A 88 248 NATAA M A 89 249 NATAA Q A 90 250 NATAA R A 91 251 NATAA L A 92 252 NATAA Y A 93 253 NATAA E A 94 254 NATAA L A 95 255 NATAA L A 96 256 NATAA S A 97 257 NATAA R A 98 258 NATAA S A 99 259 NATAA I A 100 260 NATAA H A 101 261 NATAA E A 102 262 NATAA R A 103 263 NATAA Q A 104 264 NATAA Y A 105 265 NATAA D A 106 266 NATAA A A 107 267 NATAA D A 108 268 NATAA S A 109 269 NATAA E A 110 270 NATAA Q A 111 271 NATAA R A 112 272 NATAA K A 113 273 NATAA S A 114 274 NATAA L A 115 275 NATAA H A 116 276 NATAA L A 117 277 NATAA A A 118 278 NATAA A A 119 279 NATAA V A 120 280 NATAA F A 121 281 NATAA T A 122 282 NATRO C A 123 283 NATAA N A 124 284 NATAA F A 125 285 NATAA T A 126 286 NATAA N A 127 287 NATAA H A 128 288 NATAA M A 129 289 NATAA Y A 130 290 NATAA A A 131 291 NATAA L A 132 292 NATAA A A 133 293 NATAA A A 134 294 NATAA E A 135 295 NATAA L A 136 296 NATAA L A 137 297 NATAA K A 138 298 NATAA K A 139 299 NATAA Y A 140 300 NATAA N A 141 301 NATAA L A 142 302 NATRO P A 143 303 NATAA F A 144 304 NATAA D A 145 305 NATAA V A 146 306 NATAA M A 147 307 NATAA L A 148 308 NATRO P A 149 309 NATAA L A 150 310 NATAA I A 151 311 NATAA D A 152 312 NATAA E A 153 313 NATAA T A 154 314 NATAA A A 155 315 NATAA R A 156 316 NATAA K A 157 317 NATAA V A 158 318 NATAA H A 159 319 NATAA E A 160 320 NATAA L A 161 321 NATAA E A 162 322 NATRO P A 163 323 NATAA K A 164 324 NATAA T A 165 325 NATAA A A 166 326 NATAA Q A 167 327 NATAA T A 168 328 NATAA G A 169 329 NATRO P A 170 330 NATAA A A 171 331 NATAA I A 172 332 NATAA R A 173 333 NATAA Y A 174 334 NATAA D A 175 335 NATAA E A 176 336 NATAA N A 177 337 NATAA V A 178 338 NATAA I A 179 339 NATAA G A 180 340 NATAA N A 181 341 NATAA H A 182 342 NATAA L A 183 343 NATAA R A 184 344 NATAA M A 185 345 NATAA L A 186 346 NATAA A A 187 347 NATAA D A 188 348 NATAA D A 189 349 NATRO P A 190 350 NATAA A A 191 351 NATAA M A 192 352 NATAA Q A 193 353 NATAA R A 194 354 NATAA L A 195 355 NATAA Y A 196 356 NATAA E A 197 357 NATAA L A 198 358 NATAA L A 199 359 NATAA S A 200 360 NATAA R A 201 361 NATAA S A 202 362 NATAA I A 203 363 NATAA H A 204 364 NATAA E A 205 365 NATAA R A 206 366 NATAA Q