# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6639 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.183 0.093 0.091 0.133 0.153 0.126 0.088 0.061 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 2 D 0.303 0.174 0.184 0.132 0.088 0.054 0.031 0.014 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 A 0.195 0.097 0.090 0.147 0.182 0.107 0.083 0.052 0.027 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 4 D 0.483 0.187 0.168 0.070 0.045 0.020 0.015 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 S 0.634 0.179 0.069 0.045 0.028 0.021 0.017 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.621 0.152 0.074 0.055 0.038 0.023 0.029 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 Q 0.372 0.190 0.153 0.098 0.076 0.065 0.029 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.156 0.142 0.156 0.184 0.171 0.103 0.050 0.019 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.130 0.131 0.141 0.174 0.167 0.113 0.069 0.032 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 10 S 0.038 0.049 0.067 0.139 0.179 0.165 0.139 0.109 0.056 0.033 0.013 0.009 0.004 0.001 11 L 0.010 0.013 0.019 0.046 0.090 0.125 0.199 0.190 0.118 0.077 0.051 0.036 0.019 0.007 12 H 0.012 0.017 0.024 0.047 0.080 0.118 0.142 0.162 0.154 0.108 0.052 0.050 0.023 0.012 13 L 0.008 0.010 0.013 0.024 0.047 0.070 0.147 0.148 0.150 0.137 0.120 0.066 0.037 0.023 14 A 0.005 0.008 0.011 0.020 0.041 0.075 0.113 0.130 0.177 0.140 0.126 0.075 0.047 0.034 15 A 0.003 0.005 0.007 0.015 0.031 0.062 0.110 0.146 0.176 0.174 0.104 0.074 0.061 0.032 16 V 0.004 0.008 0.010 0.023 0.039 0.075 0.123 0.156 0.167 0.150 0.086 0.082 0.050 0.027 17 F 0.005 0.011 0.015 0.032 0.056 0.095 0.149 0.160 0.162 0.132 0.065 0.063 0.035 0.021 18 T 0.004 0.008 0.012 0.025 0.046 0.090 0.147 0.168 0.164 0.126 0.095 0.062 0.035 0.019 19 C 0.011 0.018 0.024 0.041 0.069 0.114 0.160 0.164 0.130 0.095 0.077 0.047 0.032 0.016 20 N 0.029 0.046 0.055 0.079 0.107 0.133 0.152 0.134 0.105 0.070 0.035 0.029 0.016 0.008 21 F 0.028 0.029 0.039 0.063 0.101 0.142 0.170 0.150 0.122 0.081 0.036 0.022 0.012 0.006 22 T 0.025 0.027 0.042 0.079 0.130 0.172 0.178 0.144 0.095 0.058 0.024 0.014 0.007 0.004 23 N 0.103 0.092 0.101 0.132 0.147 0.131 0.118 0.082 0.044 0.028 0.010 0.007 0.003 0.002 24 H 0.128 0.118 0.116 0.128 0.153 0.118 0.111 0.066 0.034 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 25 M 0.033 0.030 0.041 0.069 0.121 0.177 0.200 0.154 0.096 0.045 0.023 0.007 0.004 0.002 26 Y 0.041 0.060 0.076 0.131 0.170 0.180 0.162 0.108 0.039 0.019 0.008 0.002 0.002 0.001 27 A 0.249 0.269 0.168 0.147 0.088 0.042 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.076 0.094 0.121 0.184 0.198 0.153 0.082 0.059 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 29 A 0.009 0.014 0.029 0.071 0.127 0.203 0.254 0.177 0.082 0.020 0.010 0.002 0.002 0.001 30 A 0.109 0.188 0.155 0.224 0.179 0.090 0.035 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 E 0.470 0.302 0.166 0.037 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.022 0.030 0.065 0.174 0.256 0.199 0.145 0.074 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 33 L 0.032 0.073 0.082 0.203 0.259 0.178 0.106 0.043 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 K 0.636 0.217 0.090 0.028 0.012 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.446 0.192 0.194 0.081 0.043 0.028 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.100 0.081 0.120 0.198 0.247 0.150 0.068 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 37 N 0.508 0.237 0.147 0.052 0.027 0.018 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.289 0.139 0.101 0.156 0.151 0.091 0.040 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 P 0.352 0.177 0.185 0.101 0.071 0.054 0.033 0.008 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 40 F 0.159 0.145 0.160 0.199 0.149 0.110 0.046 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.387 0.247 0.154 0.086 0.054 0.038 0.019 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.059 0.060 0.082 0.125 0.174 0.163 0.145 0.109 0.047 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 43 M 0.019 0.018 0.023 0.063 0.114 0.189 0.209 0.190 0.097 0.041 0.025 0.008 0.004 0.002 44 L 0.082 0.100 0.122 0.212 0.179 0.125 0.080 0.053 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 45 P 0.209 0.175 0.129 0.157 0.132 0.078 0.055 0.034 0.016 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 46 L 0.025 0.034 0.047 0.079 0.135 0.194 0.191 0.162 0.081 0.029 0.015 0.005 0.003 0.001 47 I 0.006 0.010 0.016 0.046 0.107 0.186 0.284 0.201 0.090 0.031 0.018 0.003 0.002 0.001 48 D 0.119 0.265 0.191 0.217 0.110 0.064 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.252 0.277 0.223 0.134 0.063 0.037 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 T 0.008 0.019 0.036 0.133 0.188 0.262 0.177 0.115 0.046 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 51 A 0.010 0.029 0.041 0.127 0.234 0.233 0.196 0.089 0.033 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 52 R 0.534 0.254 0.167 0.029 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.128 0.207 0.235 0.216 0.117 0.075 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.022 0.026 0.039 0.125 0.208 0.203 0.227 0.100 0.037 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 55 H 0.169 0.211 0.204 0.185 0.133 0.067 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.733 0.173 0.047 0.019 0.011 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.143 0.115 0.124 0.197 0.193 0.139 0.055 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.446 0.178 0.171 0.080 0.052 0.040 0.021 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 P 0.243 0.144 0.096 0.150 0.137 0.114 0.064 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 60 K 0.207 0.134 0.164 0.150 0.139 0.083 0.056 0.030 0.022 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 61 T 0.235 0.152 0.144 0.129 0.117 0.094 0.047 0.031 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 62 A 0.068 0.044 0.046 0.084 0.122 0.143 0.153 0.129 0.078 0.053 0.043 0.023 0.012 0.003 63 Q 0.081 0.056 0.076 0.105 0.149 0.130 0.117 0.109 0.071 0.049 0.028 0.019 0.007 0.004 64 T 0.073 0.036 0.041 0.061 0.085 0.102 0.107 0.121 0.122 0.104 0.067 0.048 0.023 0.010 65 G 0.096 0.052 0.056 0.073 0.096 0.108 0.117 0.118 0.088 0.075 0.066 0.033 0.014 0.007 66 P 0.074 0.050 0.065 0.083 0.120 0.113 0.131 0.118 0.085 0.069 0.045 0.027 0.012 0.009 67 A 0.037 0.025 0.029 0.046 0.074 0.108 0.123 0.135 0.148 0.123 0.077 0.042 0.023 0.008 68 I 0.073 0.065 0.076 0.111 0.149 0.129 0.137 0.106 0.062 0.045 0.028 0.010 0.005 0.003 69 R 0.147 0.112 0.114 0.120 0.134 0.102 0.081 0.070 0.049 0.033 0.022 0.009 0.004 0.002 70 Y 0.109 0.096 0.102 0.134 0.157 0.133 0.092 0.084 0.045 0.028 0.010 0.005 0.003 0.001 71 D 0.058 0.054 0.067 0.131 0.163 0.174 0.138 0.098 0.065 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 72 E 0.164 0.146 0.166 0.155 0.134 0.108 0.062 0.032 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 73 N 0.507 0.195 0.179 0.055 0.029 0.018 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 V 0.071 0.081 0.095 0.165 0.186 0.163 0.106 0.078 0.034 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 75 I 0.021 0.027 0.034 0.092 0.167 0.200 0.215 0.139 0.067 0.022 0.011 0.003 0.002 0.001 76 G 0.268 0.241 0.214 0.144 0.071 0.036 0.014 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.459 0.233 0.154 0.077 0.039 0.023 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 H 0.015 0.030 0.053 0.142 0.207 0.242 0.171 0.079 0.045 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 79 L 0.032 0.059 0.072 0.186 0.240 0.187 0.121 0.062 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 80 R 0.531 0.286 0.126 0.031 0.010 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.051 0.084 0.129 0.251 0.239 0.135 0.061 0.030 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.033 0.052 0.056 0.172 0.232 0.203 0.138 0.079 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 83 A 0.460 0.288 0.124 0.069 0.030 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 D 0.753 0.112 0.087 0.022 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.446 0.128 0.301 0.059 0.035 0.015 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.738 0.133 0.061 0.034 0.018 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.647 0.192 0.084 0.033 0.019 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 M 0.082 0.070 0.087 0.169 0.252 0.183 0.089 0.036 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 89 Q 0.290 0.197 0.202 0.129 0.084 0.056 0.022 0.007 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.443 0.241 0.153 0.076 0.039 0.032 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.034 0.039 0.057 0.136 0.178 0.190 0.167 0.112 0.056 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 92 Y 0.021 0.026 0.039 0.109 0.181 0.201 0.194 0.139 0.056 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 93 E 0.348 0.238 0.169 0.105 0.055 0.050 0.017 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.169 0.130 0.132 0.176 0.175 0.103 0.059 0.032 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 95 L 0.030 0.032 0.045 0.093 0.151 0.204 0.186 0.142 0.064 0.026 0.017 0.006 0.003 0.001 96 S 0.045 0.052 0.069 0.125 0.191 0.182 0.159 0.103 0.043 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 97 R 0.405 0.216 0.143 0.105 0.061 0.036 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 S 0.147 0.115 0.156 0.194 0.187 0.110 0.048 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 99 I 0.065 0.049 0.068 0.126 0.190 0.170 0.160 0.097 0.046 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 100 H 0.216 0.156 0.143 0.164 0.156 0.087 0.043 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.726 0.156 0.061 0.024 0.013 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 R 0.246 0.133 0.162 0.160 0.131 0.094 0.043 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.410 0.149 0.139 0.110 0.089 0.049 0.034 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001