# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 511 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.272 0.179 0.157 0.181 0.148 0.058 0.005 2 K 0.290 0.242 0.232 0.152 0.068 0.017 0.001 3 R 0.498 0.336 0.116 0.039 0.009 0.002 0.001 4 S 0.276 0.326 0.238 0.125 0.030 0.005 0.001 5 I 0.084 0.078 0.189 0.338 0.266 0.044 0.001 6 E 0.550 0.363 0.062 0.017 0.007 0.001 0.001 7 D 0.445 0.423 0.089 0.033 0.009 0.002 0.001 8 T 0.071 0.193 0.276 0.294 0.133 0.032 0.002 9 P 0.009 0.050 0.220 0.408 0.221 0.086 0.006 10 I 0.001 0.002 0.007 0.019 0.146 0.573 0.252 11 V 0.001 0.001 0.005 0.017 0.065 0.336 0.575 12 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.146 0.836 13 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.114 0.872 14 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.113 0.875 15 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.174 0.797 16 G 0.001 0.007 0.021 0.066 0.166 0.357 0.380 17 N 0.002 0.013 0.049 0.116 0.298 0.350 0.172 18 L 0.001 0.003 0.007 0.022 0.114 0.427 0.427 19 A 0.001 0.003 0.007 0.022 0.091 0.385 0.491 20 T 0.006 0.027 0.106 0.213 0.208 0.267 0.173 21 N 0.001 0.004 0.017 0.034 0.148 0.385 0.411 22 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.218 0.760 23 A 0.001 0.001 0.004 0.016 0.076 0.388 0.515 24 K 0.004 0.037 0.142 0.260 0.236 0.242 0.079 25 A 0.002 0.010 0.042 0.122 0.326 0.410 0.088 26 L 0.001 0.002 0.006 0.019 0.132 0.627 0.213 27 Y 0.009 0.056 0.147 0.324 0.294 0.151 0.019 28 R 0.154 0.363 0.241 0.150 0.065 0.026 0.002 29 K 0.094 0.209 0.294 0.273 0.098 0.029 0.001 30 G 0.137 0.234 0.190 0.189 0.165 0.078 0.007 31 F 0.032 0.061 0.138 0.258 0.335 0.158 0.018 32 R 0.098 0.258 0.275 0.206 0.104 0.051 0.008 33 I 0.034 0.059 0.097 0.184 0.275 0.272 0.079 34 V 0.022 0.033 0.042 0.085 0.189 0.397 0.231 35 Q 0.026 0.039 0.063 0.128 0.187 0.315 0.241 36 V 0.021 0.031 0.045 0.088 0.150 0.331 0.336 37 Y 0.025 0.053 0.093 0.149 0.253 0.307 0.120 38 S 0.057 0.137 0.184 0.216 0.222 0.151 0.033 39 R 0.066 0.143 0.211 0.252 0.210 0.101 0.015 40 T 0.125 0.178 0.198 0.198 0.196 0.096 0.008 41 E 0.217 0.294 0.238 0.163 0.070 0.017 0.001 42 E 0.481 0.387 0.088 0.032 0.011 0.002 0.001 43 S 0.119 0.282 0.289 0.225 0.069 0.015 0.001 44 A 0.025 0.051 0.141 0.295 0.360 0.125 0.003 45 R 0.174 0.443 0.274 0.087 0.019 0.002 0.001 46 E 0.164 0.426 0.266 0.124 0.019 0.002 0.001 47 L 0.007 0.027 0.074 0.199 0.471 0.218 0.004 48 A 0.016 0.068 0.232 0.494 0.165 0.025 0.001 49 Q 0.409 0.523 0.055 0.009 0.003 0.001 0.001 50 K 0.140 0.342 0.277 0.210 0.027 0.004 0.001 51 V 0.029 0.050 0.178 0.318 0.358 0.066 0.001 52 E 0.205 0.453 0.250 0.074 0.014 0.003 0.001 53 A 0.111 0.123 0.235 0.283 0.202 0.044 0.002 54 E 0.222 0.408 0.209 0.116 0.037 0.008 0.001 55 Y 0.059 0.128 0.196 0.260 0.228 0.122 0.008 56 T 0.068 0.127 0.202 0.276 0.231 0.090 0.007 57 T 0.238 0.348 0.235 0.119 0.048 0.010 0.001 58 D 0.147 0.286 0.260 0.195 0.086 0.024 0.002 59 L 0.038 0.074 0.139 0.257 0.319 0.163 0.011 60 A 0.150 0.305 0.280 0.182 0.067 0.016 0.001 61 E 0.239 0.438 0.199 0.094 0.025 0.005 0.001 62 V 0.020 0.050 0.119 0.265 0.359 0.175 0.012 63 N 0.029 0.076 0.167 0.331 0.278 0.114 0.006 64 P 0.201 0.452 0.225 0.079 0.032 0.009 0.001 65 Y 0.037 0.176 0.331 0.322 0.100 0.028 0.005 66 A 0.002 0.005 0.014 0.058 0.345 0.495 0.081 67 K 0.002 0.027 0.109 0.319 0.287 0.230 0.026 68 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.102 0.484 0.386 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.258 0.708 70 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.147 0.838 71 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.037 0.198 0.752 72 S 0.001 0.004 0.010 0.029 0.088 0.372 0.497 73 L 0.003 0.011 0.028 0.089 0.245 0.432 0.193 74 K 0.035 0.115 0.186 0.227 0.230 0.176 0.032 75 D 0.104 0.186 0.222 0.217 0.175 0.087 0.009 76 S 0.311 0.321 0.185 0.111 0.050 0.020 0.002 77 A 0.132 0.191 0.206 0.221 0.160 0.079 0.010 78 F 0.055 0.086 0.126 0.194 0.304 0.212 0.023 79 A 0.097 0.230 0.288 0.226 0.118 0.038 0.002 80 E 0.135 0.318 0.287 0.172 0.071 0.015 0.001 81 L 0.018 0.051 0.087 0.193 0.366 0.264 0.022 82 L 0.017 0.066 0.170 0.375 0.269 0.100 0.003 83 Q 0.277 0.460 0.180 0.060 0.019 0.004 0.001 84 G 0.126 0.334 0.304 0.191 0.039 0.005 0.001 85 I 0.024 0.036 0.086 0.218 0.460 0.171 0.004 86 V 0.101 0.276 0.341 0.220 0.055 0.007 0.001 87 E 0.562 0.364 0.058 0.012 0.002 0.001 0.001 88 G 0.257 0.302 0.256 0.154 0.029 0.003 0.001 89 K 0.248 0.263 0.239 0.168 0.073 0.008 0.001 90 R 0.318 0.342 0.206 0.093 0.036 0.005 0.001 91 E 0.352 0.419 0.141 0.062 0.022 0.004 0.001 92 E 0.115 0.289 0.236 0.215 0.114 0.029 0.001 93 A 0.008 0.045 0.158 0.364 0.297 0.120 0.008 94 L 0.002 0.005 0.014 0.034 0.176 0.597 0.172 95 M 0.001 0.002 0.006 0.021 0.052 0.292 0.626 96 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.154 0.826 97 H 0.001 0.001 0.004 0.011 0.039 0.164 0.780 98 T 0.001 0.002 0.003 0.006 0.030 0.210 0.749 99 A 0.004 0.010 0.020 0.047 0.106 0.331 0.482 100 G 0.012 0.041 0.072 0.150 0.236 0.314 0.176 101 S 0.030 0.057 0.088 0.158 0.249 0.312 0.105 102 I 0.048 0.093 0.150 0.217 0.253 0.191 0.048 103 P 0.148 0.229 0.214 0.179 0.128 0.085 0.018 104 M 0.102 0.122 0.180 0.254 0.227 0.103 0.012 105 N 0.377 0.396 0.129 0.060 0.028 0.009 0.001 106 V 0.113 0.187 0.205 0.265 0.163 0.063 0.005 107 W 0.076 0.109 0.174 0.261 0.270 0.105 0.005 108 E 0.291 0.322 0.225 0.117 0.036 0.009 0.001 109 G 0.425 0.327 0.153 0.070 0.020 0.005 0.001 110 H 0.160 0.202 0.251 0.246 0.108 0.032 0.002 111 V 0.118 0.131 0.224 0.275 0.191 0.058 0.003 112 P 0.456 0.371 0.109 0.042 0.016 0.005 0.001 113 H 0.218 0.272 0.215 0.179 0.083 0.030 0.004 114 Y 0.074 0.147 0.200 0.250 0.210 0.105 0.014 115 G 0.036 0.081 0.129 0.212 0.270 0.218 0.053 116 V 0.014 0.025 0.043 0.089 0.210 0.379 0.240 117 F 0.007 0.011 0.018 0.043 0.119 0.358 0.443 118 Y 0.004 0.007 0.012 0.028 0.073 0.266 0.610 119 P 0.004 0.006 0.011 0.025 0.064 0.234 0.656 120 M 0.003 0.006 0.007 0.016 0.061 0.271 0.635 121 Q 0.012 0.020 0.024 0.052 0.114 0.321 0.458 122 T 0.025 0.061 0.082 0.143 0.194 0.313 0.183 123 F 0.033 0.073 0.132 0.233 0.256 0.210 0.063 124 S 0.071 0.087 0.122 0.202 0.276 0.204 0.037 125 K 0.350 0.352 0.155 0.080 0.046 0.015 0.002 126 Q 0.540 0.300 0.099 0.042 0.014 0.004 0.001 127 R 0.272 0.260 0.219 0.171 0.060 0.017 0.001 128 E 0.222 0.252 0.246 0.180 0.073 0.026 0.001 129 V 0.156 0.173 0.265 0.254 0.121 0.030 0.001 130 D 0.446 0.355 0.125 0.050 0.019 0.005 0.001 131 F 0.122 0.147 0.230 0.296 0.152 0.051 0.003 132 K 0.330 0.305 0.190 0.111 0.050 0.014 0.001 133 E 0.323 0.365 0.171 0.093 0.035 0.012 0.001 134 I 0.054 0.113 0.164 0.270 0.257 0.126 0.016 135 P 0.031 0.084 0.128 0.223 0.292 0.220 0.022 136 F 0.027 0.077 0.144 0.209 0.271 0.236 0.036 137 F 0.026 0.067 0.148 0.241 0.278 0.203 0.039 138 I 0.027 0.050 0.090 0.176 0.300 0.307 0.050 139 E 0.104 0.226 0.268 0.227 0.133 0.039 0.002 140 A 0.301 0.361 0.188 0.103 0.037 0.009 0.001 141 S 0.302 0.270 0.213 0.152 0.052 0.011 0.001 142 S 0.363 0.279 0.184 0.111 0.051 0.012 0.001 143 T 0.561 0.294 0.101 0.034 0.008 0.001 0.001 144 E 0.490 0.374 0.095 0.032 0.008 0.001 0.001 145 D 0.128 0.239 0.279 0.238 0.094 0.022 0.001 146 A 0.025 0.088 0.250 0.349 0.229 0.058 0.001 147 A 0.218 0.453 0.200 0.092 0.032 0.005 0.001 148 F 0.012 0.070 0.234 0.357 0.256 0.067 0.004 149 L 0.006 0.017 0.028 0.077 0.310 0.499 0.063 150 K 0.015 0.119 0.326 0.375 0.129 0.035 0.001 151 A 0.051 0.232 0.329 0.292 0.076 0.019 0.001 152 I 0.003 0.012 0.042 0.124 0.357 0.427 0.034 153 A 0.010 0.026 0.060 0.192 0.363 0.312 0.037 154 S 0.079 0.348 0.339 0.161 0.056 0.017 0.001 155 T 0.066 0.207 0.281 0.296 0.121 0.028 0.002 156 L 0.027 0.048 0.101 0.203 0.357 0.244 0.020 157 S 0.102 0.225 0.247 0.231 0.140 0.050 0.004 158 N 0.214 0.321 0.256 0.142 0.050 0.017 0.002 159 R 0.067 0.176 0.247 0.280 0.174 0.053 0.004 160 V 0.044 0.081 0.106 0.186 0.312 0.249 0.022 161 Y 0.038 0.093 0.180 0.278 0.277 0.128 0.008 162 D 0.118 0.300 0.317 0.183 0.063 0.019 0.001 163 A 0.054 0.085 0.181 0.327 0.276 0.073 0.003 164 D 0.346 0.390 0.157 0.072 0.030 0.005 0.001 165 S 0.519 0.321 0.099 0.046 0.013 0.002 0.001 166 E 0.519 0.341 0.098 0.032 0.009 0.001 0.001 167 Q 0.218 0.265 0.262 0.192 0.051 0.011 0.001 168 R 0.097 0.201 0.347 0.238 0.094 0.023 0.001 169 K 0.106 0.260 0.288 0.243 0.081 0.022 0.001 170 S 0.013 0.063 0.161 0.301 0.290 0.157 0.014 171 L 0.004 0.009 0.013 0.044 0.219 0.556 0.156 172 H 0.004 0.027 0.095 0.246 0.258 0.283 0.087 173 L 0.001 0.002 0.004 0.015 0.062 0.336 0.580 174 A 0.001 0.001 0.004 0.010 0.043 0.243 0.698 175 A 0.001 0.002 0.004 0.012 0.049 0.211 0.722 176 V 0.002 0.005 0.008 0.021 0.063 0.245 0.658 177 F 0.003 0.006 0.011 0.030 0.080 0.299 0.571 178 T 0.004 0.009 0.018 0.048 0.110 0.306 0.504 179 C 0.009 0.025 0.044 0.088 0.186 0.338 0.309 180 N 0.016 0.039 0.065 0.112 0.217 0.293 0.258 181 F 0.009 0.014 0.021 0.054 0.110 0.308 0.484 182 T 0.007 0.014 0.025 0.061 0.122 0.325 0.444 183 N 0.016 0.038 0.093 0.172 0.213 0.263 0.204 184 H 0.008 0.025 0.050 0.084 0.210 0.345 0.277 185 M 0.004 0.006 0.011 0.038 0.088 0.356 0.498 186 Y 0.003 0.009 0.021 0.071 0.177 0.415 0.303 187 A 0.015 0.065 0.162 0.244 0.251 0.205 0.059 188 L 0.007 0.038 0.138 0.234 0.329 0.193 0.061 189 A 0.001 0.005 0.007 0.021 0.110 0.572 0.284 190 A 0.007 0.048 0.168 0.339 0.295 0.132 0.011 191 E 0.065 0.288 0.310 0.243 0.063 0.029 0.002 192 L 0.005 0.021 0.091 0.256 0.409 0.208 0.010 193 L 0.019 0.030 0.060 0.154 0.352 0.355 0.030 194 K 0.181 0.453 0.217 0.101 0.040 0.007 0.001 195 K 0.324 0.417 0.163 0.075 0.016 0.003 0.001 196 Y 0.079 0.122 0.256 0.350 0.160 0.032 0.001 197 N 0.523 0.350 0.091 0.025 0.009 0.002 0.001 198 L 0.141 0.167 0.261 0.292 0.117 0.020 0.001 199 P 0.430 0.351 0.136 0.051 0.026 0.006 0.001 200 F 0.109 0.191 0.271 0.284 0.111 0.032 0.002 201 D 0.473 0.379 0.100 0.032 0.014 0.003 0.001 202 V 0.044 0.145 0.253 0.323 0.182 0.047 0.005 203 M 0.019 0.043 0.066 0.136 0.339 0.338 0.059 204 L 0.010 0.069 0.211 0.367 0.227 0.109 0.006 205 P 0.063 0.238 0.318 0.247 0.100 0.032 0.003 206 L 0.007 0.022 0.082 0.224 0.360 0.268 0.037 207 I 0.007 0.014 0.023 0.069 0.257 0.496 0.134 208 D 0.031 0.154 0.316 0.311 0.133 0.050 0.005 209 E 0.106 0.303 0.290 0.209 0.069 0.022 0.002 210 T 0.043 0.107 0.190 0.290 0.248 0.115 0.008 211 A 0.031 0.050 0.098 0.215 0.373 0.219 0.015 212 R 0.170 0.334 0.289 0.142 0.051 0.013 0.001 213 K 0.222 0.351 0.234 0.136 0.044 0.011 0.001 214 V 0.095 0.109 0.175 0.281 0.245 0.090 0.006 215 H 0.197 0.249 0.219 0.187 0.114 0.033 0.002 216 E 0.351 0.366 0.171 0.076 0.026 0.008 0.001 217 L 0.175 0.187 0.219 0.244 0.138 0.035 0.002 218 E 0.276 0.313 0.206 0.125 0.060 0.019 0.001 219 P 0.165 0.145 0.201 0.258 0.163 0.062 0.005 220 K 0.418 0.302 0.168 0.076 0.029 0.007 0.001 221 T 0.379 0.294 0.170 0.108 0.036 0.012 0.001 222 A 0.269 0.216 0.194 0.170 0.106 0.042 0.005 223 Q 0.223 0.182 0.192 0.209 0.130 0.058 0.006 224 T 0.387 0.297 0.153 0.090 0.049 0.022 0.003 225 G 0.234 0.200 0.185 0.190 0.125 0.058 0.008 226 P 0.265 0.253 0.181 0.144 0.100 0.049 0.007 227 A 0.155 0.167 0.186 0.208 0.173 0.096 0.015 228 I 0.133 0.177 0.204 0.202 0.187 0.087 0.009 229 R 0.201 0.234 0.242 0.180 0.103 0.037 0.003 230 Y 0.250 0.253 0.206 0.167 0.089 0.031 0.003 231 D 0.253 0.220 0.207 0.175 0.098 0.042 0.005 232 E 0.292 0.265 0.204 0.148 0.067 0.021 0.001 233 N 0.420 0.400 0.112 0.048 0.017 0.004 0.001 234 V 0.041 0.083 0.167 0.275 0.283 0.134 0.016 235 I 0.029 0.057 0.093 0.169 0.330 0.288 0.034 236 G 0.087 0.255 0.330 0.231 0.076 0.021 0.001 237 N 0.082 0.242 0.314 0.245 0.093 0.023 0.002 238 H 0.010 0.033 0.064 0.156 0.338 0.360 0.039 239 L 0.011 0.039 0.105 0.261 0.372 0.201 0.013 240 R 0.078 0.347 0.322 0.171 0.061 0.020 0.001 241 M 0.019 0.062 0.171 0.312 0.315 0.115 0.005 242 L 0.027 0.051 0.110 0.202 0.373 0.226 0.011 243 A 0.202 0.350 0.270 0.134 0.038 0.006 0.001 244 D 0.493 0.341 0.113 0.043 0.009 0.001 0.001 245 D 0.551 0.266 0.112 0.057 0.013 0.002 0.001 246 P 0.703 0.215 0.052 0.021 0.007 0.001 0.001 247 A 0.589 0.263 0.099 0.039 0.009 0.002 0.001 248 M 0.443 0.300 0.160 0.070 0.022 0.005 0.001 249 Q 0.255 0.243 0.219 0.168 0.087 0.025 0.002 250 R 0.153 0.202 0.232 0.210 0.141 0.055 0.007 251 L 0.095 0.150 0.178 0.216 0.204 0.138 0.019 252 Y 0.095 0.153 0.201 0.239 0.192 0.107 0.012 253 E 0.181 0.253 0.222 0.173 0.113 0.052 0.006 254 L 0.081 0.131 0.205 0.268 0.194 0.104 0.017 255 L 0.099 0.091 0.127 0.229 0.263 0.169 0.022 256 S 0.342 0.313 0.174 0.100 0.053 0.016 0.001 257 R 0.545 0.324 0.085 0.032 0.010 0.003 0.001 258 S 0.264 0.205 0.191 0.205 0.098 0.034 0.002 259 I 0.226 0.165 0.215 0.214 0.139 0.039 0.002 260 H 0.645 0.243 0.076 0.025 0.009 0.002 0.001 261 E 0.750 0.196 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001 262 R 0.526 0.194 0.135 0.098 0.035 0.010 0.001 263 Q 0.672 0.179 0.078 0.044 0.020 0.006 0.001