# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.1116 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.482 0.242 0.146 0.089 0.036 0.006 0.001 2 D 0.549 0.339 0.086 0.021 0.005 0.001 0.001 3 A 0.157 0.128 0.293 0.317 0.095 0.011 0.001 4 D 0.734 0.225 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 5 S 0.780 0.185 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 6 E 0.761 0.199 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 7 Q 0.557 0.315 0.090 0.031 0.006 0.001 0.001 8 R 0.241 0.234 0.281 0.171 0.061 0.011 0.001 9 K 0.252 0.294 0.248 0.140 0.052 0.014 0.001 10 S 0.080 0.140 0.225 0.257 0.192 0.093 0.012 11 L 0.020 0.037 0.075 0.139 0.276 0.343 0.111 12 H 0.010 0.019 0.047 0.096 0.186 0.337 0.306 13 L 0.002 0.003 0.006 0.015 0.058 0.279 0.638 14 A 0.002 0.004 0.011 0.028 0.068 0.217 0.670 15 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.028 0.162 0.798 16 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 0.178 0.791 17 F 0.001 0.002 0.003 0.007 0.028 0.170 0.790 18 T 0.002 0.004 0.008 0.027 0.044 0.184 0.731 19 C 0.003 0.007 0.011 0.032 0.095 0.317 0.535 20 N 0.008 0.016 0.023 0.053 0.169 0.324 0.407 21 F 0.007 0.014 0.017 0.040 0.083 0.275 0.564 22 T 0.010 0.017 0.033 0.083 0.110 0.250 0.497 23 N 0.018 0.026 0.044 0.092 0.181 0.286 0.352 24 H 0.012 0.024 0.034 0.057 0.143 0.303 0.427 25 M 0.008 0.012 0.017 0.055 0.081 0.284 0.541 26 Y 0.012 0.030 0.059 0.142 0.232 0.319 0.206 27 A 0.025 0.083 0.176 0.239 0.249 0.176 0.050 28 L 0.014 0.052 0.120 0.209 0.289 0.235 0.081 29 A 0.009 0.021 0.030 0.088 0.208 0.468 0.176 30 A 0.035 0.124 0.262 0.299 0.199 0.075 0.006 31 E 0.120 0.344 0.278 0.188 0.052 0.017 0.001 32 L 0.010 0.032 0.093 0.240 0.399 0.215 0.011 33 L 0.028 0.057 0.130 0.289 0.344 0.145 0.007 34 K 0.333 0.489 0.119 0.040 0.017 0.003 0.001 35 K 0.326 0.368 0.193 0.092 0.018 0.003 0.001 36 Y 0.118 0.153 0.283 0.303 0.124 0.020 0.001 37 N 0.546 0.340 0.085 0.022 0.006 0.001 0.001 38 L 0.160 0.165 0.254 0.270 0.127 0.023 0.001 39 P 0.416 0.372 0.128 0.053 0.025 0.006 0.001 40 F 0.106 0.172 0.249 0.283 0.136 0.050 0.004 41 D 0.283 0.346 0.200 0.100 0.054 0.016 0.002 42 V 0.029 0.064 0.138 0.248 0.264 0.204 0.052 43 M 0.010 0.017 0.031 0.068 0.215 0.431 0.231 44 L 0.013 0.057 0.150 0.240 0.256 0.225 0.059 45 P 0.023 0.078 0.134 0.185 0.276 0.224 0.080 46 L 0.004 0.013 0.032 0.088 0.206 0.435 0.223 47 I 0.004 0.013 0.030 0.081 0.239 0.452 0.182 48 D 0.048 0.194 0.305 0.260 0.131 0.053 0.009 49 E 0.058 0.214 0.278 0.261 0.140 0.044 0.004 50 T 0.011 0.035 0.065 0.157 0.331 0.355 0.045 51 A 0.012 0.044 0.122 0.258 0.368 0.184 0.011 52 R 0.158 0.444 0.253 0.103 0.033 0.009 0.001 53 K 0.021 0.084 0.264 0.385 0.199 0.044 0.002 54 V 0.032 0.038 0.070 0.141 0.349 0.343 0.027 55 H 0.134 0.277 0.284 0.217 0.076 0.013 0.001 56 E 0.452 0.419 0.091 0.029 0.008 0.002 0.001 57 L 0.156 0.225 0.269 0.257 0.082 0.011 0.001 58 E 0.474 0.338 0.110 0.047 0.025 0.005 0.001 59 P 0.158 0.200 0.271 0.251 0.095 0.022 0.002 60 K 0.302 0.307 0.243 0.103 0.037 0.007 0.001 61 T 0.185 0.293 0.249 0.192 0.059 0.020 0.002 62 A 0.051 0.073 0.116 0.193 0.284 0.239 0.044 63 Q 0.037 0.043 0.071 0.152 0.203 0.353 0.142 64 T 0.070 0.100 0.136 0.176 0.178 0.204 0.135 65 G 0.032 0.048 0.069 0.105 0.211 0.309 0.226 66 P 0.044 0.078 0.090 0.126 0.178 0.268 0.216 67 A 0.030 0.043 0.065 0.120 0.197 0.319 0.226 68 I 0.057 0.122 0.150 0.183 0.236 0.191 0.061 69 R 0.080 0.137 0.184 0.209 0.219 0.142 0.028 70 Y 0.101 0.181 0.195 0.221 0.184 0.098 0.019 71 D 0.121 0.152 0.194 0.216 0.178 0.116 0.022 72 E 0.219 0.239 0.229 0.178 0.097 0.035 0.004 73 N 0.397 0.398 0.123 0.057 0.019 0.005 0.001 74 V 0.034 0.069 0.156 0.281 0.296 0.142 0.020 75 I 0.018 0.037 0.059 0.128 0.336 0.363 0.059 76 G 0.058 0.221 0.334 0.267 0.094 0.024 0.002 77 N 0.078 0.276 0.322 0.223 0.082 0.019 0.002 78 H 0.008 0.030 0.061 0.167 0.364 0.337 0.034 79 L 0.007 0.031 0.092 0.243 0.389 0.226 0.012 80 R 0.068 0.334 0.362 0.169 0.049 0.016 0.001 81 M 0.017 0.066 0.204 0.318 0.297 0.095 0.004 82 L 0.025 0.051 0.121 0.212 0.380 0.203 0.008 83 A 0.189 0.312 0.317 0.147 0.031 0.004 0.001 84 D 0.583 0.334 0.063 0.016 0.003 0.001 0.001 85 D 0.600 0.281 0.078 0.033 0.007 0.001 0.001 86 P 0.686 0.258 0.041 0.011 0.003 0.001 0.001 87 A 0.458 0.432 0.083 0.022 0.004 0.001 0.001 88 M 0.055 0.119 0.286 0.336 0.176 0.027 0.001 89 Q 0.135 0.317 0.317 0.171 0.052 0.009 0.001 90 R 0.194 0.362 0.235 0.137 0.060 0.012 0.001 91 L 0.016 0.047 0.102 0.233 0.306 0.256 0.039 92 Y 0.014 0.037 0.080 0.189 0.325 0.307 0.048 93 E 0.058 0.214 0.321 0.256 0.102 0.044 0.006 94 L 0.034 0.077 0.170 0.278 0.283 0.136 0.022 95 L 0.025 0.047 0.072 0.145 0.242 0.384 0.086 96 S 0.071 0.098 0.162 0.265 0.253 0.129 0.022 97 R 0.330 0.372 0.184 0.076 0.026 0.010 0.001 98 S 0.284 0.261 0.180 0.157 0.084 0.032 0.002 99 I 0.209 0.142 0.181 0.223 0.164 0.074 0.007 100 H 0.480 0.242 0.150 0.081 0.037 0.009 0.001 101 E 0.803 0.165 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 102 R 0.615 0.194 0.101 0.065 0.019 0.005 0.001 103 Q 0.694 0.185 0.065 0.034 0.016 0.005 0.001