# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.1977 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.292 0.225 0.227 0.173 0.069 0.013 0.001 2 D 0.237 0.343 0.263 0.122 0.030 0.006 0.001 3 A 0.103 0.084 0.190 0.338 0.224 0.059 0.002 4 D 0.528 0.360 0.080 0.024 0.007 0.001 0.001 5 S 0.664 0.272 0.044 0.015 0.003 0.001 0.001 6 E 0.598 0.300 0.071 0.025 0.007 0.001 0.001 7 Q 0.391 0.345 0.156 0.082 0.023 0.004 0.001 8 R 0.138 0.185 0.319 0.236 0.101 0.020 0.001 9 K 0.219 0.291 0.263 0.156 0.054 0.015 0.001 10 S 0.073 0.136 0.213 0.266 0.202 0.098 0.012 11 L 0.013 0.025 0.049 0.110 0.265 0.402 0.136 12 H 0.007 0.016 0.039 0.091 0.181 0.356 0.308 13 L 0.002 0.003 0.005 0.014 0.059 0.289 0.629 14 A 0.001 0.003 0.009 0.024 0.068 0.230 0.664 15 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.160 0.809 16 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.157 0.821 17 F 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.149 0.824 18 T 0.001 0.003 0.006 0.021 0.042 0.183 0.744 19 C 0.002 0.004 0.007 0.021 0.080 0.335 0.551 20 N 0.005 0.011 0.018 0.046 0.159 0.321 0.439 21 F 0.004 0.008 0.010 0.027 0.060 0.268 0.622 22 T 0.007 0.013 0.027 0.071 0.119 0.264 0.499 23 N 0.013 0.020 0.038 0.080 0.167 0.297 0.387 24 H 0.008 0.016 0.025 0.045 0.125 0.309 0.471 25 M 0.005 0.007 0.010 0.036 0.061 0.273 0.608 26 Y 0.009 0.024 0.055 0.145 0.245 0.334 0.189 27 A 0.021 0.076 0.178 0.240 0.255 0.182 0.048 28 L 0.009 0.033 0.090 0.186 0.308 0.284 0.090 29 A 0.006 0.017 0.026 0.073 0.211 0.513 0.154 30 A 0.042 0.158 0.299 0.284 0.160 0.053 0.003 31 E 0.098 0.344 0.302 0.200 0.043 0.012 0.001 32 L 0.007 0.024 0.082 0.231 0.423 0.224 0.008 33 L 0.026 0.053 0.137 0.306 0.352 0.122 0.004 34 K 0.367 0.509 0.088 0.025 0.010 0.001 0.001 35 K 0.347 0.391 0.173 0.075 0.012 0.002 0.001 36 Y 0.122 0.174 0.306 0.294 0.092 0.012 0.001 37 N 0.525 0.367 0.083 0.019 0.005 0.001 0.001 38 L 0.099 0.130 0.257 0.325 0.164 0.024 0.001 39 P 0.318 0.431 0.155 0.063 0.027 0.006 0.001 40 F 0.052 0.130 0.240 0.347 0.169 0.059 0.003 41 D 0.178 0.325 0.266 0.145 0.068 0.017 0.001 42 V 0.021 0.045 0.104 0.233 0.274 0.263 0.061 43 M 0.012 0.022 0.040 0.090 0.238 0.403 0.194 44 L 0.019 0.074 0.182 0.272 0.239 0.180 0.035 45 P 0.053 0.154 0.190 0.212 0.227 0.132 0.033 46 L 0.007 0.019 0.045 0.121 0.232 0.414 0.162 47 I 0.007 0.018 0.040 0.099 0.278 0.428 0.131 48 D 0.076 0.237 0.303 0.226 0.108 0.044 0.006 49 E 0.082 0.220 0.269 0.250 0.133 0.042 0.005 50 T 0.018 0.043 0.073 0.148 0.299 0.366 0.053 51 A 0.020 0.057 0.143 0.272 0.341 0.157 0.010 52 R 0.203 0.451 0.219 0.090 0.029 0.008 0.001 53 K 0.027 0.096 0.259 0.371 0.199 0.047 0.002 54 V 0.042 0.043 0.079 0.154 0.340 0.318 0.023 55 H 0.168 0.317 0.262 0.179 0.064 0.010 0.001 56 E 0.422 0.432 0.102 0.033 0.008 0.002 0.001 57 L 0.123 0.183 0.263 0.305 0.111 0.015 0.001 58 E 0.452 0.361 0.111 0.046 0.024 0.005 0.001 59 P 0.175 0.217 0.246 0.241 0.097 0.023 0.002 60 K 0.244 0.296 0.268 0.133 0.049 0.010 0.001 61 T 0.151 0.269 0.276 0.220 0.061 0.021 0.002 62 A 0.041 0.052 0.091 0.162 0.302 0.292 0.061 63 Q 0.028 0.031 0.046 0.106 0.168 0.396 0.226 64 T 0.046 0.060 0.090 0.141 0.163 0.253 0.247 65 G 0.021 0.030 0.044 0.072 0.167 0.327 0.338 66 P 0.028 0.049 0.062 0.091 0.153 0.297 0.319 67 A 0.022 0.032 0.050 0.100 0.173 0.328 0.295 68 I 0.046 0.103 0.126 0.173 0.243 0.229 0.080 69 R 0.070 0.119 0.176 0.200 0.229 0.169 0.036 70 Y 0.097 0.166 0.192 0.234 0.183 0.106 0.022 71 D 0.134 0.159 0.191 0.201 0.178 0.117 0.020 72 E 0.243 0.246 0.213 0.171 0.092 0.032 0.003 73 N 0.471 0.389 0.088 0.035 0.013 0.004 0.001 74 V 0.047 0.086 0.170 0.296 0.260 0.125 0.016 75 I 0.035 0.057 0.093 0.169 0.338 0.275 0.032 76 G 0.120 0.292 0.312 0.198 0.063 0.014 0.001 77 N 0.142 0.335 0.282 0.171 0.057 0.012 0.001 78 H 0.017 0.051 0.094 0.215 0.353 0.251 0.018 79 L 0.017 0.057 0.150 0.305 0.337 0.130 0.005 80 R 0.130 0.408 0.290 0.125 0.037 0.010 0.001 81 M 0.032 0.096 0.255 0.344 0.217 0.054 0.002 82 L 0.043 0.062 0.145 0.254 0.347 0.144 0.005 83 A 0.387 0.391 0.151 0.054 0.014 0.002 0.001 84 D 0.556 0.335 0.076 0.027 0.006 0.001 0.001 85 D 0.577 0.274 0.100 0.039 0.009 0.001 0.001 86 P 0.618 0.289 0.066 0.021 0.005 0.001 0.001 87 A 0.310 0.280 0.235 0.130 0.039 0.006 0.001 88 M 0.161 0.214 0.283 0.230 0.094 0.018 0.001 89 Q 0.397 0.375 0.148 0.056 0.020 0.004 0.001 90 R 0.114 0.229 0.271 0.252 0.105 0.027 0.002 91 L 0.057 0.083 0.119 0.202 0.317 0.205 0.017 92 Y 0.066 0.183 0.290 0.284 0.134 0.041 0.002 93 E 0.260 0.405 0.198 0.088 0.038 0.010 0.001 94 L 0.043 0.093 0.196 0.337 0.240 0.086 0.006 95 L 0.050 0.097 0.166 0.268 0.301 0.113 0.005 96 S 0.292 0.360 0.213 0.095 0.033 0.007 0.001 97 R 0.514 0.351 0.094 0.033 0.007 0.001 0.001 98 S 0.234 0.300 0.237 0.166 0.053 0.010 0.001 99 I 0.098 0.092 0.231 0.326 0.210 0.042 0.001 100 H 0.645 0.285 0.054 0.012 0.003 0.001 0.001 101 E 0.800 0.176 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 102 R 0.722 0.188 0.060 0.024 0.005 0.001 0.001 103 Q 0.762 0.181 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001