# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 715 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.023 0.021 0.064 0.114 0.100 0.060 0.585 2 K 0.062 0.029 0.017 0.051 0.064 0.130 0.072 0.575 3 R 0.017 0.008 0.032 0.057 0.065 0.093 0.039 0.689 4 S 0.489 0.006 0.009 0.011 0.015 0.045 0.124 0.301 5 I 0.648 0.001 0.003 0.003 0.004 0.044 0.039 0.258 6 E 0.017 0.001 0.009 0.003 0.009 0.110 0.012 0.839 7 D 0.006 0.001 0.014 0.002 0.008 0.123 0.022 0.823 8 T 0.003 0.001 0.123 0.052 0.035 0.210 0.030 0.546 9 P 0.001 0.001 0.593 0.043 0.077 0.048 0.053 0.184 10 I 0.001 0.001 0.669 0.032 0.069 0.021 0.094 0.114 11 V 0.001 0.001 0.921 0.017 0.018 0.005 0.015 0.023 12 L 0.002 0.001 0.918 0.013 0.016 0.006 0.017 0.027 13 I 0.005 0.004 0.795 0.016 0.016 0.026 0.054 0.084 14 G 0.040 0.125 0.372 0.015 0.019 0.090 0.154 0.186 15 A 0.029 0.528 0.039 0.009 0.010 0.070 0.101 0.214 16 G 0.032 0.333 0.018 0.004 0.005 0.041 0.484 0.084 17 N 0.007 0.244 0.006 0.001 0.002 0.013 0.708 0.019 18 L 0.002 0.926 0.002 0.001 0.001 0.004 0.054 0.011 19 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 20 T 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 21 N 0.001 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.004 22 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 23 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 24 K 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 25 A 0.014 0.878 0.009 0.001 0.001 0.006 0.066 0.024 26 L 0.064 0.056 0.185 0.003 0.002 0.014 0.647 0.029 27 Y 0.894 0.004 0.006 0.001 0.001 0.014 0.024 0.056 28 R 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.005 0.865 29 K 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.162 0.003 0.828 30 G 0.007 0.001 0.025 0.003 0.010 0.214 0.023 0.717 31 F 0.006 0.001 0.047 0.026 0.016 0.164 0.038 0.702 32 R 0.002 0.001 0.700 0.016 0.045 0.033 0.051 0.152 33 I 0.001 0.001 0.721 0.012 0.042 0.028 0.053 0.141 34 V 0.001 0.001 0.947 0.013 0.009 0.003 0.011 0.017 35 Q 0.002 0.001 0.880 0.026 0.037 0.008 0.018 0.029 36 V 0.008 0.001 0.666 0.041 0.067 0.031 0.083 0.104 37 Y 0.008 0.002 0.470 0.046 0.065 0.075 0.038 0.296 38 S 0.014 0.019 0.103 0.064 0.075 0.179 0.058 0.488 39 R 0.001 0.017 0.054 0.018 0.021 0.141 0.207 0.541 40 T 0.028 0.834 0.001 0.001 0.001 0.005 0.116 0.015 41 E 0.026 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.007 42 E 0.006 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.028 43 S 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.013 44 A 0.007 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.039 0.005 45 R 0.017 0.930 0.002 0.001 0.001 0.005 0.030 0.015 46 E 0.024 0.897 0.003 0.001 0.001 0.005 0.031 0.039 47 L 0.073 0.700 0.037 0.001 0.001 0.013 0.129 0.046 48 A 0.197 0.177 0.088 0.002 0.002 0.059 0.292 0.184 49 Q 0.334 0.063 0.007 0.001 0.001 0.046 0.014 0.534 50 K 0.042 0.013 0.006 0.001 0.001 0.055 0.019 0.862 51 V 0.029 0.016 0.011 0.001 0.002 0.187 0.032 0.721 52 E 0.050 0.028 0.014 0.003 0.006 0.100 0.078 0.722 53 A 0.050 0.018 0.028 0.004 0.004 0.110 0.073 0.713 54 E 0.045 0.038 0.151 0.014 0.022 0.119 0.128 0.482 55 Y 0.055 0.125 0.081 0.006 0.013 0.088 0.052 0.581 56 T 0.153 0.292 0.068 0.006 0.009 0.076 0.055 0.340 57 T 0.035 0.388 0.035 0.008 0.010 0.084 0.045 0.395 58 D 0.082 0.620 0.014 0.003 0.005 0.039 0.073 0.164 59 L 0.167 0.169 0.024 0.003 0.004 0.036 0.506 0.091 60 A 0.149 0.175 0.019 0.007 0.008 0.099 0.227 0.315 61 E 0.064 0.100 0.019 0.008 0.014 0.111 0.063 0.621 62 V 0.157 0.049 0.030 0.009 0.015 0.110 0.061 0.571 63 N 0.259 0.018 0.011 0.007 0.012 0.118 0.114 0.461 64 P 0.042 0.007 0.013 0.003 0.007 0.143 0.030 0.757 65 Y 0.025 0.005 0.049 0.004 0.010 0.173 0.067 0.666 66 A 0.003 0.003 0.297 0.017 0.024 0.172 0.050 0.434 67 K 0.001 0.001 0.725 0.014 0.041 0.029 0.050 0.139 68 L 0.001 0.001 0.772 0.034 0.034 0.019 0.054 0.086 69 Y 0.001 0.001 0.930 0.019 0.018 0.004 0.013 0.014 70 I 0.003 0.001 0.839 0.024 0.036 0.013 0.025 0.059 71 V 0.004 0.001 0.774 0.039 0.050 0.028 0.016 0.089 72 S 0.006 0.001 0.536 0.034 0.053 0.088 0.029 0.252 73 L 0.035 0.012 0.170 0.033 0.036 0.183 0.076 0.455 74 K 0.151 0.123 0.039 0.007 0.008 0.127 0.110 0.435 75 D 0.165 0.279 0.012 0.004 0.006 0.074 0.078 0.382 76 S 0.067 0.399 0.010 0.009 0.012 0.082 0.073 0.348 77 A 0.043 0.598 0.010 0.008 0.014 0.057 0.062 0.209 78 F 0.040 0.763 0.007 0.005 0.008 0.023 0.048 0.106 79 A 0.032 0.751 0.009 0.008 0.011 0.023 0.054 0.111 80 E 0.029 0.714 0.021 0.008 0.012 0.028 0.075 0.114 81 L 0.060 0.749 0.016 0.005 0.007 0.018 0.062 0.082 82 L 0.070 0.774 0.010 0.003 0.004 0.016 0.038 0.085 83 Q 0.028 0.717 0.008 0.003 0.006 0.028 0.027 0.183 84 G 0.048 0.502 0.038 0.008 0.012 0.048 0.095 0.248 85 I 0.254 0.291 0.029 0.011 0.013 0.048 0.147 0.207 86 V 0.270 0.114 0.014 0.009 0.011 0.058 0.088 0.437 87 E 0.038 0.023 0.009 0.003 0.005 0.086 0.026 0.809 88 G 0.084 0.013 0.016 0.006 0.010 0.121 0.042 0.709 89 K 0.120 0.006 0.011 0.006 0.011 0.114 0.035 0.697 90 R 0.136 0.007 0.008 0.003 0.006 0.104 0.059 0.676 91 E 0.020 0.005 0.026 0.003 0.009 0.167 0.046 0.724 92 E 0.005 0.007 0.204 0.018 0.036 0.165 0.043 0.522 93 A 0.002 0.003 0.573 0.033 0.087 0.046 0.066 0.190 94 L 0.001 0.002 0.734 0.046 0.046 0.018 0.074 0.080 95 M 0.002 0.002 0.798 0.051 0.065 0.010 0.029 0.043 96 V 0.007 0.002 0.775 0.044 0.042 0.018 0.033 0.079 97 H 0.032 0.003 0.670 0.051 0.055 0.032 0.059 0.098 98 T 0.062 0.004 0.231 0.033 0.056 0.120 0.064 0.429 99 A 0.050 0.002 0.097 0.034 0.042 0.187 0.041 0.547 100 G 0.013 0.002 0.080 0.033 0.062 0.173 0.023 0.612 101 S 0.032 0.007 0.030 0.019 0.030 0.151 0.053 0.679 102 I 0.037 0.029 0.025 0.034 0.033 0.187 0.036 0.619 103 P 0.146 0.251 0.012 0.009 0.017 0.096 0.065 0.405 104 M 0.112 0.290 0.016 0.014 0.024 0.093 0.065 0.386 105 N 0.112 0.324 0.033 0.026 0.032 0.076 0.134 0.263 106 V 0.203 0.165 0.040 0.022 0.037 0.088 0.136 0.309 107 W 0.359 0.069 0.031 0.025 0.036 0.063 0.115 0.301 108 E 0.112 0.024 0.013 0.017 0.025 0.106 0.062 0.642 109 G 0.018 0.012 0.013 0.013 0.021 0.132 0.018 0.773 110 H 0.051 0.036 0.018 0.023 0.036 0.106 0.051 0.679 111 V 0.218 0.025 0.016 0.019 0.021 0.112 0.106 0.483 112 P 0.085 0.020 0.019 0.019 0.024 0.104 0.051 0.678 113 H 0.060 0.019 0.030 0.014 0.031 0.130 0.056 0.658 114 Y 0.043 0.012 0.092 0.023 0.047 0.134 0.064 0.584 115 G 0.019 0.011 0.161 0.074 0.129 0.101 0.054 0.451 116 V 0.012 0.012 0.194 0.095 0.131 0.085 0.048 0.423 117 F 0.031 0.013 0.203 0.059 0.064 0.105 0.052 0.472 118 Y 0.130 0.032 0.186 0.051 0.059 0.105 0.129 0.309 119 P 0.077 0.050 0.068 0.018 0.039 0.126 0.075 0.547 120 M 0.107 0.040 0.048 0.019 0.029 0.120 0.092 0.546 121 Q 0.059 0.053 0.070 0.031 0.038 0.157 0.110 0.482 122 T 0.046 0.082 0.054 0.024 0.042 0.143 0.057 0.551 123 F 0.073 0.077 0.051 0.028 0.038 0.131 0.090 0.513 124 S 0.165 0.178 0.041 0.023 0.028 0.114 0.111 0.342 125 K 0.123 0.251 0.017 0.008 0.017 0.088 0.059 0.437 126 Q 0.085 0.254 0.030 0.016 0.021 0.106 0.068 0.420 127 R 0.084 0.460 0.023 0.014 0.026 0.074 0.048 0.271 128 E 0.190 0.334 0.022 0.013 0.021 0.060 0.076 0.283 129 V 0.136 0.204 0.046 0.027 0.034 0.090 0.099 0.365 130 D 0.166 0.131 0.028 0.015 0.027 0.095 0.074 0.465 131 F 0.210 0.104 0.019 0.009 0.014 0.076 0.112 0.455 132 K 0.040 0.107 0.018 0.013 0.019 0.137 0.050 0.615 133 E 0.021 0.257 0.015 0.011 0.021 0.079 0.034 0.564 134 I 0.051 0.504 0.021 0.018 0.027 0.059 0.065 0.255 135 P 0.057 0.497 0.034 0.019 0.033 0.055 0.079 0.227 136 F 0.072 0.375 0.056 0.027 0.047 0.055 0.127 0.243 137 F 0.115 0.141 0.115 0.026 0.047 0.070 0.257 0.229 138 I 0.207 0.046 0.074 0.023 0.040 0.082 0.245 0.283 139 E 0.082 0.022 0.055 0.024 0.031 0.115 0.162 0.509 140 A 0.013 0.031 0.027 0.015 0.024 0.170 0.043 0.677 141 S 0.009 0.110 0.026 0.013 0.020 0.130 0.068 0.623 142 S 0.065 0.802 0.003 0.002 0.002 0.015 0.047 0.065 143 T 0.048 0.893 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.032 144 E 0.006 0.931 0.002 0.001 0.001 0.005 0.024 0.032 145 D 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 146 A 0.005 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.009 147 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 148 F 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 149 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 150 K 0.015 0.478 0.002 0.001 0.001 0.003 0.490 0.011 151 A 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.974 0.003 152 I 0.033 0.409 0.034 0.002 0.002 0.018 0.464 0.039 153 A 0.054 0.057 0.103 0.002 0.002 0.021 0.682 0.079 154 S 0.069 0.026 0.050 0.007 0.006 0.142 0.165 0.535 155 T 0.072 0.014 0.023 0.004 0.007 0.110 0.077 0.692 156 L 0.101 0.012 0.046 0.011 0.010 0.190 0.076 0.554 157 S 0.022 0.004 0.018 0.006 0.023 0.162 0.021 0.746 158 N 0.020 0.005 0.028 0.019 0.030 0.076 0.023 0.798 159 R 0.009 0.005 0.181 0.105 0.153 0.099 0.033 0.415 160 V 0.011 0.002 0.197 0.084 0.093 0.101 0.044 0.468 161 Y 0.012 0.001 0.234 0.098 0.169 0.060 0.028 0.397 162 D 0.115 0.002 0.118 0.048 0.072 0.081 0.084 0.482 163 A 0.090 0.002 0.068 0.023 0.033 0.118 0.055 0.611 164 D 0.022 0.003 0.045 0.013 0.027 0.109 0.044 0.736