# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6639 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.249 0.080 0.036 0.078 0.080 0.082 0.135 0.098 0.078 0.052 0.033 2 D 0.305 0.204 0.063 0.160 0.101 0.052 0.054 0.028 0.018 0.009 0.006 3 A 0.070 0.041 0.024 0.043 0.057 0.064 0.137 0.134 0.168 0.141 0.122 4 D 0.153 0.426 0.075 0.157 0.082 0.045 0.032 0.013 0.009 0.005 0.002 5 S 0.342 0.248 0.077 0.157 0.081 0.041 0.028 0.013 0.008 0.004 0.002 6 E 0.785 0.095 0.024 0.048 0.022 0.010 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 7 Q 0.083 0.123 0.073 0.189 0.127 0.121 0.125 0.068 0.048 0.032 0.011 8 R 0.010 0.029 0.047 0.087 0.113 0.194 0.205 0.123 0.093 0.071 0.028 9 K 0.027 0.072 0.228 0.215 0.143 0.131 0.097 0.045 0.025 0.014 0.005 10 S 0.012 0.024 0.125 0.126 0.119 0.164 0.215 0.101 0.064 0.035 0.015 11 L 0.002 0.004 0.021 0.025 0.037 0.066 0.167 0.156 0.216 0.175 0.133 12 H 0.002 0.005 0.026 0.034 0.057 0.080 0.192 0.167 0.191 0.140 0.106 13 L 0.001 0.002 0.022 0.017 0.030 0.045 0.135 0.150 0.217 0.201 0.180 14 A 0.001 0.001 0.010 0.010 0.020 0.026 0.101 0.160 0.233 0.226 0.212 15 A 0.001 0.001 0.005 0.006 0.012 0.017 0.063 0.129 0.218 0.264 0.283 16 V 0.001 0.001 0.007 0.008 0.015 0.021 0.070 0.157 0.219 0.259 0.243 17 F 0.001 0.001 0.010 0.011 0.020 0.032 0.108 0.180 0.247 0.237 0.153 18 T 0.001 0.001 0.014 0.014 0.024 0.026 0.090 0.179 0.225 0.223 0.202 19 C 0.001 0.002 0.018 0.016 0.022 0.045 0.112 0.129 0.234 0.244 0.176 20 N 0.001 0.005 0.027 0.035 0.058 0.081 0.208 0.190 0.174 0.129 0.092 21 F 0.001 0.003 0.020 0.017 0.028 0.034 0.101 0.185 0.206 0.227 0.177 22 T 0.002 0.007 0.028 0.035 0.052 0.063 0.156 0.176 0.180 0.169 0.131 23 N 0.006 0.008 0.031 0.036 0.051 0.068 0.162 0.166 0.181 0.160 0.133 24 H 0.004 0.008 0.027 0.045 0.073 0.077 0.170 0.194 0.158 0.140 0.104 25 M 0.001 0.003 0.011 0.012 0.021 0.028 0.083 0.139 0.219 0.266 0.217 26 Y 0.002 0.003 0.013 0.025 0.051 0.095 0.198 0.157 0.189 0.155 0.111 27 A 0.027 0.024 0.159 0.144 0.146 0.120 0.168 0.089 0.060 0.039 0.023 28 L 0.003 0.013 0.036 0.060 0.092 0.155 0.262 0.143 0.112 0.082 0.042 29 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.016 0.056 0.082 0.245 0.288 0.297 30 A 0.018 0.015 0.062 0.105 0.165 0.206 0.267 0.082 0.048 0.023 0.010 31 E 0.016 0.051 0.550 0.219 0.095 0.039 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 32 L 0.001 0.002 0.009 0.010 0.022 0.066 0.173 0.152 0.215 0.215 0.136 33 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.027 0.091 0.111 0.238 0.337 0.181 34 K 0.005 0.044 0.486 0.232 0.123 0.064 0.029 0.009 0.005 0.003 0.001 35 K 0.010 0.047 0.289 0.196 0.160 0.149 0.088 0.034 0.013 0.009 0.004 36 Y 0.014 0.007 0.009 0.012 0.020 0.072 0.177 0.173 0.218 0.187 0.111 37 N 0.362 0.291 0.063 0.126 0.061 0.032 0.032 0.017 0.008 0.005 0.003 38 L 0.031 0.020 0.031 0.038 0.054 0.083 0.141 0.126 0.166 0.161 0.148 39 P 0.391 0.373 0.055 0.088 0.043 0.020 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 40 F 0.144 0.089 0.035 0.125 0.113 0.144 0.157 0.086 0.059 0.031 0.018 41 D 0.472 0.200 0.058 0.116 0.062 0.036 0.026 0.015 0.007 0.004 0.003 42 V 0.024 0.036 0.020 0.089 0.111 0.125 0.180 0.148 0.132 0.082 0.053 43 M 0.014 0.025 0.019 0.035 0.050 0.064 0.127 0.147 0.187 0.190 0.143 44 L 0.014 0.023 0.036 0.113 0.139 0.178 0.189 0.117 0.097 0.062 0.032 45 P 0.099 0.072 0.120 0.176 0.139 0.111 0.123 0.077 0.041 0.025 0.016 46 L 0.002 0.004 0.008 0.019 0.039 0.035 0.104 0.205 0.208 0.186 0.189 47 I 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.025 0.078 0.132 0.232 0.283 0.222 48 D 0.029 0.038 0.223 0.241 0.196 0.121 0.085 0.030 0.021 0.010 0.005 49 E 0.048 0.051 0.191 0.225 0.186 0.136 0.105 0.035 0.012 0.006 0.003 50 T 0.001 0.006 0.009 0.010 0.017 0.029 0.093 0.128 0.225 0.256 0.225 51 A 0.003 0.003 0.005 0.018 0.054 0.113 0.273 0.173 0.170 0.121 0.067 52 R 0.098 0.057 0.661 0.134 0.034 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.010 0.036 0.134 0.240 0.188 0.209 0.145 0.026 0.008 0.003 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.029 0.137 0.247 0.574 55 H 0.016 0.026 0.060 0.137 0.241 0.189 0.189 0.087 0.031 0.017 0.006 56 E 0.008 0.056 0.701 0.157 0.048 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 57 L 0.022 0.015 0.026 0.039 0.070 0.173 0.274 0.159 0.101 0.073 0.048 58 E 0.274 0.293 0.052 0.122 0.067 0.051 0.061 0.039 0.023 0.013 0.006 59 P 0.098 0.053 0.052 0.096 0.108 0.104 0.142 0.120 0.098 0.074 0.056 60 K 0.200 0.115 0.119 0.166 0.128 0.087 0.090 0.046 0.025 0.015 0.008 61 T 0.056 0.109 0.085 0.213 0.156 0.138 0.130 0.054 0.034 0.016 0.009 62 A 0.005 0.005 0.008 0.011 0.019 0.032 0.067 0.105 0.195 0.214 0.338 63 Q 0.010 0.023 0.023 0.082 0.126 0.116 0.180 0.150 0.132 0.087 0.073 64 T 0.007 0.010 0.026 0.040 0.058 0.061 0.110 0.145 0.185 0.181 0.178 65 G 0.016 0.016 0.027 0.060 0.084 0.111 0.189 0.151 0.156 0.113 0.076 66 P 0.020 0.032 0.033 0.110 0.110 0.088 0.154 0.149 0.132 0.096 0.077 67 A 0.002 0.003 0.005 0.008 0.013 0.021 0.050 0.093 0.213 0.254 0.338 68 I 0.016 0.030 0.031 0.104 0.144 0.132 0.190 0.127 0.105 0.073 0.048 69 R 0.015 0.013 0.042 0.064 0.082 0.103 0.176 0.158 0.148 0.119 0.079 70 Y 0.056 0.095 0.069 0.164 0.146 0.139 0.143 0.074 0.057 0.036 0.022 71 D 0.008 0.038 0.021 0.044 0.053 0.070 0.168 0.144 0.185 0.155 0.113 72 E 0.152 0.084 0.052 0.147 0.175 0.142 0.129 0.054 0.035 0.018 0.012 73 N 0.589 0.124 0.116 0.100 0.035 0.015 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 74 V 0.007 0.016 0.016 0.045 0.065 0.150 0.236 0.142 0.157 0.109 0.054 75 I 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.020 0.073 0.119 0.233 0.267 0.263 76 G 0.025 0.045 0.325 0.264 0.179 0.093 0.042 0.015 0.008 0.004 0.002 77 N 0.025 0.063 0.360 0.242 0.154 0.080 0.047 0.018 0.006 0.003 0.001 78 H 0.001 0.003 0.006 0.014 0.028 0.046 0.128 0.206 0.225 0.210 0.134 79 L 0.002 0.002 0.005 0.012 0.031 0.097 0.248 0.178 0.191 0.161 0.071 80 R 0.012 0.035 0.660 0.188 0.070 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 81 M 0.005 0.005 0.044 0.039 0.065 0.173 0.338 0.145 0.097 0.064 0.025 82 L 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.015 0.061 0.081 0.257 0.314 0.258 83 A 0.040 0.060 0.131 0.178 0.199 0.135 0.143 0.061 0.031 0.016 0.007 84 D 0.060 0.204 0.422 0.180 0.072 0.034 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 85 D 0.109 0.133 0.053 0.103 0.118 0.132 0.187 0.090 0.040 0.021 0.013 86 P 0.848 0.080 0.013 0.024 0.013 0.007 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 87 A 0.373 0.211 0.092 0.162 0.079 0.036 0.025 0.012 0.005 0.003 0.001 88 M 0.012 0.025 0.030 0.049 0.072 0.116 0.209 0.158 0.152 0.121 0.056 89 Q 0.031 0.038 0.079 0.143 0.174 0.204 0.196 0.075 0.037 0.017 0.007 90 R 0.026 0.078 0.488 0.245 0.095 0.039 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 91 L 0.001 0.002 0.011 0.017 0.032 0.073 0.168 0.168 0.220 0.208 0.100 92 Y 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.051 0.159 0.157 0.240 0.247 0.115 93 E 0.006 0.031 0.449 0.232 0.144 0.077 0.035 0.013 0.008 0.004 0.002 94 L 0.007 0.008 0.092 0.056 0.089 0.171 0.276 0.146 0.074 0.055 0.025 95 L 0.001 0.002 0.005 0.008 0.013 0.031 0.100 0.139 0.269 0.252 0.181 96 S 0.004 0.005 0.012 0.017 0.031 0.052 0.144 0.150 0.216 0.211 0.158 97 R 0.027 0.043 0.313 0.224 0.171 0.102 0.064 0.027 0.016 0.008 0.005 98 S 0.057 0.055 0.115 0.132 0.148 0.133 0.197 0.096 0.038 0.017 0.012 99 I 0.008 0.011 0.014 0.020 0.028 0.035 0.096 0.147 0.202 0.191 0.248 100 H 0.058 0.045 0.055 0.105 0.141 0.119 0.204 0.123 0.076 0.046 0.028 101 E 0.134 0.185 0.372 0.194 0.067 0.025 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 102 R 0.114 0.140 0.124 0.154 0.140 0.113 0.122 0.051 0.023 0.012 0.007 103 Q 0.365 0.194 0.067 0.110 0.076 0.048 0.059 0.039 0.022 0.012 0.007