# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 715 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.049 0.009 0.273 0.080 0.168 0.064 0.004 0.001 0.005 0.295 2 K 0.053 0.043 0.006 0.213 0.055 0.179 0.056 0.004 0.001 0.004 0.386 3 R 0.031 0.024 0.009 0.133 0.050 0.094 0.084 0.003 0.001 0.006 0.566 4 S 0.072 0.020 0.003 0.049 0.054 0.063 0.183 0.008 0.001 0.011 0.536 5 I 0.081 0.040 0.010 0.055 0.026 0.040 0.082 0.002 0.001 0.009 0.655 6 E 0.010 0.013 0.001 0.014 0.006 0.011 0.688 0.002 0.001 0.002 0.253 7 D 0.332 0.005 0.002 0.019 0.006 0.007 0.350 0.008 0.001 0.040 0.233 8 T 0.746 0.016 0.006 0.055 0.011 0.005 0.033 0.001 0.001 0.005 0.122 9 P 0.001 0.001 0.001 0.086 0.004 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.892 10 I 0.001 0.001 0.001 0.826 0.028 0.032 0.047 0.001 0.001 0.002 0.061 11 V 0.001 0.001 0.001 0.977 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 12 L 0.001 0.001 0.001 0.936 0.005 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.031 13 I 0.001 0.001 0.001 0.975 0.003 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 14 G 0.001 0.001 0.001 0.724 0.008 0.017 0.076 0.001 0.001 0.001 0.173 15 A 0.002 0.001 0.001 0.429 0.006 0.021 0.179 0.001 0.001 0.003 0.356 16 G 0.007 0.002 0.001 0.098 0.005 0.010 0.278 0.001 0.001 0.005 0.596 17 N 0.031 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 0.223 0.001 0.001 0.005 0.719 18 L 0.040 0.201 0.001 0.011 0.002 0.002 0.191 0.001 0.001 0.002 0.549 19 A 0.029 0.737 0.001 0.003 0.002 0.005 0.069 0.001 0.001 0.001 0.152 20 T 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 21 N 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 22 L 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 26 L 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 28 R 0.038 0.872 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 0.001 0.001 0.011 29 K 0.306 0.407 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.001 0.001 0.026 30 G 0.653 0.036 0.024 0.003 0.001 0.001 0.004 0.218 0.001 0.001 0.061 31 F 0.008 0.002 0.966 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 32 R 0.005 0.001 0.005 0.572 0.114 0.034 0.082 0.001 0.001 0.002 0.184 33 I 0.002 0.001 0.002 0.252 0.011 0.013 0.064 0.001 0.001 0.002 0.653 34 V 0.001 0.001 0.001 0.966 0.009 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.929 0.011 0.014 0.020 0.001 0.001 0.001 0.024 36 V 0.001 0.001 0.001 0.958 0.008 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.867 0.015 0.041 0.028 0.001 0.001 0.001 0.047 38 S 0.004 0.001 0.001 0.658 0.038 0.072 0.055 0.001 0.001 0.004 0.167 39 R 0.013 0.001 0.002 0.127 0.011 0.025 0.247 0.001 0.001 0.008 0.566 40 T 0.009 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.724 0.001 0.001 0.003 0.250 41 E 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.960 42 E 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.669 0.001 0.001 0.001 0.321 43 S 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.001 0.001 0.001 0.036 44 A 0.015 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 45 R 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 46 E 0.002 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.030 47 L 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 48 A 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 49 Q 0.013 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.012 50 K 0.128 0.794 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.023 51 V 0.168 0.688 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.085 0.001 0.001 0.031 52 E 0.172 0.217 0.132 0.012 0.004 0.005 0.024 0.126 0.001 0.001 0.306 53 A 0.055 0.067 0.330 0.020 0.003 0.006 0.014 0.012 0.001 0.002 0.492 54 E 0.049 0.058 0.021 0.141 0.034 0.027 0.150 0.008 0.001 0.007 0.505 55 Y 0.027 0.013 0.014 0.044 0.005 0.007 0.038 0.002 0.001 0.003 0.847 56 T 0.096 0.078 0.008 0.333 0.025 0.073 0.094 0.002 0.001 0.003 0.287 57 T 0.057 0.039 0.008 0.117 0.016 0.022 0.147 0.002 0.001 0.005 0.587 58 D 0.071 0.061 0.004 0.050 0.009 0.012 0.161 0.004 0.001 0.007 0.621 59 L 0.093 0.121 0.012 0.029 0.011 0.020 0.109 0.004 0.001 0.005 0.598 60 A 0.016 0.146 0.001 0.007 0.003 0.008 0.274 0.003 0.001 0.002 0.542 61 E 0.160 0.072 0.002 0.004 0.002 0.004 0.577 0.014 0.001 0.005 0.162 62 V 0.570 0.308 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.019 0.001 0.004 0.081 63 N 0.389 0.354 0.013 0.007 0.005 0.008 0.029 0.052 0.001 0.002 0.142 64 P 0.008 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.954 65 Y 0.144 0.065 0.008 0.047 0.011 0.018 0.158 0.030 0.001 0.004 0.515 66 A 0.574 0.035 0.012 0.052 0.007 0.008 0.053 0.024 0.001 0.006 0.228 67 K 0.075 0.016 0.004 0.611 0.092 0.035 0.055 0.002 0.001 0.002 0.107 68 L 0.007 0.004 0.022 0.701 0.025 0.017 0.070 0.001 0.001 0.002 0.152 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 70 I 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 71 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 72 S 0.001 0.001 0.001 0.952 0.003 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.025 73 L 0.001 0.001 0.001 0.865 0.009 0.018 0.031 0.001 0.001 0.002 0.073 74 K 0.004 0.001 0.001 0.232 0.008 0.016 0.188 0.001 0.001 0.004 0.546 75 D 0.011 0.001 0.001 0.061 0.005 0.011 0.222 0.001 0.001 0.009 0.680 76 S 0.091 0.002 0.001 0.022 0.003 0.004 0.117 0.001 0.001 0.017 0.742 77 A 0.175 0.009 0.007 0.021 0.003 0.004 0.265 0.001 0.001 0.010 0.504 78 F 0.094 0.052 0.010 0.035 0.009 0.025 0.219 0.002 0.001 0.009 0.545 79 A 0.067 0.177 0.006 0.033 0.030 0.049 0.106 0.002 0.001 0.007 0.523 80 E 0.046 0.309 0.008 0.018 0.013 0.015 0.108 0.002 0.001 0.003 0.476 81 L 0.090 0.579 0.010 0.018 0.010 0.025 0.048 0.005 0.001 0.003 0.213 82 L 0.056 0.755 0.003 0.011 0.007 0.021 0.033 0.007 0.001 0.001 0.108 83 Q 0.044 0.756 0.004 0.005 0.004 0.006 0.027 0.007 0.001 0.001 0.147 84 G 0.096 0.752 0.006 0.004 0.002 0.004 0.012 0.015 0.001 0.002 0.106 85 I 0.101 0.773 0.009 0.003 0.003 0.006 0.011 0.019 0.001 0.001 0.074 86 V 0.048 0.755 0.011 0.006 0.006 0.012 0.036 0.013 0.001 0.001 0.112 87 E 0.088 0.551 0.010 0.006 0.005 0.009 0.028 0.027 0.001 0.002 0.274 88 G 0.345 0.374 0.005 0.005 0.005 0.008 0.023 0.070 0.001 0.005 0.159 89 K 0.372 0.280 0.060 0.012 0.009 0.010 0.031 0.028 0.001 0.005 0.192 90 R 0.085 0.151 0.037 0.028 0.030 0.033 0.112 0.019 0.001 0.005 0.501 91 E 0.079 0.033 0.021 0.036 0.015 0.019 0.072 0.008 0.001 0.008 0.710 92 E 0.084 0.013 0.003 0.066 0.021 0.014 0.143 0.005 0.001 0.008 0.644 93 A 0.227 0.008 0.021 0.175 0.040 0.030 0.170 0.002 0.001 0.017 0.311 94 L 0.010 0.005 0.003 0.706 0.073 0.059 0.058 0.001 0.001 0.003 0.082 95 M 0.003 0.002 0.002 0.704 0.059 0.111 0.033 0.001 0.001 0.003 0.084 96 V 0.001 0.001 0.001 0.852 0.031 0.069 0.013 0.001 0.001 0.001 0.032 97 H 0.001 0.002 0.001 0.681 0.073 0.135 0.022 0.001 0.001 0.001 0.086 98 T 0.003 0.002 0.001 0.487 0.052 0.118 0.065 0.001 0.001 0.002 0.271 99 A 0.009 0.002 0.001 0.389 0.068 0.110 0.140 0.001 0.001 0.005 0.276 100 G 0.045 0.003 0.002 0.163 0.039 0.067 0.148 0.001 0.001 0.015 0.517 101 S 0.050 0.003 0.002 0.079 0.016 0.036 0.066 0.001 0.001 0.007 0.739 102 I 0.064 0.005 0.009 0.064 0.032 0.053 0.120 0.001 0.001 0.007 0.645 103 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 104 M 0.021 0.006 0.003 0.027 0.025 0.083 0.064 0.001 0.001 0.003 0.768 105 N 0.061 0.029 0.002 0.025 0.023 0.031 0.084 0.001 0.001 0.004 0.740 106 V 0.067 0.070 0.003 0.016 0.015 0.019 0.065 0.001 0.001 0.002 0.743 107 W 0.078 0.271 0.002 0.018 0.015 0.035 0.160 0.002 0.001 0.003 0.416 108 E 0.158 0.429 0.001 0.013 0.014 0.026 0.094 0.007 0.001 0.003 0.254 109 G 0.147 0.575 0.002 0.006 0.007 0.010 0.028 0.011 0.001 0.002 0.213 110 H 0.351 0.347 0.037 0.008 0.004 0.009 0.041 0.048 0.001 0.006 0.149 111 V 0.315 0.349 0.036 0.013 0.011 0.018 0.034 0.027 0.001 0.003 0.194 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 113 H 0.026 0.031 0.006 0.022 0.013 0.033 0.100 0.008 0.001 0.004 0.756 114 Y 0.537 0.054 0.009 0.040 0.011 0.019 0.032 0.007 0.001 0.005 0.286 115 G 0.250 0.082 0.008 0.107 0.052 0.048 0.061 0.006 0.001 0.005 0.381 116 V 0.100 0.033 0.076 0.181 0.053 0.079 0.080 0.003 0.001 0.006 0.388 117 F 0.053 0.021 0.007 0.268 0.048 0.094 0.069 0.003 0.001 0.005 0.432 118 Y 0.021 0.011 0.004 0.188 0.061 0.079 0.080 0.001 0.001 0.004 0.550 119 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 120 M 0.021 0.005 0.001 0.095 0.040 0.141 0.113 0.001 0.001 0.005 0.579 121 Q 0.229 0.016 0.002 0.109 0.028 0.052 0.109 0.001 0.001 0.008 0.447 122 T 0.078 0.021 0.001 0.032 0.019 0.029 0.054 0.001 0.001 0.002 0.762 123 F 0.132 0.044 0.006 0.073 0.038 0.079 0.100 0.002 0.001 0.008 0.519 124 S 0.102 0.087 0.005 0.038 0.042 0.063 0.157 0.003 0.001 0.009 0.495 125 K 0.058 0.069 0.009 0.028 0.016 0.030 0.154 0.002 0.001 0.006 0.627 126 Q 0.053 0.077 0.005 0.019 0.011 0.021 0.298 0.003 0.001 0.009 0.504 127 R 0.235 0.129 0.009 0.021 0.011 0.018 0.168 0.005 0.001 0.013 0.391 128 E 0.108 0.342 0.010 0.021 0.015 0.026 0.084 0.004 0.001 0.004 0.386 129 V 0.043 0.471 0.011 0.018 0.030 0.035 0.066 0.003 0.001 0.004 0.318 130 D 0.091 0.480 0.005 0.012 0.015 0.022 0.086 0.009 0.001 0.003 0.276 131 F 0.126 0.645 0.003 0.007 0.012 0.024 0.018 0.008 0.001 0.002 0.155 132 K 0.106 0.581 0.008 0.009 0.012 0.019 0.035 0.014 0.001 0.002 0.215 133 E 0.160 0.329 0.036 0.012 0.009 0.019 0.069 0.031 0.001 0.006 0.329 134 I 0.250 0.332 0.046 0.025 0.019 0.036 0.038 0.015 0.001 0.005 0.234 135 P 0.007 0.029 0.003 0.008 0.004 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.936 136 F 0.036 0.140 0.020 0.063 0.058 0.101 0.106 0.003 0.001 0.005 0.467 137 F 0.113 0.327 0.011 0.058 0.040 0.055 0.072 0.004 0.001 0.005 0.315 138 I 0.117 0.443 0.003 0.065 0.045 0.079 0.036 0.005 0.001 0.002 0.204 139 E 0.085 0.419 0.004 0.046 0.024 0.046 0.063 0.009 0.001 0.002 0.301 140 A 0.173 0.318 0.006 0.043 0.022 0.043 0.052 0.014 0.001 0.004 0.325 141 S 0.215 0.227 0.018 0.026 0.017 0.026 0.101 0.025 0.001 0.008 0.337 142 S 0.080 0.119 0.032 0.014 0.010 0.019 0.176 0.009 0.001 0.005 0.536 143 T 0.008 0.025 0.003 0.004 0.002 0.005 0.050 0.001 0.001 0.001 0.900 144 E 0.012 0.052 0.001 0.002 0.002 0.002 0.434 0.001 0.001 0.002 0.492 145 D 0.105 0.152 0.002 0.002 0.001 0.002 0.442 0.003 0.001 0.003 0.289 146 A 0.055 0.852 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.069 147 A 0.021 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.111 148 F 0.019 0.841 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.113 149 L 0.019 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.023 150 K 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 151 A 0.004 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 152 I 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 153 A 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 154 S 0.009 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.013 155 T 0.122 0.774 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.062 0.001 0.001 0.031 156 L 0.322 0.507 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.115 0.001 0.001 0.039 157 S 0.193 0.198 0.192 0.015 0.008 0.009 0.035 0.087 0.001 0.002 0.262 158 N 0.065 0.055 0.203 0.035 0.015 0.016 0.029 0.018 0.001 0.003 0.561 159 R 0.114 0.041 0.030 0.159 0.057 0.055 0.102 0.012 0.001 0.007 0.423 160 V 0.028 0.012 0.007 0.064 0.035 0.040 0.064 0.003 0.001 0.003 0.744 161 Y 0.029 0.012 0.004 0.278 0.141 0.203 0.051 0.001 0.001 0.003 0.279 162 D 0.020 0.013 0.002 0.145 0.125 0.145 0.078 0.001 0.001 0.004 0.467 163 A 0.013 0.009 0.003 0.126 0.041 0.081 0.104 0.001 0.001 0.005 0.618 164 D 0.028 0.004 0.001 0.044 0.045 0.056 0.318 0.001 0.001 0.025 0.478