# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 715 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.233 0.141 0.042 0.090 0.084 0.071 0.118 0.088 0.063 0.045 0.025 2 K 0.230 0.136 0.053 0.149 0.121 0.096 0.099 0.053 0.033 0.021 0.009 3 R 0.432 0.142 0.078 0.122 0.074 0.050 0.049 0.027 0.015 0.008 0.003 4 S 0.162 0.263 0.064 0.211 0.122 0.064 0.060 0.030 0.014 0.007 0.004 5 I 0.014 0.019 0.009 0.019 0.030 0.044 0.094 0.109 0.187 0.225 0.251 6 E 0.266 0.297 0.099 0.197 0.091 0.026 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 7 D 0.208 0.163 0.123 0.225 0.110 0.070 0.049 0.025 0.015 0.009 0.004 8 T 0.020 0.024 0.023 0.054 0.074 0.132 0.223 0.144 0.142 0.103 0.062 9 P 0.020 0.083 0.075 0.223 0.179 0.149 0.136 0.066 0.040 0.020 0.008 10 I 0.001 0.001 0.008 0.007 0.011 0.041 0.082 0.096 0.237 0.288 0.229 11 V 0.001 0.006 0.013 0.033 0.065 0.087 0.188 0.180 0.189 0.140 0.098 12 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.016 0.054 0.155 0.273 0.488 13 I 0.001 0.001 0.005 0.011 0.038 0.045 0.095 0.185 0.183 0.210 0.226 14 G 0.001 0.003 0.010 0.018 0.034 0.037 0.094 0.157 0.246 0.236 0.163 15 A 0.001 0.001 0.006 0.012 0.031 0.029 0.084 0.175 0.200 0.193 0.267 16 G 0.013 0.013 0.030 0.057 0.077 0.110 0.178 0.139 0.166 0.127 0.090 17 N 0.024 0.040 0.063 0.138 0.154 0.137 0.222 0.109 0.061 0.031 0.022 18 L 0.003 0.007 0.015 0.026 0.052 0.039 0.092 0.157 0.175 0.187 0.245 19 A 0.002 0.005 0.009 0.018 0.036 0.053 0.127 0.138 0.196 0.218 0.200 20 T 0.032 0.044 0.143 0.208 0.188 0.157 0.128 0.044 0.031 0.015 0.011 21 N 0.006 0.009 0.034 0.054 0.092 0.113 0.233 0.170 0.124 0.094 0.070 22 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.010 0.028 0.051 0.185 0.293 0.418 23 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.025 0.070 0.082 0.221 0.287 0.301 24 K 0.005 0.018 0.252 0.223 0.210 0.142 0.086 0.031 0.019 0.009 0.005 25 A 0.003 0.006 0.043 0.056 0.104 0.136 0.293 0.182 0.080 0.061 0.035 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.023 0.176 0.364 0.416 27 Y 0.003 0.004 0.008 0.028 0.073 0.136 0.350 0.151 0.128 0.084 0.035 28 R 0.005 0.078 0.551 0.199 0.076 0.052 0.019 0.008 0.005 0.004 0.002 29 K 0.029 0.055 0.072 0.102 0.132 0.229 0.239 0.087 0.032 0.015 0.007 30 G 0.624 0.176 0.022 0.059 0.025 0.019 0.029 0.022 0.012 0.008 0.004 31 F 0.013 0.008 0.007 0.018 0.029 0.053 0.101 0.108 0.189 0.205 0.269 32 R 0.064 0.191 0.164 0.257 0.189 0.065 0.037 0.019 0.008 0.005 0.003 33 I 0.004 0.011 0.021 0.048 0.081 0.152 0.209 0.156 0.146 0.108 0.063 34 V 0.004 0.004 0.007 0.013 0.024 0.063 0.131 0.148 0.214 0.210 0.183 35 Q 0.005 0.016 0.026 0.109 0.125 0.135 0.202 0.138 0.120 0.080 0.044 36 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.015 0.032 0.053 0.186 0.301 0.397 37 Y 0.003 0.004 0.006 0.023 0.060 0.093 0.184 0.155 0.194 0.158 0.119 38 S 0.032 0.036 0.080 0.118 0.120 0.103 0.156 0.116 0.110 0.083 0.047 39 R 0.013 0.021 0.025 0.060 0.106 0.184 0.240 0.139 0.103 0.066 0.043 40 T 0.030 0.283 0.055 0.098 0.074 0.092 0.158 0.084 0.065 0.043 0.019 41 E 0.355 0.128 0.059 0.146 0.124 0.082 0.070 0.022 0.010 0.003 0.002 42 E 0.940 0.029 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.011 0.078 0.059 0.207 0.191 0.181 0.166 0.062 0.027 0.013 0.004 44 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.042 0.139 0.175 0.245 0.244 0.134 45 R 0.010 0.019 0.647 0.179 0.091 0.036 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 46 E 0.002 0.010 0.804 0.126 0.043 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.020 0.068 0.100 0.252 0.343 0.205 48 A 0.001 0.001 0.004 0.007 0.025 0.096 0.321 0.182 0.178 0.154 0.031 49 Q 0.001 0.006 0.929 0.053 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 K 0.004 0.015 0.308 0.110 0.141 0.176 0.181 0.049 0.010 0.005 0.002 51 V 0.004 0.005 0.006 0.004 0.007 0.031 0.104 0.135 0.269 0.270 0.164 52 E 0.242 0.262 0.131 0.193 0.098 0.030 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 53 A 0.136 0.031 0.143 0.085 0.097 0.082 0.130 0.097 0.076 0.065 0.056 54 E 0.267 0.244 0.131 0.144 0.094 0.049 0.041 0.016 0.007 0.003 0.002 55 Y 0.033 0.043 0.022 0.060 0.080 0.116 0.208 0.175 0.130 0.081 0.050 56 T 0.051 0.059 0.047 0.094 0.111 0.122 0.157 0.123 0.100 0.078 0.059 57 T 0.264 0.126 0.126 0.185 0.117 0.064 0.062 0.030 0.015 0.007 0.003 58 D 0.193 0.189 0.111 0.221 0.118 0.064 0.053 0.027 0.013 0.007 0.003 59 L 0.010 0.015 0.010 0.030 0.043 0.064 0.141 0.149 0.208 0.189 0.142 60 A 0.131 0.081 0.076 0.171 0.166 0.124 0.127 0.068 0.032 0.018 0.007 61 E 0.080 0.125 0.338 0.248 0.104 0.053 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 62 V 0.012 0.018 0.021 0.038 0.058 0.117 0.213 0.154 0.160 0.130 0.079 63 N 0.024 0.029 0.017 0.045 0.064 0.084 0.163 0.144 0.171 0.157 0.103 64 P 0.147 0.177 0.244 0.233 0.107 0.043 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 65 Y 0.116 0.101 0.114 0.221 0.160 0.105 0.102 0.044 0.020 0.011 0.006 66 A 0.006 0.007 0.009 0.018 0.030 0.053 0.134 0.148 0.208 0.183 0.204 67 K 0.019 0.065 0.086 0.208 0.219 0.139 0.129 0.069 0.036 0.020 0.010 68 L 0.001 0.002 0.014 0.014 0.025 0.059 0.123 0.120 0.228 0.241 0.171 69 Y 0.001 0.003 0.006 0.014 0.026 0.041 0.110 0.133 0.231 0.241 0.194 70 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.032 0.070 0.198 0.291 0.381 71 V 0.001 0.002 0.005 0.010 0.029 0.032 0.071 0.142 0.193 0.236 0.281 72 S 0.001 0.002 0.007 0.013 0.031 0.033 0.078 0.143 0.217 0.254 0.223 73 L 0.001 0.002 0.005 0.011 0.025 0.039 0.093 0.140 0.232 0.236 0.215 74 K 0.043 0.120 0.088 0.203 0.148 0.119 0.130 0.060 0.049 0.025 0.014 75 D 0.076 0.079 0.058 0.140 0.133 0.134 0.181 0.094 0.056 0.028 0.022 76 S 0.430 0.157 0.060 0.119 0.076 0.049 0.049 0.028 0.015 0.009 0.007 77 A 0.149 0.133 0.051 0.133 0.110 0.100 0.127 0.080 0.054 0.037 0.025 78 F 0.028 0.043 0.027 0.064 0.079 0.117 0.154 0.121 0.142 0.124 0.101 79 A 0.103 0.070 0.074 0.140 0.142 0.126 0.147 0.085 0.058 0.035 0.020 80 E 0.167 0.166 0.157 0.238 0.126 0.061 0.043 0.022 0.011 0.006 0.003 81 L 0.011 0.014 0.015 0.034 0.052 0.061 0.131 0.157 0.195 0.177 0.151 82 L 0.017 0.025 0.022 0.074 0.110 0.145 0.222 0.152 0.112 0.084 0.036 83 Q 0.107 0.124 0.341 0.232 0.102 0.045 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 84 G 0.119 0.076 0.106 0.189 0.159 0.123 0.130 0.057 0.023 0.011 0.006 85 I 0.006 0.007 0.008 0.012 0.017 0.027 0.080 0.107 0.229 0.261 0.245 86 V 0.041 0.083 0.089 0.172 0.194 0.141 0.149 0.069 0.034 0.019 0.007 87 E 0.127 0.170 0.382 0.210 0.068 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 88 G 0.231 0.072 0.066 0.105 0.106 0.107 0.153 0.081 0.041 0.024 0.013 89 K 0.130 0.114 0.047 0.111 0.092 0.092 0.144 0.108 0.078 0.058 0.026 90 R 0.043 0.186 0.098 0.154 0.124 0.134 0.115 0.061 0.040 0.031 0.013 91 E 0.213 0.228 0.129 0.193 0.116 0.050 0.035 0.020 0.008 0.005 0.002 92 E 0.512 0.137 0.059 0.104 0.057 0.040 0.046 0.025 0.011 0.006 0.002 93 A 0.026 0.034 0.040 0.114 0.117 0.166 0.189 0.115 0.099 0.068 0.033 94 L 0.003 0.009 0.014 0.030 0.045 0.122 0.175 0.141 0.198 0.165 0.097 95 M 0.002 0.007 0.016 0.030 0.048 0.079 0.134 0.121 0.206 0.181 0.176 96 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 0.018 0.046 0.091 0.197 0.267 0.356 97 H 0.005 0.011 0.021 0.068 0.114 0.109 0.160 0.170 0.152 0.120 0.071 98 T 0.005 0.007 0.013 0.036 0.058 0.066 0.133 0.187 0.185 0.170 0.141 99 A 0.004 0.005 0.006 0.015 0.024 0.040 0.075 0.119 0.210 0.245 0.257 100 G 0.035 0.041 0.027 0.106 0.139 0.121 0.193 0.137 0.105 0.059 0.036 101 S 0.069 0.065 0.050 0.087 0.083 0.088 0.126 0.099 0.126 0.113 0.093 102 I 0.052 0.050 0.028 0.098 0.120 0.149 0.195 0.112 0.095 0.060 0.041 103 P 0.321 0.321 0.056 0.127 0.059 0.035 0.036 0.020 0.013 0.008 0.004 104 M 0.063 0.042 0.019 0.070 0.088 0.119 0.164 0.119 0.129 0.095 0.092 105 N 0.459 0.197 0.064 0.125 0.067 0.031 0.027 0.015 0.008 0.005 0.003 106 V 0.063 0.075 0.047 0.153 0.137 0.151 0.146 0.089 0.069 0.047 0.025 107 W 0.033 0.056 0.028 0.064 0.072 0.107 0.156 0.130 0.143 0.129 0.082 108 E 0.081 0.084 0.061 0.186 0.170 0.134 0.130 0.074 0.043 0.026 0.011 109 G 0.217 0.120 0.172 0.182 0.106 0.074 0.060 0.035 0.018 0.011 0.005 110 H 0.059 0.097 0.058 0.154 0.123 0.135 0.157 0.087 0.067 0.043 0.021 111 V 0.012 0.018 0.010 0.024 0.035 0.063 0.128 0.133 0.202 0.202 0.173 112 P 0.273 0.244 0.129 0.191 0.096 0.030 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 113 H 0.249 0.135 0.104 0.168 0.101 0.076 0.073 0.044 0.025 0.017 0.008 114 Y 0.057 0.055 0.025 0.092 0.097 0.142 0.175 0.126 0.108 0.078 0.044 115 G 0.119 0.103 0.045 0.128 0.113 0.115 0.134 0.104 0.070 0.046 0.023 116 V 0.035 0.037 0.046 0.093 0.098 0.157 0.173 0.120 0.113 0.082 0.046 117 F 0.027 0.031 0.031 0.062 0.069 0.082 0.146 0.131 0.162 0.143 0.115 118 Y 0.025 0.024 0.022 0.068 0.091 0.121 0.173 0.148 0.149 0.112 0.068 119 P 0.098 0.109 0.067 0.161 0.138 0.099 0.112 0.084 0.065 0.041 0.025 120 M 0.025 0.025 0.021 0.062 0.075 0.084 0.156 0.159 0.161 0.135 0.097 121 Q 0.057 0.048 0.031 0.098 0.110 0.132 0.163 0.125 0.109 0.081 0.046 122 T 0.137 0.114 0.077 0.158 0.123 0.109 0.114 0.071 0.050 0.030 0.017 123 F 0.029 0.026 0.022 0.060 0.077 0.090 0.155 0.148 0.162 0.131 0.101 124 S 0.020 0.021 0.015 0.035 0.048 0.061 0.135 0.132 0.196 0.190 0.147 125 K 0.139 0.228 0.158 0.244 0.118 0.048 0.032 0.015 0.010 0.005 0.003 126 Q 0.179 0.088 0.065 0.139 0.124 0.113 0.122 0.075 0.047 0.030 0.019 127 R 0.178 0.148 0.062 0.140 0.108 0.087 0.109 0.073 0.047 0.030 0.017 128 E 0.114 0.114 0.070 0.161 0.139 0.113 0.132 0.076 0.043 0.025 0.012 129 V 0.133 0.068 0.091 0.123 0.111 0.126 0.141 0.082 0.060 0.043 0.022 130 D 0.135 0.183 0.153 0.215 0.116 0.068 0.065 0.032 0.019 0.011 0.004 131 F 0.023 0.038 0.042 0.075 0.085 0.118 0.186 0.143 0.131 0.104 0.056 132 K 0.090 0.105 0.119 0.188 0.154 0.111 0.099 0.063 0.036 0.023 0.011 133 E 0.140 0.144 0.178 0.205 0.118 0.077 0.065 0.040 0.019 0.010 0.005 134 I 0.028 0.032 0.038 0.081 0.101 0.131 0.202 0.150 0.115 0.076 0.046 135 P 0.030 0.021 0.025 0.046 0.061 0.078 0.151 0.151 0.176 0.150 0.110 136 F 0.042 0.053 0.121 0.167 0.154 0.136 0.136 0.083 0.057 0.034 0.017 137 F 0.019 0.030 0.059 0.099 0.118 0.118 0.185 0.138 0.113 0.073 0.049 138 I 0.009 0.010 0.014 0.029 0.045 0.055 0.134 0.160 0.202 0.177 0.163 139 E 0.075 0.078 0.107 0.177 0.168 0.119 0.133 0.068 0.041 0.022 0.011 140 A 0.135 0.106 0.143 0.187 0.143 0.090 0.096 0.051 0.027 0.014 0.008 141 S 0.106 0.109 0.054 0.089 0.090 0.097 0.158 0.102 0.092 0.065 0.038 142 S 0.165 0.258 0.064 0.122 0.086 0.077 0.115 0.051 0.035 0.020 0.008 143 T 0.483 0.193 0.126 0.119 0.044 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 144 E 0.537 0.165 0.081 0.107 0.053 0.024 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 145 D 0.031 0.141 0.072 0.144 0.127 0.124 0.164 0.107 0.052 0.030 0.009 146 A 0.015 0.014 0.031 0.058 0.113 0.241 0.294 0.129 0.062 0.032 0.010 147 A 0.097 0.064 0.638 0.145 0.037 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 148 F 0.005 0.015 0.085 0.127 0.140 0.213 0.264 0.090 0.039 0.018 0.005 149 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 0.041 0.076 0.234 0.331 0.303 150 K 0.005 0.017 0.338 0.210 0.221 0.112 0.063 0.022 0.007 0.003 0.001 151 A 0.005 0.018 0.739 0.127 0.061 0.025 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 152 I 0.001 0.002 0.010 0.012 0.026 0.083 0.214 0.182 0.209 0.173 0.088 153 A 0.002 0.002 0.005 0.008 0.018 0.049 0.175 0.167 0.237 0.230 0.106 154 S 0.013 0.036 0.619 0.194 0.085 0.030 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 155 T 0.021 0.036 0.199 0.116 0.132 0.161 0.204 0.072 0.031 0.018 0.009 156 L 0.005 0.007 0.007 0.009 0.014 0.037 0.096 0.110 0.239 0.249 0.226 157 S 0.236 0.168 0.081 0.164 0.123 0.067 0.074 0.045 0.024 0.013 0.007 158 N 0.167 0.108 0.205 0.204 0.114 0.070 0.057 0.034 0.020 0.013 0.008 159 R 0.130 0.114 0.069 0.141 0.126 0.115 0.143 0.080 0.042 0.024 0.014 160 V 0.061 0.063 0.032 0.079 0.082 0.108 0.154 0.145 0.124 0.092 0.061 161 Y 0.075 0.058 0.047 0.105 0.119 0.123 0.152 0.123 0.092 0.061 0.044 162 D 0.155 0.143 0.087 0.132 0.104 0.080 0.110 0.071 0.057 0.038 0.024 163 A 0.186 0.139 0.060 0.147 0.126 0.085 0.108 0.065 0.044 0.024 0.015 164 D 0.571 0.173 0.040 0.083 0.045 0.026 0.027 0.016 0.010 0.006 0.003