# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2001 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.033 0.021 0.044 0.059 0.096 0.056 0.632 2 K 0.151 0.025 0.009 0.033 0.046 0.078 0.037 0.621 3 R 0.044 0.008 0.017 0.029 0.036 0.095 0.037 0.734 4 S 0.192 0.013 0.028 0.041 0.051 0.086 0.089 0.501 5 I 0.222 0.004 0.017 0.013 0.024 0.086 0.064 0.569 6 E 0.021 0.003 0.048 0.017 0.028 0.151 0.022 0.710 7 D 0.011 0.003 0.010 0.012 0.018 0.147 0.017 0.781 8 T 0.007 0.019 0.113 0.097 0.107 0.164 0.073 0.421 9 P 0.005 0.028 0.313 0.107 0.195 0.065 0.086 0.199 10 I 0.001 0.010 0.460 0.182 0.177 0.024 0.054 0.091 11 V 0.001 0.009 0.703 0.099 0.134 0.009 0.022 0.023 12 L 0.004 0.016 0.555 0.146 0.156 0.017 0.053 0.053 13 I 0.015 0.028 0.515 0.085 0.130 0.033 0.095 0.100 14 G 0.057 0.106 0.329 0.063 0.087 0.078 0.105 0.175 15 A 0.073 0.182 0.114 0.021 0.038 0.114 0.103 0.354 16 G 0.057 0.207 0.057 0.011 0.021 0.099 0.284 0.263 17 N 0.031 0.310 0.032 0.010 0.010 0.071 0.358 0.177 18 L 0.019 0.723 0.015 0.004 0.004 0.029 0.095 0.111 19 A 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.014 20 T 0.008 0.909 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.016 21 N 0.007 0.720 0.005 0.001 0.001 0.005 0.243 0.018 22 L 0.024 0.887 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.014 23 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 24 K 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.027 25 A 0.011 0.827 0.003 0.001 0.001 0.006 0.105 0.046 26 L 0.089 0.156 0.116 0.007 0.002 0.020 0.565 0.045 27 Y 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.045 28 R 0.049 0.001 0.005 0.001 0.001 0.043 0.008 0.893 29 K 0.004 0.001 0.058 0.001 0.002 0.115 0.004 0.815 30 G 0.017 0.001 0.031 0.004 0.004 0.158 0.019 0.766 31 F 0.002 0.001 0.035 0.004 0.005 0.112 0.006 0.835 32 R 0.004 0.002 0.685 0.037 0.070 0.039 0.059 0.105 33 I 0.002 0.001 0.290 0.028 0.027 0.074 0.023 0.555 34 V 0.001 0.001 0.851 0.040 0.036 0.013 0.017 0.041 35 Q 0.007 0.002 0.708 0.062 0.093 0.021 0.028 0.079 36 V 0.006 0.003 0.647 0.052 0.065 0.031 0.052 0.143 37 Y 0.019 0.007 0.430 0.063 0.069 0.076 0.027 0.310 38 S 0.032 0.015 0.119 0.039 0.086 0.140 0.073 0.496 39 R 0.005 0.016 0.128 0.007 0.010 0.112 0.075 0.645 40 T 0.089 0.767 0.002 0.001 0.001 0.010 0.086 0.044 41 E 0.084 0.854 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.028 42 E 0.004 0.909 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.051 43 S 0.006 0.892 0.001 0.001 0.001 0.003 0.078 0.020 44 A 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 45 R 0.009 0.861 0.001 0.001 0.001 0.004 0.103 0.021 46 E 0.013 0.875 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.058 47 L 0.055 0.647 0.019 0.002 0.002 0.015 0.200 0.061 48 A 0.140 0.038 0.120 0.010 0.003 0.052 0.452 0.186 49 Q 0.322 0.020 0.004 0.001 0.001 0.027 0.018 0.608 50 K 0.051 0.005 0.023 0.001 0.002 0.084 0.014 0.820 51 V 0.024 0.007 0.071 0.003 0.007 0.124 0.015 0.750 52 E 0.012 0.005 0.045 0.006 0.011 0.137 0.039 0.746 53 A 0.004 0.002 0.154 0.016 0.012 0.119 0.023 0.671 54 E 0.019 0.014 0.540 0.029 0.051 0.053 0.124 0.170 55 Y 0.027 0.010 0.207 0.015 0.013 0.082 0.028 0.618 56 T 0.050 0.021 0.108 0.018 0.023 0.122 0.045 0.612 57 T 0.032 0.051 0.139 0.016 0.033 0.116 0.046 0.566 58 D 0.191 0.317 0.038 0.008 0.015 0.063 0.118 0.250 59 L 0.349 0.238 0.008 0.007 0.006 0.053 0.140 0.198 60 A 0.090 0.055 0.013 0.014 0.015 0.086 0.104 0.622 61 E 0.029 0.046 0.035 0.011 0.030 0.105 0.052 0.691 62 V 0.047 0.026 0.034 0.014 0.013 0.117 0.036 0.713 63 N 0.292 0.026 0.021 0.021 0.011 0.094 0.086 0.448 64 P 0.121 0.007 0.012 0.003 0.005 0.075 0.021 0.756 65 Y 0.018 0.006 0.030 0.003 0.007 0.113 0.029 0.795 66 A 0.003 0.009 0.163 0.017 0.029 0.176 0.046 0.557 67 K 0.001 0.009 0.401 0.061 0.131 0.099 0.058 0.240 68 L 0.001 0.003 0.576 0.084 0.113 0.044 0.044 0.136 69 Y 0.001 0.003 0.837 0.061 0.046 0.007 0.031 0.014 70 I 0.001 0.003 0.864 0.034 0.032 0.007 0.030 0.028 71 V 0.002 0.003 0.822 0.049 0.045 0.012 0.021 0.045 72 S 0.006 0.002 0.484 0.050 0.098 0.078 0.040 0.243 73 L 0.013 0.006 0.402 0.034 0.051 0.129 0.057 0.309 74 K 0.244 0.188 0.017 0.005 0.007 0.081 0.080 0.378 75 D 0.202 0.398 0.003 0.002 0.001 0.043 0.075 0.276 76 S 0.018 0.610 0.003 0.002 0.002 0.027 0.045 0.292 77 A 0.044 0.777 0.004 0.001 0.003 0.014 0.041 0.116 78 F 0.043 0.892 0.002 0.002 0.001 0.006 0.022 0.032 79 A 0.041 0.815 0.003 0.003 0.004 0.010 0.060 0.064 80 E 0.051 0.606 0.008 0.006 0.010 0.019 0.184 0.115 81 L 0.166 0.585 0.007 0.006 0.008 0.021 0.075 0.132 82 L 0.187 0.460 0.011 0.007 0.007 0.040 0.062 0.226 83 Q 0.027 0.489 0.006 0.005 0.005 0.033 0.018 0.416 84 G 0.088 0.532 0.022 0.008 0.013 0.041 0.075 0.222 85 I 0.219 0.214 0.043 0.027 0.015 0.063 0.103 0.316 86 V 0.323 0.047 0.030 0.010 0.019 0.043 0.061 0.466 87 E 0.146 0.013 0.024 0.007 0.013 0.058 0.017 0.724 88 G 0.030 0.004 0.054 0.009 0.018 0.097 0.033 0.755 89 K 0.073 0.002 0.033 0.009 0.008 0.095 0.018 0.762 90 R 0.512 0.006 0.009 0.002 0.003 0.045 0.020 0.402 91 E 0.007 0.001 0.030 0.002 0.003 0.159 0.015 0.783 92 E 0.001 0.004 0.197 0.017 0.034 0.154 0.046 0.546 93 A 0.001 0.002 0.724 0.044 0.097 0.026 0.025 0.082 94 L 0.001 0.001 0.921 0.038 0.023 0.002 0.004 0.011 95 M 0.001 0.001 0.937 0.026 0.024 0.001 0.006 0.005 96 V 0.001 0.001 0.960 0.011 0.013 0.002 0.006 0.007 97 H 0.051 0.007 0.743 0.024 0.040 0.021 0.050 0.064 98 T 0.102 0.019 0.434 0.021 0.030 0.089 0.053 0.252 99 A 0.061 0.029 0.203 0.013 0.037 0.130 0.103 0.424 100 G 0.032 0.072 0.142 0.019 0.031 0.144 0.065 0.496 101 S 0.059 0.088 0.062 0.023 0.025 0.143 0.142 0.457 102 I 0.036 0.203 0.045 0.026 0.017 0.104 0.122 0.447 103 P 0.090 0.619 0.006 0.003 0.007 0.026 0.067 0.181 104 M 0.050 0.835 0.002 0.003 0.002 0.013 0.022 0.073 105 N 0.078 0.689 0.005 0.003 0.003 0.015 0.084 0.123 106 V 0.149 0.406 0.014 0.007 0.008 0.039 0.112 0.266 107 W 0.536 0.262 0.009 0.003 0.006 0.020 0.034 0.131 108 E 0.233 0.018 0.008 0.004 0.006 0.077 0.072 0.582 109 G 0.010 0.027 0.008 0.005 0.008 0.104 0.015 0.823 110 H 0.025 0.037 0.032 0.006 0.013 0.126 0.041 0.721 111 V 0.273 0.019 0.040 0.019 0.005 0.093 0.157 0.393 112 P 0.365 0.007 0.008 0.003 0.002 0.054 0.020 0.540 113 H 0.072 0.003 0.043 0.001 0.003 0.075 0.012 0.792 114 Y 0.010 0.004 0.067 0.004 0.007 0.107 0.019 0.782 115 G 0.004 0.003 0.126 0.026 0.040 0.146 0.042 0.613 116 V 0.002 0.003 0.290 0.055 0.087 0.098 0.023 0.443 117 F 0.012 0.007 0.466 0.060 0.134 0.052 0.033 0.235 118 Y 0.017 0.005 0.554 0.054 0.075 0.059 0.062 0.174 119 P 0.015 0.006 0.461 0.052 0.085 0.070 0.065 0.245 120 M 0.016 0.009 0.263 0.045 0.089 0.083 0.059 0.436 121 Q 0.023 0.010 0.378 0.063 0.101 0.084 0.068 0.271 122 T 0.018 0.009 0.145 0.061 0.077 0.158 0.072 0.460 123 F 0.045 0.015 0.077 0.027 0.039 0.130 0.051 0.616 124 S 0.203 0.047 0.038 0.018 0.026 0.098 0.115 0.455 125 K 0.025 0.040 0.013 0.008 0.009 0.103 0.030 0.772 126 Q 0.037 0.173 0.010 0.006 0.014 0.095 0.045 0.621 127 R 0.080 0.482 0.008 0.019 0.014 0.048 0.073 0.276 128 E 0.228 0.300 0.010 0.016 0.020 0.045 0.090 0.291 129 V 0.110 0.135 0.038 0.035 0.047 0.076 0.159 0.401 130 D 0.395 0.047 0.031 0.018 0.046 0.059 0.075 0.330 131 F 0.418 0.022 0.012 0.013 0.027 0.066 0.079 0.363 132 K 0.009 0.011 0.016 0.015 0.034 0.135 0.019 0.761 133 E 0.014 0.032 0.050 0.045 0.142 0.150 0.055 0.513 134 I 0.011 0.038 0.081 0.220 0.195 0.101 0.066 0.288 135 P 0.021 0.036 0.161 0.153 0.314 0.059 0.058 0.197 136 F 0.015 0.024 0.218 0.184 0.238 0.054 0.086 0.181 137 F 0.016 0.013 0.313 0.130 0.159 0.071 0.081 0.216 138 I 0.032 0.023 0.201 0.114 0.206 0.078 0.081 0.265 139 E 0.038 0.012 0.143 0.075 0.104 0.132 0.075 0.421 140 A 0.007 0.010 0.080 0.031 0.056 0.185 0.071 0.561 141 S 0.016 0.129 0.040 0.009 0.017 0.127 0.062 0.600 142 S 0.100 0.778 0.001 0.001 0.001 0.013 0.051 0.055 143 T 0.039 0.850 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 0.066 144 E 0.013 0.876 0.002 0.001 0.001 0.005 0.057 0.046 145 D 0.025 0.744 0.002 0.001 0.001 0.005 0.198 0.025 146 A 0.014 0.895 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 0.017 147 A 0.007 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.030 148 F 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.024 149 L 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 150 K 0.026 0.697 0.003 0.001 0.001 0.004 0.254 0.014 151 A 0.012 0.148 0.009 0.002 0.001 0.027 0.698 0.102 152 I 0.010 0.531 0.068 0.004 0.003 0.042 0.265 0.078 153 A 0.057 0.175 0.170 0.004 0.003 0.076 0.302 0.212 154 S 0.091 0.126 0.033 0.004 0.002 0.111 0.144 0.488 155 T 0.033 0.071 0.092 0.006 0.009 0.144 0.083 0.562 156 L 0.100 0.033 0.156 0.005 0.012 0.117 0.067 0.510 157 S 0.053 0.039 0.055 0.012 0.014 0.147 0.093 0.588 158 N 0.007 0.015 0.118 0.022 0.045 0.148 0.061 0.583 159 R 0.011 0.020 0.298 0.059 0.130 0.105 0.065 0.312 160 V 0.007 0.015 0.260 0.070 0.102 0.087 0.050 0.410 161 Y 0.012 0.011 0.382 0.086 0.113 0.072 0.036 0.289 162 D 0.022 0.015 0.212 0.050 0.106 0.124 0.126 0.345 163 A 0.016 0.040 0.120 0.015 0.023 0.100 0.055 0.631 164 D 0.290 0.505 0.005 0.002 0.003 0.023 0.080 0.092 165 S 0.147 0.504 0.003 0.002 0.002 0.043 0.084 0.215 166 E 0.028 0.356 0.008 0.002 0.004 0.066 0.169 0.367 167 Q 0.036 0.731 0.004 0.001 0.002 0.026 0.114 0.085 168 R 0.051 0.618 0.004 0.003 0.003 0.024 0.219 0.079 169 K 0.007 0.784 0.003 0.006 0.003 0.022 0.090 0.086 170 S 0.011 0.838 0.007 0.003 0.011 0.014 0.048 0.067 171 L 0.018 0.761 0.029 0.016 0.016 0.017 0.092 0.050 172 H 0.039 0.524 0.049 0.030 0.031 0.028 0.213 0.086 173 L 0.051 0.329 0.077 0.036 0.056 0.049 0.198 0.204 174 A 0.056 0.183 0.128 0.037 0.064 0.064 0.204 0.264 175 A 0.051 0.192 0.134 0.036 0.062 0.097 0.143 0.284 176 V 0.042 0.211 0.067 0.022 0.035 0.126 0.110 0.387 177 F 0.029 0.305 0.049 0.016 0.025 0.116 0.125 0.336 178 T 0.034 0.473 0.024 0.006 0.010 0.040 0.310 0.103 179 C 0.012 0.456 0.011 0.005 0.004 0.027 0.397 0.089 180 N 0.002 0.881 0.006 0.002 0.001 0.005 0.085 0.018 181 F 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 182 T 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 183 N 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 184 H 0.001 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 185 M 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 186 Y 0.002 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 187 A 0.005 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.116 0.005 188 L 0.005 0.904 0.002 0.001 0.001 0.002 0.076 0.010 189 A 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 190 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 191 E 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 192 L 0.013 0.795 0.007 0.001 0.001 0.005 0.145 0.033 193 L 0.066 0.095 0.220 0.005 0.001 0.024 0.542 0.047 194 K 0.908 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.026 0.056 195 K 0.035 0.001 0.027 0.001 0.001 0.054 0.023 0.860 196 Y 0.002 0.002 0.066 0.001 0.001 0.103 0.004 0.821 197 N 0.007 0.004 0.007 0.001 0.001 0.107 0.004 0.871 198 L 0.006 0.009 0.043 0.001 0.001 0.087 0.006 0.847 199 P 0.244 0.475 0.012 0.001 0.001 0.022 0.135 0.109 200 F 0.183 0.475 0.037 0.001 0.001 0.025 0.136 0.144 201 D 0.047 0.361 0.069 0.002 0.002 0.031 0.213 0.275 202 V 0.013 0.782 0.024 0.001 0.006 0.016 0.041 0.117 203 M 0.008 0.922 0.015 0.001 0.002 0.006 0.019 0.026 204 L 0.015 0.835 0.005 0.004 0.002 0.008 0.111 0.020 205 P 0.025 0.843 0.006 0.002 0.003 0.007 0.081 0.033 206 L 0.040 0.415 0.038 0.005 0.008 0.029 0.353 0.112 207 I 0.031 0.676 0.028 0.008 0.004 0.033 0.139 0.081 208 D 0.051 0.569 0.020 0.003 0.004 0.046 0.062 0.244 209 E 0.042 0.363 0.042 0.008 0.004 0.068 0.184 0.289 210 T 0.147 0.475 0.016 0.004 0.005 0.040 0.089 0.225 211 A 0.180 0.182 0.030 0.004 0.006 0.076 0.087 0.434 212 R 0.035 0.234 0.020 0.007 0.009 0.075 0.031 0.590 213 K 0.131 0.237 0.031 0.008 0.020 0.081 0.092 0.401 214 V 0.189 0.136 0.057 0.024 0.022 0.085 0.141 0.348 215 H 0.177 0.038 0.051 0.019 0.063 0.083 0.132 0.436 216 E 0.023 0.021 0.057 0.017 0.047 0.125 0.031 0.680 217 L 0.014 0.011 0.083 0.035 0.075 0.154 0.063 0.565 218 E 0.076 0.041 0.041 0.075 0.056 0.146 0.087 0.479 219 P 0.218 0.038 0.022 0.013 0.026 0.096 0.060 0.527 220 K 0.051 0.017 0.042 0.027 0.031 0.129 0.102 0.601 221 T 0.069 0.020 0.052 0.030 0.050 0.128 0.104 0.547 222 A 0.038 0.004 0.035 0.023 0.040 0.136 0.046 0.679 223 Q 0.017 0.004 0.046 0.025 0.043 0.144 0.037 0.683 224 T 0.033 0.006 0.023 0.026 0.036 0.146 0.037 0.693 225 G 0.094 0.012 0.030 0.023 0.033 0.150 0.061 0.597 226 P 0.034 0.015 0.045 0.030 0.044 0.146 0.071 0.615 227 A 0.022 0.012 0.078 0.030 0.063 0.135 0.060 0.600 228 I 0.023 0.014 0.087 0.057 0.077 0.175 0.057 0.510 229 R 0.013 0.007 0.036 0.023 0.032 0.162 0.035 0.692 230 Y 0.100 0.094 0.033 0.019 0.028 0.120 0.098 0.508 231 D 0.209 0.387 0.006 0.004 0.005 0.058 0.085 0.247 232 E 0.035 0.477 0.006 0.005 0.006 0.076 0.050 0.345 233 N 0.022 0.540 0.010 0.011 0.014 0.054 0.157 0.191 234 V 0.016 0.744 0.011 0.013 0.018 0.028 0.064 0.106 235 I 0.022 0.903 0.004 0.003 0.004 0.007 0.025 0.031 236 G 0.016 0.762 0.007 0.010 0.005 0.012 0.144 0.044 237 N 0.014 0.853 0.004 0.006 0.008 0.010 0.036 0.069 238 H 0.051 0.855 0.007 0.003 0.007 0.007 0.032 0.038 239 L 0.027 0.856 0.007 0.011 0.007 0.012 0.026 0.055 240 R 0.079 0.773 0.009 0.005 0.013 0.011 0.059 0.051 241 M 0.144 0.350 0.029 0.018 0.020 0.045 0.128 0.266 242 L 0.215 0.118 0.045 0.019 0.035 0.085 0.202 0.281 243 A 0.027 0.268 0.017 0.009 0.015 0.098 0.022 0.544 244 D 0.051 0.653 0.004 0.002 0.003 0.029 0.014 0.245 245 D 0.102 0.706 0.002 0.002 0.001 0.020 0.079 0.087 246 P 0.076 0.353 0.017 0.003 0.002 0.044 0.281 0.223 247 A 0.179 0.459 0.008 0.001 0.003 0.023 0.081 0.246 248 M 0.245 0.393 0.007 0.002 0.002 0.029 0.099 0.223 249 Q 0.019 0.437 0.006 0.004 0.003 0.045 0.042 0.443 250 R 0.045 0.758 0.005 0.001 0.005 0.019 0.024 0.143 251 L 0.027 0.898 0.004 0.001 0.002 0.008 0.018 0.042 252 Y 0.041 0.408 0.017 0.006 0.008 0.042 0.365 0.113 253 E 0.017 0.674 0.014 0.005 0.005 0.028 0.182 0.076 254 L 0.016 0.130 0.067 0.003 0.005 0.043 0.647 0.089 255 L 0.016 0.636 0.039 0.009 0.003 0.045 0.150 0.102 256 S 0.054 0.629 0.014 0.002 0.003 0.045 0.074 0.179 257 R 0.039 0.523 0.023 0.007 0.004 0.055 0.066 0.283 258 S 0.094 0.347 0.031 0.005 0.009 0.057 0.148 0.311 259 I 0.068 0.081 0.102 0.021 0.012 0.109 0.195 0.413 260 H 0.236 0.026 0.017 0.007 0.009 0.062 0.062 0.581 261 E 0.147 0.007 0.007 0.003 0.003 0.068 0.017 0.747 262 R 0.051 0.007 0.013 0.003 0.006 0.088 0.013 0.820 263 Q 0.038 0.005 0.011 0.004 0.007 0.103 0.017 0.815