# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.1977 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.008 0.010 0.001 0.043 0.093 0.133 0.134 0.001 0.001 0.056 0.522 2 D 0.011 0.036 0.001 0.082 0.076 0.114 0.095 0.001 0.001 0.140 0.444 3 A 0.017 0.271 0.003 0.051 0.047 0.027 0.075 0.004 0.001 0.081 0.423 4 D 0.086 0.767 0.001 0.003 0.005 0.005 0.011 0.010 0.001 0.040 0.071 5 S 0.082 0.823 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 0.001 0.035 0.043 6 E 0.013 0.590 0.004 0.003 0.002 0.007 0.029 0.002 0.001 0.191 0.158 7 Q 0.015 0.686 0.008 0.005 0.009 0.021 0.025 0.003 0.001 0.160 0.068 8 R 0.027 0.668 0.003 0.003 0.006 0.009 0.019 0.003 0.001 0.187 0.075 9 K 0.009 0.795 0.003 0.005 0.015 0.016 0.017 0.001 0.001 0.058 0.081 10 S 0.005 0.658 0.004 0.006 0.007 0.030 0.022 0.001 0.001 0.164 0.103 11 L 0.010 0.808 0.005 0.014 0.012 0.015 0.014 0.002 0.001 0.076 0.044 12 H 0.018 0.889 0.001 0.005 0.005 0.010 0.006 0.002 0.001 0.040 0.024 13 L 0.018 0.758 0.002 0.009 0.008 0.018 0.015 0.003 0.001 0.108 0.060 14 A 0.007 0.316 0.004 0.018 0.012 0.036 0.023 0.001 0.001 0.516 0.066 15 A 0.016 0.482 0.006 0.046 0.025 0.039 0.019 0.003 0.001 0.310 0.053 16 V 0.016 0.394 0.008 0.063 0.032 0.027 0.027 0.005 0.001 0.341 0.085 17 F 0.024 0.445 0.012 0.033 0.026 0.042 0.040 0.009 0.002 0.248 0.120 18 T 0.036 0.286 0.005 0.016 0.012 0.020 0.043 0.004 0.001 0.440 0.137 19 C 0.018 0.398 0.009 0.025 0.011 0.013 0.048 0.004 0.001 0.329 0.144 20 N 0.010 0.734 0.003 0.008 0.003 0.006 0.034 0.004 0.001 0.115 0.083 21 F 0.009 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.029 0.026 22 T 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.009 23 N 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 24 H 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 25 M 0.004 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.005 26 Y 0.009 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.040 0.008 27 A 0.008 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.040 0.014 28 L 0.019 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.002 0.029 0.014 29 A 0.008 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.008 30 A 0.014 0.860 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.073 0.038 31 E 0.022 0.904 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.012 0.042 32 L 0.087 0.655 0.035 0.001 0.001 0.001 0.022 0.025 0.018 0.073 0.082 33 L 0.084 0.026 0.289 0.001 0.001 0.001 0.020 0.060 0.314 0.085 0.118 34 K 0.699 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.024 0.003 0.004 0.014 0.241 35 K 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.003 0.949 36 Y 0.002 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.109 0.001 0.001 0.006 0.869 37 N 0.019 0.015 0.001 0.003 0.001 0.002 0.072 0.001 0.001 0.006 0.880 38 L 0.026 0.016 0.001 0.011 0.008 0.007 0.139 0.001 0.001 0.014 0.778 39 P 0.079 0.353 0.002 0.034 0.002 0.004 0.034 0.005 0.001 0.019 0.468 40 F 0.091 0.287 0.001 0.082 0.006 0.015 0.065 0.009 0.001 0.030 0.414 41 D 0.144 0.164 0.003 0.204 0.004 0.018 0.047 0.004 0.001 0.070 0.341 42 V 0.008 0.199 0.001 0.260 0.043 0.067 0.055 0.001 0.001 0.057 0.309 43 M 0.008 0.843 0.001 0.011 0.007 0.012 0.009 0.002 0.001 0.010 0.098 44 L 0.089 0.752 0.001 0.013 0.015 0.015 0.008 0.006 0.001 0.075 0.026 45 P 0.018 0.724 0.002 0.013 0.007 0.017 0.023 0.008 0.002 0.059 0.128 46 L 0.015 0.216 0.006 0.017 0.019 0.032 0.016 0.005 0.001 0.610 0.064 47 I 0.022 0.820 0.005 0.008 0.006 0.004 0.010 0.006 0.001 0.059 0.058 48 D 0.015 0.820 0.001 0.002 0.003 0.002 0.009 0.003 0.001 0.102 0.042 49 E 0.008 0.808 0.008 0.002 0.001 0.001 0.008 0.021 0.005 0.090 0.048 50 T 0.031 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.021 0.015 51 A 0.034 0.804 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.002 0.082 0.048 52 R 0.037 0.696 0.023 0.001 0.001 0.002 0.024 0.005 0.006 0.080 0.125 53 K 0.178 0.415 0.040 0.003 0.001 0.003 0.045 0.043 0.026 0.076 0.169 54 V 0.349 0.047 0.059 0.005 0.001 0.002 0.055 0.085 0.096 0.083 0.219 55 H 0.283 0.012 0.004 0.005 0.003 0.003 0.078 0.003 0.002 0.030 0.576 56 E 0.005 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 0.010 0.901 57 L 0.008 0.009 0.002 0.013 0.002 0.003 0.196 0.001 0.001 0.054 0.712 58 E 0.136 0.089 0.006 0.036 0.007 0.008 0.152 0.018 0.004 0.069 0.476 59 P 0.207 0.101 0.002 0.013 0.002 0.003 0.086 0.012 0.002 0.045 0.527 60 K 0.186 0.044 0.010 0.063 0.006 0.013 0.108 0.016 0.005 0.113 0.437 61 T 0.126 0.040 0.008 0.113 0.007 0.027 0.118 0.010 0.002 0.115 0.433 62 A 0.081 0.013 0.002 0.084 0.006 0.015 0.142 0.004 0.001 0.057 0.596 63 Q 0.005 0.010 0.001 0.070 0.041 0.065 0.207 0.001 0.001 0.058 0.542 64 T 0.008 0.051 0.002 0.044 0.018 0.047 0.132 0.002 0.001 0.064 0.632 65 G 0.105 0.117 0.003 0.076 0.069 0.068 0.131 0.014 0.002 0.097 0.319 66 P 0.132 0.116 0.007 0.056 0.031 0.058 0.109 0.022 0.005 0.103 0.362 67 A 0.069 0.051 0.006 0.068 0.046 0.087 0.107 0.006 0.003 0.108 0.450 68 I 0.093 0.091 0.004 0.077 0.028 0.053 0.082 0.004 0.001 0.092 0.476 69 R 0.069 0.086 0.003 0.049 0.021 0.035 0.123 0.004 0.001 0.134 0.475 70 Y 0.018 0.208 0.002 0.016 0.013 0.018 0.101 0.004 0.001 0.149 0.470 71 D 0.022 0.754 0.001 0.004 0.007 0.009 0.024 0.004 0.001 0.066 0.109 72 E 0.015 0.624 0.001 0.004 0.008 0.008 0.020 0.002 0.001 0.227 0.091 73 N 0.007 0.654 0.002 0.008 0.007 0.015 0.019 0.003 0.001 0.227 0.057 74 V 0.009 0.602 0.006 0.005 0.004 0.007 0.011 0.009 0.002 0.302 0.044 75 I 0.027 0.926 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.018 0.012 76 G 0.020 0.802 0.003 0.001 0.002 0.004 0.008 0.002 0.001 0.102 0.056 77 N 0.007 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.014 0.042 78 H 0.032 0.905 0.006 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.003 0.011 0.022 79 L 0.190 0.662 0.010 0.001 0.001 0.002 0.011 0.014 0.005 0.019 0.084 80 R 0.097 0.322 0.021 0.005 0.005 0.008 0.047 0.006 0.007 0.081 0.402 81 M 0.118 0.117 0.018 0.016 0.004 0.011 0.077 0.026 0.008 0.098 0.509 82 L 0.331 0.042 0.005 0.014 0.002 0.002 0.096 0.013 0.004 0.098 0.392 83 A 0.005 0.051 0.002 0.005 0.003 0.002 0.080 0.001 0.001 0.026 0.825 84 D 0.011 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.001 0.011 0.337 85 D 0.080 0.796 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.001 0.040 0.050 86 P 0.022 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.003 0.021 0.038 87 A 0.026 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.009 0.018 88 M 0.030 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.017 0.019 89 Q 0.018 0.898 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.031 0.039 90 R 0.011 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.023 0.032 91 L 0.016 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.022 0.027 92 Y 0.056 0.559 0.012 0.003 0.006 0.008 0.019 0.006 0.002 0.245 0.083 93 E 0.049 0.498 0.009 0.012 0.006 0.011 0.039 0.007 0.003 0.190 0.177 94 L 0.049 0.319 0.019 0.012 0.009 0.011 0.054 0.016 0.005 0.289 0.216 95 L 0.098 0.476 0.017 0.012 0.012 0.012 0.046 0.025 0.004 0.094 0.203 96 S 0.073 0.366 0.006 0.004 0.006 0.010 0.047 0.006 0.002 0.117 0.362 97 R 0.037 0.326 0.009 0.009 0.011 0.015 0.063 0.008 0.003 0.060 0.459 98 S 0.146 0.257 0.023 0.009 0.014 0.030 0.075 0.022 0.011 0.094 0.319 99 I 0.168 0.042 0.019 0.011 0.018 0.026 0.095 0.015 0.013 0.077 0.514 100 H 0.199 0.015 0.009 0.012 0.015 0.023 0.074 0.004 0.003 0.056 0.589 101 E 0.070 0.007 0.002 0.009 0.010 0.018 0.096 0.002 0.001 0.023 0.763 102 R 0.029 0.004 0.001 0.009 0.007 0.012 0.122 0.001 0.001 0.017 0.797 103 Q 0.018 0.005 0.001 0.014 0.020 0.029 0.127 0.001 0.001 0.018 0.766