# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6639 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.163 0.231 0.031 0.003 0.489 0.005 0.010 0.010 0.007 0.009 0.043 2 D 0.187 0.244 0.061 0.001 0.385 0.002 0.004 0.006 0.003 0.009 0.097 3 A 0.080 0.452 0.110 0.021 0.187 0.019 0.018 0.026 0.015 0.033 0.039 4 D 0.067 0.321 0.308 0.050 0.157 0.010 0.009 0.037 0.018 0.011 0.014 5 S 0.007 0.012 0.006 0.003 0.010 0.007 0.020 0.526 0.384 0.020 0.004 6 E 0.004 0.026 0.016 0.007 0.007 0.014 0.056 0.621 0.188 0.056 0.006 7 Q 0.022 0.032 0.014 0.007 0.024 0.009 0.019 0.454 0.131 0.252 0.035 8 R 0.045 0.099 0.020 0.006 0.093 0.009 0.013 0.545 0.118 0.032 0.022 9 K 0.024 0.037 0.013 0.006 0.051 0.009 0.020 0.686 0.131 0.015 0.008 10 S 0.063 0.016 0.007 0.005 0.051 0.004 0.048 0.679 0.082 0.033 0.012 11 L 0.071 0.045 0.008 0.006 0.099 0.005 0.033 0.647 0.053 0.021 0.012 12 H 0.047 0.028 0.006 0.006 0.055 0.005 0.027 0.745 0.055 0.015 0.011 13 L 0.034 0.013 0.004 0.005 0.036 0.005 0.012 0.761 0.096 0.022 0.013 14 A 0.019 0.020 0.005 0.005 0.046 0.006 0.017 0.777 0.087 0.011 0.007 15 A 0.054 0.021 0.006 0.003 0.117 0.002 0.014 0.700 0.066 0.009 0.010 16 V 0.093 0.021 0.004 0.004 0.121 0.002 0.040 0.655 0.044 0.008 0.008 17 F 0.132 0.032 0.010 0.008 0.119 0.004 0.075 0.551 0.036 0.014 0.020 18 T 0.088 0.029 0.009 0.017 0.059 0.010 0.049 0.575 0.077 0.055 0.032 19 C 0.016 0.036 0.022 0.030 0.037 0.027 0.046 0.604 0.124 0.042 0.016 20 N 0.022 0.022 0.014 0.009 0.026 0.008 0.017 0.676 0.138 0.052 0.018 21 F 0.008 0.015 0.006 0.003 0.015 0.003 0.010 0.762 0.146 0.026 0.006 22 T 0.006 0.008 0.004 0.002 0.008 0.002 0.009 0.886 0.061 0.010 0.003 23 N 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.943 0.031 0.005 0.002 24 H 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.957 0.024 0.002 0.001 25 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.022 0.003 0.001 26 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.015 0.002 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.024 0.002 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.892 0.099 0.005 0.001 34 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.779 0.171 0.031 0.001 35 K 0.002 0.010 0.011 0.002 0.004 0.007 0.225 0.610 0.089 0.038 0.002 36 Y 0.003 0.820 0.126 0.003 0.026 0.002 0.008 0.004 0.002 0.003 0.002 37 N 0.035 0.004 0.005 0.006 0.006 0.003 0.004 0.006 0.007 0.509 0.415 38 L 0.032 0.580 0.158 0.009 0.145 0.006 0.010 0.012 0.009 0.021 0.018 39 P 0.070 0.476 0.170 0.013 0.162 0.008 0.010 0.039 0.016 0.018 0.018 40 F 0.012 0.033 0.008 0.003 0.024 0.008 0.015 0.395 0.469 0.026 0.008 41 D 0.006 0.014 0.007 0.002 0.010 0.010 0.018 0.655 0.233 0.039 0.006 42 V 0.008 0.023 0.009 0.002 0.012 0.003 0.019 0.707 0.123 0.086 0.008 43 M 0.008 0.013 0.008 0.002 0.010 0.007 0.007 0.549 0.150 0.236 0.009 44 L 0.006 0.033 0.012 0.004 0.011 0.004 0.011 0.821 0.085 0.010 0.004 45 P 0.003 0.025 0.015 0.002 0.008 0.002 0.007 0.860 0.071 0.007 0.002 46 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.911 0.062 0.011 0.001 47 I 0.003 0.009 0.003 0.001 0.006 0.003 0.006 0.854 0.087 0.026 0.002 48 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.896 0.073 0.010 0.001 49 E 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.908 0.046 0.012 0.001 50 T 0.007 0.018 0.005 0.001 0.007 0.001 0.007 0.875 0.052 0.025 0.002 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.768 0.210 0.015 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.897 0.082 0.005 0.001 53 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.017 0.716 0.122 0.127 0.002 54 V 0.006 0.006 0.002 0.001 0.009 0.002 0.013 0.685 0.240 0.034 0.003 55 H 0.009 0.020 0.008 0.003 0.017 0.011 0.033 0.616 0.239 0.039 0.005 56 E 0.032 0.018 0.010 0.004 0.035 0.011 0.117 0.393 0.145 0.220 0.015 57 L 0.052 0.155 0.078 0.019 0.098 0.024 0.107 0.187 0.070 0.186 0.025 58 E 0.079 0.263 0.209 0.032 0.143 0.012 0.018 0.112 0.041 0.047 0.045 59 P 0.028 0.040 0.013 0.004 0.037 0.008 0.017 0.518 0.291 0.033 0.013 60 K 0.009 0.030 0.013 0.006 0.017 0.014 0.054 0.599 0.202 0.049 0.008 61 T 0.046 0.041 0.014 0.006 0.064 0.010 0.032 0.440 0.162 0.151 0.035 62 A 0.066 0.088 0.022 0.008 0.163 0.015 0.039 0.359 0.131 0.084 0.024 63 Q 0.100 0.047 0.024 0.013 0.088 0.025 0.158 0.322 0.092 0.097 0.033 64 T 0.060 0.143 0.086 0.083 0.096 0.044 0.074 0.128 0.071 0.179 0.035 65 G 0.028 0.143 0.337 0.285 0.052 0.020 0.011 0.040 0.029 0.037 0.018 66 P 0.055 0.203 0.077 0.011 0.139 0.011 0.036 0.240 0.170 0.030 0.027 67 A 0.052 0.093 0.018 0.005 0.115 0.011 0.066 0.313 0.223 0.074 0.029 68 I 0.082 0.096 0.041 0.016 0.131 0.031 0.104 0.206 0.112 0.118 0.062 69 R 0.094 0.099 0.048 0.020 0.135 0.031 0.082 0.136 0.069 0.213 0.073 70 Y 0.054 0.186 0.125 0.041 0.138 0.055 0.045 0.096 0.064 0.154 0.042 71 D 0.184 0.204 0.056 0.007 0.335 0.004 0.005 0.078 0.041 0.053 0.033 72 E 0.004 0.008 0.003 0.001 0.007 0.002 0.003 0.520 0.424 0.026 0.004 73 N 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.011 0.851 0.103 0.016 0.002 74 V 0.006 0.014 0.004 0.001 0.007 0.001 0.004 0.868 0.062 0.030 0.004 75 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.913 0.059 0.013 0.002 76 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.920 0.060 0.003 0.001 77 N 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.019 0.926 0.027 0.012 0.001 78 H 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.913 0.047 0.025 0.001 79 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.867 0.113 0.004 0.001 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.926 0.051 0.003 0.001 81 M 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.824 0.104 0.050 0.001 82 L 0.004 0.007 0.002 0.001 0.006 0.006 0.017 0.594 0.282 0.074 0.006 83 A 0.004 0.020 0.009 0.003 0.010 0.011 0.076 0.664 0.158 0.041 0.005 84 D 0.008 0.036 0.041 0.003 0.017 0.013 0.033 0.109 0.064 0.665 0.010 85 D 0.159 0.170 0.025 0.002 0.349 0.002 0.010 0.160 0.054 0.040 0.028 86 P 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.591 0.375 0.014 0.002 87 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.851 0.096 0.028 0.001 88 M 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.863 0.085 0.037 0.002 89 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.031 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.026 0.002 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.018 0.003 0.001 92 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.030 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.027 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.976 0.011 0.002 0.001 95 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.900 0.069 0.018 0.001 96 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.858 0.119 0.009 0.001 97 R 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 0.843 0.115 0.014 0.001 98 S 0.007 0.014 0.007 0.001 0.010 0.003 0.056 0.745 0.110 0.043 0.003 99 I 0.033 0.018 0.006 0.002 0.035 0.005 0.024 0.555 0.211 0.094 0.016 100 H 0.017 0.045 0.014 0.007 0.038 0.020 0.066 0.560 0.183 0.040 0.010 101 E 0.059 0.037 0.018 0.007 0.065 0.014 0.089 0.371 0.118 0.189 0.031 102 R 0.093 0.178 0.045 0.012 0.195 0.017 0.053 0.182 0.087 0.100 0.038 103 Q 0.108 0.163 0.068 0.023 0.183 0.026 0.055 0.170 0.076 0.072 0.053