# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3171 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.026 0.050 0.034 0.066 0.109 0.013 0.597 2 K 0.118 0.026 0.036 0.036 0.057 0.154 0.016 0.558 3 R 0.132 0.033 0.066 0.035 0.062 0.116 0.012 0.544 4 S 0.063 0.042 0.016 0.027 0.043 0.169 0.008 0.630 5 I 0.083 0.032 0.027 0.024 0.051 0.056 0.009 0.719 6 E 0.064 0.026 0.018 0.024 0.045 0.379 0.019 0.425 7 D 0.231 0.021 0.027 0.017 0.029 0.225 0.060 0.390 8 T 0.316 0.020 0.097 0.096 0.059 0.087 0.015 0.311 9 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.988 10 I 0.005 0.001 0.569 0.081 0.148 0.043 0.002 0.151 11 V 0.002 0.001 0.922 0.041 0.023 0.002 0.001 0.009 12 L 0.001 0.001 0.880 0.025 0.046 0.004 0.001 0.043 13 I 0.001 0.001 0.980 0.005 0.008 0.001 0.001 0.006 14 G 0.001 0.001 0.751 0.017 0.028 0.069 0.001 0.133 15 A 0.004 0.003 0.520 0.010 0.035 0.106 0.002 0.320 16 G 0.016 0.013 0.160 0.010 0.024 0.238 0.006 0.532 17 N 0.082 0.018 0.035 0.005 0.009 0.189 0.010 0.652 18 L 0.066 0.291 0.057 0.014 0.013 0.129 0.013 0.417 19 A 0.127 0.348 0.028 0.005 0.016 0.158 0.026 0.292 20 T 0.043 0.723 0.015 0.003 0.005 0.046 0.006 0.159 21 N 0.017 0.825 0.003 0.001 0.002 0.027 0.003 0.123 22 L 0.016 0.911 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.049 23 A 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 24 K 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 26 L 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 27 Y 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 28 R 0.024 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 29 K 0.200 0.617 0.011 0.002 0.001 0.001 0.150 0.019 30 G 0.723 0.023 0.013 0.002 0.001 0.001 0.208 0.030 31 F 0.061 0.010 0.819 0.014 0.007 0.015 0.016 0.057 32 R 0.005 0.003 0.477 0.064 0.057 0.049 0.005 0.340 33 I 0.003 0.001 0.192 0.016 0.036 0.029 0.001 0.722 34 V 0.001 0.001 0.873 0.057 0.037 0.007 0.001 0.024 35 Q 0.002 0.001 0.738 0.044 0.037 0.017 0.001 0.160 36 V 0.002 0.001 0.762 0.050 0.096 0.008 0.001 0.080 37 Y 0.005 0.002 0.603 0.069 0.124 0.058 0.001 0.139 38 S 0.017 0.005 0.294 0.079 0.117 0.091 0.007 0.390 39 R 0.032 0.003 0.190 0.013 0.034 0.186 0.005 0.536 40 T 0.018 0.001 0.009 0.001 0.005 0.815 0.003 0.149 41 E 0.023 0.004 0.004 0.001 0.004 0.049 0.002 0.914 42 E 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.414 0.001 0.568 43 S 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.962 0.001 0.031 44 A 0.027 0.908 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.059 45 R 0.001 0.909 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.074 46 E 0.006 0.933 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.049 47 L 0.010 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 48 A 0.006 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 49 Q 0.044 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.028 50 K 0.198 0.699 0.008 0.001 0.001 0.003 0.054 0.035 51 V 0.135 0.693 0.037 0.009 0.005 0.004 0.052 0.065 52 E 0.079 0.128 0.158 0.017 0.014 0.031 0.062 0.511 53 A 0.044 0.041 0.447 0.016 0.017 0.033 0.014 0.389 54 E 0.030 0.026 0.467 0.041 0.034 0.051 0.007 0.345 55 Y 0.007 0.008 0.114 0.009 0.015 0.036 0.002 0.809 56 T 0.022 0.021 0.571 0.034 0.048 0.065 0.006 0.234 57 T 0.045 0.015 0.218 0.020 0.020 0.188 0.006 0.488 58 D 0.055 0.020 0.042 0.011 0.027 0.447 0.006 0.393 59 L 0.062 0.047 0.031 0.005 0.051 0.093 0.004 0.707 60 A 0.022 0.025 0.006 0.002 0.005 0.451 0.005 0.484 61 E 0.036 0.012 0.001 0.001 0.001 0.882 0.004 0.065 62 V 0.285 0.623 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.076 63 N 0.019 0.817 0.006 0.005 0.014 0.011 0.004 0.125 64 P 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.984 65 Y 0.166 0.217 0.006 0.016 0.039 0.061 0.051 0.444 66 A 0.641 0.074 0.019 0.025 0.015 0.021 0.072 0.132 67 K 0.125 0.054 0.378 0.139 0.060 0.076 0.033 0.136 68 L 0.055 0.007 0.268 0.066 0.112 0.126 0.007 0.359 69 Y 0.004 0.001 0.795 0.111 0.077 0.006 0.001 0.005 70 I 0.001 0.002 0.706 0.127 0.116 0.007 0.001 0.040 71 V 0.001 0.001 0.937 0.026 0.033 0.001 0.001 0.003 72 S 0.001 0.001 0.813 0.048 0.061 0.009 0.001 0.068 73 L 0.001 0.001 0.805 0.056 0.066 0.014 0.001 0.057 74 K 0.002 0.001 0.269 0.023 0.072 0.135 0.001 0.497 75 D 0.005 0.001 0.061 0.005 0.040 0.095 0.002 0.790 76 S 0.015 0.001 0.005 0.002 0.003 0.121 0.002 0.850 77 A 0.038 0.004 0.003 0.001 0.001 0.510 0.006 0.437 78 F 0.119 0.065 0.006 0.002 0.006 0.503 0.007 0.293 79 A 0.022 0.738 0.007 0.002 0.006 0.028 0.002 0.195 80 E 0.011 0.685 0.002 0.001 0.003 0.067 0.003 0.228 81 L 0.033 0.870 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.078 82 L 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 83 Q 0.012 0.948 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.028 84 G 0.158 0.722 0.004 0.001 0.001 0.003 0.028 0.084 85 I 0.113 0.757 0.017 0.002 0.004 0.005 0.022 0.081 86 V 0.031 0.732 0.020 0.005 0.012 0.016 0.013 0.171 87 E 0.046 0.544 0.017 0.006 0.008 0.031 0.023 0.325 88 G 0.284 0.316 0.027 0.008 0.006 0.028 0.057 0.274 89 K 0.305 0.313 0.069 0.014 0.014 0.036 0.043 0.205 90 R 0.084 0.134 0.106 0.031 0.045 0.115 0.040 0.445 91 E 0.039 0.040 0.043 0.020 0.025 0.067 0.017 0.749 92 E 0.136 0.025 0.078 0.032 0.025 0.116 0.068 0.518 93 A 0.540 0.003 0.147 0.024 0.018 0.099 0.035 0.135 94 L 0.007 0.001 0.841 0.049 0.030 0.016 0.002 0.055 95 M 0.002 0.001 0.585 0.121 0.199 0.016 0.001 0.075 96 V 0.001 0.001 0.774 0.074 0.106 0.005 0.001 0.040 97 H 0.001 0.001 0.674 0.113 0.140 0.016 0.001 0.056 98 T 0.002 0.001 0.548 0.057 0.134 0.041 0.001 0.215 99 A 0.009 0.003 0.278 0.072 0.181 0.147 0.003 0.306 100 G 0.037 0.003 0.088 0.042 0.070 0.168 0.016 0.576 101 S 0.092 0.005 0.058 0.019 0.032 0.071 0.019 0.704 102 I 0.067 0.006 0.051 0.051 0.053 0.117 0.006 0.648 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 104 M 0.007 0.008 0.021 0.028 0.126 0.068 0.002 0.741 105 N 0.048 0.033 0.018 0.019 0.031 0.085 0.005 0.762 106 V 0.099 0.105 0.010 0.014 0.030 0.089 0.006 0.646 107 W 0.143 0.491 0.019 0.018 0.038 0.056 0.006 0.229 108 E 0.093 0.561 0.013 0.014 0.029 0.038 0.014 0.238 109 G 0.214 0.384 0.008 0.010 0.013 0.023 0.038 0.309 110 H 0.370 0.267 0.023 0.011 0.014 0.024 0.073 0.219 111 V 0.174 0.308 0.037 0.041 0.053 0.033 0.028 0.327 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 113 H 0.018 0.028 0.020 0.030 0.055 0.113 0.010 0.726 114 Y 0.444 0.028 0.035 0.014 0.011 0.049 0.042 0.378 115 G 0.319 0.021 0.091 0.034 0.021 0.058 0.031 0.425 116 V 0.065 0.006 0.551 0.064 0.053 0.044 0.008 0.209 117 F 0.015 0.004 0.361 0.074 0.106 0.050 0.005 0.385 118 Y 0.009 0.002 0.462 0.095 0.125 0.028 0.002 0.276 119 P 0.001 0.001 0.105 0.016 0.021 0.011 0.001 0.845 120 M 0.005 0.003 0.331 0.056 0.136 0.065 0.003 0.401 121 Q 0.037 0.006 0.287 0.057 0.098 0.103 0.006 0.408 122 T 0.014 0.004 0.046 0.022 0.034 0.057 0.003 0.819 123 F 0.066 0.007 0.079 0.024 0.054 0.144 0.008 0.619 124 S 0.070 0.015 0.033 0.018 0.028 0.232 0.009 0.595 125 K 0.062 0.018 0.020 0.011 0.026 0.094 0.011 0.758 126 Q 0.070 0.029 0.015 0.009 0.018 0.317 0.009 0.533 127 R 0.175 0.066 0.016 0.012 0.021 0.372 0.015 0.323 128 E 0.113 0.355 0.022 0.022 0.041 0.073 0.008 0.366 129 V 0.052 0.357 0.038 0.046 0.095 0.070 0.011 0.332 130 D 0.075 0.304 0.023 0.049 0.068 0.080 0.019 0.382 131 F 0.237 0.201 0.022 0.031 0.060 0.040 0.039 0.369 132 K 0.297 0.142 0.045 0.049 0.066 0.105 0.047 0.249 133 E 0.109 0.076 0.046 0.035 0.039 0.088 0.066 0.541 134 I 0.120 0.031 0.110 0.057 0.072 0.079 0.017 0.516 135 P 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.006 0.001 0.978 136 F 0.014 0.008 0.161 0.094 0.168 0.067 0.005 0.483 137 F 0.054 0.021 0.344 0.098 0.141 0.043 0.006 0.292 138 I 0.033 0.034 0.255 0.155 0.247 0.042 0.004 0.231 139 E 0.048 0.031 0.173 0.088 0.202 0.093 0.007 0.358 140 A 0.100 0.040 0.117 0.063 0.084 0.102 0.021 0.474 141 S 0.219 0.022 0.066 0.022 0.028 0.172 0.026 0.445 142 S 0.118 0.015 0.034 0.009 0.017 0.231 0.014 0.563 143 T 0.012 0.009 0.007 0.002 0.007 0.041 0.002 0.920 144 E 0.009 0.016 0.003 0.001 0.003 0.304 0.002 0.662 145 D 0.021 0.043 0.001 0.001 0.001 0.713 0.002 0.219 146 A 0.018 0.900 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.069 147 A 0.003 0.931 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.051 148 F 0.010 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.039 149 L 0.025 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 150 K 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 151 A 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 152 I 0.017 0.948 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 153 A 0.009 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 154 S 0.030 0.907 0.005 0.002 0.002 0.005 0.013 0.037 155 T 0.237 0.603 0.010 0.003 0.002 0.007 0.056 0.082 156 L 0.177 0.598 0.048 0.006 0.006 0.011 0.051 0.102 157 S 0.090 0.347 0.093 0.017 0.018 0.076 0.069 0.290 158 N 0.099 0.163 0.136 0.022 0.016 0.057 0.054 0.452 159 R 0.269 0.054 0.235 0.029 0.031 0.112 0.037 0.233 160 V 0.047 0.034 0.282 0.041 0.045 0.070 0.006 0.475 161 Y 0.012 0.023 0.501 0.119 0.125 0.042 0.005 0.172 162 D 0.018 0.021 0.181 0.095 0.111 0.065 0.006 0.505 163 A 0.038 0.021 0.323 0.080 0.132 0.067 0.006 0.331 164 D 0.020 0.011 0.046 0.024 0.062 0.369 0.005 0.463 165 S 0.030 0.009 0.014 0.006 0.023 0.065 0.004 0.849 166 E 0.018 0.016 0.005 0.003 0.008 0.446 0.003 0.500 167 Q 0.119 0.041 0.003 0.002 0.007 0.521 0.013 0.295 168 R 0.151 0.501 0.006 0.004 0.009 0.076 0.008 0.244 169 K 0.061 0.496 0.006 0.006 0.009 0.066 0.012 0.346 170 S 0.202 0.472 0.012 0.006 0.009 0.064 0.019 0.217 171 L 0.123 0.705 0.014 0.010 0.017 0.019 0.012 0.101 172 H 0.031 0.716 0.037 0.024 0.029 0.019 0.009 0.134 173 L 0.015 0.652 0.045 0.015 0.025 0.028 0.007 0.213 174 A 0.013 0.856 0.035 0.015 0.020 0.013 0.005 0.042 175 A 0.019 0.845 0.032 0.012 0.014 0.014 0.008 0.055 176 V 0.058 0.682 0.044 0.012 0.013 0.022 0.020 0.150 177 F 0.102 0.585 0.048 0.011 0.010 0.042 0.022 0.180 178 T 0.075 0.599 0.029 0.008 0.014 0.046 0.018 0.211 179 C 0.030 0.529 0.021 0.004 0.011 0.040 0.009 0.355 180 N 0.021 0.660 0.006 0.003 0.003 0.050 0.006 0.250 181 F 0.031 0.816 0.005 0.001 0.002 0.028 0.006 0.111 182 T 0.013 0.935 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.037 183 N 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 184 H 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 185 M 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 186 Y 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 187 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 188 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 189 A 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 190 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 191 E 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 192 L 0.008 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 193 L 0.010 0.960 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.021 194 K 0.011 0.958 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.020 195 K 0.040 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.022 196 Y 0.244 0.571 0.021 0.003 0.001 0.001 0.135 0.024 197 N 0.716 0.013 0.013 0.001 0.001 0.002 0.183 0.071 198 L 0.029 0.006 0.897 0.007 0.005 0.011 0.004 0.040 199 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 200 F 0.002 0.002 0.020 0.002 0.012 0.023 0.001 0.939 201 D 0.029 0.012 0.021 0.003 0.004 0.161 0.003 0.767 202 V 0.243 0.030 0.014 0.002 0.003 0.209 0.008 0.491 203 M 0.268 0.367 0.021 0.008 0.011 0.061 0.009 0.255 204 L 0.035 0.647 0.021 0.008 0.021 0.018 0.003 0.247 205 P 0.004 0.116 0.003 0.001 0.003 0.010 0.001 0.861 206 L 0.058 0.705 0.007 0.006 0.010 0.021 0.009 0.184 207 I 0.056 0.841 0.009 0.003 0.004 0.008 0.010 0.069 208 D 0.053 0.799 0.017 0.005 0.007 0.010 0.013 0.096 209 E 0.088 0.671 0.023 0.005 0.006 0.017 0.015 0.176 210 T 0.100 0.602 0.016 0.003 0.005 0.056 0.026 0.193 211 A 0.082 0.679 0.029 0.004 0.007 0.038 0.018 0.143 212 R 0.038 0.708 0.023 0.004 0.006 0.058 0.012 0.152 213 K 0.138 0.537 0.012 0.003 0.004 0.063 0.026 0.216 214 V 0.086 0.769 0.024 0.003 0.006 0.016 0.009 0.088 215 H 0.031 0.780 0.013 0.008 0.011 0.021 0.013 0.122 216 E 0.145 0.536 0.031 0.013 0.018 0.034 0.040 0.183 217 L 0.269 0.454 0.045 0.017 0.024 0.021 0.061 0.109 218 E 0.200 0.240 0.071 0.048 0.049 0.043 0.030 0.318 219 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 220 K 0.030 0.025 0.031 0.029 0.064 0.172 0.009 0.640 221 T 0.358 0.034 0.026 0.013 0.013 0.073 0.020 0.462 222 A 0.171 0.063 0.036 0.017 0.023 0.057 0.013 0.622 223 Q 0.214 0.037 0.056 0.019 0.029 0.173 0.014 0.459 224 T 0.110 0.043 0.032 0.015 0.022 0.149 0.022 0.606 225 G 0.124 0.052 0.038 0.034 0.057 0.073 0.010 0.613 226 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 227 A 0.012 0.025 0.011 0.019 0.047 0.152 0.003 0.731 228 I 0.315 0.191 0.023 0.019 0.038 0.089 0.011 0.313 229 R 0.149 0.396 0.031 0.032 0.048 0.043 0.009 0.294 230 Y 0.139 0.279 0.032 0.016 0.024 0.064 0.012 0.435 231 D 0.129 0.412 0.030 0.011 0.014 0.057 0.019 0.329 232 E 0.121 0.304 0.023 0.007 0.011 0.040 0.025 0.469 233 N 0.055 0.167 0.022 0.006 0.009 0.423 0.019 0.297 234 V 0.165 0.220 0.011 0.003 0.005 0.311 0.011 0.273 235 I 0.023 0.813 0.009 0.002 0.004 0.049 0.002 0.097 236 G 0.006 0.871 0.006 0.002 0.004 0.017 0.002 0.092 237 N 0.010 0.854 0.003 0.002 0.003 0.023 0.003 0.103 238 H 0.020 0.928 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.035 239 L 0.007 0.975 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 240 R 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 241 M 0.021 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 242 L 0.121 0.816 0.004 0.001 0.002 0.002 0.027 0.026 243 A 0.367 0.417 0.022 0.004 0.003 0.009 0.068 0.109 244 D 0.209 0.259 0.123 0.005 0.005 0.022 0.083 0.294 245 D 0.139 0.089 0.042 0.004 0.006 0.040 0.020 0.661 246 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 247 A 0.008 0.015 0.008 0.002 0.005 0.584 0.002 0.376 248 M 0.189 0.090 0.014 0.001 0.003 0.387 0.007 0.309 249 Q 0.057 0.604 0.005 0.001 0.002 0.049 0.002 0.280 250 R 0.028 0.651 0.003 0.001 0.001 0.077 0.003 0.237 251 L 0.026 0.872 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.083 252 Y 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 253 E 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 254 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 255 L 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 256 S 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 257 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 258 S 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 259 I 0.010 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 260 H 0.011 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.022 261 E 0.048 0.873 0.005 0.002 0.002 0.006 0.021 0.042 262 R 0.160 0.684 0.012 0.003 0.003 0.006 0.054 0.079 263 Q 0.150 0.426 0.048 0.012 0.010 0.027 0.046 0.281