# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 511 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.135 0.057 0.048 0.081 0.068 0.010 0.517 2 K 0.066 0.178 0.069 0.075 0.234 0.044 0.010 0.325 3 R 0.094 0.118 0.037 0.048 0.061 0.111 0.021 0.511 4 S 0.132 0.071 0.045 0.032 0.036 0.153 0.035 0.497 5 I 0.237 0.113 0.066 0.024 0.053 0.115 0.025 0.366 6 E 0.035 0.029 0.028 0.008 0.011 0.432 0.022 0.434 7 D 0.384 0.008 0.044 0.006 0.009 0.068 0.113 0.368 8 T 0.558 0.019 0.116 0.023 0.013 0.083 0.017 0.171 9 P 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 0.040 0.001 0.933 10 I 0.014 0.001 0.582 0.034 0.066 0.099 0.002 0.202 11 V 0.004 0.001 0.919 0.015 0.025 0.014 0.001 0.021 12 L 0.001 0.001 0.936 0.015 0.016 0.008 0.001 0.024 13 I 0.001 0.001 0.979 0.003 0.006 0.003 0.001 0.009 14 G 0.002 0.001 0.734 0.015 0.028 0.062 0.001 0.156 15 A 0.004 0.002 0.393 0.007 0.027 0.150 0.004 0.414 16 G 0.023 0.005 0.120 0.008 0.022 0.261 0.007 0.553 17 N 0.047 0.018 0.027 0.003 0.006 0.320 0.005 0.574 18 L 0.080 0.111 0.017 0.002 0.008 0.073 0.003 0.706 19 A 0.072 0.401 0.007 0.002 0.006 0.112 0.003 0.398 20 T 0.046 0.505 0.004 0.001 0.003 0.242 0.004 0.194 21 N 0.015 0.897 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.080 22 L 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 23 A 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.014 24 K 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 25 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 26 L 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 27 Y 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 28 R 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 29 K 0.088 0.782 0.003 0.001 0.001 0.002 0.109 0.015 30 G 0.537 0.046 0.022 0.001 0.001 0.004 0.365 0.026 31 F 0.058 0.019 0.722 0.031 0.005 0.030 0.020 0.114 32 R 0.004 0.001 0.564 0.187 0.067 0.056 0.003 0.119 33 I 0.004 0.001 0.292 0.098 0.120 0.077 0.001 0.407 34 V 0.001 0.001 0.644 0.129 0.155 0.014 0.001 0.057 35 Q 0.001 0.001 0.667 0.119 0.155 0.017 0.001 0.041 36 V 0.001 0.001 0.639 0.089 0.123 0.019 0.001 0.127 37 Y 0.001 0.001 0.663 0.097 0.183 0.015 0.001 0.041 38 S 0.006 0.003 0.187 0.080 0.131 0.101 0.005 0.487 39 R 0.025 0.004 0.184 0.039 0.096 0.167 0.009 0.476 40 T 0.009 0.006 0.019 0.007 0.023 0.518 0.003 0.414 41 E 0.012 0.011 0.011 0.002 0.013 0.063 0.002 0.887 42 E 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.262 0.001 0.708 43 S 0.040 0.053 0.001 0.001 0.001 0.767 0.004 0.134 44 A 0.027 0.919 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.045 45 R 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 46 E 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.028 47 L 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 48 A 0.027 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 49 Q 0.069 0.884 0.003 0.001 0.001 0.005 0.024 0.016 50 K 0.146 0.749 0.009 0.001 0.001 0.001 0.062 0.033 51 V 0.189 0.691 0.014 0.002 0.002 0.002 0.058 0.042 52 E 0.123 0.212 0.188 0.013 0.005 0.042 0.057 0.359 53 A 0.043 0.076 0.377 0.022 0.014 0.062 0.017 0.387 54 E 0.113 0.072 0.267 0.042 0.036 0.116 0.016 0.337 55 Y 0.072 0.054 0.107 0.020 0.020 0.092 0.013 0.621 56 T 0.056 0.054 0.369 0.034 0.081 0.058 0.009 0.340 57 T 0.044 0.040 0.081 0.023 0.035 0.122 0.010 0.645 58 D 0.039 0.043 0.024 0.010 0.021 0.282 0.011 0.570 59 L 0.078 0.094 0.031 0.013 0.042 0.134 0.011 0.598 60 A 0.019 0.070 0.005 0.005 0.007 0.499 0.006 0.389 61 E 0.297 0.095 0.005 0.008 0.008 0.358 0.030 0.199 62 V 0.214 0.636 0.002 0.003 0.006 0.009 0.012 0.117 63 N 0.124 0.690 0.007 0.013 0.026 0.015 0.006 0.119 64 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 65 Y 0.111 0.040 0.037 0.025 0.035 0.116 0.033 0.603 66 A 0.587 0.022 0.071 0.036 0.025 0.020 0.019 0.219 67 K 0.021 0.006 0.681 0.090 0.046 0.046 0.004 0.106 68 L 0.004 0.002 0.819 0.027 0.028 0.020 0.001 0.099 69 Y 0.002 0.001 0.912 0.030 0.034 0.010 0.001 0.012 70 I 0.001 0.001 0.922 0.022 0.031 0.005 0.001 0.020 71 V 0.001 0.001 0.943 0.023 0.026 0.002 0.001 0.006 72 S 0.001 0.001 0.727 0.037 0.046 0.040 0.001 0.149 73 L 0.002 0.001 0.477 0.032 0.096 0.095 0.001 0.295 74 K 0.003 0.001 0.092 0.015 0.039 0.291 0.003 0.556 75 D 0.014 0.002 0.039 0.006 0.021 0.202 0.005 0.712 76 S 0.039 0.005 0.008 0.002 0.005 0.118 0.004 0.818 77 A 0.113 0.020 0.005 0.002 0.003 0.434 0.007 0.416 78 F 0.105 0.120 0.006 0.003 0.007 0.422 0.005 0.331 79 A 0.047 0.613 0.004 0.003 0.009 0.064 0.002 0.258 80 E 0.021 0.834 0.001 0.001 0.003 0.023 0.002 0.115 81 L 0.022 0.924 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.039 82 L 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 83 Q 0.014 0.946 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.028 84 G 0.060 0.825 0.005 0.001 0.001 0.010 0.029 0.069 85 I 0.150 0.757 0.012 0.002 0.002 0.008 0.021 0.048 86 V 0.075 0.710 0.026 0.005 0.004 0.026 0.017 0.136 87 E 0.072 0.456 0.023 0.006 0.008 0.036 0.026 0.373 88 G 0.296 0.260 0.021 0.007 0.011 0.041 0.052 0.312 89 K 0.342 0.181 0.038 0.014 0.013 0.077 0.051 0.283 90 R 0.135 0.096 0.082 0.022 0.018 0.108 0.021 0.518 91 E 0.047 0.024 0.031 0.018 0.015 0.037 0.011 0.817 92 E 0.090 0.016 0.062 0.024 0.023 0.118 0.018 0.649 93 A 0.248 0.015 0.197 0.031 0.028 0.109 0.021 0.351 94 L 0.042 0.006 0.697 0.050 0.043 0.071 0.004 0.088 95 M 0.003 0.001 0.790 0.071 0.071 0.021 0.001 0.042 96 V 0.001 0.001 0.816 0.065 0.091 0.006 0.001 0.021 97 H 0.001 0.001 0.723 0.067 0.084 0.027 0.001 0.097 98 T 0.002 0.001 0.503 0.043 0.113 0.100 0.002 0.235 99 A 0.006 0.002 0.221 0.040 0.075 0.278 0.006 0.372 100 G 0.051 0.002 0.139 0.024 0.046 0.205 0.022 0.513 101 S 0.127 0.006 0.075 0.021 0.033 0.105 0.017 0.617 102 I 0.076 0.007 0.075 0.048 0.049 0.208 0.004 0.534 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.994 104 M 0.034 0.006 0.035 0.035 0.156 0.104 0.003 0.626 105 N 0.066 0.023 0.013 0.020 0.029 0.109 0.004 0.735 106 V 0.149 0.070 0.019 0.019 0.034 0.091 0.010 0.607 107 W 0.202 0.206 0.031 0.032 0.072 0.099 0.011 0.347 108 E 0.146 0.291 0.021 0.034 0.045 0.094 0.012 0.357 109 G 0.119 0.240 0.011 0.021 0.031 0.070 0.025 0.483 110 H 0.380 0.197 0.020 0.018 0.037 0.038 0.053 0.257 111 V 0.272 0.180 0.036 0.043 0.041 0.058 0.019 0.351 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 113 H 0.047 0.016 0.034 0.024 0.055 0.091 0.011 0.723 114 Y 0.500 0.024 0.041 0.016 0.022 0.043 0.018 0.337 115 G 0.147 0.024 0.140 0.070 0.071 0.071 0.010 0.466 116 V 0.066 0.011 0.260 0.127 0.135 0.075 0.007 0.320 117 F 0.027 0.009 0.195 0.108 0.188 0.042 0.005 0.425 118 Y 0.017 0.007 0.215 0.194 0.267 0.056 0.003 0.241 119 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 120 M 0.015 0.004 0.111 0.045 0.171 0.128 0.005 0.521 121 Q 0.143 0.016 0.058 0.034 0.045 0.128 0.013 0.562 122 T 0.078 0.018 0.026 0.020 0.033 0.071 0.008 0.747 123 F 0.085 0.027 0.048 0.031 0.059 0.133 0.007 0.609 124 S 0.077 0.046 0.024 0.022 0.043 0.247 0.007 0.533 125 K 0.036 0.031 0.011 0.008 0.022 0.066 0.006 0.819 126 Q 0.051 0.070 0.014 0.012 0.023 0.183 0.009 0.637 127 R 0.180 0.119 0.015 0.013 0.020 0.188 0.019 0.446 128 E 0.122 0.397 0.015 0.016 0.029 0.076 0.011 0.334 129 V 0.084 0.501 0.020 0.020 0.037 0.058 0.010 0.272 130 D 0.107 0.405 0.020 0.022 0.033 0.075 0.026 0.312 131 F 0.292 0.302 0.023 0.019 0.029 0.050 0.053 0.232 132 K 0.262 0.255 0.032 0.022 0.025 0.078 0.042 0.284 133 E 0.157 0.084 0.051 0.016 0.018 0.082 0.052 0.539 134 I 0.182 0.061 0.081 0.035 0.040 0.118 0.018 0.466 135 P 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.984 136 F 0.029 0.030 0.088 0.087 0.161 0.164 0.005 0.436 137 F 0.108 0.131 0.122 0.059 0.096 0.068 0.007 0.410 138 I 0.053 0.284 0.109 0.109 0.180 0.029 0.005 0.230 139 E 0.057 0.249 0.139 0.075 0.140 0.043 0.011 0.285 140 A 0.167 0.183 0.066 0.055 0.098 0.061 0.045 0.323 141 S 0.264 0.087 0.053 0.023 0.038 0.122 0.081 0.332 142 S 0.089 0.058 0.040 0.008 0.020 0.173 0.021 0.590 143 T 0.006 0.015 0.009 0.001 0.003 0.036 0.002 0.927 144 E 0.006 0.018 0.002 0.001 0.001 0.466 0.002 0.503 145 D 0.063 0.085 0.004 0.001 0.002 0.679 0.005 0.162 146 A 0.037 0.877 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.069 147 A 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.037 148 F 0.026 0.913 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.046 149 L 0.019 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 150 K 0.010 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 151 A 0.005 0.941 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.044 152 I 0.007 0.966 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.018 153 A 0.013 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 154 S 0.039 0.926 0.003 0.001 0.001 0.005 0.010 0.017 155 T 0.147 0.768 0.005 0.001 0.001 0.002 0.042 0.035 156 L 0.246 0.576 0.011 0.003 0.002 0.004 0.102 0.055 157 S 0.186 0.211 0.124 0.017 0.006 0.053 0.092 0.312 158 N 0.071 0.052 0.346 0.036 0.023 0.054 0.038 0.380 159 R 0.193 0.023 0.248 0.056 0.040 0.163 0.023 0.253 160 V 0.025 0.008 0.149 0.060 0.052 0.062 0.005 0.638 161 Y 0.004 0.001 0.410 0.272 0.228 0.019 0.001 0.064 162 D 0.007 0.005 0.065 0.089 0.111 0.057 0.003 0.665 163 A 0.013 0.005 0.199 0.097 0.243 0.084 0.004 0.357 164 D 0.005 0.005 0.029 0.046 0.076 0.387 0.003 0.449 165 S 0.006 0.003 0.012 0.005 0.015 0.040 0.003 0.916 166 E 0.010 0.006 0.003 0.003 0.005 0.673 0.006 0.296 167 Q 0.298 0.013 0.004 0.004 0.005 0.498 0.038 0.139 168 R 0.126 0.415 0.010 0.012 0.017 0.166 0.007 0.248 169 K 0.055 0.422 0.010 0.024 0.043 0.135 0.008 0.303 170 S 0.083 0.420 0.025 0.027 0.077 0.079 0.014 0.274 171 L 0.056 0.533 0.048 0.083 0.105 0.039 0.014 0.123 172 H 0.024 0.368 0.139 0.143 0.164 0.049 0.008 0.105 173 L 0.013 0.411 0.261 0.075 0.083 0.032 0.006 0.119 174 A 0.015 0.364 0.337 0.070 0.119 0.017 0.006 0.072 175 A 0.024 0.487 0.153 0.067 0.098 0.030 0.012 0.128 176 V 0.050 0.406 0.179 0.050 0.088 0.039 0.015 0.173 177 F 0.060 0.390 0.108 0.028 0.057 0.044 0.017 0.296 178 T 0.063 0.364 0.075 0.017 0.059 0.085 0.012 0.325 179 C 0.028 0.287 0.026 0.005 0.017 0.138 0.007 0.492 180 N 0.023 0.426 0.013 0.002 0.006 0.100 0.004 0.427 181 F 0.038 0.736 0.006 0.001 0.002 0.053 0.003 0.162 182 T 0.009 0.921 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.039 183 N 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 184 H 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 185 M 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 186 Y 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 187 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 188 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 189 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 190 A 0.005 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 191 E 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 192 L 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 193 L 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 194 K 0.034 0.941 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.011 195 K 0.070 0.883 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 0.013 196 Y 0.357 0.425 0.008 0.001 0.001 0.002 0.186 0.022 197 N 0.343 0.113 0.107 0.003 0.001 0.011 0.287 0.136 198 L 0.055 0.036 0.605 0.013 0.004 0.068 0.015 0.204 199 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.979 200 F 0.018 0.013 0.023 0.004 0.018 0.051 0.003 0.870 201 D 0.040 0.025 0.011 0.002 0.003 0.108 0.002 0.809 202 V 0.386 0.080 0.008 0.004 0.005 0.118 0.009 0.390 203 M 0.359 0.349 0.008 0.002 0.005 0.036 0.009 0.233 204 L 0.152 0.445 0.007 0.003 0.007 0.044 0.004 0.338 205 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 206 L 0.019 0.500 0.004 0.001 0.003 0.082 0.003 0.389 207 I 0.037 0.925 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.025 208 D 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 209 E 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 210 T 0.017 0.955 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.015 211 A 0.006 0.983 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 212 R 0.006 0.971 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 213 K 0.055 0.865 0.002 0.001 0.001 0.011 0.033 0.034 214 V 0.049 0.920 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 0.016 215 H 0.060 0.829 0.013 0.003 0.001 0.012 0.020 0.062 216 E 0.202 0.468 0.056 0.007 0.006 0.037 0.085 0.139 217 L 0.325 0.355 0.054 0.007 0.008 0.020 0.101 0.131 218 E 0.214 0.171 0.070 0.023 0.017 0.047 0.028 0.431 219 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 220 K 0.033 0.029 0.088 0.038 0.063 0.195 0.007 0.547 221 T 0.257 0.104 0.032 0.019 0.027 0.090 0.014 0.458 222 A 0.273 0.191 0.054 0.024 0.038 0.065 0.017 0.337 223 Q 0.277 0.107 0.098 0.040 0.054 0.104 0.031 0.289 224 T 0.212 0.063 0.039 0.026 0.039 0.074 0.051 0.495 225 G 0.130 0.028 0.051 0.039 0.053 0.091 0.014 0.594 226 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 227 A 0.027 0.008 0.053 0.051 0.096 0.191 0.004 0.570 228 I 0.191 0.049 0.064 0.063 0.096 0.068 0.008 0.462 229 R 0.101 0.137 0.068 0.061 0.120 0.052 0.007 0.453 230 Y 0.098 0.100 0.079 0.031 0.053 0.091 0.012 0.536 231 D 0.093 0.108 0.034 0.020 0.045 0.137 0.014 0.550 232 E 0.026 0.071 0.015 0.004 0.013 0.060 0.007 0.805 233 N 0.029 0.120 0.011 0.004 0.007 0.404 0.007 0.418 234 V 0.085 0.277 0.016 0.002 0.004 0.380 0.007 0.230 235 I 0.020 0.886 0.004 0.001 0.002 0.016 0.001 0.069 236 G 0.005 0.921 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.062 237 N 0.006 0.926 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.056 238 H 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 239 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 240 R 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 241 M 0.053 0.904 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 0.022 242 L 0.143 0.817 0.003 0.001 0.001 0.002 0.019 0.016 243 A 0.281 0.554 0.015 0.002 0.001 0.005 0.074 0.067 244 D 0.251 0.232 0.059 0.004 0.003 0.023 0.152 0.277 245 D 0.311 0.112 0.085 0.006 0.006 0.056 0.044 0.379 246 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 247 A 0.004 0.009 0.010 0.001 0.002 0.177 0.001 0.796 248 M 0.229 0.084 0.011 0.002 0.005 0.193 0.009 0.468 249 Q 0.242 0.330 0.009 0.003 0.006 0.119 0.009 0.281 250 R 0.089 0.657 0.008 0.003 0.007 0.037 0.005 0.194 251 L 0.033 0.803 0.004 0.003 0.007 0.018 0.005 0.126 252 Y 0.018 0.856 0.006 0.005 0.009 0.018 0.005 0.083 253 E 0.014 0.894 0.005 0.004 0.005 0.016 0.004 0.058 254 L 0.019 0.940 0.003 0.002 0.003 0.005 0.003 0.025 255 L 0.020 0.945 0.005 0.002 0.003 0.003 0.004 0.018 256 S 0.019 0.912 0.010 0.004 0.007 0.005 0.008 0.035 257 R 0.036 0.734 0.016 0.005 0.007 0.020 0.021 0.161 258 S 0.077 0.610 0.018 0.007 0.009 0.087 0.038 0.155 259 I 0.095 0.610 0.047 0.008 0.012 0.061 0.018 0.148 260 H 0.035 0.589 0.026 0.010 0.011 0.094 0.011 0.223 261 E 0.103 0.443 0.019 0.008 0.015 0.055 0.026 0.331 262 R 0.122 0.613 0.014 0.009 0.017 0.029 0.022 0.173 263 Q 0.176 0.394 0.032 0.023 0.025 0.047 0.035 0.268