# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2001 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.047 0.049 0.051 0.084 0.073 0.011 0.622 2 K 0.042 0.024 0.022 0.042 0.066 0.144 0.008 0.651 3 R 0.070 0.031 0.031 0.062 0.089 0.081 0.008 0.628 4 S 0.098 0.050 0.033 0.064 0.088 0.126 0.015 0.526 5 I 0.090 0.055 0.029 0.042 0.051 0.051 0.009 0.673 6 E 0.075 0.061 0.024 0.034 0.055 0.302 0.013 0.435 7 D 0.303 0.029 0.016 0.018 0.026 0.263 0.030 0.315 8 T 0.431 0.021 0.066 0.027 0.025 0.097 0.046 0.286 9 P 0.007 0.001 0.020 0.004 0.005 0.017 0.001 0.946 10 I 0.012 0.002 0.501 0.055 0.095 0.081 0.002 0.252 11 V 0.016 0.001 0.763 0.061 0.073 0.028 0.001 0.057 12 L 0.003 0.001 0.896 0.021 0.026 0.014 0.001 0.040 13 I 0.001 0.001 0.954 0.011 0.012 0.009 0.001 0.013 14 G 0.001 0.001 0.894 0.011 0.020 0.027 0.001 0.048 15 A 0.003 0.002 0.684 0.010 0.023 0.079 0.001 0.197 16 G 0.016 0.009 0.355 0.009 0.026 0.154 0.007 0.424 17 N 0.102 0.020 0.097 0.004 0.010 0.185 0.010 0.572 18 L 0.056 0.076 0.048 0.003 0.008 0.139 0.010 0.659 19 A 0.099 0.134 0.018 0.002 0.008 0.198 0.013 0.527 20 T 0.106 0.421 0.017 0.001 0.003 0.077 0.006 0.369 21 N 0.019 0.739 0.006 0.001 0.001 0.026 0.002 0.206 22 L 0.016 0.878 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.077 23 A 0.014 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 24 K 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.015 25 A 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 26 L 0.018 0.968 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 27 Y 0.014 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 28 R 0.023 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 29 K 0.055 0.781 0.002 0.001 0.001 0.003 0.119 0.040 30 G 0.679 0.042 0.010 0.001 0.001 0.001 0.223 0.044 31 F 0.036 0.014 0.877 0.009 0.002 0.008 0.006 0.048 32 R 0.009 0.010 0.422 0.115 0.030 0.124 0.004 0.285 33 I 0.029 0.008 0.228 0.015 0.035 0.022 0.002 0.662 34 V 0.013 0.007 0.842 0.017 0.029 0.026 0.001 0.066 35 Q 0.006 0.003 0.853 0.026 0.024 0.030 0.001 0.057 36 V 0.003 0.002 0.818 0.019 0.032 0.016 0.001 0.108 37 Y 0.005 0.004 0.660 0.028 0.055 0.095 0.001 0.152 38 S 0.015 0.004 0.209 0.034 0.061 0.110 0.004 0.563 39 R 0.043 0.010 0.101 0.007 0.020 0.245 0.007 0.567 40 T 0.059 0.012 0.010 0.002 0.005 0.546 0.009 0.358 41 E 0.104 0.031 0.004 0.001 0.001 0.050 0.009 0.800 42 E 0.008 0.047 0.002 0.001 0.001 0.426 0.002 0.514 43 S 0.010 0.025 0.001 0.001 0.001 0.894 0.001 0.069 44 A 0.083 0.847 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.050 45 R 0.015 0.963 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 46 E 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 47 L 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.025 48 A 0.016 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 49 Q 0.021 0.939 0.019 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 50 K 0.060 0.865 0.011 0.001 0.001 0.003 0.026 0.033 51 V 0.098 0.764 0.027 0.001 0.001 0.004 0.049 0.055 52 E 0.229 0.295 0.190 0.009 0.007 0.015 0.092 0.162 53 A 0.049 0.056 0.651 0.026 0.014 0.019 0.009 0.176 54 E 0.025 0.047 0.504 0.081 0.042 0.058 0.007 0.236 55 Y 0.026 0.021 0.213 0.015 0.029 0.037 0.003 0.655 56 T 0.027 0.032 0.505 0.045 0.072 0.078 0.004 0.236 57 T 0.061 0.025 0.161 0.027 0.037 0.150 0.008 0.532 58 D 0.064 0.038 0.058 0.017 0.025 0.213 0.010 0.576 59 L 0.028 0.026 0.019 0.002 0.006 0.113 0.005 0.802 60 A 0.012 0.017 0.003 0.001 0.001 0.587 0.003 0.375 61 E 0.133 0.043 0.002 0.001 0.002 0.638 0.012 0.169 62 V 0.514 0.386 0.009 0.001 0.002 0.011 0.015 0.062 63 N 0.046 0.853 0.045 0.003 0.006 0.003 0.005 0.038 64 P 0.020 0.089 0.002 0.002 0.003 0.012 0.006 0.867 65 Y 0.189 0.161 0.009 0.011 0.018 0.031 0.051 0.530 66 A 0.577 0.045 0.113 0.024 0.018 0.014 0.061 0.148 67 K 0.049 0.023 0.562 0.146 0.030 0.044 0.013 0.133 68 L 0.015 0.006 0.686 0.047 0.040 0.014 0.002 0.190 69 Y 0.005 0.002 0.896 0.039 0.037 0.006 0.001 0.015 70 I 0.001 0.001 0.861 0.043 0.060 0.004 0.001 0.031 71 V 0.001 0.001 0.958 0.014 0.019 0.002 0.001 0.006 72 S 0.001 0.001 0.841 0.035 0.053 0.008 0.001 0.062 73 L 0.001 0.001 0.701 0.043 0.079 0.044 0.001 0.131 74 K 0.004 0.001 0.291 0.062 0.151 0.183 0.002 0.306 75 D 0.005 0.001 0.018 0.003 0.009 0.068 0.002 0.895 76 S 0.032 0.002 0.005 0.001 0.003 0.316 0.009 0.633 77 A 0.390 0.005 0.001 0.001 0.001 0.262 0.022 0.319 78 F 0.122 0.172 0.012 0.003 0.010 0.256 0.007 0.419 79 A 0.057 0.331 0.012 0.006 0.019 0.163 0.004 0.409 80 E 0.042 0.660 0.010 0.002 0.006 0.046 0.002 0.231 81 L 0.028 0.867 0.003 0.001 0.001 0.014 0.003 0.084 82 L 0.009 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 83 Q 0.026 0.929 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.032 84 G 0.048 0.899 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 0.034 85 I 0.267 0.607 0.005 0.001 0.001 0.007 0.047 0.067 86 V 0.041 0.863 0.016 0.002 0.001 0.010 0.009 0.058 87 E 0.045 0.629 0.022 0.003 0.003 0.029 0.018 0.251 88 G 0.257 0.445 0.013 0.004 0.004 0.016 0.051 0.210 89 K 0.475 0.238 0.028 0.004 0.004 0.023 0.055 0.173 90 R 0.115 0.336 0.090 0.036 0.018 0.078 0.026 0.302 91 E 0.045 0.045 0.029 0.007 0.007 0.067 0.015 0.786 92 E 0.226 0.040 0.116 0.021 0.015 0.126 0.069 0.387 93 A 0.510 0.009 0.221 0.017 0.012 0.057 0.043 0.131 94 L 0.011 0.005 0.798 0.054 0.031 0.035 0.001 0.064 95 M 0.003 0.002 0.787 0.056 0.073 0.031 0.001 0.047 96 V 0.004 0.001 0.812 0.062 0.063 0.017 0.001 0.041 97 H 0.001 0.002 0.737 0.052 0.089 0.039 0.001 0.080 98 T 0.003 0.003 0.576 0.051 0.094 0.094 0.001 0.178 99 A 0.019 0.010 0.298 0.053 0.097 0.217 0.008 0.297 100 G 0.108 0.021 0.147 0.036 0.070 0.160 0.025 0.434 101 S 0.220 0.044 0.109 0.018 0.048 0.074 0.040 0.447 102 I 0.135 0.047 0.096 0.034 0.044 0.164 0.019 0.461 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 104 M 0.057 0.037 0.035 0.030 0.074 0.119 0.005 0.644 105 N 0.069 0.082 0.038 0.014 0.018 0.072 0.004 0.704 106 V 0.106 0.167 0.012 0.005 0.010 0.079 0.007 0.614 107 W 0.119 0.615 0.021 0.006 0.027 0.035 0.006 0.170 108 E 0.121 0.670 0.009 0.007 0.014 0.032 0.013 0.134 109 G 0.148 0.608 0.008 0.004 0.006 0.026 0.034 0.166 110 H 0.376 0.331 0.017 0.003 0.005 0.015 0.063 0.190 111 V 0.166 0.362 0.114 0.033 0.028 0.036 0.027 0.234 112 P 0.004 0.010 0.005 0.003 0.004 0.006 0.001 0.967 113 H 0.091 0.048 0.041 0.020 0.022 0.059 0.011 0.708 114 Y 0.258 0.067 0.163 0.021 0.020 0.051 0.040 0.380 115 G 0.346 0.023 0.195 0.022 0.024 0.033 0.039 0.316 116 V 0.035 0.006 0.777 0.023 0.018 0.029 0.002 0.110 117 F 0.013 0.004 0.530 0.073 0.073 0.052 0.002 0.253 118 Y 0.016 0.002 0.547 0.040 0.067 0.055 0.001 0.272 119 P 0.002 0.001 0.190 0.009 0.020 0.035 0.001 0.742 120 M 0.010 0.002 0.300 0.027 0.069 0.168 0.004 0.419 121 Q 0.159 0.003 0.328 0.023 0.034 0.131 0.007 0.314 122 T 0.039 0.005 0.207 0.020 0.035 0.053 0.006 0.635 123 F 0.047 0.009 0.381 0.032 0.060 0.129 0.006 0.336 124 S 0.043 0.011 0.164 0.031 0.045 0.196 0.006 0.503 125 K 0.036 0.012 0.070 0.014 0.032 0.120 0.009 0.707 126 Q 0.072 0.017 0.059 0.009 0.019 0.239 0.013 0.572 127 R 0.113 0.032 0.043 0.014 0.017 0.195 0.013 0.573 128 E 0.029 0.034 0.016 0.008 0.016 0.060 0.005 0.833 129 V 0.047 0.079 0.026 0.031 0.062 0.086 0.005 0.662 130 D 0.094 0.307 0.028 0.026 0.047 0.160 0.012 0.325 131 F 0.134 0.566 0.016 0.025 0.061 0.019 0.013 0.166 132 K 0.126 0.496 0.036 0.024 0.039 0.041 0.026 0.213 133 E 0.301 0.179 0.034 0.034 0.036 0.060 0.114 0.242 134 I 0.462 0.055 0.115 0.046 0.045 0.037 0.049 0.190 135 P 0.007 0.010 0.149 0.063 0.067 0.017 0.002 0.685 136 F 0.011 0.006 0.318 0.168 0.291 0.070 0.003 0.133 137 F 0.042 0.006 0.527 0.133 0.129 0.029 0.001 0.132 138 I 0.005 0.007 0.535 0.130 0.165 0.036 0.001 0.121 139 E 0.007 0.005 0.373 0.115 0.181 0.083 0.002 0.235 140 A 0.014 0.007 0.169 0.054 0.139 0.122 0.005 0.490 141 S 0.043 0.007 0.067 0.018 0.048 0.203 0.013 0.602 142 S 0.061 0.005 0.015 0.003 0.006 0.221 0.011 0.678 143 T 0.031 0.005 0.004 0.001 0.002 0.063 0.004 0.891 144 E 0.014 0.013 0.002 0.001 0.001 0.422 0.002 0.545 145 D 0.054 0.052 0.001 0.001 0.001 0.682 0.003 0.207 146 A 0.100 0.727 0.004 0.001 0.001 0.017 0.004 0.146 147 A 0.009 0.823 0.002 0.001 0.001 0.067 0.001 0.097 148 F 0.012 0.876 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 0.074 149 L 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 150 K 0.004 0.979 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 151 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 152 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 153 A 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 154 S 0.008 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 155 T 0.020 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 156 L 0.041 0.911 0.005 0.001 0.001 0.002 0.022 0.019 157 S 0.048 0.811 0.043 0.005 0.004 0.004 0.023 0.062 158 N 0.072 0.549 0.116 0.021 0.010 0.024 0.046 0.162 159 R 0.278 0.249 0.090 0.021 0.015 0.039 0.081 0.227 160 V 0.147 0.161 0.292 0.036 0.037 0.022 0.022 0.283 161 Y 0.023 0.085 0.459 0.136 0.093 0.053 0.006 0.146 162 D 0.038 0.031 0.173 0.128 0.155 0.046 0.006 0.424 163 A 0.043 0.041 0.239 0.084 0.139 0.123 0.007 0.326 164 D 0.021 0.022 0.082 0.063 0.078 0.268 0.008 0.458 165 S 0.014 0.007 0.012 0.006 0.011 0.123 0.004 0.824 166 E 0.031 0.012 0.006 0.003 0.006 0.609 0.010 0.323 167 Q 0.319 0.041 0.005 0.003 0.006 0.345 0.036 0.246 168 R 0.153 0.346 0.020 0.010 0.019 0.124 0.018 0.310 169 K 0.045 0.329 0.022 0.010 0.020 0.102 0.011 0.462 170 S 0.104 0.340 0.022 0.013 0.023 0.087 0.014 0.397 171 L 0.063 0.596 0.032 0.021 0.037 0.054 0.009 0.188 172 H 0.030 0.617 0.038 0.055 0.065 0.056 0.006 0.134 173 L 0.030 0.731 0.063 0.027 0.034 0.018 0.005 0.093 174 A 0.023 0.830 0.059 0.010 0.018 0.007 0.005 0.048 175 A 0.022 0.835 0.037 0.010 0.021 0.011 0.008 0.057 176 V 0.058 0.696 0.049 0.014 0.028 0.020 0.019 0.115 177 F 0.103 0.451 0.062 0.015 0.023 0.045 0.035 0.267 178 T 0.088 0.389 0.067 0.012 0.016 0.071 0.030 0.326 179 C 0.048 0.268 0.044 0.007 0.011 0.071 0.014 0.536 180 N 0.042 0.381 0.043 0.007 0.009 0.107 0.008 0.403 181 F 0.056 0.587 0.018 0.003 0.005 0.067 0.008 0.257 182 T 0.027 0.849 0.008 0.001 0.003 0.016 0.003 0.093 183 N 0.010 0.901 0.006 0.001 0.002 0.016 0.002 0.063 184 H 0.007 0.928 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.047 185 M 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 186 Y 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 187 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 188 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 189 A 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 A 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 192 L 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 193 L 0.015 0.966 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 194 K 0.027 0.928 0.032 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 195 K 0.024 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 196 Y 0.047 0.819 0.003 0.001 0.001 0.003 0.094 0.034 197 N 0.714 0.054 0.014 0.001 0.001 0.001 0.180 0.036 198 L 0.019 0.012 0.923 0.003 0.001 0.009 0.002 0.030 199 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 0.001 0.970 200 F 0.006 0.002 0.005 0.001 0.002 0.009 0.001 0.976 201 D 0.034 0.035 0.050 0.001 0.002 0.178 0.001 0.699 202 V 0.151 0.048 0.005 0.001 0.002 0.521 0.005 0.267 203 M 0.359 0.469 0.006 0.001 0.004 0.015 0.006 0.140 204 L 0.100 0.738 0.010 0.002 0.004 0.019 0.005 0.123 205 P 0.013 0.381 0.002 0.001 0.001 0.040 0.004 0.559 206 L 0.041 0.723 0.004 0.001 0.001 0.018 0.007 0.205 207 I 0.021 0.919 0.014 0.001 0.001 0.007 0.002 0.035 208 D 0.032 0.913 0.009 0.001 0.001 0.005 0.005 0.034 209 E 0.029 0.935 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 210 T 0.068 0.831 0.003 0.001 0.001 0.013 0.021 0.063 211 A 0.048 0.868 0.010 0.001 0.001 0.006 0.012 0.054 212 R 0.036 0.731 0.054 0.003 0.003 0.038 0.017 0.118 213 K 0.147 0.594 0.018 0.004 0.003 0.047 0.032 0.156 214 V 0.189 0.605 0.034 0.003 0.003 0.013 0.020 0.132 215 H 0.054 0.574 0.056 0.009 0.008 0.029 0.014 0.257 216 E 0.147 0.349 0.029 0.015 0.018 0.076 0.031 0.335 217 L 0.299 0.348 0.031 0.012 0.020 0.041 0.043 0.206 218 E 0.212 0.203 0.042 0.019 0.018 0.089 0.045 0.371 219 P 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991 220 K 0.043 0.024 0.056 0.025 0.038 0.097 0.008 0.709 221 T 0.176 0.024 0.026 0.036 0.029 0.074 0.009 0.626 222 A 0.141 0.047 0.032 0.022 0.032 0.040 0.009 0.677 223 Q 0.154 0.075 0.060 0.035 0.044 0.203 0.014 0.415 224 T 0.198 0.055 0.026 0.023 0.042 0.157 0.025 0.475 225 G 0.155 0.032 0.031 0.019 0.035 0.093 0.021 0.616 226 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 227 A 0.038 0.005 0.031 0.041 0.059 0.086 0.005 0.735 228 I 0.177 0.013 0.036 0.061 0.073 0.087 0.004 0.549 229 R 0.053 0.022 0.024 0.048 0.100 0.059 0.004 0.690 230 Y 0.086 0.040 0.054 0.058 0.122 0.149 0.009 0.483 231 D 0.025 0.011 0.012 0.008 0.016 0.084 0.005 0.838 232 E 0.042 0.028 0.021 0.009 0.020 0.106 0.016 0.757 233 N 0.234 0.033 0.014 0.006 0.008 0.188 0.027 0.491 234 V 0.163 0.136 0.029 0.024 0.026 0.277 0.010 0.337 235 I 0.071 0.255 0.014 0.017 0.063 0.301 0.007 0.273 236 G 0.130 0.554 0.014 0.023 0.075 0.032 0.007 0.164 237 N 0.026 0.586 0.009 0.007 0.015 0.058 0.004 0.295 238 H 0.020 0.543 0.003 0.002 0.002 0.150 0.007 0.274 239 L 0.042 0.815 0.007 0.002 0.006 0.013 0.006 0.109 240 R 0.020 0.870 0.015 0.005 0.004 0.020 0.003 0.063 241 M 0.024 0.940 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 242 L 0.077 0.894 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 243 A 0.092 0.836 0.004 0.001 0.002 0.010 0.021 0.034 244 D 0.196 0.472 0.018 0.003 0.004 0.028 0.085 0.194 245 D 0.187 0.187 0.028 0.003 0.002 0.071 0.070 0.453 246 P 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.981 247 A 0.015 0.054 0.012 0.001 0.001 0.569 0.004 0.344 248 M 0.288 0.325 0.012 0.002 0.002 0.127 0.009 0.236 249 Q 0.074 0.761 0.010 0.001 0.001 0.021 0.006 0.127 250 R 0.129 0.676 0.017 0.001 0.001 0.018 0.011 0.147 251 L 0.071 0.754 0.025 0.001 0.002 0.016 0.006 0.124 252 Y 0.035 0.711 0.008 0.003 0.005 0.037 0.008 0.193 253 E 0.040 0.702 0.008 0.002 0.002 0.034 0.006 0.207 254 L 0.021 0.792 0.009 0.001 0.001 0.026 0.004 0.148 255 L 0.014 0.913 0.008 0.001 0.001 0.014 0.003 0.048 256 S 0.018 0.940 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.028 257 R 0.010 0.968 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 258 S 0.023 0.926 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.035 259 I 0.035 0.939 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 260 H 0.043 0.898 0.011 0.002 0.002 0.005 0.014 0.025 261 E 0.138 0.730 0.007 0.003 0.003 0.011 0.042 0.066 262 R 0.181 0.550 0.015 0.003 0.003 0.014 0.081 0.152 263 Q 0.140 0.169 0.030 0.008 0.005 0.037 0.054 0.556