# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2001 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.709 0.158 0.092 0.030 0.009 0.002 0.001 2 K 0.776 0.158 0.052 0.012 0.002 0.001 0.001 3 R 0.546 0.231 0.127 0.070 0.021 0.004 0.001 4 S 0.572 0.262 0.117 0.036 0.011 0.003 0.001 5 I 0.296 0.236 0.199 0.175 0.078 0.015 0.001 6 E 0.436 0.298 0.145 0.086 0.028 0.006 0.001 7 D 0.327 0.291 0.210 0.110 0.046 0.016 0.002 8 T 0.118 0.195 0.234 0.238 0.151 0.056 0.007 9 P 0.035 0.116 0.241 0.296 0.206 0.087 0.019 10 I 0.006 0.014 0.030 0.079 0.242 0.446 0.184 11 V 0.003 0.008 0.016 0.043 0.118 0.423 0.389 12 L 0.002 0.003 0.005 0.018 0.056 0.264 0.652 13 I 0.001 0.002 0.003 0.008 0.031 0.204 0.749 14 G 0.002 0.005 0.008 0.027 0.065 0.200 0.694 15 A 0.001 0.003 0.006 0.017 0.052 0.242 0.679 16 G 0.005 0.018 0.036 0.089 0.177 0.313 0.361 17 N 0.007 0.032 0.061 0.135 0.231 0.288 0.247 18 L 0.002 0.006 0.013 0.034 0.104 0.342 0.499 19 A 0.001 0.004 0.009 0.027 0.088 0.366 0.506 20 T 0.003 0.020 0.070 0.174 0.270 0.291 0.172 21 N 0.002 0.013 0.045 0.125 0.297 0.326 0.191 22 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.344 0.621 23 A 0.001 0.001 0.003 0.014 0.082 0.429 0.472 24 K 0.002 0.042 0.149 0.304 0.255 0.166 0.082 25 A 0.003 0.042 0.154 0.333 0.287 0.143 0.038 26 L 0.001 0.003 0.010 0.040 0.251 0.577 0.117 27 Y 0.005 0.034 0.094 0.261 0.408 0.184 0.013 28 R 0.094 0.344 0.314 0.174 0.060 0.014 0.001 29 K 0.164 0.382 0.240 0.139 0.057 0.015 0.002 30 G 0.147 0.392 0.186 0.168 0.067 0.035 0.005 31 F 0.022 0.067 0.135 0.306 0.356 0.106 0.008 32 R 0.093 0.241 0.286 0.237 0.097 0.039 0.006 33 I 0.008 0.021 0.053 0.115 0.282 0.424 0.097 34 V 0.013 0.028 0.060 0.117 0.234 0.389 0.159 35 Q 0.017 0.047 0.086 0.175 0.205 0.281 0.189 36 V 0.016 0.022 0.041 0.068 0.158 0.451 0.244 37 Y 0.016 0.033 0.070 0.185 0.292 0.314 0.090 38 S 0.074 0.192 0.249 0.199 0.155 0.112 0.020 39 R 0.036 0.087 0.219 0.336 0.197 0.116 0.009 40 T 0.150 0.294 0.214 0.172 0.108 0.058 0.004 41 E 0.283 0.363 0.205 0.108 0.035 0.006 0.001 42 E 0.475 0.382 0.089 0.044 0.008 0.002 0.001 43 S 0.105 0.197 0.326 0.224 0.128 0.019 0.001 44 A 0.017 0.035 0.119 0.385 0.354 0.090 0.002 45 R 0.332 0.403 0.225 0.033 0.005 0.001 0.001 46 E 0.159 0.484 0.251 0.084 0.019 0.002 0.001 47 L 0.015 0.027 0.073 0.271 0.499 0.112 0.002 48 A 0.071 0.241 0.322 0.296 0.060 0.011 0.001 49 Q 0.610 0.281 0.093 0.013 0.003 0.001 0.001 50 K 0.290 0.442 0.178 0.069 0.017 0.003 0.001 51 V 0.027 0.091 0.157 0.351 0.299 0.072 0.003 52 E 0.141 0.382 0.281 0.141 0.039 0.015 0.001 53 A 0.011 0.027 0.067 0.191 0.389 0.290 0.024 54 E 0.027 0.172 0.266 0.310 0.157 0.061 0.007 55 Y 0.005 0.023 0.058 0.162 0.342 0.352 0.057 56 T 0.009 0.027 0.085 0.175 0.301 0.327 0.075 57 T 0.043 0.229 0.277 0.260 0.125 0.056 0.010 58 D 0.018 0.129 0.263 0.312 0.206 0.060 0.011 59 L 0.003 0.008 0.021 0.080 0.299 0.527 0.060 60 A 0.020 0.157 0.316 0.320 0.139 0.043 0.005 61 E 0.035 0.252 0.315 0.265 0.104 0.026 0.003 62 V 0.006 0.020 0.053 0.179 0.411 0.311 0.020 63 N 0.010 0.046 0.113 0.287 0.347 0.180 0.017 64 P 0.126 0.427 0.277 0.123 0.037 0.009 0.001 65 Y 0.034 0.250 0.303 0.252 0.117 0.037 0.008 66 A 0.001 0.013 0.048 0.209 0.404 0.302 0.023 67 K 0.004 0.049 0.200 0.331 0.282 0.117 0.018 68 L 0.001 0.001 0.004 0.018 0.120 0.591 0.265 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.372 0.607 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.159 0.831 71 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.161 0.827 72 S 0.001 0.001 0.003 0.020 0.083 0.333 0.560 73 L 0.001 0.001 0.005 0.025 0.136 0.478 0.354 74 K 0.006 0.042 0.124 0.196 0.250 0.297 0.085 75 D 0.027 0.119 0.236 0.296 0.189 0.117 0.017 76 S 0.111 0.283 0.279 0.177 0.095 0.050 0.005 77 A 0.019 0.075 0.189 0.263 0.314 0.127 0.012 78 F 0.006 0.017 0.039 0.137 0.332 0.432 0.038 79 A 0.051 0.247 0.411 0.212 0.065 0.013 0.001 80 E 0.049 0.345 0.351 0.181 0.055 0.017 0.002 81 L 0.002 0.008 0.038 0.158 0.495 0.278 0.021 82 L 0.002 0.008 0.042 0.179 0.433 0.305 0.031 83 Q 0.163 0.429 0.341 0.053 0.011 0.002 0.001 84 G 0.030 0.253 0.380 0.249 0.079 0.009 0.001 85 I 0.005 0.012 0.032 0.123 0.469 0.347 0.011 86 V 0.038 0.169 0.303 0.325 0.136 0.028 0.001 87 E 0.276 0.537 0.147 0.033 0.007 0.001 0.001 88 G 0.057 0.189 0.268 0.344 0.122 0.020 0.001 89 K 0.167 0.282 0.257 0.211 0.073 0.010 0.001 90 R 0.334 0.409 0.141 0.095 0.020 0.002 0.001 91 E 0.561 0.254 0.152 0.026 0.006 0.001 0.001 92 E 0.153 0.346 0.327 0.126 0.039 0.010 0.001 93 A 0.006 0.058 0.185 0.389 0.297 0.063 0.002 94 L 0.001 0.002 0.008 0.036 0.245 0.614 0.095 95 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.294 0.682 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.176 0.814 97 H 0.001 0.001 0.003 0.018 0.052 0.137 0.789 98 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.155 0.826 99 A 0.001 0.001 0.003 0.011 0.041 0.263 0.681 100 G 0.001 0.006 0.010 0.037 0.097 0.351 0.498 101 S 0.006 0.017 0.038 0.087 0.184 0.322 0.346 102 I 0.021 0.055 0.099 0.166 0.210 0.283 0.166 103 P 0.020 0.049 0.090 0.157 0.266 0.291 0.128 104 M 0.013 0.020 0.060 0.130 0.323 0.363 0.090 105 N 0.103 0.305 0.287 0.186 0.074 0.037 0.008 106 V 0.034 0.155 0.301 0.297 0.161 0.047 0.005 107 W 0.010 0.013 0.028 0.120 0.440 0.362 0.026 108 E 0.065 0.214 0.364 0.265 0.073 0.018 0.001 109 G 0.324 0.468 0.157 0.040 0.009 0.003 0.001 110 H 0.057 0.172 0.305 0.310 0.132 0.023 0.001 111 V 0.027 0.039 0.082 0.282 0.396 0.165 0.010 112 P 0.351 0.370 0.209 0.053 0.014 0.003 0.001 113 H 0.397 0.377 0.139 0.063 0.018 0.005 0.001 114 Y 0.121 0.206 0.236 0.225 0.150 0.056 0.006 115 G 0.103 0.188 0.194 0.245 0.165 0.088 0.017 116 V 0.060 0.101 0.140 0.198 0.248 0.204 0.048 117 F 0.035 0.069 0.105 0.171 0.225 0.275 0.121 118 Y 0.023 0.039 0.072 0.116 0.199 0.313 0.238 119 P 0.021 0.040 0.057 0.102 0.161 0.312 0.306 120 M 0.016 0.032 0.049 0.100 0.171 0.312 0.319 121 Q 0.010 0.014 0.031 0.065 0.167 0.350 0.364 122 T 0.023 0.074 0.121 0.175 0.202 0.258 0.147 123 F 0.018 0.038 0.091 0.182 0.270 0.305 0.095 124 S 0.024 0.034 0.063 0.142 0.298 0.343 0.096 125 K 0.131 0.251 0.267 0.195 0.096 0.049 0.012 126 Q 0.141 0.226 0.202 0.212 0.144 0.064 0.011 127 R 0.162 0.201 0.214 0.221 0.128 0.065 0.007 128 E 0.283 0.310 0.200 0.134 0.051 0.020 0.002 129 V 0.138 0.204 0.226 0.229 0.145 0.054 0.003 130 D 0.111 0.171 0.227 0.230 0.181 0.074 0.006 131 F 0.079 0.190 0.233 0.290 0.153 0.048 0.007 132 K 0.288 0.343 0.222 0.098 0.032 0.014 0.003 133 E 0.060 0.189 0.241 0.240 0.185 0.076 0.009 134 I 0.005 0.026 0.091 0.239 0.361 0.229 0.050 135 P 0.001 0.002 0.007 0.019 0.105 0.587 0.280 136 F 0.001 0.003 0.009 0.035 0.098 0.447 0.407 137 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.293 0.659 138 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 0.330 0.631 139 E 0.004 0.015 0.040 0.132 0.234 0.371 0.204 140 A 0.011 0.041 0.129 0.255 0.259 0.262 0.043 141 S 0.036 0.125 0.233 0.285 0.214 0.098 0.008 142 S 0.307 0.435 0.157 0.074 0.021 0.006 0.001 143 T 0.566 0.289 0.086 0.044 0.013 0.002 0.001 144 E 0.333 0.388 0.165 0.090 0.020 0.005 0.001 145 D 0.085 0.194 0.257 0.241 0.172 0.050 0.001 146 A 0.037 0.141 0.331 0.339 0.131 0.019 0.001 147 A 0.185 0.528 0.177 0.084 0.020 0.005 0.001 148 F 0.006 0.048 0.225 0.347 0.312 0.059 0.003 149 L 0.001 0.003 0.013 0.067 0.295 0.558 0.063 150 K 0.013 0.128 0.402 0.277 0.144 0.033 0.003 151 A 0.015 0.179 0.273 0.324 0.162 0.041 0.006 152 I 0.002 0.007 0.018 0.057 0.207 0.576 0.133 153 A 0.002 0.009 0.028 0.116 0.284 0.439 0.122 154 S 0.028 0.245 0.301 0.282 0.101 0.036 0.007 155 T 0.013 0.077 0.200 0.294 0.272 0.126 0.018 156 L 0.005 0.019 0.037 0.112 0.266 0.451 0.111 157 S 0.019 0.092 0.186 0.295 0.263 0.120 0.025 158 N 0.175 0.385 0.247 0.132 0.044 0.015 0.003 159 R 0.040 0.167 0.263 0.283 0.177 0.063 0.007 160 V 0.016 0.025 0.058 0.143 0.346 0.364 0.049 161 Y 0.040 0.130 0.201 0.255 0.239 0.125 0.011 162 D 0.128 0.305 0.266 0.196 0.078 0.025 0.002 163 A 0.073 0.126 0.190 0.309 0.234 0.065 0.004 164 D 0.343 0.369 0.176 0.084 0.022 0.006 0.001 165 S 0.588 0.253 0.097 0.045 0.014 0.002 0.001 166 E 0.578 0.282 0.091 0.038 0.009 0.002 0.001 167 Q 0.368 0.297 0.197 0.085 0.041 0.011 0.001 168 R 0.151 0.268 0.262 0.222 0.079 0.017 0.002 169 K 0.185 0.338 0.251 0.151 0.054 0.019 0.002 170 S 0.009 0.050 0.129 0.256 0.378 0.162 0.016 171 L 0.003 0.009 0.035 0.109 0.302 0.409 0.133 172 H 0.001 0.004 0.014 0.032 0.121 0.464 0.363 173 L 0.002 0.005 0.012 0.034 0.089 0.302 0.557 174 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.152 0.828 175 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.117 0.863 176 V 0.001 0.003 0.005 0.019 0.060 0.203 0.709 177 F 0.001 0.005 0.010 0.033 0.090 0.233 0.628 178 T 0.001 0.002 0.005 0.014 0.045 0.221 0.712 179 C 0.001 0.003 0.005 0.018 0.065 0.272 0.636 180 N 0.002 0.007 0.014 0.046 0.129 0.266 0.534 181 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.035 0.204 0.746 182 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.180 0.795 183 N 0.001 0.002 0.005 0.016 0.060 0.257 0.658 184 H 0.001 0.004 0.011 0.036 0.102 0.254 0.592 185 M 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 0.219 0.754 186 Y 0.001 0.002 0.007 0.028 0.097 0.342 0.522 187 A 0.006 0.037 0.096 0.183 0.244 0.251 0.183 188 L 0.003 0.017 0.060 0.161 0.288 0.315 0.156 189 A 0.002 0.003 0.006 0.018 0.081 0.485 0.405 190 A 0.005 0.024 0.066 0.164 0.283 0.324 0.135 191 E 0.032 0.172 0.278 0.284 0.137 0.070 0.027 192 L 0.014 0.038 0.100 0.224 0.293 0.284 0.046 193 L 0.022 0.038 0.067 0.152 0.320 0.319 0.082 194 K 0.088 0.267 0.266 0.226 0.106 0.041 0.005 195 K 0.133 0.278 0.240 0.213 0.102 0.031 0.004 196 Y 0.058 0.117 0.166 0.300 0.226 0.127 0.007 197 N 0.219 0.358 0.239 0.117 0.048 0.018 0.002 198 L 0.049 0.093 0.164 0.336 0.248 0.104 0.006 199 P 0.196 0.326 0.239 0.140 0.066 0.029 0.004 200 F 0.067 0.160 0.230 0.313 0.162 0.062 0.006 201 D 0.348 0.362 0.199 0.064 0.019 0.007 0.001 202 V 0.018 0.105 0.254 0.332 0.226 0.058 0.006 203 M 0.003 0.007 0.017 0.064 0.272 0.535 0.103 204 L 0.004 0.041 0.180 0.318 0.301 0.141 0.014 205 P 0.024 0.203 0.363 0.258 0.109 0.035 0.008 206 L 0.001 0.009 0.034 0.103 0.263 0.466 0.123 207 I 0.001 0.002 0.006 0.032 0.160 0.519 0.280 208 D 0.008 0.088 0.218 0.334 0.221 0.107 0.025 209 E 0.019 0.123 0.229 0.280 0.213 0.105 0.031 210 T 0.003 0.014 0.034 0.097 0.242 0.474 0.136 211 A 0.006 0.022 0.050 0.142 0.293 0.364 0.124 212 R 0.053 0.213 0.235 0.257 0.160 0.068 0.015 213 K 0.042 0.177 0.262 0.271 0.159 0.073 0.017 214 V 0.014 0.028 0.064 0.147 0.284 0.380 0.083 215 H 0.041 0.129 0.162 0.252 0.236 0.152 0.028 216 E 0.114 0.301 0.263 0.197 0.086 0.033 0.005 217 L 0.046 0.067 0.124 0.257 0.306 0.179 0.020 218 E 0.092 0.186 0.205 0.244 0.173 0.088 0.012 219 P 0.189 0.256 0.216 0.203 0.100 0.032 0.003 220 K 0.436 0.296 0.155 0.078 0.026 0.008 0.001 221 T 0.311 0.297 0.201 0.120 0.051 0.018 0.001 222 A 0.199 0.197 0.211 0.220 0.131 0.040 0.002 223 Q 0.341 0.268 0.204 0.128 0.044 0.014 0.001 224 T 0.478 0.271 0.148 0.069 0.027 0.007 0.001 225 G 0.461 0.279 0.137 0.090 0.027 0.007 0.001 226 P 0.569 0.258 0.114 0.042 0.013 0.004 0.001 227 A 0.188 0.209 0.223 0.221 0.123 0.034 0.002 228 I 0.155 0.190 0.211 0.233 0.153 0.055 0.003 229 R 0.222 0.251 0.230 0.178 0.089 0.027 0.002 230 Y 0.207 0.235 0.222 0.206 0.096 0.032 0.003 231 D 0.334 0.294 0.191 0.103 0.048 0.026 0.004 232 E 0.212 0.236 0.221 0.202 0.094 0.030 0.005 233 N 0.271 0.348 0.209 0.113 0.039 0.017 0.003 234 V 0.025 0.057 0.144 0.245 0.300 0.206 0.023 235 I 0.014 0.033 0.060 0.136 0.259 0.402 0.095 236 G 0.029 0.107 0.233 0.277 0.236 0.095 0.023 237 N 0.051 0.223 0.240 0.261 0.143 0.064 0.019 238 H 0.012 0.041 0.093 0.179 0.291 0.305 0.080 239 L 0.004 0.008 0.028 0.090 0.313 0.435 0.123 240 R 0.035 0.245 0.326 0.242 0.102 0.042 0.008 241 M 0.021 0.087 0.186 0.301 0.264 0.125 0.015 242 L 0.015 0.026 0.044 0.124 0.338 0.397 0.056 243 A 0.085 0.203 0.282 0.269 0.122 0.035 0.004 244 D 0.374 0.358 0.160 0.076 0.026 0.006 0.001 245 D 0.290 0.290 0.206 0.140 0.054 0.019 0.001 246 P 0.245 0.226 0.211 0.173 0.102 0.039 0.003 247 A 0.312 0.305 0.201 0.114 0.051 0.017 0.002 248 M 0.275 0.286 0.190 0.158 0.066 0.022 0.002 249 Q 0.251 0.256 0.207 0.165 0.086 0.031 0.003 250 R 0.154 0.216 0.274 0.193 0.111 0.046 0.006 251 L 0.031 0.039 0.066 0.144 0.277 0.354 0.088 252 Y 0.033 0.085 0.172 0.253 0.260 0.163 0.035 253 E 0.092 0.233 0.250 0.219 0.118 0.069 0.019 254 L 0.038 0.071 0.154 0.253 0.269 0.177 0.037 255 L 0.030 0.037 0.055 0.113 0.271 0.384 0.111 256 S 0.085 0.192 0.270 0.251 0.143 0.051 0.008 257 R 0.213 0.347 0.228 0.138 0.051 0.019 0.003 258 S 0.085 0.146 0.238 0.251 0.191 0.085 0.004 259 I 0.125 0.171 0.207 0.244 0.185 0.064 0.003 260 H 0.385 0.367 0.161 0.070 0.016 0.002 0.001 261 E 0.713 0.232 0.040 0.012 0.002 0.001 0.001 262 R 0.516 0.264 0.130 0.070 0.018 0.002 0.001 263 Q 0.805 0.143 0.039 0.011 0.001 0.001 0.001