# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.1977 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.171 0.072 0.086 0.110 0.152 0.132 0.096 0.082 0.046 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 2 D 0.228 0.177 0.136 0.154 0.122 0.081 0.053 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 A 0.120 0.047 0.068 0.132 0.178 0.173 0.124 0.089 0.039 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 4 D 0.449 0.158 0.127 0.127 0.065 0.034 0.027 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 S 0.559 0.136 0.111 0.109 0.045 0.020 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.700 0.128 0.077 0.057 0.019 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 Q 0.412 0.241 0.194 0.079 0.035 0.019 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.085 0.120 0.194 0.211 0.180 0.121 0.046 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.119 0.153 0.162 0.167 0.161 0.115 0.061 0.033 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 10 S 0.051 0.058 0.087 0.126 0.157 0.167 0.142 0.100 0.056 0.031 0.014 0.005 0.004 0.001 11 L 0.006 0.009 0.015 0.036 0.074 0.103 0.132 0.169 0.176 0.128 0.081 0.045 0.018 0.008 12 H 0.005 0.008 0.017 0.035 0.062 0.091 0.133 0.153 0.159 0.140 0.093 0.054 0.028 0.021 13 L 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.019 0.044 0.071 0.140 0.198 0.193 0.158 0.096 0.060 14 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.017 0.047 0.082 0.169 0.198 0.195 0.142 0.085 0.052 15 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.018 0.049 0.076 0.154 0.188 0.180 0.159 0.081 0.078 16 V 0.002 0.004 0.006 0.006 0.012 0.023 0.051 0.066 0.121 0.174 0.163 0.151 0.118 0.103 17 F 0.003 0.006 0.010 0.017 0.029 0.061 0.121 0.157 0.181 0.150 0.107 0.074 0.054 0.029 18 T 0.003 0.005 0.008 0.018 0.034 0.074 0.146 0.185 0.218 0.149 0.083 0.040 0.021 0.017 19 C 0.014 0.027 0.046 0.065 0.100 0.131 0.171 0.149 0.123 0.076 0.047 0.027 0.013 0.012 20 N 0.042 0.060 0.089 0.103 0.127 0.152 0.146 0.114 0.074 0.045 0.024 0.014 0.008 0.004 21 F 0.015 0.022 0.038 0.068 0.103 0.172 0.207 0.173 0.118 0.052 0.020 0.008 0.004 0.002 22 T 0.027 0.028 0.046 0.078 0.116 0.181 0.205 0.155 0.101 0.041 0.015 0.004 0.002 0.001 23 N 0.124 0.127 0.163 0.152 0.159 0.114 0.083 0.040 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 24 H 0.102 0.100 0.157 0.178 0.158 0.145 0.084 0.044 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 25 M 0.027 0.016 0.024 0.053 0.091 0.196 0.259 0.190 0.097 0.032 0.010 0.003 0.001 0.001 26 Y 0.042 0.060 0.090 0.135 0.203 0.192 0.154 0.077 0.033 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 27 A 0.387 0.247 0.186 0.084 0.047 0.026 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.038 0.043 0.101 0.225 0.257 0.185 0.085 0.042 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 29 A 0.015 0.011 0.019 0.050 0.113 0.216 0.254 0.203 0.085 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 30 A 0.078 0.227 0.267 0.221 0.116 0.064 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 E 0.516 0.338 0.104 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.013 0.014 0.050 0.151 0.275 0.256 0.144 0.069 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.046 0.043 0.087 0.143 0.247 0.186 0.138 0.070 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 34 K 0.669 0.237 0.059 0.023 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.389 0.288 0.188 0.077 0.033 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.101 0.076 0.140 0.212 0.230 0.139 0.066 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 N 0.463 0.312 0.120 0.046 0.035 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.182 0.096 0.123 0.201 0.180 0.122 0.051 0.030 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 39 P 0.196 0.153 0.133 0.146 0.150 0.085 0.086 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 40 F 0.100 0.080 0.125 0.186 0.181 0.159 0.077 0.050 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 41 D 0.404 0.297 0.138 0.067 0.036 0.024 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.045 0.024 0.045 0.081 0.148 0.190 0.163 0.153 0.084 0.033 0.016 0.013 0.005 0.001 43 M 0.039 0.024 0.027 0.061 0.112 0.178 0.211 0.187 0.096 0.044 0.015 0.004 0.002 0.001 44 L 0.089 0.116 0.145 0.172 0.176 0.117 0.083 0.050 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 45 P 0.291 0.166 0.162 0.130 0.096 0.068 0.040 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 46 L 0.035 0.026 0.048 0.112 0.180 0.214 0.181 0.114 0.054 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 47 I 0.030 0.024 0.030 0.067 0.131 0.197 0.208 0.180 0.092 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 48 D 0.214 0.241 0.213 0.157 0.090 0.049 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.306 0.231 0.197 0.136 0.066 0.037 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 T 0.037 0.034 0.067 0.132 0.209 0.229 0.167 0.077 0.036 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 51 A 0.037 0.042 0.075 0.141 0.217 0.196 0.152 0.087 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 52 R 0.581 0.245 0.099 0.040 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.106 0.122 0.182 0.237 0.200 0.090 0.034 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.031 0.022 0.046 0.086 0.172 0.212 0.194 0.133 0.068 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 55 H 0.168 0.212 0.213 0.192 0.115 0.061 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.627 0.223 0.073 0.036 0.019 0.009 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.085 0.079 0.145 0.229 0.226 0.129 0.057 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 58 E 0.295 0.277 0.165 0.121 0.071 0.034 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 P 0.221 0.136 0.140 0.130 0.129 0.109 0.068 0.039 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 60 K 0.197 0.145 0.139 0.168 0.140 0.090 0.056 0.031 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 61 T 0.226 0.180 0.138 0.135 0.111 0.073 0.050 0.035 0.028 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 62 A 0.066 0.037 0.063 0.084 0.111 0.153 0.143 0.119 0.091 0.056 0.038 0.023 0.011 0.004 63 Q 0.075 0.066 0.082 0.107 0.122 0.126 0.128 0.109 0.075 0.050 0.031 0.015 0.009 0.004 64 T 0.048 0.028 0.032 0.047 0.080 0.096 0.105 0.132 0.135 0.116 0.085 0.057 0.026 0.014 65 G 0.048 0.042 0.048 0.067 0.086 0.096 0.105 0.112 0.110 0.103 0.083 0.058 0.026 0.015 66 P 0.061 0.041 0.050 0.064 0.082 0.097 0.103 0.117 0.106 0.097 0.078 0.058 0.031 0.016 67 A 0.038 0.029 0.035 0.045 0.073 0.101 0.124 0.138 0.131 0.110 0.088 0.050 0.025 0.014 68 I 0.063 0.054 0.068 0.105 0.140 0.134 0.120 0.109 0.083 0.054 0.038 0.019 0.008 0.005 69 R 0.152 0.092 0.098 0.110 0.120 0.109 0.093 0.077 0.062 0.040 0.025 0.013 0.006 0.003 70 Y 0.075 0.079 0.106 0.141 0.153 0.145 0.109 0.079 0.053 0.030 0.017 0.008 0.004 0.002 71 D 0.070 0.064 0.077 0.108 0.139 0.164 0.143 0.104 0.068 0.040 0.014 0.005 0.002 0.001 72 E 0.129 0.161 0.179 0.171 0.148 0.100 0.049 0.028 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 73 N 0.480 0.257 0.126 0.061 0.033 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 V 0.044 0.034 0.072 0.143 0.210 0.213 0.140 0.085 0.038 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 75 I 0.033 0.031 0.046 0.088 0.169 0.199 0.201 0.141 0.061 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 76 G 0.381 0.313 0.159 0.082 0.035 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.364 0.287 0.179 0.093 0.041 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 H 0.028 0.023 0.050 0.116 0.211 0.231 0.190 0.099 0.037 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 79 L 0.053 0.064 0.115 0.173 0.239 0.167 0.095 0.059 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 80 R 0.629 0.249 0.071 0.028 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.086 0.097 0.173 0.242 0.192 0.119 0.050 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.043 0.030 0.063 0.128 0.215 0.210 0.185 0.085 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 83 A 0.439 0.241 0.141 0.096 0.049 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 D 0.693 0.159 0.072 0.039 0.021 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.493 0.175 0.116 0.115 0.059 0.025 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.709 0.157 0.072 0.033 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.438 0.185 0.133 0.111 0.069 0.035 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 M 0.184 0.124 0.164 0.203 0.165 0.092 0.043 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 Q 0.682 0.178 0.072 0.030 0.017 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.227 0.234 0.200 0.144 0.100 0.051 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.047 0.033 0.055 0.102 0.215 0.198 0.150 0.110 0.054 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 92 Y 0.116 0.126 0.159 0.196 0.178 0.117 0.055 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 93 E 0.601 0.212 0.089 0.045 0.023 0.012 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.075 0.064 0.106 0.179 0.232 0.162 0.080 0.055 0.029 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 95 L 0.062 0.044 0.067 0.119 0.179 0.198 0.164 0.098 0.042 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 96 S 0.267 0.249 0.168 0.134 0.082 0.046 0.029 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 R 0.572 0.211 0.102 0.055 0.030 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 S 0.148 0.142 0.156 0.192 0.171 0.098 0.054 0.022 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.057 0.038 0.082 0.138 0.226 0.187 0.139 0.083 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 100 H 0.455 0.212 0.130 0.107 0.051 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.697 0.153 0.073 0.038 0.020 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 R 0.344 0.183 0.153 0.143 0.090 0.048 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.540 0.194 0.114 0.068 0.046 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001