# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.1977 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.011 0.006 0.047 0.178 0.256 0.082 0.031 0.389 2 D 0.012 0.019 0.047 0.126 0.162 0.104 0.060 0.470 3 A 0.017 0.037 0.038 0.065 0.081 0.111 0.047 0.604 4 D 0.213 0.317 0.014 0.014 0.016 0.046 0.146 0.233 5 S 0.222 0.390 0.005 0.006 0.008 0.042 0.106 0.221 6 E 0.038 0.295 0.014 0.009 0.011 0.063 0.225 0.346 7 Q 0.026 0.630 0.006 0.006 0.010 0.034 0.122 0.165 8 R 0.033 0.620 0.011 0.009 0.011 0.027 0.164 0.125 9 K 0.007 0.849 0.008 0.011 0.015 0.012 0.033 0.065 10 S 0.005 0.901 0.004 0.004 0.009 0.007 0.019 0.051 11 L 0.004 0.880 0.012 0.007 0.011 0.005 0.050 0.031 12 H 0.003 0.962 0.002 0.002 0.003 0.002 0.015 0.010 13 L 0.015 0.539 0.016 0.006 0.007 0.007 0.379 0.031 14 A 0.005 0.344 0.022 0.004 0.005 0.007 0.591 0.023 15 A 0.008 0.832 0.016 0.004 0.007 0.010 0.084 0.039 16 V 0.025 0.646 0.072 0.008 0.007 0.013 0.164 0.065 17 F 0.058 0.612 0.030 0.010 0.012 0.023 0.169 0.086 18 T 0.042 0.362 0.028 0.005 0.007 0.038 0.329 0.189 19 C 0.020 0.371 0.039 0.004 0.005 0.061 0.341 0.159 20 N 0.015 0.743 0.011 0.002 0.002 0.028 0.121 0.080 21 F 0.004 0.935 0.003 0.001 0.001 0.005 0.019 0.031 22 T 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 23 N 0.005 0.960 0.003 0.001 0.001 0.003 0.014 0.013 24 H 0.002 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 25 M 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 26 Y 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 27 A 0.006 0.950 0.002 0.001 0.001 0.002 0.031 0.008 28 L 0.003 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.034 0.010 29 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 30 A 0.015 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 31 E 0.011 0.944 0.002 0.001 0.001 0.003 0.025 0.016 32 L 0.035 0.841 0.015 0.001 0.002 0.010 0.060 0.037 33 L 0.124 0.067 0.199 0.002 0.002 0.023 0.523 0.060 34 K 0.752 0.013 0.008 0.002 0.002 0.029 0.014 0.181 35 K 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.006 0.911 36 Y 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.196 0.004 0.786 37 N 0.009 0.003 0.006 0.001 0.004 0.121 0.014 0.842 38 L 0.022 0.011 0.015 0.009 0.005 0.118 0.027 0.793 39 P 0.121 0.094 0.073 0.006 0.013 0.105 0.098 0.491 40 F 0.109 0.075 0.116 0.008 0.012 0.126 0.072 0.483 41 D 0.031 0.040 0.447 0.010 0.023 0.078 0.103 0.269 42 V 0.016 0.156 0.200 0.018 0.033 0.100 0.066 0.410 43 M 0.031 0.508 0.092 0.008 0.016 0.053 0.055 0.237 44 L 0.058 0.598 0.040 0.009 0.009 0.031 0.153 0.103 45 P 0.034 0.720 0.015 0.004 0.007 0.031 0.091 0.097 46 L 0.022 0.173 0.044 0.005 0.006 0.028 0.660 0.063 47 I 0.022 0.841 0.010 0.002 0.003 0.015 0.057 0.050 48 D 0.023 0.877 0.003 0.001 0.002 0.009 0.022 0.062 49 E 0.010 0.650 0.020 0.004 0.004 0.026 0.143 0.142 50 T 0.036 0.874 0.005 0.002 0.002 0.008 0.052 0.023 51 A 0.113 0.570 0.020 0.002 0.002 0.016 0.212 0.066 52 R 0.055 0.570 0.020 0.002 0.003 0.050 0.047 0.252 53 K 0.110 0.428 0.023 0.004 0.007 0.040 0.047 0.340 54 V 0.375 0.054 0.079 0.006 0.007 0.065 0.148 0.266 55 H 0.161 0.015 0.015 0.012 0.012 0.129 0.059 0.597 56 E 0.016 0.004 0.004 0.002 0.004 0.080 0.010 0.881 57 L 0.012 0.005 0.016 0.003 0.004 0.163 0.036 0.761 58 E 0.083 0.047 0.024 0.013 0.019 0.128 0.130 0.556 59 P 0.218 0.058 0.011 0.005 0.007 0.079 0.068 0.554 60 K 0.101 0.027 0.111 0.024 0.025 0.118 0.152 0.444 61 T 0.083 0.021 0.100 0.010 0.031 0.112 0.095 0.547 62 A 0.081 0.014 0.078 0.024 0.038 0.144 0.054 0.568 63 Q 0.016 0.022 0.149 0.071 0.113 0.131 0.041 0.457 64 T 0.027 0.099 0.036 0.028 0.040 0.102 0.068 0.600 65 G 0.064 0.225 0.063 0.042 0.057 0.097 0.134 0.317 66 P 0.105 0.217 0.037 0.029 0.040 0.109 0.183 0.281 67 A 0.085 0.153 0.067 0.044 0.082 0.084 0.158 0.327 68 I 0.072 0.183 0.047 0.028 0.046 0.074 0.095 0.455 69 R 0.041 0.117 0.044 0.030 0.047 0.114 0.221 0.387 70 Y 0.011 0.320 0.018 0.009 0.015 0.078 0.113 0.437 71 D 0.020 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.018 72 E 0.008 0.894 0.002 0.001 0.001 0.004 0.063 0.026 73 N 0.007 0.681 0.005 0.002 0.003 0.010 0.256 0.037 74 V 0.005 0.808 0.008 0.001 0.002 0.004 0.157 0.015 75 I 0.004 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 76 G 0.014 0.929 0.003 0.002 0.002 0.004 0.016 0.030 77 N 0.019 0.836 0.012 0.002 0.002 0.012 0.067 0.050 78 H 0.015 0.935 0.005 0.001 0.002 0.006 0.018 0.018 79 L 0.117 0.659 0.026 0.002 0.003 0.021 0.088 0.083 80 R 0.252 0.233 0.037 0.006 0.009 0.055 0.110 0.297 81 M 0.243 0.039 0.024 0.003 0.006 0.064 0.064 0.558 82 L 0.101 0.021 0.021 0.003 0.003 0.135 0.083 0.633 83 A 0.005 0.027 0.003 0.001 0.002 0.136 0.011 0.815 84 D 0.018 0.509 0.001 0.001 0.001 0.026 0.011 0.433 85 D 0.093 0.768 0.001 0.001 0.001 0.012 0.072 0.052 86 P 0.021 0.862 0.002 0.001 0.001 0.012 0.061 0.042 87 A 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.020 88 M 0.011 0.949 0.004 0.001 0.001 0.003 0.022 0.012 89 Q 0.017 0.895 0.004 0.001 0.002 0.008 0.037 0.036 90 R 0.009 0.923 0.004 0.001 0.002 0.005 0.021 0.036 91 L 0.020 0.889 0.009 0.002 0.002 0.007 0.042 0.029 92 Y 0.060 0.427 0.025 0.003 0.003 0.025 0.376 0.080 93 E 0.071 0.409 0.023 0.004 0.005 0.046 0.199 0.242 94 L 0.050 0.263 0.076 0.008 0.009 0.059 0.296 0.239 95 L 0.081 0.407 0.041 0.007 0.011 0.070 0.110 0.274 96 S 0.115 0.356 0.013 0.005 0.008 0.058 0.075 0.371 97 R 0.035 0.405 0.023 0.009 0.013 0.068 0.050 0.397 98 S 0.070 0.361 0.046 0.018 0.030 0.073 0.099 0.302 99 I 0.216 0.080 0.060 0.015 0.020 0.074 0.179 0.357 100 H 0.290 0.029 0.026 0.015 0.019 0.073 0.067 0.481 101 E 0.066 0.008 0.009 0.005 0.010 0.084 0.023 0.796 102 R 0.039 0.005 0.019 0.007 0.011 0.138 0.033 0.748 103 Q 0.024 0.005 0.025 0.013 0.026 0.130 0.039 0.737