# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.1116 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.016 0.007 0.001 0.113 0.107 0.138 0.106 0.001 0.001 0.059 0.452 2 D 0.012 0.015 0.002 0.100 0.064 0.133 0.148 0.001 0.001 0.076 0.449 3 A 0.021 0.052 0.003 0.075 0.032 0.028 0.145 0.004 0.001 0.050 0.589 4 D 0.468 0.333 0.003 0.005 0.003 0.003 0.016 0.047 0.001 0.054 0.066 5 S 0.137 0.437 0.001 0.004 0.002 0.004 0.045 0.007 0.001 0.099 0.262 6 E 0.011 0.157 0.002 0.003 0.003 0.005 0.025 0.001 0.001 0.605 0.189 7 Q 0.016 0.543 0.002 0.009 0.013 0.013 0.038 0.004 0.001 0.244 0.119 8 R 0.034 0.764 0.003 0.003 0.006 0.005 0.022 0.006 0.001 0.054 0.103 9 K 0.011 0.800 0.002 0.005 0.012 0.018 0.017 0.001 0.001 0.032 0.101 10 S 0.005 0.910 0.001 0.005 0.003 0.010 0.010 0.001 0.001 0.011 0.043 11 L 0.010 0.876 0.005 0.011 0.008 0.020 0.010 0.003 0.001 0.032 0.026 12 H 0.012 0.813 0.005 0.009 0.012 0.014 0.014 0.002 0.001 0.072 0.046 13 L 0.018 0.727 0.006 0.012 0.020 0.019 0.026 0.003 0.001 0.076 0.091 14 A 0.013 0.441 0.006 0.030 0.019 0.043 0.040 0.003 0.001 0.311 0.092 15 A 0.018 0.569 0.005 0.031 0.014 0.045 0.040 0.005 0.001 0.176 0.098 16 V 0.025 0.400 0.015 0.037 0.048 0.033 0.046 0.007 0.002 0.263 0.124 17 F 0.020 0.581 0.014 0.021 0.022 0.021 0.032 0.006 0.001 0.173 0.108 18 T 0.023 0.483 0.005 0.006 0.005 0.007 0.030 0.007 0.001 0.361 0.073 19 C 0.006 0.394 0.002 0.005 0.002 0.004 0.033 0.002 0.001 0.490 0.061 20 N 0.003 0.873 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.081 0.027 21 F 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.010 22 T 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 23 N 0.001 0.968 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.007 24 H 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 25 M 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 26 Y 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.008 27 A 0.003 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 0.023 28 L 0.003 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.015 29 A 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.002 30 A 0.005 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.009 31 E 0.014 0.934 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.029 32 L 0.072 0.803 0.024 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.007 0.029 0.025 33 L 0.031 0.020 0.385 0.002 0.001 0.001 0.018 0.010 0.407 0.086 0.039 34 K 0.739 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.003 0.001 0.007 0.217 35 K 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.006 0.937 36 Y 0.017 0.001 0.002 0.018 0.004 0.005 0.146 0.001 0.001 0.010 0.798 37 N 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.076 0.001 0.001 0.013 0.894 38 L 0.021 0.005 0.001 0.004 0.006 0.001 0.099 0.001 0.001 0.003 0.860 39 P 0.367 0.101 0.004 0.067 0.003 0.005 0.059 0.017 0.001 0.046 0.330 40 F 0.244 0.115 0.001 0.010 0.002 0.003 0.065 0.010 0.001 0.022 0.527 41 D 0.064 0.052 0.002 0.084 0.004 0.006 0.082 0.002 0.001 0.083 0.621 42 V 0.021 0.146 0.003 0.054 0.016 0.014 0.088 0.003 0.001 0.083 0.571 43 M 0.060 0.618 0.003 0.032 0.003 0.003 0.036 0.022 0.001 0.026 0.198 44 L 0.057 0.641 0.006 0.009 0.009 0.005 0.023 0.014 0.001 0.071 0.166 45 P 0.029 0.708 0.005 0.009 0.004 0.005 0.028 0.003 0.001 0.044 0.165 46 L 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.940 0.018 47 I 0.011 0.726 0.004 0.002 0.001 0.001 0.025 0.015 0.001 0.184 0.031 48 D 0.024 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.014 0.042 49 E 0.006 0.780 0.012 0.003 0.002 0.002 0.014 0.002 0.001 0.058 0.118 50 T 0.020 0.909 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.018 0.018 51 A 0.114 0.801 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.023 0.020 52 R 0.048 0.734 0.021 0.002 0.001 0.001 0.013 0.005 0.004 0.029 0.142 53 K 0.136 0.519 0.036 0.007 0.001 0.004 0.042 0.015 0.007 0.035 0.197 54 V 0.312 0.147 0.034 0.011 0.004 0.006 0.075 0.047 0.013 0.093 0.258 55 H 0.273 0.025 0.007 0.009 0.007 0.007 0.072 0.004 0.002 0.053 0.541 56 E 0.010 0.015 0.001 0.016 0.002 0.005 0.078 0.001 0.001 0.013 0.858 57 L 0.029 0.019 0.003 0.018 0.008 0.011 0.142 0.003 0.001 0.049 0.716 58 E 0.104 0.067 0.008 0.012 0.023 0.014 0.123 0.018 0.003 0.069 0.559 59 P 0.191 0.075 0.002 0.012 0.006 0.008 0.082 0.018 0.001 0.030 0.574 60 K 0.169 0.025 0.010 0.044 0.013 0.027 0.109 0.007 0.003 0.112 0.483 61 T 0.049 0.016 0.003 0.061 0.025 0.062 0.118 0.005 0.001 0.074 0.586 62 A 0.078 0.006 0.002 0.036 0.014 0.028 0.117 0.004 0.001 0.076 0.640 63 Q 0.009 0.009 0.002 0.087 0.113 0.147 0.105 0.002 0.001 0.045 0.482 64 T 0.011 0.015 0.001 0.045 0.042 0.133 0.079 0.002 0.001 0.047 0.625 65 G 0.013 0.011 0.002 0.066 0.289 0.218 0.071 0.003 0.001 0.044 0.282 66 P 0.031 0.024 0.003 0.088 0.115 0.181 0.086 0.004 0.001 0.079 0.387 67 A 0.047 0.025 0.004 0.069 0.104 0.153 0.083 0.006 0.002 0.075 0.432 68 I 0.177 0.061 0.002 0.049 0.041 0.065 0.076 0.006 0.001 0.083 0.439 69 R 0.034 0.064 0.002 0.026 0.022 0.048 0.123 0.002 0.001 0.081 0.597 70 Y 0.010 0.204 0.002 0.020 0.013 0.010 0.089 0.002 0.001 0.062 0.587 71 D 0.027 0.881 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.011 0.001 0.030 0.035 72 E 0.013 0.895 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.003 0.001 0.037 0.036 73 N 0.003 0.294 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.654 0.031 74 V 0.005 0.546 0.002 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.408 0.021 75 I 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.008 0.008 76 G 0.008 0.928 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.012 0.039 77 N 0.005 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.031 78 H 0.040 0.903 0.007 0.002 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.012 0.015 79 L 0.125 0.732 0.018 0.004 0.001 0.002 0.016 0.013 0.005 0.039 0.044 80 R 0.150 0.360 0.098 0.009 0.004 0.006 0.046 0.014 0.030 0.055 0.226 81 M 0.378 0.063 0.017 0.010 0.004 0.009 0.060 0.019 0.004 0.039 0.394 82 L 0.298 0.009 0.003 0.012 0.005 0.007 0.084 0.004 0.001 0.044 0.534 83 A 0.003 0.006 0.001 0.024 0.003 0.009 0.151 0.001 0.001 0.011 0.792 84 D 0.006 0.059 0.001 0.007 0.002 0.002 0.060 0.002 0.001 0.015 0.846 85 D 0.263 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.001 0.019 0.030 86 P 0.029 0.800 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.038 0.102 87 A 0.003 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.026 88 M 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 89 Q 0.003 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.047 0.007 90 R 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 91 L 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.012 0.008 92 Y 0.004 0.315 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.654 0.009 93 E 0.005 0.685 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.254 0.034 94 L 0.020 0.354 0.016 0.002 0.002 0.001 0.024 0.007 0.001 0.511 0.063 95 L 0.014 0.416 0.032 0.004 0.002 0.004 0.049 0.016 0.005 0.378 0.079 96 S 0.045 0.657 0.008 0.002 0.002 0.003 0.034 0.024 0.003 0.089 0.135 97 R 0.072 0.452 0.016 0.004 0.004 0.005 0.053 0.015 0.004 0.079 0.296 98 S 0.099 0.330 0.035 0.011 0.007 0.014 0.068 0.025 0.011 0.077 0.321 99 I 0.139 0.054 0.054 0.015 0.010 0.017 0.113 0.018 0.029 0.112 0.438 100 H 0.171 0.010 0.006 0.014 0.009 0.013 0.102 0.004 0.004 0.044 0.622 101 E 0.032 0.004 0.001 0.014 0.004 0.009 0.082 0.001 0.001 0.017 0.835 102 R 0.023 0.003 0.001 0.013 0.004 0.006 0.110 0.001 0.001 0.014 0.824 103 Q 0.052 0.006 0.001 0.011 0.008 0.010 0.130 0.002 0.001 0.029 0.751