# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 511 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.024 0.023 0.071 0.126 0.097 0.064 0.557 2 K 0.047 0.026 0.018 0.057 0.073 0.135 0.060 0.585 3 R 0.014 0.008 0.036 0.061 0.073 0.093 0.036 0.679 4 S 0.506 0.007 0.009 0.012 0.015 0.043 0.139 0.270 5 I 0.657 0.001 0.003 0.003 0.004 0.043 0.039 0.250 6 E 0.018 0.001 0.010 0.003 0.009 0.109 0.013 0.838 7 D 0.006 0.001 0.015 0.002 0.008 0.121 0.024 0.823 8 T 0.003 0.001 0.123 0.048 0.030 0.215 0.030 0.550 9 P 0.001 0.001 0.620 0.039 0.067 0.047 0.049 0.177 10 I 0.001 0.001 0.688 0.027 0.058 0.021 0.090 0.114 11 V 0.001 0.001 0.933 0.014 0.015 0.004 0.013 0.020 12 L 0.001 0.001 0.931 0.010 0.013 0.006 0.014 0.024 13 I 0.005 0.003 0.817 0.013 0.013 0.024 0.049 0.076 14 G 0.040 0.094 0.423 0.013 0.018 0.087 0.148 0.176 15 A 0.032 0.450 0.052 0.010 0.011 0.085 0.104 0.256 16 G 0.036 0.332 0.024 0.006 0.006 0.055 0.430 0.112 17 N 0.008 0.282 0.008 0.002 0.003 0.018 0.652 0.027 18 L 0.002 0.934 0.002 0.001 0.001 0.004 0.044 0.012 19 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 20 T 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 21 N 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 22 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 23 A 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 24 K 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 25 A 0.014 0.879 0.010 0.001 0.002 0.006 0.063 0.025 26 L 0.062 0.051 0.187 0.003 0.002 0.015 0.646 0.032 27 Y 0.889 0.004 0.006 0.001 0.001 0.014 0.026 0.059 28 R 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.005 0.854 29 K 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.159 0.003 0.831 30 G 0.007 0.001 0.024 0.003 0.011 0.203 0.021 0.730 31 F 0.005 0.001 0.044 0.032 0.019 0.157 0.038 0.704 32 R 0.002 0.002 0.674 0.020 0.052 0.034 0.051 0.165 33 I 0.001 0.002 0.658 0.016 0.052 0.035 0.058 0.178 34 V 0.001 0.001 0.928 0.017 0.012 0.005 0.015 0.023 35 Q 0.002 0.001 0.842 0.033 0.052 0.010 0.021 0.039 36 V 0.011 0.001 0.601 0.049 0.075 0.039 0.090 0.135 37 Y 0.009 0.003 0.439 0.051 0.072 0.079 0.038 0.309 38 S 0.014 0.021 0.090 0.058 0.073 0.174 0.057 0.513 39 R 0.001 0.017 0.052 0.018 0.023 0.141 0.194 0.554 40 T 0.030 0.835 0.001 0.001 0.001 0.006 0.111 0.017 41 E 0.028 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.007 42 E 0.006 0.928 0.002 0.001 0.001 0.004 0.028 0.031 43 S 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.013 44 A 0.007 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.040 0.005 45 R 0.018 0.924 0.002 0.001 0.001 0.005 0.035 0.016 46 E 0.029 0.881 0.004 0.001 0.001 0.006 0.037 0.044 47 L 0.091 0.649 0.042 0.002 0.001 0.015 0.149 0.052 48 A 0.202 0.176 0.074 0.002 0.002 0.066 0.263 0.214 49 Q 0.260 0.068 0.007 0.001 0.002 0.051 0.014 0.597 50 K 0.044 0.016 0.007 0.001 0.002 0.059 0.021 0.850 51 V 0.038 0.018 0.013 0.002 0.002 0.181 0.040 0.707 52 E 0.051 0.026 0.015 0.003 0.006 0.100 0.074 0.725 53 A 0.048 0.017 0.031 0.004 0.005 0.110 0.069 0.717 54 E 0.050 0.032 0.152 0.014 0.022 0.121 0.118 0.491 55 Y 0.056 0.088 0.089 0.007 0.016 0.094 0.051 0.598 56 T 0.121 0.212 0.076 0.008 0.013 0.091 0.052 0.427 57 T 0.034 0.298 0.043 0.010 0.013 0.100 0.044 0.458 58 D 0.100 0.567 0.016 0.004 0.007 0.045 0.080 0.182 59 L 0.203 0.173 0.024 0.004 0.006 0.044 0.425 0.121 60 A 0.154 0.143 0.020 0.009 0.011 0.102 0.198 0.365 61 E 0.063 0.070 0.018 0.009 0.017 0.117 0.062 0.643 62 V 0.131 0.031 0.025 0.009 0.016 0.117 0.058 0.613 63 N 0.269 0.014 0.011 0.007 0.013 0.117 0.118 0.452 64 P 0.036 0.006 0.017 0.003 0.008 0.151 0.032 0.746 65 Y 0.015 0.004 0.067 0.006 0.013 0.179 0.052 0.664 66 A 0.002 0.002 0.375 0.020 0.030 0.146 0.052 0.373 67 K 0.001 0.001 0.776 0.016 0.042 0.022 0.050 0.094 68 L 0.001 0.001 0.793 0.034 0.038 0.015 0.051 0.068 69 Y 0.001 0.001 0.914 0.027 0.024 0.004 0.015 0.015 70 I 0.002 0.001 0.838 0.028 0.044 0.012 0.024 0.052 71 V 0.004 0.001 0.740 0.048 0.053 0.034 0.019 0.102 72 S 0.005 0.001 0.511 0.035 0.060 0.097 0.034 0.257 73 L 0.036 0.024 0.131 0.028 0.033 0.178 0.105 0.466 74 K 0.153 0.311 0.020 0.004 0.004 0.077 0.133 0.298 75 D 0.087 0.608 0.006 0.002 0.003 0.034 0.053 0.207 76 S 0.020 0.793 0.003 0.003 0.004 0.025 0.033 0.119 77 A 0.013 0.881 0.003 0.002 0.004 0.014 0.032 0.052 78 F 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.013 79 A 0.010 0.937 0.002 0.001 0.002 0.004 0.025 0.020 80 E 0.015 0.779 0.014 0.003 0.003 0.011 0.132 0.042 81 L 0.046 0.828 0.012 0.002 0.003 0.008 0.064 0.036 82 L 0.097 0.753 0.010 0.002 0.002 0.011 0.054 0.070 83 Q 0.025 0.599 0.007 0.002 0.003 0.036 0.033 0.295 84 G 0.035 0.431 0.030 0.005 0.007 0.052 0.086 0.355 85 I 0.254 0.219 0.035 0.009 0.009 0.052 0.208 0.214 86 V 0.295 0.092 0.009 0.006 0.007 0.057 0.078 0.457 87 E 0.029 0.019 0.006 0.002 0.003 0.071 0.019 0.851 88 G 0.055 0.012 0.023 0.005 0.009 0.134 0.038 0.723 89 K 0.141 0.005 0.013 0.006 0.011 0.113 0.034 0.677 90 R 0.245 0.007 0.006 0.003 0.005 0.084 0.061 0.588 91 E 0.022 0.004 0.019 0.002 0.006 0.165 0.037 0.745 92 E 0.006 0.005 0.146 0.013 0.026 0.181 0.039 0.584 93 A 0.002 0.003 0.515 0.039 0.098 0.058 0.065 0.220 94 L 0.001 0.002 0.709 0.046 0.051 0.021 0.074 0.095 95 M 0.002 0.002 0.775 0.056 0.067 0.012 0.035 0.052 96 V 0.005 0.001 0.804 0.040 0.039 0.016 0.028 0.067 97 H 0.026 0.002 0.708 0.045 0.047 0.029 0.051 0.092 98 T 0.082 0.005 0.245 0.028 0.049 0.116 0.078 0.399 99 A 0.059 0.003 0.102 0.029 0.036 0.189 0.045 0.538 100 G 0.014 0.003 0.085 0.036 0.063 0.177 0.025 0.596 101 S 0.022 0.007 0.037 0.024 0.036 0.165 0.049 0.660 102 I 0.045 0.032 0.033 0.045 0.045 0.191 0.049 0.560 103 P 0.203 0.194 0.013 0.009 0.018 0.094 0.081 0.388 104 M 0.138 0.179 0.020 0.018 0.028 0.105 0.071 0.440 105 N 0.102 0.181 0.045 0.036 0.052 0.098 0.103 0.384 106 V 0.191 0.079 0.042 0.025 0.041 0.101 0.118 0.402 107 W 0.337 0.040 0.026 0.028 0.037 0.075 0.102 0.355 108 E 0.084 0.014 0.010 0.016 0.024 0.108 0.046 0.699 109 G 0.016 0.006 0.012 0.015 0.026 0.132 0.018 0.773 110 H 0.047 0.015 0.018 0.025 0.037 0.116 0.052 0.689 111 V 0.189 0.013 0.018 0.025 0.025 0.119 0.097 0.514 112 P 0.080 0.011 0.022 0.018 0.028 0.108 0.045 0.688 113 H 0.050 0.008 0.037 0.016 0.034 0.147 0.057 0.649 114 Y 0.021 0.006 0.144 0.041 0.084 0.126 0.065 0.512 115 G 0.010 0.006 0.196 0.078 0.150 0.090 0.047 0.424 116 V 0.008 0.005 0.296 0.147 0.136 0.071 0.042 0.295 117 F 0.014 0.006 0.349 0.075 0.095 0.073 0.044 0.344 118 Y 0.115 0.015 0.237 0.061 0.080 0.091 0.107 0.295 119 P 0.057 0.013 0.130 0.031 0.056 0.125 0.052 0.536 120 M 0.066 0.015 0.062 0.023 0.036 0.124 0.056 0.618 121 Q 0.078 0.024 0.061 0.024 0.030 0.164 0.081 0.538 122 T 0.044 0.035 0.042 0.022 0.031 0.171 0.044 0.611 123 F 0.055 0.050 0.030 0.021 0.032 0.144 0.053 0.613 124 S 0.210 0.196 0.019 0.015 0.018 0.100 0.104 0.339 125 K 0.142 0.290 0.011 0.009 0.016 0.084 0.060 0.388 126 Q 0.081 0.262 0.020 0.015 0.025 0.096 0.071 0.432 127 R 0.086 0.371 0.028 0.025 0.044 0.079 0.062 0.305 128 E 0.202 0.210 0.032 0.024 0.036 0.068 0.091 0.336 129 V 0.171 0.086 0.044 0.037 0.043 0.090 0.086 0.443 130 D 0.132 0.039 0.028 0.016 0.031 0.103 0.049 0.602 131 F 0.166 0.032 0.016 0.009 0.013 0.093 0.075 0.597 132 K 0.032 0.034 0.022 0.018 0.023 0.156 0.041 0.673 133 E 0.018 0.076 0.022 0.014 0.027 0.102 0.037 0.705 134 I 0.043 0.178 0.050 0.041 0.057 0.111 0.099 0.422 135 P 0.036 0.257 0.098 0.039 0.079 0.077 0.089 0.326 136 F 0.042 0.223 0.119 0.058 0.102 0.061 0.110 0.285 137 F 0.069 0.076 0.224 0.053 0.088 0.065 0.201 0.224 138 I 0.196 0.030 0.128 0.042 0.066 0.074 0.198 0.265 139 E 0.105 0.013 0.079 0.028 0.038 0.104 0.151 0.482 140 A 0.012 0.018 0.022 0.014 0.020 0.179 0.034 0.702 141 S 0.007 0.073 0.019 0.008 0.013 0.132 0.057 0.691 142 S 0.067 0.825 0.002 0.001 0.001 0.011 0.042 0.051 143 T 0.049 0.901 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.028 144 E 0.006 0.924 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.032 145 D 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 146 A 0.004 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.007 147 A 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 148 F 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 149 L 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 150 K 0.011 0.338 0.001 0.001 0.001 0.002 0.641 0.007 151 A 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 152 I 0.026 0.359 0.033 0.001 0.001 0.014 0.542 0.026 153 A 0.046 0.063 0.095 0.001 0.001 0.015 0.725 0.054 154 S 0.064 0.038 0.041 0.004 0.003 0.147 0.155 0.548 155 T 0.061 0.024 0.021 0.003 0.005 0.115 0.071 0.701 156 L 0.101 0.023 0.057 0.008 0.007 0.195 0.113 0.497 157 S 0.034 0.007 0.015 0.004 0.013 0.176 0.026 0.725 158 N 0.027 0.009 0.027 0.011 0.018 0.078 0.026 0.805 159 R 0.014 0.009 0.181 0.077 0.167 0.122 0.046 0.383 160 V 0.028 0.006 0.117 0.060 0.093 0.125 0.054 0.517 161 Y 0.015 0.003 0.199 0.116 0.163 0.075 0.047 0.382 162 D 0.006 0.006 0.112 0.079 0.145 0.103 0.047 0.503 163 A 0.020 0.017 0.080 0.046 0.065 0.119 0.051 0.602 164 D 0.337 0.204 0.015 0.011 0.008 0.040 0.202 0.183 165 S 0.203 0.267 0.008 0.005 0.008 0.065 0.098 0.346 166 E 0.044 0.201 0.013 0.014 0.016 0.081 0.215 0.417 167 Q 0.039 0.504 0.008 0.011 0.021 0.053 0.156 0.207 168 R 0.046 0.548 0.008 0.018 0.021 0.042 0.135 0.181 169 K 0.010 0.749 0.011 0.028 0.041 0.019 0.042 0.102 170 S 0.004 0.868 0.006 0.008 0.025 0.008 0.016 0.065 171 L 0.007 0.774 0.029 0.025 0.042 0.011 0.052 0.060 172 H 0.008 0.816 0.026 0.019 0.025 0.008 0.060 0.038 173 L 0.024 0.546 0.044 0.019 0.028 0.014 0.234 0.090 174 A 0.017 0.287 0.073 0.017 0.018 0.016 0.507 0.065 175 A 0.031 0.528 0.047 0.012 0.019 0.034 0.199 0.129 176 V 0.030 0.445 0.063 0.013 0.012 0.034 0.256 0.148 177 F 0.021 0.694 0.017 0.007 0.008 0.024 0.135 0.094 178 T 0.035 0.399 0.013 0.002 0.003 0.021 0.462 0.065 179 C 0.013 0.313 0.014 0.002 0.002 0.021 0.589 0.046 180 N 0.008 0.842 0.005 0.001 0.001 0.012 0.097 0.034 181 F 0.002 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 0.012 182 T 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 183 N 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 184 H 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 185 M 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 186 Y 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 187 A 0.008 0.948 0.002 0.001 0.001 0.002 0.032 0.008 188 L 0.005 0.889 0.003 0.001 0.001 0.003 0.084 0.015 189 A 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 190 A 0.022 0.944 0.003 0.001 0.001 0.003 0.016 0.012 191 E 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.016 192 L 0.040 0.820 0.017 0.001 0.002 0.012 0.068 0.041 193 L 0.102 0.050 0.247 0.002 0.001 0.018 0.538 0.042 194 K 0.839 0.009 0.005 0.001 0.001 0.022 0.009 0.115 195 K 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 0.936 196 Y 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.165 0.002 0.827 197 N 0.006 0.006 0.006 0.002 0.006 0.161 0.012 0.800 198 L 0.012 0.011 0.005 0.004 0.003 0.089 0.012 0.865 199 P 0.527 0.185 0.009 0.002 0.002 0.028 0.132 0.115 200 F 0.350 0.229 0.023 0.001 0.002 0.061 0.066 0.267 201 D 0.078 0.093 0.088 0.003 0.007 0.116 0.114 0.501 202 V 0.026 0.361 0.037 0.005 0.012 0.100 0.071 0.388 203 M 0.019 0.765 0.010 0.003 0.004 0.028 0.031 0.141 204 L 0.030 0.746 0.007 0.004 0.004 0.015 0.133 0.063 205 P 0.019 0.877 0.003 0.001 0.002 0.011 0.053 0.035 206 L 0.014 0.274 0.023 0.002 0.002 0.013 0.642 0.029 207 I 0.009 0.937 0.005 0.001 0.001 0.005 0.027 0.017 208 D 0.018 0.931 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 0.028 209 E 0.017 0.632 0.031 0.002 0.003 0.019 0.207 0.090 210 T 0.042 0.820 0.011 0.003 0.003 0.016 0.063 0.042 211 A 0.129 0.490 0.034 0.003 0.003 0.024 0.210 0.108 212 R 0.073 0.434 0.030 0.003 0.004 0.074 0.059 0.324 213 K 0.109 0.352 0.021 0.004 0.007 0.050 0.044 0.413 214 V 0.298 0.078 0.069 0.007 0.009 0.079 0.137 0.322 215 H 0.158 0.031 0.021 0.012 0.013 0.139 0.072 0.554 216 E 0.028 0.016 0.009 0.003 0.008 0.092 0.019 0.826 217 L 0.021 0.014 0.029 0.007 0.009 0.159 0.056 0.705 218 E 0.115 0.084 0.028 0.018 0.023 0.113 0.145 0.475 219 P 0.217 0.070 0.016 0.008 0.013 0.089 0.073 0.514 220 K 0.157 0.021 0.075 0.018 0.026 0.107 0.104 0.492 221 T 0.193 0.010 0.043 0.011 0.024 0.107 0.059 0.553 222 A 0.048 0.004 0.025 0.014 0.023 0.143 0.025 0.719 223 Q 0.007 0.006 0.025 0.017 0.029 0.155 0.015 0.746 224 T 0.082 0.104 0.011 0.012 0.018 0.098 0.093 0.581 225 G 0.118 0.180 0.020 0.023 0.027 0.099 0.109 0.423 226 P 0.098 0.130 0.032 0.034 0.048 0.107 0.128 0.424 227 A 0.110 0.084 0.068 0.039 0.076 0.093 0.118 0.413 228 I 0.109 0.098 0.050 0.032 0.053 0.082 0.064 0.513 229 R 0.047 0.056 0.039 0.037 0.058 0.116 0.147 0.500 230 Y 0.011 0.194 0.017 0.012 0.020 0.087 0.096 0.563 231 D 0.028 0.876 0.002 0.002 0.002 0.008 0.042 0.041 232 E 0.012 0.856 0.003 0.003 0.003 0.008 0.065 0.050 233 N 0.008 0.714 0.006 0.003 0.006 0.012 0.200 0.050 234 V 0.004 0.867 0.005 0.002 0.003 0.004 0.097 0.017 235 I 0.003 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 236 G 0.011 0.937 0.003 0.002 0.003 0.003 0.019 0.023 237 N 0.013 0.886 0.010 0.002 0.003 0.007 0.047 0.032 238 H 0.008 0.954 0.005 0.002 0.002 0.004 0.011 0.015 239 L 0.080 0.744 0.027 0.003 0.004 0.015 0.064 0.063 240 R 0.257 0.289 0.041 0.009 0.012 0.044 0.122 0.227 241 M 0.218 0.056 0.027 0.006 0.012 0.070 0.095 0.516 242 L 0.138 0.031 0.023 0.005 0.005 0.123 0.090 0.585 243 A 0.010 0.025 0.004 0.002 0.003 0.131 0.015 0.810 244 D 0.010 0.156 0.003 0.001 0.002 0.060 0.012 0.756 245 D 0.111 0.651 0.003 0.001 0.001 0.025 0.083 0.125 246 P 0.066 0.815 0.001 0.001 0.001 0.012 0.054 0.051 247 A 0.025 0.871 0.002 0.001 0.001 0.010 0.033 0.057 248 M 0.011 0.934 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 0.029 249 Q 0.015 0.911 0.004 0.001 0.002 0.008 0.023 0.037 250 R 0.009 0.924 0.005 0.002 0.002 0.005 0.023 0.031 251 L 0.010 0.946 0.003 0.001 0.002 0.004 0.013 0.022 252 Y 0.047 0.578 0.024 0.003 0.004 0.015 0.273 0.056 253 E 0.045 0.524 0.022 0.005 0.006 0.031 0.254 0.113 254 L 0.032 0.421 0.044 0.007 0.008 0.039 0.273 0.176 255 L 0.037 0.708 0.021 0.003 0.005 0.027 0.073 0.126 256 S 0.059 0.715 0.006 0.002 0.003 0.024 0.059 0.131 257 R 0.021 0.716 0.010 0.004 0.005 0.027 0.043 0.175 258 S 0.068 0.506 0.038 0.012 0.015 0.044 0.144 0.173 259 I 0.289 0.148 0.037 0.010 0.013 0.051 0.210 0.241 260 H 0.202 0.060 0.011 0.008 0.012 0.066 0.066 0.574 261 E 0.021 0.019 0.012 0.005 0.010 0.092 0.025 0.815 262 R 0.024 0.020 0.049 0.018 0.031 0.125 0.048 0.684 263 Q 0.028 0.010 0.062 0.048 0.060 0.115 0.059 0.618