# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3171 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.017 0.012 0.052 0.061 0.102 0.068 0.648 2 K 0.067 0.014 0.009 0.037 0.063 0.087 0.057 0.665 3 R 0.045 0.004 0.009 0.033 0.036 0.086 0.047 0.740 4 S 0.189 0.004 0.012 0.026 0.041 0.073 0.082 0.572 5 I 0.122 0.001 0.013 0.011 0.016 0.084 0.055 0.697 6 E 0.013 0.001 0.034 0.013 0.031 0.159 0.020 0.729 7 D 0.003 0.001 0.044 0.010 0.028 0.134 0.027 0.754 8 T 0.001 0.001 0.223 0.076 0.085 0.185 0.067 0.361 9 P 0.001 0.001 0.730 0.049 0.071 0.022 0.062 0.065 10 I 0.001 0.001 0.759 0.055 0.061 0.009 0.066 0.049 11 V 0.001 0.001 0.940 0.020 0.017 0.002 0.013 0.007 12 L 0.002 0.002 0.883 0.027 0.033 0.009 0.022 0.021 13 I 0.005 0.005 0.860 0.023 0.027 0.021 0.032 0.026 14 G 0.042 0.080 0.389 0.021 0.045 0.119 0.149 0.155 15 A 0.088 0.302 0.087 0.005 0.018 0.139 0.106 0.255 16 G 0.050 0.157 0.055 0.006 0.011 0.083 0.491 0.147 17 N 0.006 0.134 0.018 0.004 0.005 0.032 0.745 0.056 18 L 0.011 0.812 0.006 0.001 0.002 0.015 0.115 0.037 19 A 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 20 T 0.007 0.940 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.013 21 N 0.004 0.883 0.002 0.001 0.001 0.003 0.094 0.012 22 L 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 23 A 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 24 K 0.005 0.949 0.010 0.001 0.001 0.002 0.018 0.013 25 A 0.037 0.828 0.027 0.002 0.002 0.008 0.047 0.048 26 L 0.140 0.019 0.332 0.006 0.002 0.012 0.453 0.036 27 Y 0.833 0.005 0.010 0.001 0.001 0.012 0.032 0.106 28 R 0.108 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.007 0.868 29 K 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.112 0.002 0.874 30 G 0.003 0.001 0.020 0.001 0.007 0.093 0.011 0.864 31 F 0.005 0.001 0.076 0.032 0.017 0.177 0.039 0.653 32 R 0.004 0.002 0.767 0.030 0.032 0.030 0.050 0.084 33 I 0.008 0.004 0.387 0.048 0.044 0.047 0.110 0.352 34 V 0.001 0.001 0.908 0.021 0.022 0.005 0.026 0.017 35 Q 0.006 0.002 0.747 0.035 0.063 0.017 0.058 0.072 36 V 0.012 0.004 0.536 0.110 0.097 0.042 0.062 0.137 37 Y 0.019 0.020 0.378 0.031 0.069 0.094 0.071 0.319 38 S 0.054 0.075 0.071 0.026 0.051 0.217 0.060 0.444 39 R 0.012 0.030 0.030 0.008 0.008 0.120 0.199 0.593 40 T 0.063 0.785 0.002 0.001 0.001 0.014 0.099 0.036 41 E 0.068 0.872 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.023 42 E 0.009 0.901 0.002 0.001 0.001 0.008 0.020 0.058 43 S 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 44 A 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 45 R 0.010 0.915 0.005 0.001 0.001 0.003 0.053 0.013 46 E 0.036 0.855 0.010 0.001 0.001 0.006 0.048 0.044 47 L 0.221 0.402 0.045 0.002 0.002 0.020 0.241 0.068 48 A 0.200 0.106 0.104 0.005 0.002 0.035 0.252 0.295 49 Q 0.164 0.038 0.007 0.001 0.001 0.033 0.019 0.738 50 K 0.069 0.013 0.018 0.001 0.001 0.069 0.019 0.810 51 V 0.030 0.011 0.031 0.003 0.006 0.174 0.022 0.723 52 E 0.021 0.005 0.038 0.003 0.008 0.122 0.071 0.732 53 A 0.020 0.009 0.081 0.015 0.015 0.127 0.144 0.589 54 E 0.024 0.022 0.292 0.049 0.054 0.112 0.098 0.349 55 Y 0.038 0.046 0.122 0.017 0.030 0.103 0.047 0.597 56 T 0.044 0.123 0.211 0.030 0.031 0.090 0.053 0.418 57 T 0.035 0.117 0.110 0.021 0.018 0.097 0.048 0.552 58 D 0.195 0.494 0.015 0.005 0.005 0.037 0.082 0.167 59 L 0.384 0.286 0.016 0.004 0.004 0.028 0.157 0.120 60 A 0.184 0.184 0.010 0.007 0.008 0.056 0.131 0.420 61 E 0.039 0.044 0.015 0.013 0.013 0.061 0.116 0.700 62 V 0.080 0.020 0.009 0.009 0.015 0.112 0.065 0.690 63 N 0.324 0.011 0.019 0.008 0.010 0.088 0.169 0.371 64 P 0.091 0.006 0.008 0.003 0.006 0.107 0.024 0.755 65 Y 0.034 0.004 0.020 0.002 0.009 0.132 0.038 0.761 66 A 0.004 0.004 0.107 0.021 0.042 0.260 0.055 0.507 67 K 0.001 0.001 0.707 0.023 0.066 0.045 0.055 0.103 68 L 0.001 0.001 0.720 0.047 0.048 0.017 0.079 0.088 69 Y 0.001 0.001 0.889 0.042 0.030 0.004 0.023 0.011 70 I 0.004 0.001 0.760 0.069 0.075 0.010 0.043 0.040 71 V 0.004 0.002 0.693 0.080 0.105 0.021 0.037 0.058 72 S 0.011 0.008 0.411 0.048 0.108 0.081 0.069 0.266 73 L 0.024 0.025 0.181 0.071 0.075 0.166 0.077 0.380 74 K 0.076 0.147 0.034 0.011 0.017 0.106 0.159 0.450 75 D 0.157 0.595 0.007 0.002 0.003 0.036 0.082 0.118 76 S 0.030 0.660 0.008 0.003 0.003 0.042 0.060 0.196 77 A 0.011 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.034 78 F 0.019 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 79 A 0.017 0.862 0.003 0.001 0.001 0.003 0.099 0.015 80 E 0.017 0.710 0.010 0.001 0.001 0.009 0.203 0.048 81 L 0.051 0.856 0.008 0.001 0.001 0.008 0.045 0.030 82 L 0.087 0.755 0.010 0.001 0.001 0.010 0.076 0.060 83 Q 0.040 0.605 0.013 0.001 0.001 0.019 0.059 0.261 84 G 0.035 0.433 0.030 0.002 0.003 0.049 0.139 0.309 85 I 0.204 0.423 0.052 0.005 0.003 0.052 0.089 0.173 86 V 0.406 0.109 0.042 0.007 0.006 0.043 0.080 0.307 87 E 0.047 0.039 0.020 0.003 0.004 0.061 0.032 0.795 88 G 0.020 0.009 0.093 0.007 0.009 0.115 0.085 0.662 89 K 0.127 0.005 0.046 0.007 0.005 0.120 0.059 0.632 90 R 0.425 0.006 0.013 0.002 0.002 0.051 0.040 0.462 91 E 0.012 0.002 0.026 0.002 0.004 0.195 0.012 0.747 92 E 0.002 0.001 0.163 0.011 0.056 0.139 0.049 0.578 93 A 0.002 0.001 0.365 0.090 0.124 0.074 0.081 0.263 94 L 0.001 0.001 0.703 0.076 0.071 0.022 0.045 0.081 95 M 0.002 0.001 0.712 0.081 0.082 0.017 0.038 0.067 96 V 0.006 0.002 0.713 0.064 0.060 0.027 0.044 0.085 97 H 0.070 0.006 0.407 0.061 0.075 0.073 0.151 0.157 98 T 0.120 0.011 0.114 0.024 0.050 0.145 0.096 0.439 99 A 0.037 0.007 0.060 0.017 0.040 0.154 0.060 0.625 100 G 0.027 0.017 0.048 0.023 0.057 0.160 0.062 0.605 101 S 0.026 0.023 0.027 0.027 0.045 0.138 0.075 0.639 102 I 0.058 0.095 0.035 0.049 0.042 0.155 0.059 0.507 103 P 0.107 0.389 0.012 0.012 0.020 0.064 0.068 0.328 104 M 0.087 0.544 0.023 0.009 0.012 0.045 0.061 0.220 105 N 0.068 0.496 0.037 0.026 0.027 0.045 0.105 0.197 106 V 0.110 0.322 0.057 0.021 0.023 0.060 0.173 0.234 107 W 0.304 0.342 0.024 0.014 0.021 0.040 0.093 0.161 108 E 0.316 0.093 0.019 0.010 0.015 0.052 0.070 0.424 109 G 0.017 0.027 0.013 0.019 0.022 0.071 0.049 0.782 110 H 0.025 0.019 0.020 0.013 0.022 0.122 0.057 0.721 111 V 0.192 0.012 0.049 0.036 0.024 0.134 0.117 0.437 112 P 0.304 0.006 0.011 0.006 0.009 0.072 0.030 0.561 113 H 0.105 0.003 0.011 0.002 0.005 0.062 0.030 0.782 114 Y 0.017 0.002 0.081 0.015 0.041 0.230 0.025 0.589 115 G 0.006 0.001 0.082 0.018 0.052 0.074 0.039 0.729 116 V 0.003 0.001 0.354 0.118 0.103 0.087 0.036 0.298 117 F 0.004 0.001 0.448 0.053 0.094 0.050 0.051 0.299 118 Y 0.027 0.002 0.283 0.199 0.100 0.057 0.083 0.250 119 P 0.017 0.004 0.312 0.050 0.066 0.077 0.062 0.412 120 M 0.029 0.007 0.124 0.033 0.066 0.114 0.078 0.549 121 Q 0.070 0.017 0.122 0.050 0.054 0.121 0.089 0.477 122 T 0.055 0.041 0.060 0.024 0.034 0.135 0.058 0.593 123 F 0.059 0.061 0.039 0.020 0.031 0.128 0.045 0.618 124 S 0.146 0.192 0.023 0.020 0.026 0.095 0.071 0.427 125 K 0.099 0.328 0.013 0.011 0.020 0.077 0.073 0.379 126 Q 0.070 0.352 0.019 0.016 0.027 0.076 0.095 0.345 127 R 0.041 0.282 0.038 0.059 0.058 0.073 0.141 0.308 128 E 0.122 0.248 0.030 0.033 0.056 0.075 0.095 0.342 129 V 0.218 0.069 0.055 0.052 0.063 0.071 0.178 0.294 130 D 0.146 0.034 0.018 0.034 0.050 0.090 0.069 0.559 131 F 0.063 0.016 0.011 0.011 0.022 0.072 0.043 0.763 132 K 0.011 0.008 0.020 0.025 0.039 0.181 0.024 0.693 133 E 0.039 0.018 0.027 0.020 0.044 0.113 0.051 0.687 134 I 0.078 0.044 0.043 0.055 0.054 0.141 0.083 0.502 135 P 0.021 0.028 0.168 0.054 0.125 0.097 0.078 0.428 136 F 0.018 0.019 0.196 0.122 0.224 0.060 0.112 0.250 137 F 0.018 0.008 0.266 0.122 0.149 0.060 0.080 0.297 138 I 0.040 0.007 0.209 0.144 0.155 0.070 0.114 0.261 139 E 0.042 0.010 0.070 0.045 0.071 0.126 0.118 0.518 140 A 0.025 0.017 0.023 0.014 0.026 0.164 0.031 0.701 141 S 0.027 0.053 0.009 0.007 0.007 0.108 0.033 0.757 142 S 0.075 0.727 0.002 0.002 0.002 0.022 0.054 0.117 143 T 0.050 0.887 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.035 144 E 0.014 0.906 0.002 0.001 0.001 0.007 0.034 0.035 145 D 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 146 A 0.010 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.007 147 A 0.001 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 148 F 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 149 L 0.012 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 150 K 0.039 0.535 0.010 0.001 0.001 0.006 0.378 0.030 151 A 0.006 0.055 0.004 0.001 0.001 0.006 0.900 0.029 152 I 0.036 0.500 0.017 0.001 0.001 0.027 0.330 0.088 153 A 0.145 0.218 0.032 0.004 0.005 0.063 0.145 0.388 154 S 0.040 0.046 0.018 0.004 0.005 0.085 0.107 0.695 155 T 0.078 0.046 0.034 0.004 0.006 0.142 0.112 0.579 156 L 0.156 0.029 0.035 0.008 0.009 0.192 0.062 0.509 157 S 0.056 0.015 0.032 0.005 0.011 0.157 0.039 0.685 158 N 0.015 0.013 0.082 0.011 0.028 0.144 0.053 0.654 159 R 0.015 0.013 0.362 0.047 0.085 0.102 0.076 0.299 160 V 0.014 0.012 0.308 0.084 0.101 0.073 0.064 0.344 161 Y 0.017 0.013 0.302 0.079 0.091 0.075 0.049 0.373 162 D 0.039 0.042 0.192 0.084 0.092 0.103 0.076 0.371 163 A 0.038 0.074 0.076 0.026 0.030 0.114 0.057 0.584 164 D 0.204 0.382 0.017 0.010 0.011 0.047 0.082 0.247 165 S 0.177 0.435 0.010 0.005 0.005 0.053 0.072 0.243 166 E 0.045 0.217 0.012 0.006 0.008 0.070 0.240 0.401 167 Q 0.083 0.450 0.004 0.004 0.005 0.028 0.294 0.133 168 R 0.077 0.518 0.004 0.004 0.006 0.060 0.125 0.205 169 K 0.011 0.720 0.005 0.008 0.014 0.029 0.041 0.172 170 S 0.009 0.861 0.004 0.003 0.009 0.017 0.024 0.072 171 L 0.013 0.795 0.022 0.011 0.013 0.023 0.082 0.042 172 H 0.022 0.610 0.079 0.025 0.031 0.020 0.170 0.043 173 L 0.070 0.480 0.083 0.010 0.017 0.038 0.227 0.075 174 A 0.020 0.244 0.115 0.013 0.017 0.033 0.476 0.083 175 A 0.026 0.513 0.083 0.012 0.023 0.047 0.111 0.184 176 V 0.020 0.359 0.072 0.014 0.018 0.068 0.220 0.229 177 F 0.026 0.689 0.032 0.006 0.007 0.042 0.093 0.104 178 T 0.012 0.049 0.003 0.001 0.001 0.007 0.907 0.020 179 C 0.006 0.214 0.003 0.001 0.001 0.015 0.722 0.039 180 N 0.006 0.798 0.002 0.001 0.001 0.016 0.136 0.040 181 F 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 182 T 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 183 N 0.002 0.846 0.001 0.001 0.001 0.002 0.145 0.004 184 H 0.001 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 185 M 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 186 Y 0.002 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 187 A 0.002 0.923 0.008 0.001 0.001 0.001 0.061 0.005 188 L 0.004 0.954 0.002 0.001 0.001 0.002 0.032 0.006 189 A 0.010 0.959 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 190 A 0.012 0.917 0.003 0.001 0.001 0.003 0.045 0.020 191 E 0.009 0.924 0.016 0.001 0.001 0.004 0.014 0.031 192 L 0.125 0.743 0.042 0.001 0.001 0.013 0.030 0.044 193 L 0.142 0.014 0.472 0.004 0.001 0.016 0.297 0.054 194 K 0.818 0.005 0.005 0.001 0.001 0.011 0.004 0.157 195 K 0.125 0.001 0.007 0.001 0.001 0.023 0.008 0.836 196 Y 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.172 0.006 0.807 197 N 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.064 0.003 0.925 198 L 0.012 0.008 0.005 0.003 0.001 0.079 0.006 0.886 199 P 0.250 0.594 0.010 0.001 0.001 0.013 0.084 0.046 200 F 0.319 0.591 0.002 0.001 0.001 0.009 0.030 0.047 201 D 0.062 0.422 0.050 0.004 0.004 0.033 0.169 0.256 202 V 0.010 0.762 0.020 0.003 0.003 0.026 0.050 0.125 203 M 0.016 0.919 0.004 0.001 0.001 0.013 0.009 0.038 204 L 0.034 0.853 0.020 0.002 0.002 0.007 0.061 0.022 205 P 0.045 0.784 0.013 0.002 0.003 0.015 0.073 0.065 206 L 0.033 0.118 0.030 0.001 0.002 0.020 0.741 0.055 207 I 0.026 0.598 0.027 0.004 0.002 0.024 0.244 0.074 208 D 0.061 0.627 0.013 0.001 0.002 0.024 0.030 0.242 209 E 0.024 0.400 0.035 0.005 0.005 0.068 0.086 0.377 210 T 0.090 0.641 0.022 0.003 0.005 0.041 0.073 0.126 211 A 0.189 0.453 0.019 0.003 0.003 0.047 0.093 0.192 212 R 0.039 0.359 0.048 0.009 0.010 0.069 0.053 0.412 213 K 0.074 0.321 0.057 0.008 0.015 0.068 0.102 0.355 214 V 0.200 0.274 0.055 0.015 0.016 0.082 0.082 0.275 215 H 0.152 0.124 0.083 0.026 0.033 0.081 0.074 0.426 216 E 0.025 0.037 0.020 0.012 0.020 0.094 0.041 0.750 217 L 0.035 0.025 0.051 0.015 0.022 0.127 0.205 0.519 218 E 0.107 0.055 0.038 0.035 0.030 0.146 0.188 0.400 219 P 0.223 0.029 0.012 0.006 0.013 0.084 0.041 0.592 220 K 0.098 0.012 0.014 0.013 0.017 0.100 0.084 0.663 221 T 0.055 0.022 0.017 0.010 0.023 0.130 0.062 0.680 222 A 0.041 0.018 0.013 0.009 0.016 0.167 0.020 0.717 223 Q 0.010 0.018 0.024 0.017 0.015 0.137 0.017 0.763 224 T 0.129 0.296 0.014 0.007 0.011 0.068 0.040 0.435 225 G 0.297 0.379 0.024 0.010 0.010 0.041 0.085 0.155 226 P 0.114 0.307 0.046 0.020 0.022 0.069 0.072 0.350 227 A 0.097 0.203 0.051 0.022 0.030 0.067 0.094 0.437 228 I 0.118 0.243 0.030 0.018 0.027 0.099 0.056 0.410 229 R 0.065 0.123 0.048 0.020 0.031 0.095 0.106 0.513 230 Y 0.076 0.162 0.010 0.007 0.009 0.087 0.046 0.603 231 D 0.121 0.539 0.005 0.003 0.004 0.028 0.101 0.200 232 E 0.025 0.634 0.006 0.002 0.004 0.049 0.058 0.221 233 N 0.007 0.156 0.011 0.004 0.006 0.023 0.691 0.101 234 V 0.008 0.651 0.008 0.005 0.004 0.015 0.270 0.039 235 I 0.012 0.945 0.003 0.001 0.001 0.003 0.024 0.010 236 G 0.014 0.893 0.008 0.003 0.004 0.006 0.043 0.029 237 N 0.013 0.893 0.013 0.003 0.005 0.010 0.023 0.039 238 H 0.046 0.846 0.019 0.001 0.002 0.010 0.045 0.030 239 L 0.168 0.507 0.086 0.008 0.006 0.023 0.129 0.074 240 R 0.146 0.193 0.087 0.010 0.009 0.058 0.109 0.388 241 M 0.135 0.073 0.057 0.003 0.004 0.072 0.073 0.582 242 L 0.231 0.050 0.075 0.006 0.005 0.111 0.077 0.446 243 A 0.019 0.019 0.008 0.002 0.002 0.076 0.019 0.857 244 D 0.027 0.134 0.003 0.001 0.001 0.048 0.021 0.765 245 D 0.127 0.628 0.005 0.001 0.001 0.038 0.061 0.140 246 P 0.058 0.669 0.004 0.001 0.001 0.031 0.108 0.128 247 A 0.016 0.925 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.030 248 M 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.009 249 Q 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 250 R 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 251 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 252 Y 0.003 0.470 0.004 0.001 0.001 0.001 0.519 0.002 253 E 0.002 0.858 0.002 0.001 0.001 0.002 0.128 0.007 254 L 0.018 0.654 0.014 0.001 0.001 0.008 0.283 0.021 255 L 0.008 0.864 0.007 0.001 0.001 0.006 0.095 0.017 256 S 0.032 0.856 0.004 0.001 0.001 0.008 0.029 0.069 257 R 0.032 0.724 0.010 0.002 0.001 0.022 0.043 0.165 258 S 0.084 0.438 0.039 0.008 0.007 0.063 0.181 0.179 259 I 0.370 0.128 0.032 0.006 0.005 0.065 0.161 0.234 260 H 0.159 0.032 0.028 0.008 0.009 0.085 0.092 0.587 261 E 0.036 0.009 0.014 0.003 0.005 0.068 0.038 0.829 262 R 0.031 0.010 0.015 0.007 0.011 0.116 0.045 0.765 263 Q 0.041 0.009 0.022 0.013 0.020 0.118 0.029 0.748