# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.1977 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.097 0.023 0.061 0.058 0.071 0.075 0.010 0.605 2 D 0.048 0.016 0.056 0.075 0.136 0.066 0.008 0.595 3 A 0.067 0.015 0.080 0.056 0.098 0.094 0.007 0.583 4 D 0.019 0.016 0.024 0.034 0.060 0.414 0.005 0.429 5 S 0.009 0.009 0.012 0.004 0.018 0.036 0.002 0.909 6 E 0.006 0.015 0.003 0.001 0.003 0.578 0.004 0.390 7 Q 0.210 0.013 0.003 0.002 0.002 0.624 0.034 0.110 8 R 0.105 0.614 0.006 0.005 0.007 0.095 0.004 0.164 9 K 0.029 0.684 0.003 0.006 0.013 0.061 0.004 0.200 10 S 0.035 0.768 0.007 0.007 0.023 0.026 0.007 0.129 11 L 0.049 0.824 0.008 0.015 0.023 0.012 0.014 0.056 12 H 0.040 0.749 0.019 0.037 0.039 0.026 0.010 0.080 13 L 0.017 0.645 0.110 0.045 0.044 0.030 0.008 0.100 14 A 0.016 0.751 0.052 0.034 0.047 0.015 0.007 0.078 15 A 0.022 0.708 0.066 0.040 0.051 0.024 0.007 0.083 16 V 0.013 0.768 0.073 0.032 0.048 0.009 0.003 0.054 17 F 0.012 0.832 0.032 0.018 0.036 0.006 0.003 0.059 18 T 0.023 0.789 0.036 0.016 0.051 0.013 0.006 0.066 19 C 0.032 0.726 0.041 0.013 0.026 0.048 0.010 0.104 20 N 0.039 0.551 0.018 0.004 0.011 0.056 0.013 0.307 21 F 0.066 0.616 0.024 0.003 0.007 0.068 0.011 0.207 22 T 0.015 0.825 0.011 0.001 0.002 0.068 0.002 0.076 23 N 0.003 0.933 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.044 24 H 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 25 M 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 26 Y 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 27 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 28 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 29 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 30 A 0.004 0.980 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 31 E 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 32 L 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 33 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 34 K 0.027 0.952 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 35 K 0.071 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.014 36 Y 0.267 0.581 0.006 0.001 0.001 0.002 0.118 0.024 37 N 0.301 0.195 0.101 0.005 0.002 0.018 0.194 0.185 38 L 0.084 0.052 0.441 0.020 0.007 0.078 0.019 0.300 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 40 F 0.031 0.014 0.048 0.012 0.032 0.076 0.005 0.782 41 D 0.076 0.029 0.025 0.004 0.004 0.079 0.003 0.780 42 V 0.227 0.107 0.027 0.008 0.012 0.093 0.007 0.518 43 M 0.267 0.257 0.040 0.006 0.016 0.073 0.010 0.330 44 L 0.154 0.254 0.024 0.009 0.014 0.104 0.006 0.437 45 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 46 L 0.035 0.534 0.010 0.002 0.009 0.057 0.003 0.350 47 I 0.040 0.895 0.007 0.001 0.002 0.010 0.001 0.043 48 D 0.005 0.955 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.029 49 E 0.026 0.894 0.003 0.001 0.001 0.013 0.003 0.059 50 T 0.039 0.874 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.039 51 A 0.008 0.965 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 52 R 0.004 0.921 0.002 0.001 0.001 0.018 0.003 0.052 53 K 0.143 0.658 0.003 0.001 0.001 0.062 0.059 0.074 54 V 0.023 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 55 H 0.023 0.933 0.007 0.002 0.002 0.006 0.005 0.023 56 E 0.081 0.696 0.027 0.005 0.006 0.017 0.051 0.118 57 L 0.262 0.406 0.071 0.009 0.013 0.014 0.111 0.113 58 E 0.181 0.149 0.063 0.025 0.015 0.056 0.032 0.479 59 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990 60 K 0.030 0.029 0.152 0.040 0.061 0.167 0.005 0.516 61 T 0.175 0.141 0.047 0.018 0.030 0.140 0.011 0.438 62 A 0.237 0.308 0.071 0.024 0.042 0.059 0.013 0.245 63 Q 0.254 0.216 0.146 0.042 0.069 0.062 0.025 0.185 64 T 0.237 0.122 0.076 0.038 0.053 0.069 0.067 0.337 65 G 0.175 0.052 0.097 0.057 0.063 0.102 0.024 0.430 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 67 A 0.022 0.008 0.110 0.057 0.105 0.194 0.004 0.499 68 I 0.123 0.040 0.152 0.064 0.097 0.065 0.006 0.454 69 R 0.089 0.108 0.108 0.071 0.120 0.049 0.007 0.449 70 Y 0.096 0.087 0.099 0.025 0.045 0.098 0.009 0.541 71 D 0.077 0.105 0.051 0.018 0.050 0.177 0.010 0.512 72 E 0.015 0.063 0.014 0.003 0.011 0.059 0.004 0.831 73 N 0.019 0.132 0.008 0.002 0.005 0.368 0.005 0.462 74 V 0.073 0.330 0.010 0.001 0.003 0.363 0.005 0.215 75 I 0.012 0.936 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.039 76 G 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 77 N 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 78 H 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 79 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 80 R 0.015 0.958 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.016 81 M 0.111 0.802 0.004 0.001 0.001 0.008 0.033 0.041 82 L 0.305 0.620 0.005 0.001 0.001 0.003 0.033 0.032 83 A 0.382 0.396 0.023 0.003 0.002 0.010 0.075 0.110 84 D 0.214 0.149 0.056 0.002 0.002 0.032 0.111 0.434 85 D 0.273 0.085 0.076 0.005 0.007 0.063 0.026 0.466 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 87 A 0.005 0.021 0.012 0.001 0.002 0.665 0.001 0.294 88 M 0.256 0.323 0.012 0.002 0.004 0.150 0.005 0.247 89 Q 0.044 0.773 0.004 0.001 0.003 0.046 0.002 0.127 90 R 0.025 0.877 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.079 91 L 0.016 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 92 Y 0.008 0.956 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.025 93 E 0.008 0.944 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.029 94 L 0.022 0.948 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.017 95 L 0.022 0.947 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.016 96 S 0.028 0.864 0.027 0.004 0.006 0.007 0.012 0.053 97 R 0.057 0.686 0.024 0.006 0.007 0.019 0.029 0.172 98 S 0.123 0.482 0.031 0.010 0.011 0.080 0.049 0.214 99 I 0.093 0.489 0.092 0.017 0.020 0.069 0.018 0.203 100 H 0.050 0.420 0.072 0.022 0.025 0.117 0.012 0.282 101 E 0.090 0.278 0.026 0.014 0.025 0.063 0.023 0.481 102 R 0.140 0.375 0.034 0.018 0.034 0.054 0.024 0.321 103 Q 0.123 0.215 0.034 0.021 0.027 0.074 0.029 0.477